هلیکوباکترپیلوری در معده انسان کلنیزه شده و برای دهه های متمادی باقی می ماند. پراکندگی های باکتریایی می تواند مهاجرت های انسانی قدیمی و اخیر را آشکار کند. در این مطالعه تیپ بندی سویه های هلیکوباکترپیلوری از 147 ایرانی در سراسر ایران که خاستگاه قومی- جغرافیایی برای آن ها به خوبی مشخص شده بود، با استفاده از روشmulti-locus sequence typing انجام شده و برای هر سویه الگوی هاپلوتایپی تعریف شد. سپس توالی های ژن های مرکزی سویه های ایرانی با توالی های بدست آمده از سویه های دیگر در نقاط مختلف جهان مقایسه شد. سویه های هلیکوباکترپیلوری از جمعیت ایرانی مشابه سویه های جدا شده از جمعیت اروپا- آسیایی غربی بود و از این رو می تواند در درون جمعیت hpeurope که قبلا توصیف شده واقع شود. علی رغم موقعیت جغرافیایی ایران که در تقاطع اروپا- آسیا واقع شده، در این مطالعه مدرکی که ایران به عنوان منبع عمده نیایی برای سویه ها در قاره اروپا- آسیا باشد، یافت نشد. در مقیاس کوچکتر، خویشاوندی ژنتیکی نزدیک مابین سویه های هلیکوباکترپیلوری جدا شده از گروه های قومی ایرانی اختصاصی و سویه های مشابه به لحاظ قومی یا جغرافیایی در کشورهای همسایه مشاهده شد. براین اساس وضعیت هلیکوباکترپیلوری در ایران به شدت تحت تاثیر مبادله ژنتیکی با کشورهای همسایه بوده و تمایز قومی- جغرافیایی سویه ها در درون کشور به خوبی حفظ شده است. این یافته ها برخلاف آنالیزهای قبلی بر اساس mtdna و کروموزوم y انسانی می باشد که علی رغم تعداد نمونه بالا و تعداد بیشتر مکان های جغرافیایی همسایه نمونه برداری شده، نتوانستند ارتباط های واضح مشابهی را نشان دهند. قدرت تفکیک بالاتر هلیکوباکترپیلوری برای تشخیص الگوهای منطقه ای، از جمله الگوهای اخیر حرکت جمعیتی، نتیجه انتقال آهسته باکترهای بین گروه های قومی و سرعت بالای تکامل توالی های آن در مقایسه با dna انسانی می باشد.

سلولازها گروهی از آنزیم های گلیکوزیل هیدرولازند که پیوندهای – 1,4 ? سلولز را هیدرولیز می کنند و به سه دسته کلی اندوگلوکانازها، اگزوگلوکانازها و ?-گلوکوزیدها تقسیم می شوند. اندوگلوکانازها پیوندهای بتاگلوکوزیدی را به طور اتفاقی در نواحی داخلی زنجیره سلولز قطع نموده و تولید قطعات کوتاه الیگوساکاریدی می کنند. سویه های باسیلوس توانایی تولید انواعی از آنزیم های خارج سلولی هیدرولیتیک و مهم از لحاظ صنعتی ازقبیل سلولازها را دارا هستند. انواع مختلفی از اندوگلوکانازهای گونه های باسیلوس، شناسایی و کلون شده اند؛ که علاوه بر کاربردهای بیوتکنولوژیکی، از نظر اقتصادی نیز در صنعت کاربرد وسیعی پیدا کرده اند. در این تحقیق، باکتری bacillus sp.z14 رادر اختیار داشتیم که قادر به تولید یک کربوکسی متیل سلولاز با پایداری حرارتی قابل ملاحظه بود. این آنزیم توسط ستون کروماتوگراقی تعویض یونی deae-sepharose تخلیص گردید. وزن مولکولی آنزیم خالص با استفاده از sds-page و زایموگرافی kda25/71 تخمین زده شد. پارامترهای کینتیکی km و vmax با استفاده از نمودار لینویور-برگ برای آنزیم خالص به ترتیب برابر با mg/ml 54/4 و µmol/min/mg 125 تعیین گردید. بر اساس توالی ژن 16s rdna، سویه باکتری تولید کننده آنزیم، به صورت bacillus pumilus مشخص شد. ژن کد کننده آنزیم سلولاز این باکتری همراه با نواحی بالادست و پایین دست آن، در داخل وکتور ptg19-t کلون گردید. نتایج حاصل از تعیین توالی نشان داد که ناحیه orf این ژن شامل 1980 نوکلئوتید می باشد که پروتئینی با 616 آمینواسید را کد می کند. این پروتئین تشابه بالایی با سلولازهای سایر باکتری های b.pumilus نشان می دهد و از یک دومن کاتالیتیک از خانواده 9 گلیکوزیل هیدرولازها و یک دومن متصل شونده به سلولز از نوع 3 تشکیل شده است. از آن جایی که این آنزیم توانایی هیدرولیز سوبستراهای طبیعی از قبیل کاه و سبوس گندم را دارد، می تواند در خوراک دام و تجزیه مواد لیگنوسلولزی تیمارشده کاربرد داشته باشد.

