نام پژوهشگر: کرامت اله ایزدپناه

تعیین نقش پروتئین عمده غشایی فیتوپلاسمای جاروک لیموترش در برهمکنش با حشرات ناقل
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  مجید صیام پور   کرامت اله ایزدپناه

مطالعات مشخص کرده که چند فیتوپلاسما از گروههای فیلوژنی مختلف پروتئین نوع imp (immunodominant membrane protein) را در مقادیر مختلف بیان می کنند. در این تحقیق ژن کد کننده پروتئین اصلی غشاء چند فیتوپلاسما از گروه فیلوژنتیکی 16srii بررسی شد نتایج بررسی نشان داد که ژن مزبور دارای تنوع ژنتیکی قابل توجهی و تحت فشار انتخاب مثبت است. آمینواسیدهای تحت تاثیر این فشار همگی در قسمت انتهای c (c-terminal) قرار داشتند. بررسیها نشان دادند که قسمت c این پروتئین در خارج از سیتوپلاسم و قسمت n آن داخل سیتوپلاسم سلول فیتوپلاسما قرار می گیرد. بیان imp در گیاهان میزبان با آنتی سرمهای تهیه شده بر علیه پروتئین نوترکیب imp از فیتوپلاسمای جاروک لیموترش و همچنین با آنتی سرم تهیه شده بر علیه فیتوپلاسمای جاروک یونجه تائید شد. این بررسی نشان داد که پروتئین 19 کیلودالتون مربوط به imp در گیاهان آلوده به چند فیتوپلاسما از گروه 16srii (و نه همه فیتوپلاسماها) قابل ردیابی است. نقش پروتئین imp فیتوپلاسمای جاروک لیموترش در برهمکنش با زنجرکهای ناقل (شاملmacrosteles quadrpunctulatus، euscelidius variegates، empoasca decipiens، scaphoideus titanus و hishimonus phycitis) مطالعه شد. نتایج آزمونهای dot far western و far western نشان داد که imp با پروتئینهایی از این زنجرکهای ناقل برهمکنش دارد. با استفاده از روش affinity chromatography پروتئینهای مزبور از زنجرکها جدا سازی شدند. در مجموع 20 پروتئین با وزنی بین 30 تا 200 کیلو دالتون از زنجرکهای مذکور در ژل sds ردیابی شد. نتایج ms/ms منجر به شناسایی این پروتئینها به عنوان پروتئینهای atp synthase زیرواحدهای آلفا و بتا، اکتین، زنجیره سنگین میوزین، آلفا توبولین و آرژنین کیتناز شد. بررسی با روش وسترن بلات نتایج شناسایی این پروتئینها به عنوان atp synthase آلفا و بتا و اکتین را تائید کرد ولی نتیجه شناسایی پروتئین آلفا توبولین را تائید نکرد. مشاهدات با میکروسکوپ کونفوکال نشان داد که پروتئین imp فیتوپلاسمای جاروک لیموترش در غشاء سلول و نیز در سیتوپلاسم سلولهای زنجرک m. quadripuctulatus تجمع می یابد. همچنین سیگنالهای مربوط به پروتئین imp در محل سیگنالهای مربوط به پروتئین atp synthase زیرواحد آلفا و مخصوصا زیرواحد بتا قرار می گیرند. نقش احتمالی این پروتئینها در انتقال با ناقل فیتوپلاسمای جاروک لیموترش مورد بحث قرار می گیرد.

ویژگی های مولکولی و بیولوژیکی و پراکنش ویروس موزائیک انجیر در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  مهدی امیری مظهر   کرامت اله ایزدپناه

بیماری موزائیک انجیر یک بیماری عفونی است که از مدت ها قبل شناخته شده است و پراکنش جهانی دارد. در سال های اخیر عوامل بیماریزای ویروسی و شبه ویروسی متعددی بصورت همراه با این بیماری شناسایی شده اند. ویروس موزائیک انجیر (fig mosaic virus, fmv) بدلیل پراکنش بالا در نمونه های دارای علائم و انتقال با کنه اریوفید و پیوند بعنوان عامل احتمالی این بیماری شناخته شده است. ویروس موزائیک انجیر دارای ژنوم آر اِن اِی چندبخشی تک لای منفی است و در جنس emaravirus از تیره bunyaviridae قرار می گیرد. با توجه به اهمیت اقتصادی و گستردگی کشت انجیر در ایران و نیز مشاهده علائم موزائیک، بررسی عوامل ویروسی و شبه ویروسی همراه با بیماری موزائیک انجیر در ایران ضرورت داشت. نمونه برداری از درختان دارای علائم موزائیک و نیز فاقد علائم از 17 استان کشور صورت گرفت. پس از استخراج آر اِن اِی کل از گیاه، واکنش زنجیره ای پلیمراز با ترانویسی معکوس، همسانه سازی و تعیین توالی ژنوم ، برخی مشخصات مولکولی ویروس. موزائیک انجیر و ویروئیدهای موجود در نمونه های آلوده بررسی گردیدند. تشخیص ویروس و ویروئیدها با آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز با آغازگرهای اختصاصی و متعاقباً تعیین ترادف ژنوم صورت گرفت. آزمون انتقال با استفاده از روش پیوند و انتقال کنه های اریوفید از انجیرهای آلوده به انجیرهای سالم بذری(دانهال ها) انجام شد. دو ماه پس از مایه زنی با کنه اریوفید و 70 روز پس از مایه زنی با پیوند علائم موزائیک روی برگ های دانهال ها مشاهده گردید. از 227 نمونه مورد بررسی 112 نمونه دارای علائم و 115 نمونه فاقد علائم بودند. از 112 نمونه دارای علائم، 53/95 درصد دارای fmv بودند. آلودگی 44 نمونه های دارای علائم به ویروئید کوتولگی رازک ( hop stunt viroid = hsvd) و ویروئید اگزوکورتیس مرکبات (citrus exocortis viroid=cevd) در 8 استان کشور نشان می دهد میزان آلودگی بترتیب 18/18 و 64/13 درصد نمونه های مورد آزمایش است. 115 نمونه بدون علائم به روش pcr بررسی شدند و از این میان چهار نمونه دارای fmv بودند اما در هیچ کدام hsvd و cevd ردیابی نشد. بررسی های فیلوژنتیک نشان داد جدایه های ایرانی fmvدر گرو ههای جداگانه نسبت به جدایه های سایر کشور ها قرار می گیرند. واریانت های کوتولگی رازک جدا شده از ایران در یک خوشه جدا و نزدیک به گروه آلو و زردآلو با بیشترین تشابه حدود3/94 درصد قرار می گیرند و کمترین تشابه (4/90 درصد) را با واریانت های توت ایتالیا و لبنان دارند. تکثیر و تعیین ترادف سه آر اِن اِی ویروس موزائیک انجیر در نمونه های دارای علائم و انتقال این ویروس با پیوند و کنه اریوفید و ردیابی این ویروس در اکثر نمونه های علائم دار نشان می دهد این ویروس عامل احتمالی بیماری موزائیک انجیر در ایران است

