نام پژوهشگر: محمدمهدی حیدری

ساخت الکترودهای اصلاح شده با نانو ذرات طلا جهت بررسی رفتار الکتروشیمیایی dna هضم‎شده با آنزیم و اندازه گیری مواد بیولوژیکی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد - دانشکده علوم 1391
  رویا احمدی   محمد مظلوم اردکانی

از آنجا که جهش‎ها عامل بیماری‎های ژنتیکی می‎باشند، شناسایی دقیق و سریع آن‎ها در درمان بیماری اهمیت بسیار دارند. در این تحقیق سعی شده است از حسگرهای الکتروشیمیایی (نوترال‎رد و متیلن‎بلو) در تشخیص جهش‎های ژنتیکی استفاده شود. در روش‎های الکتروشیمی اصلاح الکترود عامل بسیار مهمی است. اصلاح الکترود با استفاده از نانو ذرات فلزی روش مفیدی است که باعث افزایش سطح و حساسیت و انتخاب‎پذیری الکترود می‎شود. هدف این تحقیق به دست آوردن روش مناسبی برای هیبریداسیون dna و برش آن از طریق روش هضم آنزیمی مجموعه‎ی پروب- الیگونوکلئوتید مکمل با آنزیم محدودگر از طریق روش‎های الکتروشیمی می‎باشد. امید است نتایج این تحقیق در کلینیک‎های تخصصی و بیمارستان‎ها و مراکز تشخیص طبی مفید واقع شود. الکترود‎های جامد مانند طلا، پلاتین و کربن، به‎دلیل داشتن خواص برجسته‎ای نظیر بازه وسیع پتانسیل الکتروشیمیایی، جریان زمینه کم و شیمی سطح شناخته‎شده به‎طور گسترده‎ای در تجزیه کمی الکتروشیمیایی مورد استفاده قرار گرفته‎اند. از آنجایی که پاسخ این الکترودها به شدت تابع حالت سطح الکترود می‎باشد، اصلاح خواص سطح با در نظر گرفتن کاربرد و خواص آن به‎طور ویژه مورد توجه محققین قرار گرفته است. در بین روش‎های اصلاح سطح، اصلاح سطح الکترودهای کربن‎شیشه‎ای با نانوذرات طلا و تک‎لایه خودآرا از اهمیت خاصی برخوردارند. در این کار تحقیقاتی الکترود کربن‎شیشه‎ای با استفاده از نانوذرات طلا و تک‎لایه خودآرای 2-(3و4-دی‎هیدروکسی‎فنیل)آزو-2-تیوفنول اصلاح گردیده و رفتار الکتروشیمیایی آن‎ها با استفاده از تکنیک‎های ولتامتری بررسی گردیده است. همچنین برخی پارامترهای مهم مربوط به الکترود مانند ثابت سرعت انتقال بار ظاهری (s-10/3) و ضریب انتقال (34/0) برای این الکترود محاسبه شد. در ادامه از این الکترود اصلاح‎شده برای الکتروکاتالیز و اندازه‎گیری کمی ایزوپرینالین استفاده شده است. برای این گونه نیز برخی پارامترهای مهم تجریه‎ای مانند ضریب انتقال (49/0)، ثابت سرعت کاتالیزی ( m-1 s-145/373)، ضریب انتشار (cm2 s-1 6-10×17/2)، دامنه‎ی خطی غلظت (0/1 تا m? 0/1500) و حد تشخیص (m?49/0) توسط تکنیک‎های الکتروشیمیایی محاسبه گردید.

بررسی جهش های ژن nd4l میتوکندریایی در بیماران نابارور ایرانی مبتلا به واریکوسل
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد - دانشکده علوم پایه 1392
  طاهره دیانت   مهری خاتمی