کاهش دما یکی از مهمترین فاکتورهای محیطی محدود کننده رشد ونمو گیاهان است در واقع یکی از اثرات تنش های محیطی بر روی گیاهان افزایش غلظت گونه های فعال اکسیژن (ros ) می باشد که متعاقبا به h2o2 تبدیل می شوند. گونه های فعال اکسیژن می توانند موجب آسیب به dna ، پروتئین ، غشا و... گردند. گیاهان دارای 2 سیستم آنتی اکسیدانی آنزیمی وغیر آنزیمی بر علیه گونه های فعال اکسیژن می باشند. ذرت یکی از مهمترین گیاهان زراعی محسوب می شود که بومی مناطق گرمسیری بوده و از اینرو جزء گیاهان حساس به سرما به شمار می آید، بنابراین تعیین مقاومت ارقام مختلف ذرت به سرما می تواند مهم باشد. دراین مطالعه سعی شد مقاومت 3 رقم ذرت نسبت به تنش سرما از طریق بررسی پارامترهایی چون ،محتوای کلروفیل ،بیومس و کلروفیل فلورسانس تعیین گشته و محتوای هیدروژن پراکسید وفعالیت آنزیمهایی چون آسکوربات پراکسیداز ، کاتالاز ، پلی فنل اکسیداز در ارقام حساس و مقاوم مقایسه گردد . نتایج به دست آمده حاکی از افزایش قابل توجه فعالیت آنزیمی در ارقام مقاوم بود که ناشی از، ویژگی مقاومت به سرما ی گیاه می باشد

آنزیم ?-آمیلاز، از آنزیم های رایج در صنایع مختلف از جمله صنعت داروسازی می باشد این آنزیم پیوندهای ?-1و4- گلیکوزیدی را در ساختار آمیلوز هیدرولیز می نماید. باکتری kz1 bacillus cereus یک سویه ی بومی مولد ?-آمیلاز مقاوم به حرارت می باشد. در این تحقیق آنزیم مذکور را از محیط کشت القایی و با استفاده از کروماتوگرافی تعویض یونی جداسازی و خالص گردید. بررسی خصوصیات آنزیم خالص نشانگر وزن مولکولی 2/66 کیلودالتون و فعالیت ویژه u/mg471 می باشد. ژن کدکننده آنزیم مذکور تکثیر و در وکتور pbluescriptsk+ii کلون گردید. بررسی نتیجه تعیین توالی ژن نشان داد که ناحیه فریم خواندنی این ژن شامل 1758 نوکلئوتید می باشد که پروتئینی با 586 آمینواسید را کد می کند و از یک دومین کاتالتیک از خانواده 13 گلیکوزیل هیدرولازها و یک دومین در انتهای آمینی با ماهیت پولولانازی تشکیل شده است. این پروتئین تشابه بالایی با ?-آمیلازهای سایر باسیلوس ها نشان می دهد که با مقایسه توالی پروتئینی آنها با سویه های b.cereus گزارش شده، مشخص شد که در دمین کاتالیتیکی آنزیم، آمینواسید هیستیدین شماره 233 با آمینواسید تیروزین جایگزین شده است.

