نام پژوهشگر: محمدمهدی یعقوبی

بررسی جهش های ژن p53 به روش dhplc در مبتلایان به سرطان روده بزرگ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1388
  آزاده لهراسبی نژاد   حبیب الله ناظم

سرطان روده بزرگ یکی از معمولیترین بدخیمی¬های موجود درکشورهای توسعه یافته است که بعنوان سومین نوع سرطان منجر به مرگ در کشورهای غربی شناخته شده است. میزان شیوع سالیانه آن در انگلستان 3500 نفر و در کل دنیا نیم میلیون نفر تخمین زده می¬شود که معادل 13% کل سرطان¬ها می باشد. سالانه حدود 55000 نفر بخاطر سرطان روده بزرگ در ایالات متحده آمریکا می¬میرند. تخمین زده شده است که هر سال 19000 و 160000 مورد جدید به ترتیب در انگلیس و آمریکا بوجود می¬آید. فعالیت tp53 در پیشبرد سلامتی و حمایت علیه پیشرفت سرطان موثر است tp53 یکی از تعدیل کننده¬های اصلی در عملکرد سلولی مانند کنترل چرخه سلولی، پیری و آپوپتوز در پاسخ به تخریب dna است و یکی از معمولی¬ترین ژن¬هایی است که در سرطان روده بزرگ دچار جهش می¬شود. در این طرح شناسایی جهش¬های ژن p53 در بیماران کرمانی مبتلا به سرطان روده بزرگ مورد توجه قرار گرفت. 49 نمونه بافت توموری و نرمال مورد نیاز( 43 بلوک پارافینه و 6 نمونه بافت تازه) از بیمارستان¬های استان کرمان جمع آوری شد. در این مرحله سعی گردید افرادی انتخاب شوند که در آن¬ها تومور به حداقل دو گره لنفی متاستاز داده باشد (مرحله iiia کارسینوما). dna نمونه¬ها بر اساس مراحل موجود در پروتکل کیت dneasy محصول شرکت کیاژن با انجام تغییراتی در بعضی مراحل استخراج شدند. اگزون¬های 8،7،5 هر نمونه با پرایمرهای اختصاصی و با استفاده از مخلوط آنزیم¬های taq و pwo پلیمراز تکثیر شده و پس از خالص سازی بوسیله کیت استخراج dna محصول شرکت (fermentas) برای تعیین توالی به شرکت آلمانی mwg operon ارسال شدند. بررسی نتایج در یکی از نمونه¬ها جهش حذف در کدون140 و 142 را نشان داد همچنین در یک نمونه توموری تغییر gat→aat در کدون 184 اگزون پنج دیده شد، از طرفی در همان بیمار تغییر در نوکلئوتید سوم کدون 295 اگزون هشت(cct→ccc) نیز مشاهده شد. دو نمونه توموری نیز دارای جهش cgg→tgg در کدون 248 اگزون هفت بودندکه یکی از نقاط داغ جهش در این ژن می¬باشد. همچنین سه نمونه بافت توموری و دو نمونه بافت نرمال ورود یک نوکلئوتید g را در اینترون 7-8 نشان دادند. علاوه بر دخول g، تغییر ccc→tcc هم در اینترون 7-8 دیده شد در حالی که بافت نرمال همان فرد هیچ یک از این تغییرات را نشان نمی¬داد.

بررسی نقش مرکزی و محیطی گیرنده های cb1 سیستم اندوکانابینوئیدی بر میزان اخذ غذا در جوجه های نوزاد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده دامپزشکی 1390
  نادیا امینی   حسین جنیدی

گیرنده های کانابینوئیدی (cb1, cb2)، لیگاندهای اندوژن آنها شامل آناندماید (آراشیدونوئیل اتانول آمین) و 2-ag ( 2-آراشیدونوئیل گلیسرول) و مکانیسم های مرتبط با متابولیسم و سنتز آنها، سیستم اندوکانابینوئید را تشکیل می دهد. گیرنده های cb1 و اندوکانابینوئیدها در ساختارهای مغزی کنترل کننده تعادل انرژی و سلول های محیطی (هپاتوسیت ها، آدیپوسیت ها، سلول های جزایر لانگرهانس) تنظیم کننده هموستاز بدن حضور دارند. گیرنده های cb2 بیشتر در لنفوسیت و ماکروفاژها حضور دارند و در واکنش های ایمنی و التهابی دخیل هستند. هدف این مطالعه تعیین اثر تزریق درون بطن مغزی و تزریق زیر پوستی آگونیست اختصاصی گیرنده cb1 (مت آناندماید) بر تنظیم اخذ غذا در جوجه های نوزاد بود. نتایج حاصل از مطالعه حاضر نشان داد که تزریق درون بطن مغزی مت آناندماید اثری بر اخذ غذا ندارد و تنها تزریق محیطی 50 میکروگرم به ازاء هر 10 میکرولیتر مت آناندماید مصرف غذا را در زمان های 30 تا 240 دقیقه بعد از تزریق در مقایسه با گروه کنترل کاهش می دهد. بر طبق نتایج این مطالعه مت آناندماید به عنوان آگونیست اختصاصی گیرنده cb1 در دوزهای کم دارای تأثیر محیطی بر اخذ غذای جوجه می باشد.