مقدمه: واریکوسل یکی از دلایل عمده ناباروری در مردان، و مرتبط با اختلال در مایع منی می باشد. جهش-های dna میتوکندری در بیماران مبتلا به مشکلات ناباروری شناخته شده است. این جهش ها، در نهایت تولید atp را تحت تاثیر قرار می دهند، که متعاقبا منجر به اختلال در تمایز و کاهش روند اسپرماتوژنز می-گردد، و بنابراین می تواند منجر به ناباروری شود. اهداف: از آنجایی که کمپلکس 1 میتوکندریایی یکی از مهمترین کمپلکس ها در زنجیره تنفسی می باشد، همچنین به دلیل نقش اصلی آن درکاهش ros (گونه های آزاد اکسیژن که منجر به استرس اکسیداتیو می شوند)، ما به بررسی جهش ها در ژن های زیر واحدهای کمپلکس 1 میتوکندریایی مانند nd3، nd4l و همچنین trnaarg در بیماران نابارور ایرانی مبتلا به واریکوسل پرداختیم. مواد و روش ها: pcr-sscp و تعیین توالی dna برای بررسی جهش های ژن های میتوکندریایی در 72 بیمار نابارور مبتلا به واریکوسل و 54 مرد بارور بعنوان کنترل انجام شد. نمونه های dna با یک الگوی باندی متفاوت در sscp، برای جستجوی جهش ها تعیین توالی شدند. نتایج: ما برای اولین بار در بیماران نابارور، یک پلی مورفیسم هموپلاسمی هم معنی در ژن nd4l میتوکندریایی (m.10550a>g) در 12 بیمار، و یک جهش هموپلاسمی نقطه ای دیگر در ژن trnaarg میتوکندریایی (m.10463t>c) در ساقه پذیرنده آمینوآسیل در 7 بیمار، مشاهده کردیم. این جهش ها در نوکلئوتیدهای حفاظت شده از نظر تکاملی در این دو ژن روی می دهد. بحث و نتیجه گیری: افزایش سطح ros می تواند باعث جهش های mtdna شود، و همچنین به این دلیل که تولید ros در ناباروی افزایش می یابد، بنابراین می توان نتیجه گرفت که این جهش ها باعث ناپایداری ژنوم میتوکندریایی می شود. علاوه براین، حدود 70% از جهش های بیماری زا در ساقه های ساختار برگ شبدر trna روی می دهد. همچنین، اختلال در پیوندهای هیدروژنی، یک ویژگی مهم جهش های پاتوژن واقع در ساختارهای ساقه می باشد که می تواند ساختار دوم trnaarg را تحت تاثیر قرار دهد. بنابراین، trnaarg دارای جهش، و افزایش ناپایداری ژنوم که در نتیجه جهش های ژن nd4l میتوکندریایی رخ می دهد، ممکن است مسئول نقص در شکل گیری اسپرماتوزوآ بالغ و مشکلات ناباروری شود..

شناسایی جهش های trnaهای مربوط به اسیدآمینه های تریپتوفان، آلانین، آسپاراژین، سیستئین، تیروزین، آسپارتیک اسید و لیزین در ژنوم میتوکندری بیماران مبتلا به آترواسکلروزیس مراجعه کننده به بیمارستان افشار یزد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد - دانشکده علوم پایه 1392
  محبوبه درخشانی   محمدمهدی حیدری

مقدمه: آترواسکلروز، دلیل اولیه بیماری های قلبی عروقی، بیماری است که بر عروق بزرگ و متوسط درون بدن اثر می گذارد و دربرگیرنده سلول ها و ارگان های متعدد و شماری فرایند فیزیولوژیکی است. جهش های trna میتوکندری در ارتباط با بیماری های متنوعی گزارش شده است. هدف این بررسی شناسایی جهش های ژن های میتوکندریایی trnaهای تریپتوفان، آلانین، آسپارتیک اسید، آسپاراژین، سیستئین، لیزین و تیروزین در بیماران ایرانی مبتلا به آترواسکلروز بود. روش: در این مطالعه ژن های trna در 70 بیمار مورد بررسی قرار گرفت. dna از لنفوسیت های خون محیطی استخراج شد و قطعه های مورد نظر با pcr تکثیر گردید. سپس، غربالگری جهش ها با تکنیک sscp مورد بررسی قرار گرفت و نمونه های مثبت جهت تعیین توالی ارسال گردید. نتایج: برای اولین بار، یک جهش هموپلاسمی جدید در trna تریپتوفان در موقعیت 5568a>g در 1 فرد بیمار، جهش هموپلاسمی جدید در trna آسپاراژین در موقعیت 5711t>c در 4 فرد بیمار و همچنین یک جهش هتروپلاسمی جدید در trna آسپاراژین در موقعیت 5725t>g در 3 فرد بیمار گزارش شد. بحث: بررسی های بیوانفورماتیکی مشخص کرده که جهش در ژن های trna میتوکندری باعث تغییر در سطح پایداری و ساختار trna می شود. با فهم ارتباط بین جهش های trna میتوکندریایی و پاتوژنز بیماری های قلبی عروقی میتوان استراتژی های درمانی مناسب را به کار گرفت.