آنزیم ها مهم ترین گروه از پروتئین ها هستند که انجام واکنش های بیوشیمیایی و سرعت بخشیدن به آن ها را بر عهده دارند. سیستئین دسولفیدراز یا سیستئین هیدروژن سولفید لیاز(ec4.4.1.1) تجزیه ال- سیستئین را به پیروات، آمونیاک و هیدروژن سولفید کاتالیز می کند که وابسته به پیریدوکسال فسفات به عنوان کوفاکتور می باشد. فعالیت سیستئین دسولفیدرازی، به طور گسترده ای در باکتری ها و تعداد کمی از سویه های قارچی وجود دارد. از بین باکتری های تست شده، e. coli در 3/8=ph ، دمای c° 50، پس از 30 دقیقه بیشترین فعالیت آنزیمی را نشان داد. سلول کامل به عنوان منبع آنزیم مورد استفاده قرار گرفته شد. فعالیت آنزیم توسط یونهای ba2+،co2+ و edta مهار و به وسیله ی dtt و ?-مرکاپتواتانول افزایش یافت.پارامترهای سینتیکی km و vmax با استفاده از نمودار لینویور-برک تعیین شد و به ترتیب برابر باmm 5/1 و µmol/min 58/5 بود. ژن کدکننده آنزیم تکثیر شد که محصول با اندازه ی حدود bp 1400 را نشان داد و در وکتور ptg19-t کلون گردید. با استفاده از آنزیم سیستئین دسولفیدراز به عنوان بیوسنسور، می توان به وجود عناصری مانند کادمیم، قلع، روی، سرب و ... با ترکیب با هیدروژن سولفید و تشکیل رسوب پی برد

چکیده هلیکوباکترپیلوری نقش بسیار مهمی در بروز بیماری های گوارشی مانند التهاب مزمن معده، زخم معده، لنفوم malt و سرطان معده دارد. هدف از این مطالعه بررسی احتمال وجود تفاوت در پروفایل های آللی شناخته شده ژن-بیماری زایvaca هلیکوباکترپیلوری در مناطق جغرافیایی مختلف ایران بویژه نواحی با میزان بروز بالا و پایین سرطان معده و بررسی احتمال وجود گرادیان شمال-جنوب در فراوانی الل های ژن بیماری زایvaca هلیکوباکترپیلوری در ایران می باشد. در این مطالعه 138 سویه هلیکوباکترپیلوری از 10 استان مختلف ایران جمع‎آوری و سپس ژنوتیپ این سویه ها مشخص شد. فراوانی vacas19/94%، vacas21/5%، vacam16/24%، vacam24/75%، vacai16/40%، vacai24/59%، vacad19/39% و vacad21/60% بود. آنالیز واریانس مولکولی (amova)آلل هایi1، i2، d1 و d2ژن vacaتفاوت ژنتیکی معنی داری را بین جمعیت ها نشان داد (05/0p<). در این مطالعه مشخص شد ژنوتیپ های vacai1و vacad1 بطور معنی داری در مناطق پرخطر سرطانمعده) 105/8/51max ,105/20 (age-standardized rates, asrs >دارای فراوانی بیشتری نسبت به مناطق کم خطر سرطان معده (105/10 asrs<) می باشند)به ترتیب(25%) 36/9vs. (61%)41/25 و (25%) 36/9vs. (5/58%)41/24 با 005/0(p<. نتایج آزمون منتل ارتباط معنی داری بین فاصله ژنتیکی و فاصله جغرافیایی برای الل های vaca در 10 استان از مناطق جغرافیایی مختلف ایران نشان نداد. در این مطالعه همچنین ارتباط بین الل های vaca و بیماری های گوارشی با استفاده از 148 سویه هلیکوباکترپیلوری جدا شده از افراد مبتلا به بیماری های گوارشی مورد مطالعه قرار گرفت. آنالیزهای آماری ارتباط شدیدی بین ژنوتیپ vacad1 و سرطان معده نشان داد)013/0p= ،087/60-624/1 ، ci95% ،879/9( odds ratio (or) =. آلل هایi1 و d1ژن vacaهلیکوباکترپیلوری که به عنوان عوامل جدید سرطان معده شناخته شده اندمی توانند به عنوان بیومارکرهای مهم باکتریایی در نواحی پرخطر سرطان معده در ایران باشند.