بررسی برهمکنش ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندرقند و ویروس پیچیدگی شدید بوته چغندر قند
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  هدا طاهری   سید علی اکبر بهجت نیا

بیماری پیچیدگی بوته چغندرقند به دلیل ایجاد اپیدمی های شدید و مکرر و اهمیت اقتصادی آن مورد توجه زیادی قرار گرفته است. قبلا یک جدایه از ویروس پیچیدگی شدید بوته چغندرقند (bsctv-ir) و اخیرا" گونه ی جدیدی به نام ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندر قند (bctirv) به عنوان عوامل این بیماری در ایران گزارش شده اند. پیش از این دو گونه زنجرک circulifer haematocepsو c. tenellusبه عنوان ناقل ویروس پیچیدگی بوته چغندرقند (bctv) گزارش شده بود، اما این مطالعات مربوط به زمانی بود کهbctirv و bsctv-ir از هم تفکیک نشده بودند. لذا بر اساس مطالعات قبلی معلوم نبود که آیا هر دو ویروس یا تنها یکی از آنها با زنجرک های مزبور قابل انتقال هستند. در تحقیق کنونی، انتقال هر دو ویروس توسط زنجرکc. haematoceps به اثبات رسید. همچنین برهم کنش bctirv و bsctv-ir در گیاه چغندر قند و گوجه فرنگی بررسی شد و آنالیز داده های حاصل از آزمون real time pcrمشخص نمود که در آلودگی مخلوط همزمان غلظت هر دو ویروس نسبت به آلودگی انفرادی افزایش یافته که بیان گر وجود برهم-کنش هم افزایی دوجانبه است. از سوی دیگر در آلودگی های غیرهم زمان میزان bctirv در طی نسل های متوالی از گیاهی به گیاه دیگر افزایش و میزان bsctv-irکاهش می یافت. در مجموع به نظر می رسد هم در چغندرقند و هم در گوجه فرنگی، bctirv نسبت به bsctv-ir سازگاری بیشتری داشته و به تدریج به صورت غالب در می آید. میزان bsctv-ir به تدریج ناچیز شد و جای خود را به ویروس دیگر (bctirv) داد. این رویداد یادآور پدیده ی muller,s ratchet است. تعیین زمان لازم پس از مایه زنی برای ردیابی bctirv و bsctv-ir در گیاه چغندرقند در بخش دیگر پژوهش انجام شد و نتایج آزمون pcr جهت بررسی حضور ویروس نشان داد bsctv-ir زودتر از bctirv قابل تشخیص است. در این پژوهش معلوم شد bsctv-ir در مقایسه با bctirv در زمان مساوی پس از مایه زنی علائم شدیدتر و غلظت بالاتری دارد و منجر به مرگ می شود و در نتیجه خزانه ی ژنی آن برای انتقال به نسل بعد کاهش می-یابد، اما گیاهان آلوده به bctirv بهتر دوام می آوردند و جمعیت موثر آن برای انتقال به نسل بعد افزایش می یابد و احتمالا به علت سازگاری بیشتر با گیاه توانایی تولید نتاج بیشتری دارد.

بررسی نقش ارقام حساس و مقاوم چغندر قند در روند تنوع ژن p25 در دو جدایه لرستان و زرقان ویروس زردی نکروتیک رگبرگ چغندرقند (beet necrotic yellow vein virus) و تعیین دامنه میزبانی طبیعی polymyxa betae در فارس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  ابوذر قربانی   کرامت اله ایزدپناه

ویروس زردی نکروتیک رگبرگ چغندر قند ( beet necrotic yellow vein virus, bnyvv) در چغندر قند بیماری مهم و خطرناکی بنام ریشه ریشی(root beardiness) یا ریشه گنائی (rhizomania) ایجاد می کند. این ویروس دارای گسترش زیادی در اکثر نقاط دنیا است. bnyvv داری سه بیوتیپ a ، b و p است که بیوتیپp بیشترین خسارت را به مزارع وارد می کند. آر ان ای شماره 3 این ویروس یک پروتئین 25 کیلودالتونی را کد می کند که مسئول بیماری زایی و در مواردی شکستن مقاومت در گیاه چغندرقند است. موقعیت های آمینواسیدی 67 و 68 این پروتئین نقش مهمی در شکستن مقاومت دارند. در این مطالعه ما دو جدایه لرستان و زرقان bnyvv را در چهار گذرش پیاپی به ارقام مقاوم و حساس مایه زنی کرده و ژن p25 را مورد بررسی قرار دادیم. ما نشان دادیم که انتقال پیاپی ویروس در گیاهان مقاوم منجر به تغییراتی در موقعیت های آمینواسیدی 30، 49، 67، 68، 129، 163 و 198 در ژن p25 شد، در حالی که در گیاهان حساس تغییرات آمینواسیدی دیده نشد. در نمونه های لرستان دو بیوتیپ a و p وجود داشت که بیوتیپ p تحت فشار رقم مقاوم انتخاب می شود. همچنین در نمونه زرقان تحت تاثیر فشار رقم مقاوم آمینو اسید 68 تغییر کرد. بنابراین کشت پیاپی رقم مقاوم ممکن است موجب افزایش نسبت بیوتیپ های مهاجم گردد. p. betae ناقل bnyvv داری میزبان-هایی از خانواده chenopodiaceae و بعضی از علف های هرز بود. در این تحقیق با بررسی ریشه علف های هرز مزارع استان فارس و لرستان با استفاده از روش های میکروسکوپی و مولکولی گیاهان تاج خروس وحشی، سلمه تره، خرفه، ترب وحشی و اسپرگول بیابانی به عنوان میزبان های p. betae شناخته شدند. ترب وحشی و اسپرگول بیابانی به عنوان میزبان های جدید p. betae در دنیا معرفی می گردند.

