دلایل حقوقی ارجاع پرونده هسته ای ایران از آژانس بین المللی انرژی اتمی به شورای امنیت بر موارد ذیل مبتنی است: 1) اساسنامه آژانس ، 2)معاهده npt، 3)قرارداد پادمان هسته ای جمهوری اسلامی ایران با آژانس و 4)پروتکل الحاقی. نظر به این که طبق بند1 ماده 1 قرارداد منعقد شده بین سازمان ملل متحد و آژانس بین المللی انرژی اتمی، آژانس یک موسسه ی تحت نظر سازمان است، نه یک موسسه ی تخصصی و تنها در صورت لزوم، شورای امنیت را به عنوان رکنی که مسولیت حفظ صلح وامنیت بین المللی را بر عهده دارد، در جریان اقدامات ونحوه ی فعالیت خود قرارمی دهد و طبق ماده ی 2و 3 اساسنامه ی آژانس که به ذکر«اهداف» و«وظایف » محوله به آژانس می پردازد و مقدمه ی معاهده یnpt،بند اول ماده ی 3 وماده 4npt ومواد 8،42،36و37 پادمان جمهوری اسلامی با آژانس (infcirc/214) ،جمهوری اسلامی ایران قبل از امضاء پروتکل الحاقی وتحت پادمان 214 از این حق برخوردار بوده که برخی از فعالیت ها ی هسته ای خود را از پادمان معاف نماید لذا اشاره گزارش دبیر کل و قطعنامه شورای حکام بر برخی ابهامات در فعالیت های هسته ای ایران که ناشی از اجرای مفاد پادمان 214 توسط ج.ا. ایران می باشد در حالی است که جمهوری اسلامی ایران هنوز پروتکل الحاقی را امضاء نکرده بوده وبر اساس پادمان 214 عمل نموده است بنابراین استنادات شورای حکام در این جهت هم بار حقوقی نخواهد داشت . همچنین بر اساس ماده ی 42 پادمان ،جمهوری اسلامی ایران بایستی 180 روز قبل از ورود مواد هسته ای به تأسیسات ، اطلاعات طراحی مربوط به تأسیسات را اعلام نماید،لذا آن چه در گزارش مدیر کل و قطعنامه شورای حکام اشاره گردیده؛ مبنی بر عدم ارائه اطلاعات طراحی به آژانس؛ موید آن است که ایران هنوز هیچ نوع مواد هسته ای را به این تأسیسات وارد نکرده که بخواهد تخلف از اجرای پادمان محسوب گردیده و در گزارش مدیر کل و قطعنامه شورای حکام محکوم گردد؛لذا ارجاع پرونده ی هسته ای ایران از آژانس بین المللی انرژی اتمی به شورای امنیت از وجاهت قانونی وحقوقی برخوردار نخواهد بود.