امروزه در بسیاری از کشور های جهان کیفیت آب آشامیدنی به محتویات میکروبی آن وابسته می باشد. به همین دلیل روش های زیادی جهت ضدعفونی آب ارائه شده است. بسیاری از این روش ها مثل کلرزنیمحدودیت های اقتصادی و زیست محیطی بر جای می گذارند. یک روش بسیار کارآمد جهت ضدعفونی آب آشامیدنی غیر فعالسازی فتوکاتالیزوری میکروارگانیسم ها می باشد. در این پایان نامه نانو کامپوزیت های اکسید روی-برمید نقره با روش های رفلاکس و تابش امواج ریز موج و نیز اکسید روی-کلرید نقره با استفاده از روش رفلاکس تهیه شدند. خواص نانو-کامپوزیت های تهیه شده توسط تکنیک های پراش اشعه ایکس (xrd)، میکروسکوپ الکترونی روبشی (sem)، طیف سنجی بازتاب نفوذی (drs)، مادون قرمز (ft-ir) و پراکندگی انرژی پرتو ی ایکس(edx)مورد مطالعه قرار گرفتند. فعالیت فتوکاتالیزوری نانو کامپوزیت ها با تخریب میکروارگانیسم اشریشیاکلی (ptcc 1047) تحت تابش نور مرئی مورد بررسی قرار گرفت.نانو کامپوزیت اکسید روی-برمید نقره با کسر مولی 2372/0از برمید نقره بیشترین فعالیت فتوکاتالیزوری را نسبت به کسرهای مولی دیگر دارد. افزایش فعالیت فتوکاتالیزوری به افزایش جذب نور مرئی و نیز کاهش باز ترکیب الکترون- حفره نسبت داده می شود. همچنین نتایج به دست آمده نشانگر آن است که کسر مولی هالید نقره، مقدار فتوکاتالیزور، دمای کلسینه و ph محلول مقدار بهینه ای را می طلبد. همچنین فعالیت فتوکاتالیزوری نانوکامپوزیت های اکسید روی- کلرید نقره بر روی غیرفعالسازی اشریشیاکلی مورد مطالعه قرار گرفت

گیاهان همواره در معرض طیف وسیعی از تنش¬های محیطی قرار دارند. تنش سرما یکی از مهم¬ترین فاکتورهای محدود کننده¬ی رشد گیاهان است. هر سال بیش از 1?0میلیون تن شکر در بیش از 127 کشور جهان تولید می شود. تقریبا سه چهارم شکرهای تولید شده از نیشکر و مابقی از چغندر قند به دست می آید. معمولا کشورهای دارای آب و هوای معتدل شرایط مساعدی برای کشت چغندر دارد. در مقابل، کشت نیشکر معمولا در مناطقی صورت می گیرد که آب و هوای گرم حاره ای دارند و با توجه به طولانی بودن دوره رشد چغندر و قرار گرفتن آن در بخشی از دوره رشد خود در معرض سرما شناسایی ارقام مقاوم به سرما و دستیابی به ارقام مقاوم¬تر امری اجتناب¬ناپذیر است. در این پژوهش سعی شد که فاکتور¬های فیزیولوژیک مختلف، مثل محتوای کلروفیل و فلورسانس کلروفیل و همچنین فعالیت برخی آنزیم¬ها مثل کاتالاز و... و وجود ژن مقاومت به سرما dreb1 مورد مطالعه قرار گیرد، تا با توجه به این فاکتورها ارقام مقاوم¬تر و حساس را از همدیگر متمایز نماییم. نتایج نیز حاکی از افزایش فعالیت آنزیمی در برخی از ارقام و همین¬طور وجود ژن مقاوم به سرما در همه¬ی ارقام بود.