بررسی تنوع ژنتیکی ژن های tert و clptm1l و ارتباط آن ها با افزایش ریسک ابتلا به سرطان ریه در بیماران ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد - دانشکده علوم 1393
  عاطفه انصارین   محمد مشتاقیون

سرطان ریه از اصلیترین دلایل مرگ بر اثر سرطان در جهان است. با وجود پیشرفتهای پزشکی، سرطان ریه در مراحل نهایی تشخیص داده میشود. بنابراین فهمیدن منشأ مولکولی و روند تکاملی بیماری میتواند به پیشآگهی، پیشگیری و درمان بیماری کمک کند. مطالعات پیشین نشان دادهاند که صدها ژن در سرطان ریه دخالت دارند. یکی از نواحی بسیار مهم کروموزومی که اخیراً مورد توجه قرار گرفته است 5p15.33 میباشد. این ناحیه در سرطان ریه دچار تغییر میشود پس پلیمرفیسمهای خاص آن می تواند در استعداد ابتلا به سرطان ریه موثر باشد. دو ژن شناخته شده در این ناحیه tert: ترانسکریپتاز معکوس تلومراز و clptm1l : پروتئین شبیه پروتئین ترانس ممبران شکاف لب و کام نوع 1 میباشد. در این مطالعه 266 بیمار مبتلا به سرطان ریه و 250 فرد سالم کنترل مورد بررسی قرار گرفتند. dna از خون توسط روش salting out استخراج و سپس تکنیک pcr-rflp و pcr-sscp انجام شد. در ژن tert فراوانیهای ژنوتیپی cc، ct و tt در بیماران به ترتیب برابر 8/33%، 1/48% و 1/18% و در افراد سالم به ترتیب برابر با 6/47%، 8/42% و 6/9% میباشد. در ژن clptm1l فراوانیهای ژنوتیپی cc، ct و tt در افراد بیمار به ترتیب برابر 2/56%، 5/37% و 17% و در افراد سالم به ترتیب برابر 9/40%، 0/46% و 9/12% به دست آمد. نتایج بررسی¬ها نشان داد که چه در بیماران هموزیگوت و چه در بیماران هتروزیگوت الل t در ناحیه¬ی tert-rs2736098 با ابتلا به سرطان ریه نوع آدنوکارسینوما و سرطان ریه با سلول کوچک همبستگی شدیدی دارد. از طرف دیگر وجود الل t در ناحیهی clptm1l-rs40168 احتمالا منجر به یک نقش حفاظتی در برابر سرطان ریه میشود در حالی که وجود الل c در این جایگاه احتمالا باعث افزایش خطر ابتلا به سرطان ریه به خصوص نوع آدنوکارسینوما می¬شود.

شبیه سازی آبخوان دشت چمچمال و بررسی سناریوهای مدیریتی با استفاده از مدل gms
پایان نامه دانشگاه رازی - کرمانشاه - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1393
  مهدی رضائی   محمدمهدی حیدری

استفاده از مدل سازی یکی از روش های غیرمستقیم مطالعه منابع آب زیرزمینی است که با توجه به کارآیی بالا و هزینه کمتر نسبت به روش های دیگر، امروزه بسیار مورد توجه قرار گرفته است. در این تحقیق مدل جریان آب زیرزمینی دشت چمچمال به وسعت 195 کیلومترمربع واقع در شرق کرمانشاه بسط و توسعه داده شد. درک کمی جریان آب های زیرزمینی و بررسی سناریوهای مختلف مدیریتی اهداف اصلی تهیه مدل آب های زیرزمینی دشت چمچمال می باشد. پس از انتخاب الگوریتم و بسته نرم افزاری مناسب (gms) اقدام به تهیه مدل مفهومی گردید. در این مطالعه برای شبیه سازی جریان آب زیرزمینی آبخوان چمچال برای حالت ماندگار و غیرماندگار از نرم افزار gms6.5 استفاده شد. برای توسعه مدل، منطقه موردمطالعه به شبکه های منظم تقسیم بندی شد و شرایط اولیه و شرایط مرزی تعیین و بر مدل اعمال گردید.