بررسی بیان ژن کانابیدیولیک اسید سنتاز (cbda synthase) در حضور الیسیتورهای مختلف در گیاه شاهدانه (cannabis sativa)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی کرمان - دانشکده علوم 1390
  علی غلامی اسفیدواجانی   محمدمهدی یعقوبی

شاهدانه با نام علمی cannabis sativa گیاهی علفی، یکساله و دوپایه می باشد که متعلق به خانواده cannabaceae می باشد. این گیاه علاوه بر خاصیت روان گردانی، دارای خواص درمانی متعددی می باشد. شاهدانه دارای مواد متابولیکی متعددی می باشد که مهم ترین آنها دلتا 9-تتراهیدروکانابینولیک اسید (thca)، کانابیدیولیک اسید (cbda) از گروه کانابینوئیدها می باشد. بررسی محققان نشان داده است که cbda دارای خاصیت ضدسرطان سینه می باشد. تاکنون در مورد شاهدانه بومی ایران و کانابینوئیدها تحقیقات بسیار اندکی صورت گرفته است. لذا در این تحقیق بیان ژن کانابیدیولیک اسید سنتاز را در حضور الیسیتورهای عصاره مخمر، سولفات مس و اشعه ماورا بنفش (uv-b) مورد بررسی قرار دادیم. بذور شاهدانه در گلدان کشت شد. پس از 45 روز از زمان کاشت گیاهان داخل محلول الیسیتورها قرار گرفتند. از عصاره مخمر در غلظت های 0، 05/0، 1/0 و 2/0 درصد و سولفات مس در غلظت های4، 8، 10 و 16 میکرو مولار تهیه شد. تیمارها یکبار به مدت 8 ساعت و بار دیگر به مدت 18 ساعت بر روی گیاهان اعمال شدند. همچنین برای اعمال تیمار uv، گیاهان یکبار به مدت 8 و بار دیگر به مدت 18 ساعت در معرض اشعه uv-b قرار گرفتند. سپس از گیاهان تیمار شده استخراج rna و ساخت cdna صورت گرفت و real time qrt-pcr انجام شد ومحصولات بر روی ژل آگارز 1 درصد و پس از رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید مورد مشاهده قرار گرفتند. نتایج حاصل از real time qrt-pcr نشان داد که عصاره مخمر در غلظت های 05/0 و 1 درصد به مدت 8 و 16 ساعت میزان بیان این ژن را افزایش می دهد. کلمات کلیدی: الیسیتور، بیان ژن کمی، بیان ژن نیمه کمی، شاهدانه، کانابیدیولیک اسید سنتاز، کانابینوئیدها

بررسی اثر متقابل اسیدآمینه l- هیستیدین و کلسیم بر افزایش مقاومت سه رقم گوجه فرنگی به تنش نیکل در محیط رشد آب کشت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده علوم 1392
  حسین مظفری   فرخنده رضانژاد

