گوجه فرنگی به دلیل ارزش غذایی بسیار بالا و موارد مصرفی گسترده، یکی از مهم ترین محصولات کشاورزی از نظر سطح زیر کشت و اهمیت اقتصادی می باشد. تولید بذر هیبرید یکی از پر سودترین تجارت های جهانی است که به دلیل قیمت بالای آن، یکی از مشکلات کشور در فقدان عملکرد مطلوب گوجه فرنگی می باشد. شناخت ترکیبات والدینی برتر یکی از مهم ترین مراحل در برنامه های اصلاحی تولید بذر هیبرید است. ارزیابی لاین ها با استفاده از روش های مرسوم، پر هزینه، وقت گیر و نیازمند آزمایشات مزرعه ای وسیع می باشد. پیشرفت های اخیر در زمینه بررسی ژنوم، امید های قابل توجهی در تخمین عملکرد هیبرید ها و شناسایی تلاقی های برتر با استفاده از نشانگر های مولکولی در برنامه های اصلاحی فراهم آورده است. در طول دو دهه گذشته مطالعات مختلفی وجود همبستگی بین فاصله ژنتیکی بر اساس نشانگر های مولکولی مختلف با عملکرد هیبرید را تأیید نموده است. در این مطالعه به منظور بررسی روابط لاین ها، فاصله ژنتیکی و در نهایت انتخاب والدین مناسب جهت تولید هیبرید از نشانگر aflp استفاده شد. استخراج dna از مرحله گیاهچه ای لاین های مود نظر انجام گرفت. بعد از انجام مراحل مختلف آزمایشات aflp، در نهایت 4 ترکیب آغاز گری برای انجام آنالیز های مربوطه انتخاب شد. نتایج نشان داد با وجودی که نشانگر مولکولی aflp در تشخیص چندشکلی و فاصله ژنتیکی میان لاین های گوجه فرنگی کارآمد می باشد، رابطه معنی داری میان فاصله ژنتیکی مبتنی بر نشانگر و کارایی هیبرید نمونه های مورد نظر مشاهده نشد.