مقایسه راندمان انتقال ویروس حلقه زرد گوجه فرنگی(tomato yellow ring virus ) توسط تریپس پیاز، thrips tabaci lindeman، و تریپس غربی گل،frankliniella occidentalis pergande
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  نسیمه مرتضوی   مریم آل عصفور

ویروس حلقه زرد گوجه فرنگی از گروه توسپوویروس ها در سال 2005 برای اولین بار از مزارع ورامین شناسایی و معرفی شد. این ویروس مانند سایر توسپوویروس ها توسط تریپس ها منتقل می شود. تا به امروز فقط thrips tabaci به عنوان ناقل جدایه سینره این گونه (tyrv-ci) گزارش شده است. در این پژوهش توانایی انتقال ویروس حلقه زرد گوجه فرنگی جدایه سینره (tyrv-ci) توسط frankliniella occidentalis و مقایسه راندمان انتقال آن نسبت به t. tabaci با استفاده از آزمون الیزای مستقیم و نرم افزار minitab 16 مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج به دست آمده، جمعیت های مختلف t. tabaci راندمان انتقال بالاتری نسبت به جمعیت های مختلف f. occidentalis داشتند، هم چنین مشاهده شد که جمعیت t. tabaci از پیاز زرقان و f. occidentalis ازگوجه فرنگی مرودشت نسبت به بقیه جمعیت ها توانایی بالاتری در انتقال tyrv-ci داشتند. در این مطالعه هم چنین میزان انتقال tyrv-ci توسط دو گونه تریپس به دو گیاه گوجه فرنگی و اطلسی مورد مقایسه قرار گرفت و در مورد هر دو گونه تریپس، گیاه گوجه فرنگی میزان انتقال بیشتری نسبت به گیاه اطلسی نشان داد. از طرفی با توجه به این که دو تریپس بسیار مهم مزارع گوجه فرنگی، تریپس غربی گل و تریپس پیاز هستند، در این مطالعه به بررسی دینامیک جمعیت این دو تریپس و تریپس های دیگر مزارع گوجه فرنگی شهرستان مرودشت پرداخته شد و سپس با محاسبه میزان وقوع بیماری حلقه زرد گوجه فرنگی در این مزارع، رابطه بین دینامیک جمعیت این ناقلین با میزان وقوع بیماری مورد بحث قرار گرفت. نتایج آماری نشان داد که تا مرحله گل دهی گیاه گوجه فرنگی بین میزان جمعیت و شدت وقوع بیماری ارتباط مستقیم وجود دارد. از طرفی مرحله گل دهی، اوج جمعیت f. occidentalis ناقل مهم این ویروس می باشد. اگرچه توانایی f. occidentalis در انتقال توسپوویروس ها در تمام دنیا اثبات شده است، اما این گونه برای اولین بار به عنوان ناقل جدایه tyrv در دنیا گزارش می شود.

سبب شناسی بیماری پیچیدگی برگ پنبه در استان فارس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  عایشه کریمی   سید علی اکبر بهجت نیا

پیچیدگی برگ پنبه (cotton leaf curl)، یک بیماری جدی در پنبه و سایر گونه های تیره malvaceae، خسارات عمده ای را به این محصولات در سرتاسر نواحی گرمسیری وارد نموده است. عامل بیماری، ویروس پیچیدگی برگ پنبه (clcuv) از جنس begomovirus و تیره geminiviridae است. وجود یک مولکول وابسته به نام betasatelliteبرای القاء علایم بیماری توسط این بگوموویروس ضروری است. به منظور بررسی اتیولوژی بیماری پیچیدگی برگ پنبه در استان فارس، نقاط مختلف پنبه کاری در طی سال های زراعی 90-89 و 91-90 مورد بازدید قرار گرفتند. از بوته های پنبه دارای علائم تیپیک این بیماری شامل کوچکی، مجتمع شدن و پیچیدگی برگ های انتهایی و همچنین از علف های هرز موجود در مزارع پنبه از جمله علف هرز عروسک پشت پرده (physalis sp.) دارای علائم زردی و موزائیک نمونه برداری انجام گرفت. دی ان ای کل از بافت برگ های جمع آوری شده استخراج ودر واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) بکار رفت. استفاده از جفت آغازگر اختصاصی beta01 / beta02، منجر به تکثیر یک قطعه 1351 جفت بازی از پنبه و علف هرز عروسک پشت پرده موجود در مزارع پنبه خیر استهبان شد. تعیین ترادف این قطعه ژنوم، هومولوژی بسیار نزدیکی با بتاستلایت های همراه با clcuv نشان داد. نام cotton leaf curl iran betasatellite (clcuirb) برای جدایه ایرانیbetasatellite پیشنهاد می شود. آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که clcuirb بیشترین میزان شباهت (%100) را با جدایه ی ساموندری (samundri) بتاستلایت همراه با ویروس پیچیدگی برگ پنبه جداسازی شده از علف هرز شیرتیغک در کشور پاکستان با رس شمار fn432359 دارد. بعد از این جدایه، clcuirb بیشترین میزان مشابهت (%9/99 / 9/91) را با جدایه های مولتان بتاستلایت از کشورهای چین و هند نشان داد. clcuirb، کمترین میزان شباهت (%51) را با جدایه جزیره بتاستلایت (clcugb) از کشور سودان داشت. به منظور تشخیص بگوموویروس مرتبط با بیماری پیچیدگی برگ پنبه، از آزمون های pcr، هیبریداسیون نقطه ای و همانندسازی به روش دایره غلتان (rca) استفاده شد. تعیین ترادف قطعات 550 جفت بازی تکثیر شده در آزمون pcrبا استفاده از یک جفت آغازگر دژنره از دی ان ای گیاهان پنبه که قبلاً وجود بتاستلایت در آن ها با pcr به اثبات رسیده بود، آلودگی این گیاهان را به بگوموویروس یک بخشی tomato yellow leaf curl virus به اثبات رساند. در روش rca، از دی ان ای گیاهان پنبه و عروسک پشت پرده قطعه ی حدوداً 2800 جفت بازی (معادل با ژنوم کامل dna a بگوموویروس ها) تکثیر شد. بر پایه ی آزمون هیبریداسیون نقطه ای، در دی ان ای شماری از گیاهان پنبه و علف های هرز به ویژه عروسک پشت پرده، سیگنال مثبت هیبریداسیون با شناسگر جدایه مولتان clcuv مشاهده و در نتیجه حضور بگوموویروس تأیید شد. نتایج این پژوهش نشان می دهد که احتمالاً یک کمپلکس بگوموویروس-بتاستلایت در ایجاد بیماری پیچیدگی برگ پنبه در استان فارس دخیل می باشد. با توجه به میزان مشابهت clcuirb با جدایه های بتاستلایت پاکستان و هم جواری پاکستان با ایران، می توان گفت که clcuirb در یک کمپلکس بگوموویروسی در منطقه تکامل یافته است.

