نام پژوهشگر: صفیه صوفیان

تولید پروتئین نوترکیب لایزوستافین و بررسی فعالیت ضد استافیلوکوکی آن بر علیه استافیلوکوک اورئوس تحت شرایط in vitro و in vivo
پایان نامه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان مرکزی - دانشکده پزشکی 1392
  لیلا فرهنگ نیا   حمید ابطحی

زمینه و هدف: استافیلوکوک اورئوس عامل طیف وسیعی از عفونت ها، از عفونت های پوستی تا انتشار آن ها و عفونت های سیستمیک منجر شونده به نارسایی ارگانی و مرگ می باشد. مقاومت دارویی در این گروه از پاتوژن ها یک نگرانی جهانی است و نیازمند توسعه ی عوامل درمانی جدید می باشد. لایزوستافین یک نمونه از این عوامل است. لایزوستافین یک باکتریوسین تولید شده بوسیله ی استافیلوکوک سیمولانس می باشد که باعث کشتن سلول های استافیلوکوک اورئوس از طریق تخریب دیواره سلولی استافیلوکوک می شود. هدف از این مطالعه بیان بالا و بررسی فعالیت ضد استافیلوکوکی پروتئین نوترکیب لایزوستافین بر علیه استافیلوکوک اورئوس تحت شرایط in vitroو in vivo می باشد. مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، قطعه حاوی ناحیه پپتید بالغ ژن لایزوستافین به طول 738 جفت باز پس از تکثیر با استفاده از روش pcr در ناقل پلاسمیدیpet32a کلون و بیان شد. پس از خالص سازی بر اساس کروماتوگرافی تمایلی، پروتئین نوترکیب لایزوستافین با روش وسترن بلات با استفاده از سرم موش های تلقیح شده با پروتئین تجاری لایزوستافین بررسی شد. سپس فعالیت ضد استافیلوکوکی لایزوستافین نوترکیب تولید شده در آزمایشگاه در شرایط in vitro و in vivo ارزیابی گردید. یافته ها: نتایج pcr و تعیین توالی نشان داد که ژن هدف به درستی در ناقل پلاسمیدی کلون شده است. بیان پروتئین با استفاده از iptg القا شد. پروتئین بیان شده بر اساس کروماتوگرافی تمایلی به وسیله کیت ni-nta تخلیص و با آنتی بادی های استفاده شده در وسترن بلات واکنش داد. پروتئین نوترکیب با وزن مولکولی 42 کیلو دالتون به دست آمد. نتایج حاصل از بررسی فعالیت ضد استافیلوکوکی نشان داد که لایزوستافین نوترکیب قادر به لیز سلولی و کشتن سلول های استافیلوکوک اورئوس در بینی حیوان می باشد. نتیجه گیری: پروتئین نوترکیب لایزوستافین قادر به لیز سلول های استافیلوکوک اورئوس می باشد، از این رو این پتانسیل را دارد که در پیشگیری و درمان عفونت های استافیلوکوکی به کار گرفته شود. بنابراین با تولید پروتئین خالص و فعال لایزوستافین در آزمایشگاه می توان آن را به عنوان یک داروی موثر برای استافیلوکوک اورئوس مطرح کرد.

بررسی اثرات نانو ذرات اکسید آهن بر روند تمایز سلولهای بنیادی مزانشیمی به استخوان در موش mice
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1392
  لیلا دینی   محمدزمان کسایی

هدف : در این مطالعه برای بررسی اثرات نانوذرات اکسیدآهن بر سلولهای بنیادی مزانشیمی موش از دو مقدار 30 و 60 میکروگرم نانوذرات اکسیدآهن استفاده شد. مواد و روش ها : در ابتدا سلول های مغز استخوان ، از استخوان فمور موش های mice گرفته شده و در فلاسک حاوی محیط کشت که مخلوطی از سه ماده dmem ، ماده مغزی fbs ، آنتی بیوتیک های پنی سیلین و استروپتومایسین می باشد قرار می دهیم و بعد از سه مرحله محیط کشت را تعویض می کنیم تا سلول های بنیادی مزانشیمی بدست آید که این سلول ها در کف پلیت ها تشکیل پلاک سلولی را می دهند و سپس نانوذرات اکسیدآهن را در دو مقدار 30 و 60 میکروگرم به صورت سوسپانسیون به پلیت های حاوی پلاک سلولی اضافه کرده و محیط کشت استخوانی هم به آن اضافه می کنیم گروه کنترل شامل سلول های بنیادی مزانشیمی در محیط کشت استخوانی وفاقد نانوذرات است. نتیجه گیری : بعد از 15 روز سلول ها بررسی شده و با استفاده از تکنیک rt-pcr بیان سه ژن استئوکلسین، استئوپونتین و آلکالین فسفاتاز تایید شد و با مشخص شدن رسوب های کلیسم در آزمون آلیزارین رد تمایز سلول-های بنیادی مزانشیمی به استئوبلاست ها به خوبی نمایان شد.