caga یک پروتئین باکتریایی 120 تا 145 کیلو دالتون است که نقش بسیار مهمی در بروز بیماری¬های گوارشی دارد و باعث افزایش خطر ابتلا به بیماری¬های زخم معده، آتروفی معده و سرطان معده می¬شود. پروتئین caga دارای ناحیه¬ی تکرارپذیر epiya (گلوتامین- پرولین- ایزولوسین- تیروزین-آلانین) بسیار پلی¬مورف در ناحیه¬ی انتهای کربوکسیلی می¬باشد. هدف از این مطالعه تعیین تعداد و انواع موتیف epiya در ناحیه¬ی متغیر 3 از میان سویه¬های هلیکوباکترپیلوری می¬باشد که به وسیله¬ی تکنیک pcr و تعیین توالی dna ارتباط بین موتیف¬ها و بیماری¬های گوارشی مشخص شد. سویه¬های هلیکوباکترپیلوری از 170 بیمار مبتلا به گاستریت، 36 بیمار مبتلا به سرطان معده و 58 بیمار که دارای عارضه¬ی زخم معده بودند و به مراکز آندوسکوپی شهرهای مختلف ایران مراجعه کرده بودند به دست آمد. در مجموع 149 نمونه از سویه¬های جدا شده +caga بودند و انواع مختلفی از موتیف¬ها را در ناحیه¬ی c ترمینال نشان دادند. آنالیز آماری ارتباط معنی دار قوی بین حضور ژن caga و بروز بیماری زخم معده نشان داد )00/0p= ،133/15-829/2 ، ci95% ،543/6(odds ratio (or) . فراوانی کلیepiya-ab 3/3?، epiya-abc 5/71?، epiya-abcc 4/15? و epiya-abccc 3/7? بدست آمد. آزمون¬های آماری ارتباط معنی دار بین حضور موتیفepiya-abcc با زخم معده (01/0p=) و نیز ارتباط معکوس بین حضور موتیف epiya-abc را با زخم معده نشان داد)007/0p=). نتایج تحلیل رگرسیون ارتباط معنی دار قوی بین حضور موتیف epiya-abccc و بروز سرطان معده نشان داد (003/0p= ،88/45-17/2 ، ci95% ،99/9(odds ratio (or) . آنالیز¬ رتبه ای واریانس مولکولی برای انواع موتیف ها تفاوت معنی داری بین مناطق جغرافیایی مختلف در ایران نشان نداد (05/0p> ). نتایج این مطالعه پیشنهاد می¬کند که عفونت با سویه¬های هلیکوباکترپیلوری +caga دارای موتیفepiya-abcc با زخم معده و موتیف epiya-abccc با سرطان معده ارتباط معنی دار قوی نشان می دهد. تفاوت در ژنوتیپ caga ممکن است شاخص مهمی در اپیدمیولوژی مولکولی باشد و نقش مهمی در بروز علایم بالینی متفاوت ناشی از عفونت با سویه¬های هلیکوباکترپیلوری +caga داشته باشد

امروزه پپتید های ضدمیکروبی به دلیل درک کاربردهای بسیار گسترده آن ها، تحت عنوان آنتی بیوتیک های نسل جدید نام برده می شوند. مقادیر زیادی از پپتید های با درجه خلوص بالا به منظور تحقیقات پایه و آزمایش های بالینی مورد نیاز می باشند. در مقایسه با فرایند جداسازی از منابع طبیعی و سنتز شیمیایی، رویکرد بیان نوترکیب ابزاری سودمند و اقتصادی برای تولید پپتید در مقادیر بالا محسوب می شود. با این وجود؛ طول کوتاه پپتیدهای ضدمیکروبی، یک عامل محدودکننده در راستای تحقق این رویکرد می باشد. دلیل این امر اضافه شدن یک یا چند آمینواسید در حین فرایند کلون سازی می باشد که منجر به از دست رفتن فولدینگ اصلی پپتید شده و تأثیر بسزایی در کاهش میزان عملکرد آن می گذارد. هدف از این تحقیق طراحی مکانیسمی جهت تغییر ساختمان وکتور pcold i به منظور بیان اختصاصی و کامل پپتیدهای ضدمیکروبی (بدون هیچ گونه آمینواسید اضافی در انتهای آمینی) با استفاده از روش جهش زایی مختص جایگاه می باشد. در واقع طراحی روش و تغییر در ساختار وکتور باید به گونه ای صورت گیرد که جایگاه برشی نخستین آنزیم محدودگر در جایگاه mcs در سطح نوکلئوتیدی با جایگاه عملکردی فاکتور xa در سطح آمینواسیدی یکسان باشد. توالی tee، برچسب هیستیدینی و جایگاه برش فاکتور xa توسط فاکتور xa حذف شده و هیچ آمینواسید اضافی در انتهای آمینی باقی نمی ماند. بر این اساس این وکتور تغییر یافته می تواند برای کلون سازی سریع و بسیار آسان و بیان اختصاصی انواع پپتیدهای کوتاه از جمله پپتیدهای ضد میکروبی و پپتیدهای ضد آنژیوژنز، ضد سلول های بنیادی سرطانی و ضد سلول های متاستازی استفاده شود.

