دارای 945 کیلومتر مرز مشترک می باشند. در طول خط مرزی و در دوسوی ایران از جنوب به شمال، استان های سیستان و بلوچستان ،خراسان جنوبی و رضوی ،در دوسوی افغانستان ولایت های هلمند،نیمروز،فراه و هرات با یکدیگر همسایگی پیدا می کنند. وضعیت طبیعی و انسانی مناطق مرز ایران و افغانستان مسأله کنترل آن را دشوار می کند. این مرز در بین مرزهای ایران در دو دهه گذشته، بیشترین ارتباطات و تعاملات غیرقانونی را داشته و ایران تا کنون آسیبهای زیادی از آن دیده است. بی ثباتی موجود در افغانستان که دست کم در سه دهه ی گذشته وجود داشته و با وجود تشکیل دولت جدید و حضور نظامیان امریکایی و نیروهای ناتو در آن کشور، هنوز هم شاهد آن هستیم، به صورت های مختلف امنیت مرزی ایران را تحت تاثیر قرار می دهد.در دوسوی مرزهای مشترک ایران و افغانستان ،مسائل متعدد امنیتی مطرح می باشد.تمرکز قومیت تاجیک با مذهب تشیع و قوم بلوچ با مذهب اهل سنت در مرزها برای ایران و افغانستان نگرانی های امنیتی به همراه داشته است.رود مرزی هیرمند،تولید مواد مخدر و ترانزیت آن ومهاجرت افغانها به ایران نیز مسائل امنیتی خاص خود را در این مرز دارا می باشند. سوال اصلی در این پایان نامه این است که مسائل امنیتی مشترک در مرزهای ایران و افغانستان کدام می باشد و چه راهکارهایی برای بهبود وضعیت امنیتی مرز دو کشور به نظر می رسد؟بر طبق فرضیه این پایان نامه ،اختلافات ارضی ،مواد مخدر،رود هیرمند ،مواد مخدر و قومیت های در دوسوی مرزها از مهم ترین این مسائل می باشند که مساله ی تنش در مرزهای بین دو کشور با علامتگذاری مرزها به همان شکل اولیه و ایجاد بازار مشترک بهبود خواهد یافت،حل مساله مواد مخدر بستگی به همکاری در سه سطح ملی ،منطقه ای و بین المللی دارد،پیگیری هر چه دقیقتر موافقتنامه ی های دو کشور درمورد هیرمند به حل مساله ی آب کمک می کند،مشکل امنیتی اقوام وابسته به نحوه ی اسکان اقوام در دوسوی مرزها می باشد واخراج مهاجرین از ایران منوط به انجام سه کارکرد حقوقی ، سیاسی و تبلیغی است . روش تحقیق در این پایان نامه به صورت توصیفی_تحلیلی می باشد که پس از تحلیل هرکدام از این مسائل امنیتی،پیشنهاداتی که برای بهبود وضعیت امنیتی به نظر می رسد نیز ارائه می شود.