فراوانی ویروس های پیچیدگی بوته چغندرقند و بیان پروتئین پوششی ویروس ایرانی پیچیدگی بوته چغندرقند
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  امنه عنابستانی   سید علی اکبر بهجت نیا

چکیده یک جدایه از ویروس پیچیدگی شدید بوته ی چغندرقند (bsctv-ir) و ویروس ایرانی پیچیدگی بوته ی چغندرقند (bctirv) به عنوان عوامل پیچیدگی بوته ی چغندرقند و گیاهان دولپه ای در ایران شناخته شده اند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در بین جدایه های این دو ویروس در طی فصل های زراعی 89-88 و 90-89 نمونه برداری از مزارع چغندرقند، گوجه فرنگی، فلفل، لوبیا، شلغم، تربچه و بادمجان پنج استان خراسان رضوی، فارس، کرمانشاه، کهگیلویه و بویراحمد و بوشهر صورت گرفت. پس از استخراج دی ان ای از بافت گیاه، آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی bsctv-ir وbctirv ، تکثیر کننده ی قسمتی از ژن مربوط به پروتئین پوششی، انجام شد. محصول pcr هر ویروس پس از خالص سازی تعیین ترادف گردید. پس از تجزیه و تحلیل ترادف ها و رسم درخت های تبارزایی، نتایج به دست آمده نشانگر واگرایی جدایه های bctirv بر اساس مکان جغرافیایی بود در حالی که جدایه-های bsctv-ir چنین حالتی را نشان نمی دادند، همچنین تنوع میزبانی بر تنوع ژنتیکی این جدایه ها تاثیر گذار نبود. bsctv-ir دارای دامنه ی میزبانی وسیع تری نسبت به bctirv بوده و میانگین آلودگی bsctv-ir در چغندرقند کمتر از bctirv بود اما در گیاهان دیگر از جمله فلفل، گوجه فرنگی و علف های هرز میانگین آلودگی bsctv-ir بیشتر بود. به منظور بررسی فراوانی دو ویروس در سه استان خراسان رضوی، فارس و بوشهر داده های به دست آمده از آزمون pcr با استفاده از نرم افزار sas مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. تجزیه ی واریانس ناپارامتری براساس رتبه ی مزارع چغندرقند آلوده در منطقه ی بحرآباد از شهرستان جوین و در شهرستان نیشابور واقع در استان خراسان رضوی نشان داد که آلودگی به bctirv در این مناطق فراوان تر از آلودگی بهbsctv-ir می باشد در حالی که در شهرستان چناران فراوانی bsctv-ir به طور بسیار معنی داری بیشتر از bctirv بود. بررسی های مشابه نشان داد که در شهرستان اقلید و مرودشت از استان فارس تفاوت معنی دار در فراوانی دو ویروس دیده نمی شود. در استان بوشهر به علت عدم ردیابی bctirv در این استان نیاز به بررسی فراوانی دو ویروس وجود نداشت. این بررسی ها همچنان نشان داد در مزارع با سنین کمتر، bctirv فراوانتر از bsctv-ir و در مزارع با سنین بیشتر bsctv-ir فراوانتر از bctirv بوده است. بر این اساس می توان نتیجه گرفت که احتمالاً bctirv در مزارع زودتر از bsctv-ir ایجاد آلودگی می کند و به غلظت بالاتری می رسد، چون در شرایط مشابه باند حاصل از تکثیر ژن پروتئین پوششی bctirv قوی تر از bsctv-ir بود. در بخش دیگری از این مطالعه به منظور بیان پروتئین پوششی bctirv، تکثیر چارچوب خوانش v1 به وسیله ی یک جفت آغازگر اختصاصی bctirv صورت پذیرفت. قطعه ی 749 جفت بازی تکثیر یافته پس از خالص سازی، در ناقل بیان pqe30 همسانه سازی شد. پلاسمید نوترکیب به سلول های باکتری e.coli سویه ی m15 منتقل گردید و سلول های باکتری تراریخت شده توسط iptg القا شدند. بررسی بیان پروتئین از طریق الکتروفورز در ژل پلی آکریل-آمید حاوی sds یک نوار پروتئین با وزن مولکولی 30-26 کیلو دالتون را مشخص نمود که با وزن تخمین زده شده برای محصول ژن مورد نظر تطابق داشت. آزمون آنالیز لکه گذاری پروتئین (وسترن بلات) با استفاده از anti-his به عنوان پادتن، صحت بیان پروتئین مورد نظر را تصدیق نمود. از پروتئین ترکیبی بیان شده می توان در تولید آنتی سرم نوترکیب برای استفاده در آزمایش های مولکولی و سرولوژیکی به منظور ردیابی عامل بیمار ی در سطح مزرعه بهره برد.

شناسایی محل اتصال پروتئین همراه با همانندسازی ویروس پیچیدگی برگ(زرد) گوجه فرنگی در دی ان ای بتاستلایت ویروس پیچیدگی برگ پنبه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  سعید تابعین   علی اکبر بهجت نیا

بتاستلایت همراه با ویروس پیچیدگی برگ پنبه ی مولتان پاکستان (clcumb) عامل القای علائم بیماری پیچیدگی برگ در پنبه محسوب می شود. این عامل برای انجام همانندسازی به پروتئین همراه با همانندسازی (رپ) و برای کپسیدپوشی خود به پروتئین پوششی ویروس کمکی وابسته است. گزارشات قبلی نشان می دهند که همانندسازی clcumb به وسیله ی چندین بگوموویروس از جمله جدایه ی ایرانی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (tylcv-[ab]) و حتی برخی از اعضای جنس کورتوویروس حمایت می شود. با این وجود، شواهد مستقیمی مبنی بر کپسیدپوشی clcumb در پروتئین پوششی ویروس های کمکی ارائه نشده است. در مطالعه ی حاضر به منظور روشن شدن این موضوع، سفیدبالک های فاقد ویروس بر روی بوته های گوجه فرنگی مایه زنی شده با همسانه های عفونت زای tylcv-[ab] و clcumb قرار گرفتند تا تغذیه ی گیرش را به مدت 72 ساعت انجام دهند. سپس این سفیدبالک ها بر روی نشاءهای سالم گوجه فرنگی در مرحله ی 3 تا 4 برگی قرار داده شدند. علائم مشخص آلودگی ویروس 30 تا 45 روز پس از مایه زنی در بوته ها آشکار گردید. حضور دی ان-ای ویروس کمکی و بتاستلایت در گیاهان نشان دهنده ی علائم و سفیدبالک های ویروس دار، از طریق واکنش زنجیره ای پلی مراز و لکه گذاری دی ان ای به اثبات رسید که نشان دهنده ی انتقال clcumb توسط ناقل سفیدبالک می باشد. علاوه براین، امکان کپسیدپوشی clcumb در پروتئین پوششی ویروس کمکی در گیاهان آلوده از طریق immunocapture pcr مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل نشان داد که clcumb در پروتئین پوششی tylcv-[ab] کپسیدپوشی می شود. همچنین انتقال بتاستلایت توسط سفیدبالک در حضور ویروس کمکی، دلیل دیگری بر کپسیدپوشی این عامل توسط پروتئین پوششی tylcv-[ab] است. از سوی دیگر برخلاف اختصاصیت شدید رپ در برهمکنش با ژنوم جمینی ویروس ها، clcumb می تواند رپ کد شده توسط جمینی ویرو س های مختلف از جمله جدایه ی استرالیایی ویروس پیچیدگی برگ گوجه فرنگی (tolcv-au) را شناسایی نماید. با این وجود، اطلاعی در مورد چگونگی تکثیر بتاستلایت توسط رپ ویروس-های کمکی موجود نمی باشد. به منظور تشخیص محل های اتصال رپ در clcumb، رپ خالص شده ی tolcv-au در آزمایشات اتصال درون شیشه ای مورد استفاده قرار گرفت. آزمون تغییر حرکت الکتروفورزی مشخص نمود که رپ این ویروس در مقایسه با ژنوم ویروس، با تمایل کمتری به ژنوم کامل بتاستلایت اتصال می یابد و همچنین با تمایل نسبتاً یکسانی به سه قطعه ی دی ان ای بتاستلایت که کل ژنوم را پوشش می دهد اتصال یافت. این نتایج مشخص نمود که بر خلاف ژنوم جمینی-ویروس های کمکی که در آنها رپ به طور اختصاصی به توالی های تکراری محافظت شده ای در مبدأ همانندسازی اتصال می یابد، موتیف های اختصاصی اتصال رپ در ژنوم بتاستلایت وجود ندارد و اتصال رپ در ژنوم این عوامل اختصاصی نیست. با این وجود، آنالیز ژنوم بتاستلایت ها توالی gtcattt و توالی تکراری معکوس aaatgac آن را در بالادست چارچوب خوانش ?c1 مشخص نمود که همراه با ناحیه ی محافظت شده ی ستلایت ممکن است نقش مهمی را در همانندسازی بتاستلایت ایفا نمایند. نتایج این مطالعه تصویر واضح تری از چگونگی همانندسازی بتاستلایت ها توسط جمینی ویروس های مختلف را نشان داد.