در این بررسی کوپلیمر سه قطعه¬ای pla-peg-pla، پس از سنتز از طریق طیف سنجی ftir مورد تایید قرار گرفت. بررسی نانوذرات حاصل از این کوپلیمر با استفاده از آنالیز تصاویر میکروسکوپ الکترونی نگاره و پراکندگی دینامیک نور (dls) ، حاکی از تشکیل نانومیسل¬های کروی در ابعادی با قطر تقریبی 300-400 نانومتر بود. به منظور بررسی زیست سازگاری پلیمر، از آزمون همولیز و mtt استفاده گردید. نتایج به دست آمده نشان داد که این کوپلیمر سایتوتوکسیسیتی کمی داشته و در غلظت های به کار رفته به منظور رهش نایسین (تقریبا 6 میلی¬گرم در میلی¬لیتر) سایتوتوکسیسیتی پایینی را از خود نشان می¬دهد. ابتدا خصوصیات نایسین مانند سایتوتوکسیسیتی، اثر ضدباکتریایی، اثر همولیتیکی مورد بررسی قرار گرفت. سپس برای بارگذاری نایسین بر روی نانوذرات پلیمری (نسبت 1 به 2) تحت امواج فراصوت قرار گرفت. بارگذاری نایسین بر روی نانوذرات پلیمری توسط ftir و تشکیل نانومیسل¬های کلوئیدی پایدار و مختلط نایسین-پلیمر در ابعادی با قطر تقریبی 50-100 نانومتر توسط ftir و آنالیز تصاویر میکروسکوپ الکترونی نگاره مورد تایید قرار گرفت. نایسین بارگذاری شده بر روی نانوذرات در غلظت های مختلف (غلظت¬های به کار رفته در مورد نایسین آزاد) در سه بازه¬ی زمانی 24، 48 و 72 ساعت بر روی رده¬های سلولی سرطانی ags، kyse-30، hepg2 و k562 تاثیر داده شد و با استفاده از آزمون¬های mtt و neutral red مقادیر ic50 آن تعیین گردید. مقایسه¬ی نتایج حاصل با نتایج به دست آمده از آزمون¬های mtt , neutral red نایسین آزاد نشان داد که نایسین بارگذاری شده بر روی نانوذرات تاثیر بیشتری را در توقف رشد سلولی نسبت به نایسین آزاد داشت که این اختلاف در بازه¬ی زمانی 72 ساعت چشمگیرتر بود. بررسی اثر آپوپتوزی نایسین بر روی رده¬های سلولی که توسط متد آکریدین اورنج-اتیدیوم برماید برای هر دوفرم نایسین آزاد و کپسوله انجام شد بیانگر القای اثر آپوپتوزی بیشتر فرم کپسوله¬ی این پپتید بر روی این سلول ها می باشد. بررسی اثرات ضدباکتریایی پپتید نایسین به دو فرم آزاد و کپسوله بر روی سویه های باکتریایی staphylococcus aureus atcc 2592، bacillus cereus ptcc 1015، pseudomonas aeruginosa atcc 27853 و eschrichia coli atcc 25922 نشان داد که نایسین دارای اثر ضدباکتریایی بر روی این سویه¬ها می¬باشد؛ و اثر نایسین کپسوله شده بر روی این باکتری ها بیشتر از اثر نایسین به فرم آزاد می باشد. بنابراین هر چند می¬توان از نانومیسل¬های pla-peg-pla در توسعه¬ی فرمولاسیون داروهای پپتیدی بهره گرفته و به عنوان (کاندیدای) حامل داروهای پپتیدی در صنایع داروسازی استفاده نمود، بایستی توجه نمود که داروهای پپتیدی با توجه به اندازه، بار فیزیولوژیکی و خصوصیات (بیو) فیزیکوشیمیایی و نیز نوع حامل پلیمری، می توانند نانومیسل های مختلط با ویژگیها وخصوصیات جدید (مطلوب) ایجاد نمایند.