نیکل جهت رشد بسیاری از گیاهان، یک عنصر تغذیه ای بسیارکم مصرف محسوب شده و مقادیر اضافی آن به شدت موجب سمیت می شود. در این پژوهش، تاثیر متقابل کلسیم و اسید آمینه هیستیدین بر بهبود و یا تغییر پارامترهای رشد، تغذیه پتاسیمی، ترکیبات چرخه آسکوربات- گلوتاتیون، فعالیت آنزیم آنتی اکسیدان، پراکسیداسیون لیپیدها و تجمع برخی عناصر مانند نیکل، کلسیم، منیزیم، آهن، مس و فاکتور انتقال نیکل، در سه رقم گوجه فرنگی قابل کشت در ایران شامل؛ کال جی، ارلی اوربانا و پتوارلی تحت تنش نیکل در محیط کشت هیدرو پونیک مورد مطالعه و ارزیابی قرار گرفت. محیط کشت گیاهان مورد نظر، دارای محلول هوگلند بود که بطور مداوم هوادهی شده و هر روز با یک محلول تازه هوگلند جایگزین می گردید. نهال های گوجه فرنگی در یک گلخانه دارای شدت نور 10 کیلولوکس حاصل از لامپ های بخار سدیمی و همچنین شرایط 16 ساعت روشنایی با دمای 25 درجه سانتی گراد و 8 ساعت تاریکی با دمای 22 درجه سانتی گراد و رطوبت نسبی 45 درصد، به مدت 3 هفته کشت در محیط کشت هیدروپونیک رشد نمودند. پس از گذشت این مدت، اثر تیمارهای مختلف حاوی کلسیم، هیستیدین و نیکل بر پارامترهای مختلف رشد، اکسیداتیو، تغذیه ای و فیزیولوژیکی با تعویض محلول پایه با محلولهای تازه هوگلند دارای تیمارهای مختلف به مدت 10 روز بررسی شد و محلول های تیمار نیز هر روز تعویض و هوادهی می شدند. تیمارها دارای غلظت های 0، 150 و 300 میکرومولار سولفات نیکل ii و همچنین 400 و 700 میکرومولار کلسیم و 0 و 300 میکرومولار هیستیدین اضافی بودند که در محلول پایه هوگلند با رقت یک دهم تهیه می شدند و در نهایت اسیدیته محلولهای تیمار با استفاده از محلول پتاس غلیظ بین 5/9-5/7ثابت نگه داشته می شد. پارامترهایی شامل رشد طولی، وزن تر، وزن خشک در ریشه و ساقه، سطح و محتوای نسبی آب برگ، محتوای اسیدهای آمینه آزاد، سیستئین، پرولین، تجمع پتاسیم در ریشه و ساقه گیاهان تحت تیمار مورد سنجش قرار گرفتند. همچنین فعالیت آنزیمهای مختلف آنتی اکسیداتیو مانند cat، gpx، apx، sod، gr، lox، ppo، sat و pal نیز در این تحقیق سنجش گردید. بعلاوه، تغییرات محتوای متابولیت ها و شاخص هایی مانند آسکوریات، دهیدروآسکوربات، آب اکسیژنه، گلوتاتیون احیاء، نشت یونی برگ، میزان انواع کلروفیل a، b و کل، کارتنوییدها، پروتئین کل، تجمع مالون دآلدئید و سایر آلدئیدها نیز مورد ارزیابی قرار گرفت. جهت بررسی گسترش یونهای نیکل در ریشه و ساقه گیاهان تحت تیمار، مقاطع عرضی گیاهان مذکور با محلولی ویژه دارای رنگ دی متیل گلی اکسیم (dmg) رنگ آمیزی و مطالعه شد. طراحی آماری آزمایش نیز با استفاده از طرح کاملا تصادفی بصورت 4 تکرار، 3 رقم و 12 تیمار صورت گرفت. داده های بدست آمده با استفاده از آنالیز واریانس anova و آزمون چند دامنه ای دانکن در سطح معنی دار 5 درصد و با استفاده از نرم افزار spss مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفتند. نتایج حاصل از پارامترهای رشد نشان داد که سطوح سمی نیکل بکاررفته در هر سه رقم گوجه فرنگی، موجب کاهش رشد طولی اندام هوایی و ریشه، سطح برگ، رنگیزه های برگی، محتوای پتاسیمی اندام هوایی و ریشه نسبت به شاهد شده است و کاربرد توام کلسیم و هیستیدین موجب بهبود این پارامترهای رشد و تغذیه ای گیاهان تحت تنش نیکل گردید. همچنین تیمارهای حاوی کلسیم و هیستیدین موجب کاهش میزان پرولین و اسیدآمینه های افزایش یافته تحت تنش نیکل گردیدند. کاربرد کلسیم به تنهایی و یا توام با هیستیدین موجب افزایش چشمگیرو معنی دار سطح برگ و برخی دیگر از پارامترهای رشد در ارقام کال جی و پتوارلی، نسبت به رقم ارلی اوربانا گردید. بنابراین اثر متقابل کلسیم و هیستیدین موجب بهبود تغذیه پتاسیمی و افزایش مقاومت و رشد گیاهان تحت تنش نیکل در این پژوهش گردید. تحلیل نتایج مربوط به شاخص های اکسیدانی نیز نشان داد که؛ به طورکلی تنش نیکل موجب افزایش تجمع آب اکسیژنه، mda، سایر آلدئیدها و میزان نشت یونی، فعالیت آنزیمهای gpx, lox, apx نسبت به گیاهان گروه شاهد در رقم ارلی اوربانا گردید و کلسیم و هیستیدین موجب تخفیف اثرات تنش نیکل بر این شاخص های اکسیدانی گردند. بهرحال تحت تنش نیکل میزان gsh، دهیدروآسکوربات و فعالیت آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز را بطور قابل توجهی کاهش داد، در حالیکه تیمارهای حاوی نیکل، کلسیم و هیستیدین موجب افزایش و جبران این شاخص های آنتی اکسیدانی نسبت به شرایط تنش شدند. باید بیان نمود که کاربرد جداگانه کلسیم یا هیستیدین موجب بهبود معنی دار میزان پروتئین و آسکوربات اندام هوایی، gsh و فعالیت آنزیم های pal و cat در بافت ریشه در مقایسه با شرایط تنش گردید. بازدارندگی تجمع آب اکسیژنه و القاء تنش اکسیداتیو حاصل از تنش نیکل مربوط به تغییرات، تعدیل و تنظیم چرخه آسکوربات-گلوتاتیون بوده که می تواند به دلیل کاربرد توام و یا جداگانه کلسیم یا هیستیدین در محیط کشت گیاهان باشد. بنابراین کاربرد توام و یا جداگانه کلسیم یا هیستیدین موجب بهبود فعالیت کاتالیتیکی آنزیمهای مرتبط با تنش اکسیداتیو می گردد. بطورکلی، فعالیت بیشتر سیستم آنتی اکسیدانی آنزیمی با استفاده از کلسیم و هیستیدین، ممکن است جهت مقاومت ارقام گوجه فرنگی مانند ارلی اوربانا به تنش اکسیداتیو حائز اهمیت باشد. همچنین نتایج بدست آمده از گیاهان ارقام کال جی و پتوارلی نشان داد که؛ استفاده از کلسیم یا هیستیدین موجب کاهش پارامترهای آنتی اکسیدانی مانند نشت یونی، آب اکسیژنه، mda، تجمع نیکل در ریشه و اندام هوایی و فعالیت آنزیم cat در معرض تنش نیکل گردید، در حالیکه این شاخص ها تحت تنش نیکل نسبت به شاهد افزایش یافته بودند. تنش نیکل بدون حضور کلسیم یا هیستیدین اضافی، موجب کاهش فعالیت آنزیمهای gpx, apx و sod، میزان کلسیم و آسکوربات ریشه و اندام هوایی در دو رقم کال جی و پتوارلی گردید. مقادیر اضافی کلسیم و هیستیدین توانست میزان فعالیت این آنزیمها و تجمع کلسیم و آسکوربات را افزایش دهد و همچنین تجمع نیکل را به طور متفاوتی در دو رقم ذکر شده گوجه فرنگی کاهش دهد. همچنین کاربرد توام کلسیم یا هیستیدین موجب تاثیر بسزایی در کاهش اثرات تنش نیکل به ویژه در رقم پتوارلی گردید. بنابراین نتایج حاصل از این دو رقم گوجه فرنگی نیز نشان داد که اثر متقابل کلسیم با هیستیدین موجب بهبود پاسخهای سازگارکننده به تنش اکسیداتیو ناشی از تنش نیکل گردید. بنابراین نتایج این پژوهش پیشنهاد می نماید که؛ کاربرد توام کلسیم و هیستیدین، تنش اکسیداتیو ناشی از مقادیر سمی نیکل را طریق مکانیسم های بازدارندگی جذب و انتقال نیکل به همراه بهبود و تقویت فرایند شلاته کنندگی نیکل در ارقام گوجه فرنگی مورد مطالعه کاهش داده است. سنجش عناصر مختلف با روش icp هم نشان داد که تجمع نیکل در اندام هوایی تحت تنش نیکل افزایش یافته است. مقادیر اضافی کلسیم و هیستیدین موجب کاهش تجمع نیکل ریشه و اندام هوایی و ضریب انتقال نیکل بویژه در گیاهان رقم پتوارلی تحت تنش نیکل گردید. تنش نیکل همچنین موجب کاهش تجمع عناصر تغذیه ای منیزیم، کلسیم، مس و آهن گردید و کاربرد کلسیم و هیستیدین موجب بهبود تغذیه گیاه از طریق کاهش جذب نیکل گردید. بنابراین کلسیم و هیستیدین موجب تخفیف اثرات مخرب نیکل بر تغذیه گیاهی بویژه در رقم پتوارلی گردیدند. سرانجام با توجه به داده های حاصل از روش icp و مطالعات هیستوشیمیایی، کلسیم و هیستیدین موجب بهبود تغذیه گیاهان تحت تیمار و کاهش تجمع نیکل بطورمتفاوت در ارقام مورد مطالعه شدند. با توجه به مطالعات هیستوشیمیایی، الگوی اصلی پراکنش نیکل در ریشه و اندام هوایی رقم پتوارلی، تحت تیمارهای مختلف نیکل حاوی یا بدون کلسیم و هیستیدین، با داده های حاصل از روش icp مطابقت دارد. بنابراین به طور کلی، اثر متقابل کلسیم و هیستیدین، از طریق ممانعت از تجمع و انتقال نیکل و همچنین بهبود تغذیه در ارقام گوجه فرنگی تحت تنش نیکل شدند، که این امر موجب بهبود پاسخ های سازگار کننده مختلف گیاهان مورد مطالعه جهت کاهش تنش نیکل گردید.