ویروس ایرانی پیچیدگی بوته ی چغندرقند: اجرای اصول کخ در میزبان های آزمایشگاهی و بررسی وجود احتمالی ستلایت در آلودگی های طبیعی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1392
  ریحانه سلیمانی نجف آبادی   سید علی اکبر بهجت نیا

در سال های اخیر ویروس ایرانی پیچیدگی بوته ی چغندر (bctiv) به عنوان عامل اصلی بیماری پیچیدگی بوته ی چغندر از ایران گزارش شده است. اگرچه توالی تعدادی از جدایه های این ویروس تعیین گردیده بود اما بیماری زایی ژنوم تک بخشی این ویروس اثبات نشده بود. به همین منظور دی ان ای ژنومی ویروس از چغندرقند دارای علائم پیچیدگی بوته از شهرستان سیوند در استان فارس جداسازی و توالی نوکلئوتیدی آن تعیین شد. طول ژنوم این جدایه ی ویروس که نام bctiv-[siv] برای آن انتخاب شد، 2845 نوکلئوتید می باشد که تحت رس شمار jx082259 در بانک جهانی ژن قرار داده شد. به منظور اجرای اصول کخ برای اثبات بیماری زایی این ویروس همسانه ی عفونت زای 4/1 پار از bctiv-[siv] در ناقل دوتایی pbin19 با نام pbin19-1.4bctiv-siv که حاوی قطعه ی دی ان ای تمام طول ژنوم ویروس و تکرار هم جهت قطعه ی 1021 جفت بازی بین آنزیم های ecori و hindiii از ژنوم ویروس می باشد، ساخته شد. عفونت زا بودن سازه ی حاصل با انتقال آن به سویه ی lba4404 باکتری agrobacterium tumefaciens و مایه زنی گیاهان مختلف امتحان شد. در گیاهان چغندرقند علائم تیپیک بیماری پیچیدگی بوته مشاهده شد و بدین وسیله بیماری زایی دی ان ای همسانه سازی شده ویروس به اثبات رسید. علاوه بر چغندر گیاهان nicotiana benthamiana، arabidopsis thaliana، اسفناج، گوجه فرنگی، فلفل شیرین و داتوره به عنوان میزبان های آزمایشگاهی این ویروس شناسایی شدند. در گیاهان چغندرقند آلوده به bctiv، علاوه بر ژنوم کامل ویروس مولکول های دی ان ای تک لای حلقوی کوچکی شناسایی شدند که دارای خصوصیات منحصربه فردی می باشند. توالی نوکلئوتیدی یکی از این دی ان ای ها تعیین گردید و با نام bctiv sat-dna تحت رس شمار jx082260 در بانک جهانی ژن قرار داده شد. طول این دی ان ای 1315 جفت باز می باشد که هیچ چارچوب خوانش مشخصی را در بر نمی گیرد. بخش هایی از ترادف نوکلئوتیدی ژنوم این دی ان ای حلقوی کوچک (حدود 580 جفت باز) مشابه با بخش هایی از ژنوم bctiv-[siv] می باشد. بیش از نیمی از ژنوم آن دارای ترادف نوکلئوتیدی متفاوت با ژنوم ویروس کمکی است. بخشی از ژنوم آن مشابه ژنوم گیاه چغندرقند می باشد. در مایه زنی هم زمان سازه ی عفونت زای این مولکول دی ان ای حلقوی کوچک با bctiv، این مولکول در گیاهان چغندرقند و n. benthamiana قادر به همانندسازی بود و به نظر می رسد که نوع جدیدی از مولکول های ستلایت باشد که برای همانندسازی در گیاه به پروتئین همراه با همانندسازی ویروس کمکی وابسته است.

تعیین ویژگی های مولکولی و واکنش برخی از ارقام کدوئیان به جدایه بوشهر ویروس موزائیککدو
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1391
  راحله فرزانفر   علیرضا افشاریفر