هلیکوباکترپیلوری عامل بیماری هایی مانند گاستریت، زخم ها ی گوارشی، سرطان معده و لنفوم malt است.در سال 1994 هلیکوباکترپیلوری به عنوان کارسینوژن کلاس یک شناسایی شد و اکنون به عنوان رایج ترین عامل سرطان های مرتبط با عفونت محسوب می شود و 5/5درصد از کل سرطان در جهان را در بر می گیرد. در ایران تعداد قابل ملاحظه ای ازافراد آلوده به عفونت هلیکوباکترپیلوری (69%) وجود دارد و بیشترین فراوانی (89%) از استان شمال غربی ایران، اردبیل گزارش شده است، جائیکه بیش از 90% از افراد بالای 40 سال التهاب مزمن وابسته به عفونت هلیکوباکترپیلوری رادارند و سرطان معده، 31% از بدخیمی ها را تشکیل می دهد. گزار ش ها نشان داده که ژنوتیپ های مشخصی از هلیکوباکترپیلوری ممکن است با ایجاد پی آمد های بالینی شدید ناشی از بیمار ی های معده ای-روده ای در ارتباط باشند، ژ ن های vaca وcaga که از ژ ن های بیماری زای هلیکوباکترپیلوری هستند، از عوامل مهم در ایجاد بیماری محسوب می شوند. ناهمگونی در میان الل های vaca ممکن است فاکتور مهمی در ایجاد پی آمد بالینی متفاوت در افراد آلوده به هلیکوباکترپیلوری باشد و ارتباط بین ژنوتیپ های مشخص از vaca و خطر بالای زخم معده، آتروفی و سرطان معده نشان داده شده است. سویه های با الگوی اللی i1 قویا با آدنوکارسینومای معده مرتبط می باشند (p<10-3)،. اخیراً، یک حذف 81bp بین ناحیه ی m و i شناسایی شد که ناحیه (d) نامیده شد. ارتباط بین ژنوتیپ های vaca هلیکو باکتر پیلوری، بخصوص الل های s1/i1/m1 و بروز سرطان معده در ایران در مطالعات متعدد نشان داده شده است. مطالعه ی اخیر در ایران پیشنهاد می کند که الل های vaca d1/-i1 می تواند بعنوان بیو مارکر های خطر در مناطق با شیوع بالای سرطان معده در ایران در نظر گرفته شود. در این مطالعه الل های جدید در لوکوس بیماری زای vaca هلیکوباکترپیلوری مورد جستجو قرار گرفته و ارتباط آن با بیماری های گوارشی بررسی می گردد که می تواند زمینه را برای طراحی راهکار های جدید برای کاهش وقوع سرطان معده و ضایعات پیش سرطانی بویژه در نواحی پر خطر فراهم کند. برای این مطالعه . باکتری ها در محیط های انتخابی کشت و در ادامه dna آن ها استخراج شده و توسط pcr تکثیر می شود. تعیین توالی برخی قطعه های مربوط به الل های ژن vaca توسط هر دو توالی پرایمری برگشتی با استفاده از تکنولوژی bigdye انجام می شود. در ادامه آنالیزهای بیوانفورماتیکی پیشرفته، آنالیزهای آماری و تفسیر داده ها انجام می شود

?-آمیلاز ها از مهم ترین آنزیم های صنعتی هستند که پیوند های ?-1و4- گلیکوزیدی را در میان زنجیره های پلی گلیکوزیدی نشاسته، آمیلوپکتین و دکسترین، هیدرولیز می کنند. این آنزیم ها دارای اهمیت زیادی در بیوتکنولوژی امروز با کاربرد های مختلفی در صنایع غذایی، تخمیر، نساجی و کاغذ سازی هستند. امروزه طراحی و ساخت آنزیم های نوترکیب با قابلیت های عملکردی دلخواه مانند فعالیت در شرایط واکنش مورد نظر، توجه بسیاری از پژوهشگران را به خود جلب کرده است. شناسایی، تعیین توالی، بیان ژن و تعیین خصوصیات آنزیم های میکروارگانیسمی برای بهره گیری در فرایند های صنعتی اهمیت دارد. توالی ژن ?-آمیلاز سویه وحشی باکتریb. cereus kz1 قبلاًدر این آزمایشگاه تعیین توالی و ساختار شده بود. ژن مذکور دارای یک قالب خواندنی به طول 1758 جفت باز و کد کننده زنجیره پلی پپتیدی دارای 585 اسید آمینه بود.