اثرات عصاره هیدروالکلی میوه گیاه ephedra major بر برخی از فاکتورهای بیوشیمیایی سرم، میزان پراکسیداسیون لیپیدی درگلبول های قرمز و میزان بیان ژن sglt1 در روده کوچک موش های صحرایی دیابتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - پژوهشکده علوم 1392
  مریم هاشمی نسب   محمدمهدی یعقوبی

دیابت ملیتوس یک بیماری متابولیک است که در اثر اختلال در ترشح انسولین و یا کاهش پاسخ دهی به انسولین ایجاد می شود. . از دیرباز گیاهان دارویی در درمان بیماری دیابت بکار رفته اند. لذا بررسی علمی اثربخشی و عوارض احتمالی آن ها از اهمیت زیادی برخوردار است. در این مطالعه خاصیت، آنتی هیپرگلایسمیک و آنتی لیپید پراکسیداتیو عصاره هیدروالکلی میوه گیاه ephedra major همچنین اثر این عصاره بر بیان ژن sglt1 در ژژنوم روده کوچک مورد بررسی قرار گرفت. بدین منظور ابتدا اثر دوز های mg/kg100 و 300 عصاره بر تست تحمل گلوکز (ogtt) بررسی و موثرترین دوز تعیین شد و به مدت 14 روز به صورت خوراکی تجویز شد. با تزریق استرپتوزوتوسین stz)) mg/kg i.p 60 در موش های صحرایی نر دیابت نوعi القا شد. 7 روز بعد از تزریق stz، موش هایی که گلوکز خون ناشتا آنها بیش از mg/dl 250 بود دیابتی محسوب و به 3 گروه تقسیم شدند وعصاره را با دوزه موثر mg/kg 300 و انسولین به میزان u/rat4 و cc0/5 آب مقطر(حلال عصاره) به مدت 14 روز به روش گاواژ دریافت نمودند. در پایان 14 روز، بعد از بیهوشی کامل حیوانات، خونگیری جهت سنجش فاکتورهای بیوشیمیایی سرم(گلوکز، کلسترول، تری گلیسرید، hdl، کراتینین، alt، ast ) با روش اسپکتروفتومتری با کیت های مربوطه انجام شد ضمنا سطـح mda(شاخص لیپیدپراکسیداسیون) در گـلـبـول-هـای قـرمـز خـون تعیین شد. همین طور بخش های کوچکی از ژژنوم روده کوچک جهت استخراج rna برای بررسی بیان ژن sglt1 به روش real time pcr جدا و به کار گرفته شد. نتایج بدست آمده از تست تحمل گلوکز نشان داد که تجویز حاد عصاره با دوز mg/kg300 به صورت حاد 30 دقیقه پس از تجویز به طور معنی داری سطح سرمی گلوکز را کاهش داد. تیمارموش های دیابتی با عصاره به مدت 14 روز اثری بر سطح سرمی گلوکز خون نداشت ولی میزان تری گلیسرید، کلسترول، vldl، ldl، کراتینین و پراکسیداسیون لیپیدی نسبت به گروه دیابتی به طور معنی داری کاهش و میزان hdl، alt، ast نسبت به گروه دیابتی به طور معنی دار افزایش یافت. بررسی میزان بیان ژن نشان داد که، بیان ژن sglt1 در موش های دیابتی نسبت به نرمال افزایش یافت ولی این افزایش معنی دار نبود همچنین تیمار موش-های دیابتی با عصاره بیان ژن را نسبت به گروه دیابتی افزایش داد ولی این افزایش معنی دار نبود. بنابراین عصاره متانولی گیاه ephedra major دارای خاصیت هیپوگلایسمیک ضعیف بوده ولی خاصیت آنتی لیپیدپراکسیداتیو و آنتی هیپرلیپیدمی بارز می باشد و تجویز 14 روزه آن اختلالی در شاخص عملکرد کلیه به وجود نیاورد ولی آنزیم های کبدی را افزایش داد. ضمنا کاربرد آن در موش های دیابتی به مدت 14 روز بر میزان بیان ژن ناقل سدیم-گلوکز در ژژنوم اثر معنی داری نداشت.

بررسی ژن های موثر در مقاومت به فلزات سنگین و نانو اکسیدهای فلزی در سودوموناس های جداسازی شده و کنترل زیستی آنها توسط آنتاگونیست های میکروبی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم پایه 1392
  شهلا سلطانی نژاد   گیتی امتیازی