ویروس موزائیک کدو virus, sqmv) squash mosaic (از نظر اقتصادی در سطح جهانی یکی از ویروس های مهم کدوئیان به شمار می آید. در ایران نیز این ویروس در بسیاری از مناطق کشت کدوئیان وجود دارد. هدف از انجام این تحقیق، تعیین ویژگی های مولکولی و بررسی مقاومت برخی از ارقام کدوئیان در برابر جدایه ی بوشهر این ویروس بود. بدین منظوراز نمونه های خشک کدو آلوده به ویروس موزائیک کدو (موجود در بخش ویروس شناسی گیاهی ) استفاده شد و به منظور تکثیر و نگهداری ویروس در گلخانه ، بافت آلوده به ویروس به صورت مکانیکی به گیاه خیار چنبر مایه زنی شد. از آزمون نشت دو طرفه در ژل آگاروز جهت اطمینان از ویروسی بودن علائم ظاهر شده بر روی گیاه خیار چنبر استفاده شد. ویروس موجود درگیاهان آلوده خالص سازی شد و در بررسی های مولکولی مورد استفاده قرار گرفت. یکی از اهداف این تحقیق، تعیین ترادف کامل ژنوم ویروس بود که با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده انجام شد. محصول آغازگرها همسانه سازی و تعیین ترادف شدند. پس از تجمیع قطعات حاصل از تعیین ترادف، قطعه ای به طول 5818 جفت باز مربوط به رشته اول آر ان ا و همچنین قطعه ای به طول 3280 جفت باز مربوط به رشته دوم آر ان ا به دست آمد. ترادف به دست آمده به پروتئین ترجمه و جایگاه های برش پلی پروتئین تعیین شد. نتایج نشان داد که این جایگاه های برشی در جدایه ی فارس با سایر جدایه های sqmv در جهان یکسان است. آنالیزهای فیلوژنتیکی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینواسیدی ژنوم کامل و هر یک از ژن ها به طور جداگانه نشان داد که جدایه ی بوشهر sqmv بیشترین شباهت را به جدایه ی ژاپن دارد.. با توجه به اهمیت این ویروس در ایران و نبود اطلاعات کافی در مورد آن، انجام مطالعات بیشتری در زمینه های اپیدمیولوژی و کنترل این ویروس در سراسر کشور ضروری به نظر می رسد. بخش دوم این تحقیق شامل بررسی مقاومت ارقام مختلف کدوئیان در برابر ویروس موزائیک کدو بود، به این منظور 45 رقم مختلف از کدوئیان ، از منابع مختلف تهیه و مورد بررسی قرار گرفتند ، پس از کاشت و نگهداری ارقام مختلف در شرایط بهینه گلخانه ای، ویروس موزائیک کدو به طریقه مکانیکی به گیاهان مایه زنی شد. پس از مایه زنی ارقام به مدت 25 روز هر 5 روز یک بار گیاهان از نظر بروز علائم مورد بررسی قرار گرفتند و بر اساس علائم ظاهر شده ، به هر کدام از آنها یک نمره خاص تعلق گرفت و بر اساس فرمول شدت بیماری و رابطه ذوزنقه ، شدت بیماری و سطح زیر منحنی پیشرفت بیماری محاسبه شد. از بین 45 رقم موجود ارقامی که دارای شدت بیماری کمتری بودند انتخاب شدند و مراحل کاشت و نگهداری آنها همانند مرحله اول صورت گرفت و در نهایت با استفاده از روش های آماری مقایسه بین ارقام صورت گرفت. در میان ارقام به کار برده شده رقم خربزه سوسکی دارای بیشترین میزان مقاومت در برابر ویروس موزائیک کدو بود و رقم خربزه مشهدی دارای بیشترین میزان حساسیت در برابر این ویروس شناخته شد. abstract

تأثیر آلودگی به واریانت های ویروئید غده دوکی سیب زمینی بر پروفیل متابولیک گوجه فرنگی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1392
  علی اکبر باقریان   حبیب اله حمزه زرقانی

ویروئیدها کوچکترین عوامل بیمارگر گیاهی شناخته شده اند که دارای آر اِن اِی حلقوی تک لا بوده و بدون داشتن ژنوم رمزگذار، قادرند در میزبان گیاهی خود تکثیر شوند. اخیراً با استفاده از فن آوری ریزآرایه، تأثیر آلودگی ویروئیدی بر بیان ژنوم میزبان مطالعه شد و تصویر کم وضوحی از برهمکنش ویروئید – میزبان فراهم آمد. در مطالعه¬ی کنونی، پروفیل متابولیکی ارقام راتگرز و مانی میکر گوجه فرنگی آلوده به واریانت های ملایم (برای راتگرز) و متوسط و شدید (برای مانی میکر) ویروئید غده دوکی سیب زمینی مشخص و با گیاهان شاهد مقایسه شده است. بدین منظور سه برگچه¬ی انتهایی برگ سوم گیاهان گوجه فرنگی به صورت مکانیکی با سی دی اِن اِی ویروئید غده دوکی سیب زمینی مایه زنی شد و 19 روز بعد، نمونه برداری از برگ هشتم به انجام رسید. متابولیت ها استخراج و به کمک دستگاه gc/ms شناسائی و اندازه گیری شده و مورد تجزیه و تحلیل آماری و نرم افزاری قرار گرفتند. مسیرهای تغییر یافته به کمک نرم افزار pathway tools مشخص و با گزارش¬های منتشر شده¬ی قبلی مقایسه شد. نتایج در مورد رقم حساس راتگرز مایه زنی شده با واریانت ملایم pstvd نشان می دهند که در سطح آماری p?0.2، تعداد 40 متابولیت نسبت به شاهد خود تغییرات معنی داری نشان دادند که نتیجه تغییرات در 14 مسیر متابولیکی در سلول های گیاه بود. مسیرهای تغییر یافته در برگ های گوجه فرنگی آلوده به pstvd شامل این موارد بودند: پنج مسیر مرتبط با ساخت موم و کوتین، چهار مسیر تولید ترکیبات دفاعی، سه مسیر ساخت هورمون، یک مسیر تولید انرژی و یک مسیر تخریب کلروفیل. از سوی دیگر، مایه زنی واریانت متوسط و شدید pstvd در سطح آماری مذکور، به ترتیب منجر به تحریک 79 و 82 متابولیت و مجموعاً 24 مسیر متابولیکی مشترک در رقم مانی میکر گوجه فرنگی شد. تعداد 14 مسیر از این تعداد، مشابه نتایج گزارش شده توسط دیگران بودند. مسیرهای تغییر یافته در این بخش از تحقیق شامل این مسیرها بودند: هشت مسیر مرتبط با ساخت موم و کوتین، هفت مسیر تولید ترکیبات دفاعی، دو مسیر تولید انرژی، چهار مسیر ساخت هورمون، دو مسیر انتقال پیام و یک مسیر بیوسنتز نوکلئوتید. تنها مسیر اضافه ای که در گیاه آلوده به واریانت شدید pstvd تحریک گردید، مسیر بیوسنتز استرول بود که تحریک آن در مطالعات پیشین نیز گزارش گردیده است. با توجه به پیچیدگی پاسخ های گیاه به آلودگی به ویروئید، با استفاده از رویکرد متابولومیکس برهم کنش ویروئید- میزبان بررسی و تغییرات در سطح مسیرهای بیوشیمیائی گیاه مورد بحث قرار گرفته است.