آنزیم اندوگلوکاناز یک آنزیم صنعتی با کاربرد فراوان است که تولید نوترکیب آن می تواند ارزش افزوده اقتصادی قابل توجهی داشته باشد. جهت بیان نوترکیب این آنزیم از وکتور pet21b(+) به دلیل داشتن ویژگی های قابل توجه از جمله: پروموتر قوی، تحت تنظیم بودن، جایگاه پلی لینکر مناسب و تگ هیستیدینی به عنوان کاست بیانی استفاده شد. به منظور طراحی پرایمر از ناحیه orf ژن اندوگلوکاناز سویه bacillus pumilus z14 استفاده شد.قطعه حاصل از تکثیر ژن اندوگلوکاناز مطابق با ماهیت پرایمرهای طراحی شده دارای جایگاه های برشی bamhi در انتهای ?5 و ixho در انتهای ?3 بود. با وجود سه نوکلئوتید اضافی در فرادست پرایمرها، برای افزایش کارامدی برش و نگهداری کپی توالی ژنی جهت تغییرات و موتاسیو ن های توسعه دهنده عملکرد آنزیم، نیاز به تهیه پیش سازواره اولیه از ژن تکثیر شده بود که به این منظور از وکتور ptg19-t به عنوان پایه کلونینگ t/a استفاده شد.

چکیده: ژنوتیپ های خاصی از هلیکوباکترپیلوری نقش مهمی را در ایجاد سرطان معده ایفا می کنند. ارتباط بین ژن های بیماری زای هلیکوباکترپیلوری و خطر بروز سرطان معده تا به حال در استان اردبیل بررسی نشده است هر چند که این استان یکی از مناطق با بروز بالای سرطان معده در جهان می باشد. هدف ما از این مطالعه بررسی پلی مورفیسم ژن vaca و ارتباط آن با خطر بروز سرطان معده بود. dna ژنومی از بیوپسی 135 بیمار استخراج شد و در دو گروه سرطانی (78) و گروه گاستریتی غیر آتروفی (57) طبقه بندی گردید. تکثیر ژن s rdna16 و همچنین تکثیر ژنوتیپ های ناحیه ی s، m، i وd ژن vaca با استفاده از pcr انجام شد. نتایج pcr ژن s rdna16 برای 103 بیمار (29/76 %) مثبت ارزیابی شد. آنالیز های آماری ارتباط معنی داری را بین سن (بر خلاف جنس) و خطر بروز سرطان معده نشان دادند. به منظور تعیین ارتباط بین ژنوتیپ های ژن vaca با خطر بروز سرطان معده، در نهایت 96 (44 بیمار سرطانی و 52 بیمار گاستریتی) بیمار وارد آنالیز گردید. نتایج آنالیز های آماری نشان داد که حضور ژنوتیپ های vaca i1 ]008/ 0), p = 781/1-646/51ci: 95 %) 592/9 [(adjusted or) = و vaca d1 ] 020/ 0) , p = 257/1- 375/15ci: 95 %) 396/4 [or = قویا خطر ابتلا به سرطان معده را افزایش می دهند. نتایج آنالیز ها هیچ گونه ارتباط معنی داری را بین ژنوتیپ های s1 و m1 با افزایش خطر سرطان معده نشان نداد (05/0p >) زمانیکه ژنوتیپ vaca m1 به صورت ترکیب با سایر ژنوتیپ ها وارد آنالیز شد ارتباط معنی داری بین افزایش خطر بروز سرطان معده و ژنوتیپ های m1i1، m1d1، و m1i1d1 مشاهده شد. این مطالعه پیشنهاد کرد که حضور ژنوتیپ های i1 و d1 به طور مستقل و ژنوتیپ m1 در ترکیب با سایر آلل ها خطر ابتلا به سرطان معده را افزایش می دهد.