دخالت بشر در قلمرو محیط زیست وتخریب این منابع خدادادی موجب به خطر افتادن اغلب اکوسیستم های طبیعی شده است. زیستگاههای طبیعی قوچ و میش وحشی در ایران یکی از این اکو سیستمها است که حفظ و نگهداری آنها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. استفاده از تکنیک های دقیق مولکولی ابزاری مهم جهت کمک به مدیریت حفاظت محیط زیست می باشد. استفاده از بارکدینگ dna و تشخیص مولکولی، امکان قضاوت از روی بقایای بیولوژیک و آثار باقی مانده از حیوان(خون، پوست، مو، سرگین و...)، را با دقت بالا امکان پذیر می سازد. بااستفاده از mtdna به علت تغییرات ژنومی کمتر در طول زمان و تکثیر ناحیه سیتوکروم b و استفاده از ژل آگارز و درنهایت استفاده از تکنیک pcr-rflp و آنزیم bshni تشخیص گونه گوسفند از سایر گونه ها و همچنین گوسفند اهلی از گوسفندان وحشی ایران انجام شد. با استفاده از ژن sry تشخیص جنسیت صورت گرفت و پس از توالی یابی ناحیه سیتوکروم b گوسفندان اهلی و وحشی و استفاده از شش جایگاه در نوکلئوتیدهای شماره 81 ، 280، 199،420 ،522 و699 محاسبه ی تنوع ژنتیکی بین زیرگونه ها و سایر شاخص های مربوطه انجام شد و در نهایت درخت فیلوژنی گوسفندان اهلی و وحشی ترسیم شد. باتکثیر نواحی فوق توسط پرایمرهای اختصاصی ناحیه سیتوکروم b تشخیص گوسفند از سایر گونه ها حاصل شد. همچنین با هضم آنزیمی در گونه گوسفند زیر گونه وحشی با ایجاد دو باند 228 و301 جفت بازی از زیر گونه اهلی که محصولات pcr (bp529) آن با آنزیم برش داده نشد، تشخیص داده شد. با استفاده از پرایمرهای مربوط به تعیین جنسیت، امکان تشخیص همزمان گونه و جنسیت در یک واکنش pcr به صورت multiplex pcr فراهم گردید. در ترسیم درخت فیلوژنی گوسفندهای وحشی و اهلی در یک شاخه قرارگرفتند. اما گوسفندهای اهلی و وحشی در زیر شاخه ها، ازهمدیگر جدا شدند. همچنین الگوی درخت فیلوژنی نشانگر الگوی پراکنش جغرافیایی زیرگونه ها بود. توسط این تکنیک می توان گونه ها را از همدیگر تشخیص داد و از نتایج آن در بخش های مختلف اعم از محیط زیست، دامپزشکی و مراکز تحقیقاتی استفاده کرد.