با افزایش سطح فلزات در محیط به علت فعالیت های صنعتی و اعمال کشاورزی مدرن، باکتری ها استراتژی هایی را جهت کاهش غلظت درون سلولی آلوده کننده های سمی به روش های مختلف دارا می باشند. بنابراین محیط های آلوده به فلزات سنگین دارای میکروارگانیسم هایی با قابلیت مقاومت در برابر این فلزات هستند. پژوهش حاضر در ارتباط با بررسی ژن های موثر در مقاومت به فلزات سنگین و نانو اکسیدهای فلزی در سودوموناس های ایزوله شده و کنترل بیولوژیکی آنها بوسیل? آنتاگونیست های میکروبی می باشد. در ابتدا 15 سویه از نمونه های خاک و پساب جداسازی شد. هشت سویه بر اساس مقاومت بالا در برابر یون های مس و روی، نانو اکسید مس و نانو اکسید روی غربال گری گردید. سویه ها بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و آنالیز توالی ژن rrna s16 به عنوان سویه های سودوموناس شناسایی شدند. آنالیز ژن rrna s16 نشان داد که %25 سویه ها به سودوموناس پوتیدا، %25 به سودوموناس فلورسنس و %5/12 به سودوموناس آئروژینوزا تعلق دارند. تمام سویه ها به منظور تعیین حضور ژن های مربوط به مقاومت به یون های مس و روی (copa و czcc) مورد بررسی قرار گرفتند. برای این کار ابتدا dna ژنومی استخراج شده و با پرایمرهای اختصاصی طراحی شده برای این ژن ها pcr گردید. در میان سویه های غربال گری شده فقط fluorescens cuo-2 p. و p. putida zn-2 با پرایمرهای استفاده شده در این پژوهش ژن copa و سویه های p. fluorescens strain cuo-1، pseudomonas sp. zno-1، pseudomonas sp. zno-2 و putida zn-2 p. ژن czcc را دارا بودند. جهت تعیین نیمرخ پلاسمیدی باکتری ها، dna پلاسمیدی جداسازی شده و بوسیل? الکتروفورز ژل آگارز مشخص گردید. نتایج نشان داد که %75 سویه های جداسازی شده یک پلاسمید با وزن مولکولی بالا (kb 2/17) را حمل می نمایند، در حالی که سوی? p. putida zn-2 دارای دو پلاسمید می باشد. بیشترین غلظت قابل تحمل هم? سویه ها بر علیه یون های مس و روی، نانو اکسید مس، نانو اکسید روی و برخی از آنتی بیوتیک ها اندازه گیری شد. ارتباط بین مقاومت به فلزات سنگین و نانو اکسیدهای فلزی با مقاومت به آنتی بیوتیک ها با فرض مقاومت به استرس چندگانه در باکتری ها مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز آماری ارتباط مثبتی بین مقاومت به فلزات سنگین، نانو اکسیدهای فلزی و آنتی بیوتیک ها در تمام سویه ها نشان داد. اگزوپلی ساکارید تولید شده توسط سویه های مقاوم به نانواکسیدهای فلزی، استخراج گردیده و اثر محافظتی آنها بر روی سلول ها مورد ارزیابی قرار گرفت. کاهش در میزان اگزوپلی ساکارید بعد از برهم کنش مایع رویی کشت p. fluorescens cuo-1 با نانو ذرات cuo مشاهده گردید. طیف های ft-ir اگزوپلی ساکارید استخراج شده از مایع رویی کشت باکتری و نانو ذرات cuo بر هم کنش داده با اگزوپلی ساکارید، تقریباً مشابه بود. پوشانده شدن نانو ذرات بوسیل? اگزوپلی ساکارید به کمک آنالیز ft-ir و xrd تأیید گردید. بررسی اثر نانو ذرات cuo پوشیده شده با اگزوپلی ساکارید بر روی e. coli ptcc1336 و s. aureus ptcc1113 سمیّت کمتری در مقایسه با نانو ذرات cuo نشان داد. نتایج پیشنهاد می کند که پوشانده شدن نانو ذرات بوسیل? اگزوپلی ساکارید تولید شده بوسیل? باکتری ها می تواند یک مکانیسم احتمالی مقاومت در برابر این ذرات باشد. به منظور بررسی فعالیت آنتاگونیستی لاکتوباسیل ها علیه سودوموناس آئروژینوزا از 4 گون? لاکتوباسیلوس کازئی، لاکتوباسیلوس پلانتاروم، لاکتوباسیلوس بولگاریکوس و لاکتوباسیلوس برویس استفاده گردید. برای این کار کشت عاری از سلول لاکتوباسیل ها در محیط mrs فراهم گردیده و فعالیت ضدمیکروبی آنها بر روی سودوموناس آئروژینوزا به روش انتشار در آگار به کمک چاهک بررسی شد. پس از این که مشخص شد کدام لاکتوباسیلوس بیشترین اثر ممانعت کنندگی را دارد، قسمت های مختلف کشت آن مثل کشت کامل باکتری دارای cfu/ml 106، شیراب? اسیدی، شیراب? خنثی شده و سلول های شسته شد? لاکتوباسیلوس که در بافر نمکی با غلظت cfu/ml 106 سوسپانسیون گردیدند، فراهم شده و فعالیت ضد میکروبی آنها مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین تأثیر این بخش ها بر روی تولید بیوفیلم توسط سودوموناس آئروژینوزا نیز آزمایش گردید. نتایج نشان داد که هیچ گونه سلول زند? سودوموناس آئروژینوزا بعد از کشت در برابر نمون? شیراب? اسیدی و کشت کامل لاکتوباسیلوس برویس مشاهده نشد. در مقایسه با سودوموناس آئروژینوزای رشد کرده در محیط lb، نمون? کشت کامل و شیراب? اسیدی لاکتوباسیلوس برویس اثر ممانعت کنندگی معنی داری بر روی تولید بیوفیلم داشتند. با توجه به نتایج این پژوهش می توان بیان نمود که خاک های آلوده به فلزات سنگین منابع بالقوه ای برای جداسازی سویه های مقاوم به فلزات سنگین و نانواکسیدهای فلزی می باشند و درک اساس ژنتیکی مقاومت به فلزات سنگین در باکتری ها می تواند به استفاد? بهتر از این مکانیسم های طبیعی جهت بهبود محیط زیست هم? موجودات زنده منجر شود.