بررسی تغییرات نوکلئوتیدی اگزون4 و 5 ژن kind1 در دو خانواده ایرانی مبتلا به سندرم کیندلر
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد - دانشکده علوم 1394
  حسن حسین زاده   محمدمهدی حیدری

سندرم کیندلر نوعی اختلال وراثتی اتوزومال مغلوب است که با ویژگی هایی چون تاول های پوستی در زمان نوزادی، حساسیت به نور آفتاب، چروکیدگی پوست و پوئی کیلودرمای منتشره و پیش رونده شناخته می شود. دیگر ویژگی های این سندرم شامل چروکیدگی و آتروفی لثه، دندان های ضعیف و نارس، درگیری مخاط به صورت تنگی مجاری پیش آبراه، مری و مقعد می باشد. این ناهنجاری در نتیجه جهش های عدم عملکرد در ژن kind1 ایجاد می شود. این ژن دارای 15 اگزون می باشد که دو نوع ایزوفرم کیندلین-1 را کد می‏کند. این پروتئین علاوه بر بیان گسترده در کراتینوسیت ها، در قسمت بازال سلول‏های اپیتلیال کولون نیز بیان می‏شود. این سلول‏ها دو ایزوفرم کیندلین-1 را بیان می‏کنند. پروتئین کیندلین-1 با طول معمول (kda 74) و ایزوفرم کوتاه تر (kda 43) که از ترجمه اگزون های 2-7 ایجاد می شود. افراد مبتلا به سندرم کیندلر گاهی ناهنجاری سیستم گوارشی را نیز بروز می دهند. بررسی‏های ژنوتیپی و فنوتیپی این بیماران نشان داده که احتمالاً جهش در اگزون‏های 2-7 کد کننده ایزوفرم کوتاه‏تر، عامل ناهنجاری‏های گوارشی است. بیماران مورد مطالعه در این تحقیق علاوه بر ناهنجاری های پوستی، از اختلالات گوارشی شدید نیز رنج می برند. مطالعات آزمایشگاهی بر روی بیماران، برای بررسی جهش در ژن kind1 با استفاده از روش های sscp و تعیین توالی اگزون 4 و 5 و نواحی اینترونی اطراف آنها انجام شد. در این تحقیق 14 بیمار مورد مطالعه قرار گرفتند که 12 نفر خویشاوند هستند (6 نفر بیمار و 6 نفر بدون علامت) و 2 نفر بیمار غیرخویشاوند می باشند. همچنین 25 فرد سالم و بدون سابقه فامیلی از این بیماری به عنوان کنترل، انتخاب شدند. نتیجه مطالعات حاضر، مشاهده دو جهش c.1321+9a>g و c.1321+35g>a در ابتدای اینترون 4 و یک جهش c.1465g>a در اگزون 5 می باشد. این تغییرات نوکلئوتیدی تاکنون در بانک های اطلاعاتی گزارش نشده اند. احتمالاً جهش های اینترون 4 در انسان باعث ایجاد اختلال در پیرایش صحیح ژن و در نتیجه تولید پروتئین ناقص می شوند، اما نتیجه گیری نهایی منوط به مطالعات بیشتر است، ولی جهش اگزون 5 یک جهش بی معنی بوده و باعث تبدیل کدون cag (کدکننده آمینواسید گلوتامین) به کدون ختم اَمبر (tag در dna و uag در rna) شده و بدین ترتیب باعث تولید پروتئین ناقص و ناکارآمد می‏شود.

بررسی اثر آنتی اکسیدانی آب انار در مهار شکست dna توسط واکنش فنتون القا شده با آهن (ii)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یزد - دانشکده علوم پایه 1394
  خدیجه آقایی فیروزآباد   محمدمهدی حیدری

شکست dna یک از عوامل جهش می باشد که منجر به بیماریهای ژنتیکی از جمله سرطان می شود. شکست و ایجاد جهش در dna توسط بسیاری از عوامل جهش زا از جمله اکسیدان ها صورت میگیرد. مهار اکسیدان ها در مجاورت dna و درون سلول مانع از ایجاد جهش در dna و آسیب به سایر اجزاء سلولی می شود. مصرف آنتی اکسیدان ها در تغذیه روزانه مانع از عملکرد اکسیدان ها در بدن می شود بنابراین جهش و شکست در dna با مصرف آنتی اکسیدان ها کاهش می یابد. آب انار سرشار از انتی اکسیدان ها است. در مطالعه ی حاضر از آب انار برای مهار آسیب اکسیداتیو و شکست dna توسط رادیکال هیدروکسیل آزاد شده توسط واکنش فنتون استفاده شد.

بررسی ارتباط بین گسترش تکرار gaa در ژن frda با تغییرات ژنتیکی و بیوشیمیایی کمپلکس i زنجیره تنفسی میتوکندریایی در بیماران فردریش آتاکسیا (fa)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  محمدمهدی حیدری   شهریار نفیسی

چکیده ندارد.