تعیین ویژگی های مولکولی و بیولوژیکی xylella fastidiosa در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1393
  ناصر امانی فر   سید محسن تقوی

چکیده تعیین ویژگی های مولکولی و بیولوژیکی xylella fastidiosa در ایران به وسیله ی: ناصر امانی فر علائم بیماری های ناشی از xylella fastidiosa از سال ها قبل در برخی از مناطق ایران روی درختان میوه و غیر مثمر به ویژه بادام و مو مشاهده شده است. بیماری با علائم برگ سوختگی در بادام از طریق پیوند به بادام رقم مامایی در شرایط گلخانه قابل انتقال بود. آلودگی تعدادی از نمونه های دارای علائم از بادام، مو، پسته، چنار، بلوط، هلو، فندق، آلو، گیلاس و توت به x. fastidiosa با آزمون الیزا به اثبات رسید. از نمونه های بادام، مو و پسته یک باکتری گرم منفی شبیه به x. fastidiosa روی محیط کشت های pw و pd3 جداسازی شد. دی ان ای استخراج شده از دمبرگ بادام، مو و پسته و باکتری های جداشده از آن ها در آزمون پی سی آر با جفت آغازگرهای rst31/rst33، 272-1-int/272-2-int و dixon454fa/dixon1261rg اختصاصی x. fastidiosa قابل تکثیر به اندازه های مورد نظر بود. جدایه های فوق در ارقام توتون علائم برگ سوختگی ایجاد کردند. بیماری زایی جدایه های بادام و مو به ترتیب روی بادام رقم مامایی و مو رقم بی دانه قزوین در شرایط گلخانه به اثبات رسید. تزریق اکسی تتراسایکلین به تنه درختان بادام با علائم برگ سوختگی باعث کاهش علائم و بهبود درخت شد، اما پنی سیلین در این مورد موثر نبود. برخی از ویژگی های بیولوژیکی جدایه های x. fastidiosa از بادام و مو در شرایط گلخانه و باغ بررسی شد. بیماری برگ سوختگی بادام طی 4-3 سال باعث مرگ درختان بادام می شود. در مو نیز زوال و مرگ درختچه ها در برخی مناطق ایران مشاهده شد. باکتری قادر به بقاء در بافت میزبان در شرایط گلدان در مناطق سردسیر نیست، اما در شرایط باغ در بافت ریشه زمستان گذرانی می کند. نوسان جمعیت x. fastidiosa در بادام نشان داد که این باکتری تا اوایل تابستان در بافت برگ قابل ردیابی نیست و بیش ترین غلظت آن در اوایل پاییز است، اما آلودگی نمونه های بافت ریشه در زمستان و بهار با آزمون الیزا اثبات شد. ارزیابی مقاومت 13 رقم بادام به x. fastidiosa نشان داد که تفاوت معنی داری بین ارقام از نظر واکنش به این بیمارگر وجود دارد و ارقام تونو، تومپسون و فرانیس مقاومت نشان دادند. در هیچ یک از ارقام (حساس و مقاوم) باکتری قادر به بقاء و زمستان گذرانی در نهال درون گلدان در شرایط طبیعی نبود. دوره کمون بیماری در شرایط گلخانه در مو (رقم بی دانه قزوین) حدود هفت هفته و در بادام (رقم مامایی) حدود نه هفته تعیین شد. تجزیه شیمیایی 10 عنصر غذایی پر مصرف و کم مصرف برگ بادام و مو با علائم برگ سوختگی و "پیرس" نشان داد که تفاوت معنی داری با نمونه های بدون علائم نداشتند و میزان این عناصر بیشتر از حد بحرانی تعیین شده برای برگ بادام و مو بود. مقایسه توالی نوکلئوتیدی قطعات تکثیرشده دی ان ای جدایه های ایرانی نشان داد که تفاوت هایی بین سویه های تیپ x. fastidiosa از همان میزبان وجود دارد. مایه زنی تقاطعی جدایه های بادام و مو نشان داد که جدایه مو در بادام بیماری زا نیست، اما جدایه بادام در مو علائم خفیف بیماری ایجاد می کند. علاوه بر x. fastidiosa باکتری های سخت رشد دیگری نیز از نمونه های بادام، مو و پسته جداسازی شدند که برخی در توتون علائم برگ سوختگی و کم رشدی ایجاد کردند. برخی از این باکتری ها قبلاً از میزبان های آلوده به x. fastidiosa جداشده اند، و برخی نیز اولین بار است که جداسازی می شوند. توتون رقم وایت بارلی به عنوان گیاه شاخص مناسبی برای بررسی های بیولوژیکی و بیماری زایی x. fastidiosa و دیگر باکتری های جداشده تعیین شد. بر اساس علائم بیماری، انتقال با پیوند، جداسازی باکتری روی محیط کشت، بیماری زایی و واکنش های مثبت الیزا و پی سی آر می توان گفت علائم برگ سوختگی بادام و "پیرس" مو در ایران با x. fastidiosa مرتبط است. ترادف ژن 16s rrna باکتری های جداشده از مو، بادام و پسته با ترادف بعضی سویه های موجود در بانک ژن مقایسه شد. بر این اساس سویه های ایرانی مو و پسته به ترتیب با سویه های آمریکایی مو و بادام هم گروه شدند. سویه بادام نیز با سویه گلابی تایوان هم گروه است. بر اساس ترادف ژن های خانه دار سویه مو به زیر گونه subsp. fastidiosa و سویه بادام به زیر گونه subsp. multiplex تعلق دارد. این اولین گزارش از وجود x. fastidiosa در خاورمیانه و غرب آسیا و اولین گزارش از جداسازی این باکتری از پسته در دنیاست. واژه های کلیدی: بادام، برگ سوختگی، مقاومت، پسته، مو، nicotiana tabacum ، xylella fastidiosa

مقایسه ی مولکولی و بیولوژیکی جدایه های مرکبات، توت و انجیر ویروئید کوتولگی رازک (hop stunt viroid)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1393
  زهرا جهانشاهی   کرامت اله ایزدپناه

این پژوهش با هدف تعیین ویژگی¬های بیولوژیکی و پراکنش جدایه¬های ویروئید کوتولگی رازک (hsvd) و تعیین برخی میزبانان طبیعی این ویروئید انجام شد. نمونه¬های درختی از استان¬های یزد، اصفهان، فارس و تهران برای آلودگی به hsvd مورد بررسی قرار گرفتند. دامنه¬ی میزبانی این ویروئید در شرایط گلخانه از طریق تزریق عصاره¬ی آلوده¬ به گیاهچه¬ها و بررسی نتیجه¬ی مایه¬زنی به روش ترانویسی معکوس تعیین شد. سه جدایه¬ی hsvd از انجیر، توت و مرکبات از لحاظ دامنه¬ی میزبانی و ساختار مولکولی مقایسه شدند. از میان 120 نمونه جمع آوری شده از مناطق و درختان مختلف، تعداد 13 نمونه درختی شامل توت، انجیر، نارنج، به، سیب، زردآلو و هلو آلوده به hsvd بودند. نمونه¬های توت همراه با علائم رگبرگ روشنی، بدشکلی برگ و نقاط روشن در پهنک برگ و نمونه¬های انجیر اغلب بدون علائم بودند. نمونه¬های سیب، به، هلو وزردآلو نیز بدون علائم مشخص بودند. نتیجه¬ی آزمون گلخانه¬ای حاکی از شدت بیشتر علائم در مایه¬زنی جدایه¬ی توت نسبت به انجیر و جدایه¬ی انجیر نسبت به جدایه¬ی مرکبات بود. بررسی ساختمان اولیه و ثانویه¬ی این سه جدایه حاکی از تشابه بیشتر دو جدایه¬ی توت و انجیر و اختلاف بیشتر این دو جدایه با جدایه¬ی مرکبات بود. بیشتر اختلافات این سه جدایه مربوط به نواحی بیماریزایی، متغیر و انتهایی سمت راست می¬باشد که ممکن است دلیل وجود تفاوت در شدت و نوع علائم باشد. کلید واژه¬ها: ویروئید کوتولگی رازک، انجیر، مرکبات، توت