بررسی بیان ژن scgb2a2 در بافت توموری سینه بیماران مبتلا به سرطان سینه با استفاده از تکنیک real-time rt pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده علوم 1392
  مرضیه السادات اختردانش   محمدمهدی یعقوبی

در بسیاری از کشورهای جهان، من جمله کشورهای توسعه یافته، رایج¬ترین سرطان در بین زنان، سرطان پستان می¬باشد. در ایران سرطان پستان با فراوانی برابر 9/15 شایع¬ترین بدخیمی محسوب می-شود و سن ابتلا، نسبت به کشورهای غربی 10 سال کمتر می¬باشد. مقایسه آمار دوره¬های جدید با گزارشات قبلی مبین افزایش نسبتا سریع میزان بروز این بیماری در زنان ایرانی می¬باشد. بیشتر سرطان¬های پستان از سلول¬های سنگفرشی ناشی می¬شوند که لوبول¬ها و مجاری غدد پستانی را فرش کرده¬اند. تکامل و پیشرفت سرطان پستان با تغییرات متعدد چند ژنی که منجر به تغییرات کیفی و کمی در بیان ژن¬های فردی خواهد شد، همراه است. بسیاری از این تغییرات ژنتیکی در سطح سلولی به صورت تغییر در میزان رونوشت ژن¬های دخیل نمود پیدا می¬کند، تعیین این رونوشت¬ها و بررسی ویژگی¬های آنها، اطلاعات بالینی مفیدی را در زمینه مدیریت و تشخیص بیماری فراهم می¬کند و همچنین درک ما را در زمینه بیماری¬زائی سرطان پستان افزایش می¬دهد. یکی از این ژن¬ها، ژن scgb2a2 می¬باشد که در تحقیقات انجام شده در سال¬های اخیر، تغییر بیان آن در بافت¬های توموری پستان گزارش شده است. عملکرد این ژن ناشناخته است اما این ژن متعلق به خانواده¬ای است از پروتئین¬های ترشحی مخاطی کوچک که می¬توانند فرایند¬های التهابی را تعدیل کنند و به لیگاندهای استروئیدی متصل شوند. با توجه به اهمیت و ضرورت مطالعه بیماران مبتلا به سرطان پستان، در این پژوهش به بررسی میزان بیان ژن scgb2a2 در بیماران مبتلا به سرطان پستان در جمعیت شهرستان-های زاهدان؛ بم و کرمان پرداخته شد. در این مطالعه 22 نمونه کنترل و 17 نمونه بافت توموری سرطان پستان از مراکز درمانی جمع آوری شده و در ادامه، به منظور بررسی بیان کیفی و کمی ژن scgb2a2، از بافت¬های جمع آوری شده، rna استخراج گردید و با استفاده از تکنیک مولکولی real-time rt pcr مورد بررسی واقع شد. نتایج نشان داد که بیان ژن scgb2a2 در نمونه¬های توموری پستان در مقایسه با گروه کنترل به میزان چند برابر بالاتر است. علاوه بر این بیان ژن scgb2a2 در نمونه¬های توموری با درجه بافتی متفاوت نیز، مورد بررسی قرار گرفت و نتایج نشان داد که بین بیان ژن scgb2a2 در تومورهای gradeiii با بیان در تومورهای gradei و gradeii، اختلاف معنی¬داری وجود ندارد.

بررسی تاثیر نیتریک اکسید و سالیسیلیک اسید برپاسخ های دفاعی گندم به تنش شوری و اسمزی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده علوم 1393
  مهدی ناصرعلوی   خسرو منوچهری کلانتری

کمبود آب ناشی از تنش خشکی و یا شوری از مضرترین تنش های زیست محیطی است که گیاهان آن را در طول چرخه زندگی خود تجربه می کنند. محدودیت دسترسی آب ناشی از خشکی و یا شوری منجر به القای تنش اسمزی می شود. بنابراین این دو عامل تنش زا می توانند اثرات مشابهی را بر فیزیولوژی گیاهان داشته باشند. در نتیجه محدودیت تثبیت co2، گونه های فعال اکسیژن ( ros ) به مقدار زیادی درکلروپلاست و اندامک ها دیگر تولید می شوند که از طریق پراکسیداسیون لیپید های غشایی، اکسیداسیون پروتئین ها، مهار آنزیم ها و صدمه به اسیدهای نوکلئیک منجر به اختلال در متابولیسم سلولی می گردند. به هر حال، مهار گونه های فعال اکسیژن توسط سیستم های آنزیمی و غیر آنزیمی ، بیان آکواپورین ها و پروتئین های تنشی از مکانیسم های حیاتی تحمل تنش کمبود آب است. سالیسیلیک اسید (2_هیدروبنزوئیک اسیدsa; ) هورمون تنظیم کننده درون زایی است که فرایند های گوناگون وگسترده ای از جمله جوانه زنی بذر، جذب و انتقال یون، نفوذ پذیری غشاء، و فتوسنتز را در گیاهان تحت تاثیر قرار می دهد. همچنین sa، سیگنال مهم درگیر فعال سازی پاسخ های دفاعی گیاه در برابر تنش های زنده و غیرزنده می باشد که نقش بسیار مهمی را در تنظیم فرایندهای فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی گیاه دارد. نیتریک اکسید (no) مولکول فعال زیستی وگازی بی رنگ است که در بسیاری از وقایع بیولوژیکی، ناشی از مولکول های رادیکال آزاد، نقش دارد. با توجه به اینکه no در اربیتال ? دارای یک الکترون جفت نشده می باشد ممکن است به عنوان مولکولی خاص واکنش های درگیر واکنش های اکسیدان و یا به عنوان یک آنتی اکسیدان در گیاهان وارد عمل شود. بنابراین no دارای خواص آنتی اکسیدان و به عنوان یک عامل آنتی اکسیدان قادر به غیرفعال کردن ros می باشد و همچنین به عنوان یک مولکول سیگنالینگ منجر به تغییرات بیان ژن های آنتی اکسیدان و به موجب آن محافظت از سلول های گیاه درآسیب های اکسیداتیو تحت تنش غیرزنده می گردد. گوانیلات سیکلاز محلول، گیرنده اصلی داخل سلولی no است. این آنزیم بیوسنتز پیامبر ثانویه، گوانوزین 5و3 منو فسفات (cgmp) را که یک تنظیم کننده قوی متابولیسم سلولی است وعملکرد های مختلف سلول را بطور قابل توجهی تحت تاثیرقرار می دهد را کاتالیز می کند. اغلب اثرات no از طریق القای گوانیلات سیکلاز محلول و تجمع cgmp اعمال می شود. متیلن بلو(mb) از تجمع cgmp، از طریق بازدارندگی آنزیم گوانیلات سیکلاز و بنابراین فعالیت no جلوگیری می کند. پژوهشی جهت مطالعه اثر sa، نیتروپروساید سدیم (snp) به عنوان رها کننده no و mb بر عملکرد دانه رست گندم در دو غلظت ایزواسمزی ایجاد شده با پلی اتیلن گلیکول ( peg 6000 ) و نمک (nacl)انجام شد. تنش اسمزی به طور قابل توجهی وزن تر ساقه ( sfw ) ، محتوای کلروفیل ( chla ، chlb ، chl کل)، شاخص پایداری غشاء ( msi )، اسید اسکوربیک (asa)، گلوتاتیون (gsh) را کاهش و نیز سطح مالون دآلدئید (mda)، فعالیت لیپواکسیژناز (lox ) و تولید پراکسید هیدروژن ( h2o2 ) را افزایش داد. علاوه بر این میزان پرولین، اسید آمینه های آزاد ، قندهای محلول ، محتوای فنل محلول را به عنوان آنتی اکسیدان های غیر آنزیمی، و فعالیت آنتی اکسیدان های آنزیمی از جمله؛ فنیل آلانین آمونیالیاز((pal، آسکوربات پراکسیداز ( apx ) ، سوپراکسید دیسموتاز (sod)، گایاکل پراکسیداز (gpx)، گلوتاتیون ردوکتاز (gr) و فعالیت آنزیم کاتالاز (cat) تحت تنش اسمزی افزایش یافت. علاوه بر این، شوری به طور قابل توجهی باعث افزایش جذب +na و هر دو تنش باعث کاهش جذب +k، +ca2، آهن و فسفر شدند. و در تمام موارد اثر تنش اسمزی حاصل از peg شدیدتر بود. در مقابل پیش تیمار با sa یا snp آثار مخرب تنش اسمزی را با افزایش بیشتر فعالیت آنتی اکسیدانی (pal،apx ،gpx ، sod، gr ) افزایش دادکه منجر به افزایش sfw ، chl و msi و کاهش سطح mda و فعالیت lox ، h2o2 و افزایش تولید پرولین ، اسید آمینه های آزاد کل، قندهای محلول، asa، gsh، k+، +ca2، آهن، فسفر و نسبت +k+/na گردید. با این حال، پیش تیمارگیاهان با mb اثرات محافظتی sa و snp را کاهش داد و یا جلوگیری کرد که نشان می دهد اثرات محافظتی به احتمال زیاد به سیگنالینگ no نسبت داده می شود. بنابراین اثرات مشابه sa و snp بر عملکرد گیاه قبل و بعد از کاربرد mb ممکن است این مفهوم را برساند که sa برتنش اسمزی از طریق افزایش فعال سازی آنزیم های آنتی اکسیدان که شبیه به عملکرد no و احتمالا از طریق مسیر cgmp می باشد غلبه می کند.