طراحی پپتیدوممتیک مهار کننده های جدید پروتئاز htlv-1 بر اساس مطالعات داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی
پایان نامه دانشگاه تربیت معلم - سبزوار - دانشکده علوم پایه 1393
  جواد ملکی   میترا خیرآبادی

ویروس htlv-1 از خانواده رتروویروس ها می باشد و باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl) ، تشنج گرمسیری فلج کننده (ham/tsp ) و اختلالات عصبی می گردد. پروتئین پروتئاز یکی از مهمترین آنزیم های ویروسی بشمار می رود و با مهار آن می توان از ادامه چرخه آلودگی این ویروس جلوگیری بعمل آورد. سری جدیدی از مهار کننده ها را ایجاد گردید و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن ها به پروتئین پروتئاز را سنجیده شد. ترکیبات بر اساس مشابهت با پپتید اصلی و بر پایه مقلدهای پپتیدی توسط برنامه هایپرکم ایجاد و بهینه . ساختار کریستال پروتئاز ویروس htlv-1 از بانک اطلاعات پروتئینی دانلود گردید و توسط برنامه گرومکس طی عمل دینامیک مولکولی به حالت اولیه خود تبدیل گردید، این عمل بر روی پروتئازهای ویروس های hiv و blvنیز صورت گرفت. خصوصیات admet مهارکننده های طراحی شده توسط برنامه های تحت وب molinspiration، molsoft و lazar مورد ارزیابی قرار گرفت. عمل داکینگ مولکولی توسط برنامه اتوداک بر روی مهارکننده های طراحی شده انتخاب شده انجام گردید و دو ترکیبی که بهترین نتیجه را ارائه داده بودند انتخاب شده و عمل داکینگ با پروتئازهای ویروس hiv و blv نیز انجام گردید. عمل دینامیک مولکولی بر روی بهترین نتایج حاصل از داکینگ مولکولی ویروس های htlv-1 و hiv توسط گرومکس بمدت 20 نانوثانیه انجام گردید. نتایج حاصل از بررسی های admet، داکینگ و دینامیک مولکولی به ما نشان دادند ترکیبات جدید که بر پایه مقلدهای پپتیدی (سولفانوپپتویدها) ایجاد شده اند ، می توانند ترکیبات بالقوه ای برای مهار پروتئازهای ویروسی باشند و با ایجاد تغییرات مناسب در آن ها می توان از این ترکیبات هدف بعنوان ترکیبات موثری برای مهار و مبارزه با عفونت های ویروسی استفاده نمود .

طراحی آنالوگ پپتید ضدباکتریایی: سنتز شیمیایی و بررسی آن با روش طیف سنجی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  صفیه صوفیان   محمدنبی سربلوکی

چکیده ندارد.

پیشگویی ساختمان قطعه 59-105 لیزوزویم و بررسی ارتباط تکاملی بین لیزوزوم ها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1378
  صفیه صوفیان   حسین نادری منش

ساختمان سوم قطعه 59-105 لیزوزیم به کمک نرم افزار fasta و whatif شبیه سازی شد. و به کمک whatif شبیه سازی شد. و به کمکک modeller از نظر انرژی حداقل شد. مدل دارای دو صفحه بتا و دو مارپیچ آلفا می باشد. اختلاف بین ساختارها به علت اثرات نیروهای دامنه بلند است . در بررسی تکاملی بین لیزوزیمها، میزان شباهتهای ساختار انواع لیزوزیمها به کمک نرم افزار dali مشخص شد. سپس ردیف سازی توسط e.coli جد اولیه لیزوزیم ها است و ارتباط انواع لیزوزیم ها از نوع تکامل متقارب است .