ویژگی های مولکولی و بیولوژیکی عامل بیماری هوانگ لونگ بینگ مرکبات در استان های جنوبی کشور
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1393
  محمد مهدی فقیهی   سید محسن تقوی

بیماری هوانگ لونگ بینگ مرکبات (hlb) بیماری مهم مرکبات در بسیاری از نقاط دنیا می باشد و از ایران نیز گزارش شده است. در این مطالعه شناسایی گونه های عامل بیماری hlb در باغ های مرکبات جنوب ایران، دامنه ی میزبانی علفی فرم آسیایی بیماری، کارآیی روش های مختلف مولکولی در ردیابی عامل بیماری hlb، امکان کشت و تنوع ژنتیکی عامل بیماری hlb بررسی شد. علائم شبیه به بیماری hlb به وفور در باغ های مرکبات جنوب کشور وجود داشت. در مجموع از 271 نمونه ی مرکبات دارای علائم شبیه به بیماری hlb از استان های سیستان و بلوچستان، هرمزگان، کرمان و فارس، تنها در 32 نمونه (8/11%)، باکتری همراه با فرم آسیایی بیماری ( ca. l. asiaticus ) با آزمون pcr ردیابی شد. در ایران، برای اولین بار وقوع بیماری hlb در شرایط طبیعی روی درختان لیموترش گزارش می شود. ردیابی مولکولی عامل بیماری با آغازگرهای اختصاصی نشان داد که تنها گونه ی ca. l. asiaticus در ایران وجود دارد. در هیچ یک از 24 گونه گیاه علفی و بوته ای جمع آوری شده، با آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، باکتری ca. l. asiaticus ردیابی نشد. روش real-time pcr با توانایی بالا در ردیابی عامل بیماری در مقادیر بسیار اندک dna حساس ترین روش برای تشخیص و ردیابی ca. l. asiaticus می باشد. در مطالعه ی تنوع ژنتیکی جدایه های ca. l. asiaticus، درخت های تبارزایی به دست آمده براساس ترادف های ژن 16s rrna ناحیه ی بین ژنی 16s/23s rrna، قسمتی از ژن های اپرون بتا و omp تنها قادر بودند گونه های مختلف لیبریباکتر را از یکدیگر تفکیک کنند ولی نتوانستند تنوع را بین جدایه های ca. l. asiaticus حتی از مناطق جغرافیایی مختلف نشان دهند، در صورتی که نشانگرهای ssr به خوبی تنوع ژنتیکی را بین و داخل جمعیت های ca. l. asiaticus نشان دادند.

functional study of p0 proteins of two cereal yellow dwarf viruses (cydv-rpv and cydv-rps) and identification of their cellular partner
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1393
  رضا الماسی   علیرضا افشاری فر

نقش سرکوبگری پروتئین p0 در دو پولروویروس کوتولگی زردی غلات cydv-rpv) و (cydv-rps، متفاوت در شدت بیماریزایی، مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که هر دو پروتئین p0 p0cy-rpv) و (p0cy-rps قادر به سرکوب خاموشی آر ان ای ایجاد شده توسط ترادف های تراژن سنس و تکرار معکوس در n. benthamiana هستند. نشان داده شد که هر دو پروتئین p0 می توانند تخریب پروتئین argonaute-1 را تسهیل کنند. علاوه بر این، تمایل متفاوت در هم کنش هر دو p0 با پروتئین ask2، به عنوان بخشی از کمپلکس e3 یوبیکوتین لیگاز، در سلول های مخمر نشان داده شد. در نهایت تفاوت در محل استقرار دو پروتئین در سلول های گیاه نشان داده شد.

موقعیت فیلوژنتیکی phytophthora erythroseptica و ارتباط آن با دودمان های p. cryptogea
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده کشاورزی 1394
  بنفشه صفایی فراهانی   رضا مستوفی زاده قلمفرسا

در این مطالعه، روابط فیلوژنتیکی این گونه ها با استفاده از توالی سنجی نواحی هسته ای (فاصله ی ترانویسی شده ی داخلی، بتاتوبولین، پروتئین شوک حرارتی 90 و الیسیتین) و میتوکندریایی (زیرواحد یک سیتوکروم سی اکسیداز و زیرواحد یک اِن اِی-دی اِچ دهیدروژناز) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این پژوهش نشان داد که در تمامی درخت های فیلوژنتیکی رسم شده بر اساس توالی نواحی هسته ای و میتوکندریایی و درخت های برآیند نواحی هسته ای و میتوکندریایی، سه دودمان مجزا در p. cryptogea وجود دارد. واگرایی مولکولی مشاهده شده بین این دودمان ها به اندازه ای بود که بتوان آن ها را به عنوان گونه هایی مجزا توصیف کرد. علیرغم وجود برخی تفاوت های ریخت شناختی و فیزیولوژیکی در میان آرایه های فوق، این تفاوت ها برای شناسایی آرایه ها از یک دیگر چندان قابل اعتماد نبود. علاوه بر این، در تمامی درخت های فیلوژنتیکی رسم شده (به استثنای درخت رسم شده بر اساس توالی ژن الیسیتین) جدایه های p. erythroseptica در تباری مجزا و تک نیا با ارزش پشتیبانی بالا قرار گرفتند. این تبار جد مشترکی با p. cryptogea sensu stricto داشت اما به طور مشخص از p. cryptogea مجزا بود. بنابراین نتایج این پژوهش موقعیت p. erythroseptica را به عنوان گونه ای مجزا و خویشاوند نزدیک گونه ی مرکب p. cryptogea تأیید می کند. بررسی دامنه ی میزبانی p. cryptogea sensu stricto، p. sp. pseudocryptogea، p. sp. kelmania ، p. erythroseptica و هفت گروه دورگ شناسایی شده در این پژوهش با استفاده از 12 گونه ی گیاهی نشان داد تمامی آرایه ها قادر به ایجاد آلودگی در هندوانه (citrullus vulgaris) و بادمجان (solanum melongena) هستند اگرچه توانایی آن ها در ایجاد آلودگی در خربزه (cucumis melo)، خیار سبز (cucumis sativus) و گوجه فرنگی (lycopersicum esculentum) با یک دیگر تفاوت داشت. علاوه بر این، تمامی جدایه های بررسی شده در این پژوهش قادر به ایجاد پوسیدگی صورتی در غده های سیب زمینی بودند.