استخراج و تخلیص فعال کننده ی پلاسمینوژن بافتی انسانی (t-pa) از گیاهان تراریخت توتون
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده کشاورزی 1388
  حیدر سیفی نبی آباد   محمدمهدی یعقوبی

امروزه کشاورزی مولکولی و تولید گیاهان تراریخته، باعث شده است که از گیاهان برای درمان بیماری هایی استفاده شود که تا پیش از این به وسیله داروهای شیمیایی یا مواد زیستی بدست آمده از حیوانات یا میکروارگانیسم ها درمان می شدند. از این رو گیاهان تراریخته می توانند به عنوان بیوراکتور جایگزین مناسبی برای سیستم های رایج بیان کننده پروتئین های نوترکیب باشند. یکی از داروهای مهم برای سکته های قلبی و مغزی، پروتئین نوترکیب t-pa (اسم تجاری اکتیواز یا آلتپلاز ) است که به دلیل کمیاب بودن و قیمت بالا در دسترس عموم بیماران نیست. به همین علت اهمیت تولید آن در کشور فوق العاده زیاد احساس می شود. در این تحقیق گیاهان توتون تراریخت تولید شده توسط گروه بیوتکنولوژی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس، به منظور استخراج و تخلیص پروتئین t-pa کشت داده شد. جهت بررسی بیان ژن در گیاهان تراریخت و اطمینان از تراریخت بودن آنها، از روش های مقاومت به آنتی بیوتیک، pcr و rt-pcr استفاده شد. با کشت بذر روی محیط کشت ms حاوی آنتی بیوتیک کانامایسین فقط گیاهان تراریخت قادر به جوانه زنی شدند. همچنین در روش های pcr و rt-pcr تکثیر ژن t-pa با آغازگر اختصاصی نشان داد که فقط گیاهان تراریخت در مقایسه با شاهد، باند تکثیر شده مربوطه(1.7kb) را نشان دادند. همچنین در مرحله رونویسی مشخص شد که یک باند اضافی (650bp) تکثیر می شود که بعد از توالی یابی و جستجوی توالی های همپوشان مشخص شد که همان cdna ژن t-pa می باشد فقط توالی دامنه های کرینگلی t-pa از آن حذف شده است. بعد از تایید تراریخت بودن و بیان ژن در گیاهان، به کمک روشهای کروماتوگرافی تمایلی لیزین سفارز و فیلتراسیون ژلی اقدام به تخلیص t-pa نوترکیب انسانی گردید و با الکتروفورز ژل sds خالص بودن t-pa و به کمک آزمون زیموگرافی فعال بودن این پروتئین نشان داده شد.

جداسازی و کشت سلول های بنیادی پالپ دندان انسان و القای تمایز آنها به سلول های عصبی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده علوم پایه 1388
  بهنام ابراهیمی   مهدی عباس نژاد

سلول های بنیادی پالپ دندان انسان (dpscs) یکی از منابع سهل الوصول سلول بنیادی بزرگسال هستند که با روش های غیرتهاجمی می توان به آن دست یافت. این سلول ها را می توان به انواع سلول های تخصص یافته نظیر سلول ماهیچه، سلول عصبی، سلول استخوان و اُدونتوبلاست تمایز داد. برای استفاده از این سلول ها در پزشکی ترمیمی نیاز به شناخت ژن ها و شبکه های پروتئین- پروتئین کنترل کننده حالت بنیادی بودن و نیز تغییرات مولکولی روند تمایز می باشد، تا بتوان dpscها را به طور هدفمند و آگاهانه به سمت یک نوع سلول خاص تمایز داد. اهداف این پژوهش جداسازی و القای تمایز عصبی در سلول های بنیادی پالپ دندان انسان و بررسی بیان تعدادی از ژن های مسئول خودبازسازی و همچنین مارکر سلول عصبی قبل و بعد از تمایز به روش rt-pcr و ایمونوسیتوشیمی بود. نتایج نشان داد dpscها مارکرهای سلول بنیادی oct4، nanog، jmjd1a، jmjd2c، nucleostemin، cyclin d1 و slain1 را بیان می کنند. بیان برخی از این ژن ها nucleostemin)، cyclin d1 و nanog) بعد از تمایز کاهش یافت که نشان دهنده خروج از چرخه سلولی و از دست دادن حالت خودبازسازی می باشد. بعد از تمایز نیز این سلول ها ظاهر شبه عصبی به خود گرفته و بیان مارکرهای map2، nf-h و gfap افزایش یافت. بیان برخی از ژن های مهم در خودبازسازی و بیش توانی سلول های بنیادی توسط سلول های جدا شده از پالپ دندان انسان توانایی بالای بیش توانی و همچنین تراتمایز را همانند سلول های بنیادی رویانی در این سلول ها نشان می دهد. بنابراین dpsc ها می توانند به عنوان یکی از منابع سلول بنیادی بزرگسال و چندتوان در پزشکی ترمیمی و سلول درمانی بکار روند.

انتقال ژن اینترفرون گامای انسانی به گیاه کلزا (brassica napus) و باززایی گیاهان تراریخت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده کشاورزی 1387
  نازنین طاهری جوان   محمدمهدی یعقوبی

در دسترس بودن پروتئینهای انسانی نوترکیب باعث تحولی در استفاده از پروتئینهای ارزشمند از نظر دارویی در پزشکی بالینی شده است. گیاهان به عنوان سیستم های موفق در تولید پروتئین های نوترکیب شناخته شده اند که در میان آنها علاوه بر توتون، گیاه کلزا نیز انتخاب مناسبی جهت تولید پروتئین های نوترکیب می باشد. اینترفرون ها از جمله پروتئین هایی هستند که ارزش درمانی بالایی دارند. مطالعات پزشکی نشان می دهد که اینترفرون می تواند تا حدودی به عنوان دارو برای آلودگی های ویروسی، سرطان و بیماری های خود ایمن مورد استفاده قرار گیرد. بنابراین، علاقه شدیدی برای تولید اینترفرون از منابع دائمی، ایمن و ارزان حائز اهمیت است. در این تحقیق ژن اینترفرون گامای انسانی که تحت پروموتر napin در پلاسمید pbi121 کلون شده بود به اگروباکتریوم سویه lba4404 منتقل گردید و به وسیله colony pcr با آغازگرهای اختصاصی تأیید شد. سپس پلاسمید نو ترکیب شامل ژن اینترفرون گامای انسانی به کمک اگروباکتریوم به گیاه کلزا منتقل گردید. ریزنمونه های کوتیلدونی از گیاه کلزا کولتیوار pf4570/91 برای تراریخت سازی مورد استفاده قرار گرفت و تعداد 15 گیاه تراریخت به دست آمد. گیاهان تراریخت بر روی محیط ms حاوی mg/l25 آنتی بیوتیک کانامایسین انتخاب شدند. آنالیز مولکولی گیاهان تراریخت وجود ژن اینترفرون گامای انسانی را در گیاهان تراریخت تأیید نمود. بیان پروتئین نوترکیب در بذر از این نظر جالب توجه است که تجمع پروتئین در غلظت نسبتاً بالا و به صورت پایدار در حجم فشرده و متراکم امکان پذیر است که برای استخراج و تخلیص بسیار مناسب می باشد. برای بیان اینترفرون گامای انسانی در بذر گیاه کلزا در این تحقیق از آغازگر اختصاصی بذر napin استفاده شد. تولید پروتئین اینترفرون گاما و تجمع آن در بذر گیاهان تراریخت به کمک تکنیک sds-page تأیید گردید.

مطالعه همانندسازی dna ویروس آبله مرغن - زونا (vzv) در شرایط آزمایشگاه (in vitro)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1377
  محمدمهدی یعقوبی   مجید صادقی زاده

زیست شناسی مولکولی ویروس آبیه مرغان - زونا (vzv) که از عوامل مهم بیماریزای انسانی و عضو خانواده هرپس ویریده می باشد، نسبت به سایر اعضای هم خانواده اش مانند hsv - 1 پیشرفت چندانی نداشته است . علت مهم این امر آن است که ویروس در کشت سلول به صورت آزاد وجود ندارد و برای مطالعه باید با روشهای سخت و وقت گیری آن از سطح سلول جدا نمود. در حالی که ژنهای لازم برای همانندسازی dna ویروس hsv - 1 به تعداد هفت ژن از میان هفتاد ژن آن با روش challberg شناسایی شده است ، اما هنوز حداقل ژنهای ضروری برای همانندسازی dna ویروس vzv ناشناخته است . در این پژوهش سعی بر آن بود تا به روش شالبزگ و با استفاده از چهار کاسمید هم پوشان حاوی ژنوم vzv می توانند پس از ورود همزمان به درون سلول منجر به cpe و پلاک شوند، تکثیر پلاسمید حاوی منشا همانندسازی ویروس در حضور آن کاسمیدها بررسی شود. نتایج نشان داد که این پلاسمید می تواند در حضور چهار کاسمید در سلول همانندسازی در ژنوم ویروس قرار داشته و فعال نیز می باشند. حال برای جداسازی حداقل ژنهای لازم برای همانندسازی dna ویروس می توان به روش زیر کلون سازی این ژنها را از داخل کاسمیدها بیرون کشید.