نام پژوهشگر: محمد زکی عقل

شناسایی ملکولی ویروس زردی غربی چغندرقند
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1392
  قاسم ترابی   بهروز جعفرپور

ویروس زردی غربی چغندرقند (beet western yellows virus-bwyv) عضو تیپ جنس polerovirus از خانواده luteoviridae می باشد که به عنوان یکی از مهم ترین ویروس های آلوده کننده چغندرقند شناخته شده است. به منظور بررسی و تعیین پراکنش ویروس زردی غربی چغندرقند (bwyv) طی تابستان و پاییز 1390-1389 تعداد 1145 نمونه از مزارع چغندرقند استان خراسان رضوی جمع آوری شد. نمونه برداری به دو صورت جمع آوری گیاهان دارای علائم زردی، ضخیم و شکننده شدن برگ ها، کوتولگی برگ ها و سیاه شدن برگ ها، چروکیدگی و لکه های نکروتیک برگ ها و همچنین به روش تصادفی جهت تعیین پراکنش انجام شد. برای شناسایی اولیه و تعیین پراکنــــش از روش های ســــرولوژیک tas-elisa و das-elisa استفاده شد که تعداد 200 نمونه آلوده تشخیص داده شد. بطور کلی متوسط میزان پراکنش این ویروس در استان خراسان رضوی برابر 56/17% بود. بیشترین درصد آلودگی در شهرستان چنـــاران با 33/23% و کمترین میزان در شهرستان قوچان با 9/10% مشاهده شد. جهت شناسایی نهایی در جدایه های ایرانی شناسایی شده در این تحقیق، ژن سوم با اندازه ی تقریبی 609 جفــت باز در آزمـــون rt-pcr تکثیر و از میان نمونه های آلوده هفت جدایه جهت تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب شدند. ترادف های توالی یابی شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi ثبـــت شده، با سایر ترادف های جهانی مقایسه شدند. نتایــــــــــــــج همولوژی با استفاده از نـــــــــرم افزارdnaman version 7 مورد بررسی قرار گرفـــــــت که نتـــــایج حاصله نشاندهنده بیشترین شباهت آنها با ایزولــــه ها ی چینــــی (hm804471 ,hm804472) بود. این شباهت در سطح نوکلئوتیدی 5/99% و در سطح آمینواسیدی 3/99% بود. همچنین نتایج به دست آمده از آنالیز فیلوژنتیکی ژن orfiii با استفاده از نرم افزار 2/5mega و بکارگیری روش neighbor joining بیشترین درصد تشابه را با استرین های چینی تأیید نمود. همچنین توالی یابی این ژن استراتژی بیان ژن readthrough را ثابت کرد. هم ردیف سازی توالی آمینواســـــیدی orfiv جدایه های ایرانی با سایر جدایه های موجود در بانک ژن، قابلیت انتقال تمامی جدایه های ایرانی را توسط شته ناقل تأیید کرد.

ردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی عوامل فایتوپلاسمایی انگور در منطقه مرکزی ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده علوم کشاورزی 1392
  مهدی میرچناری   امیر مساح

فایتوپلاسماها به عنوان یکی از مهم ترین عوامل ایجادکننده بیماری در روی گیاهان، خسارات فراوانی به انگور در سراسر جهان وارد می کنند. طی سال های اخیر در مناطق مرکزی ایران علائم پیچیدگی، زردی و ارغوانی شدن برگ درختان مو مشاهده شد که با علائم بیماری های فایتوپلاسمایی شباهت داشت. به منظور شناسایی و گروه بندی فایتوپلاسماهای آلوده کننده انگور منطقه مرکزی ایران، نمونه هایی با علائم فایتوپلاسمایی جمع آوری شد و استخراج dna از رگبرگ نمونه ها صورت گرفت. برای ردیابی فایتوپلاسما در نمونه ها از واکنش pcr با جفت آغازگر های عمومی ناحیه 16s rrna فایتوپلاسماها استفاده شد. به این منظور در واکنش pcr دور اول، جفت آغازگر های p1/p7 و p1a/p7a استفاده شدند. با استفاده از آغازگر p1/p7 در تعداد محدودی از نمونه ها قطعه bp 1784 تکثیر شد، ولی استفاده از آغازگر p1a/p7a منجر به تکثیر قطعه bp 1759 در تعداد بیشتری از نمونه ها شد. برای تکثیر نواحی مشخصی از قسمت داخلی ناحیه 16s-23s rrna تکنیک nested-pcr با استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r16r2 به کار گرفته شد. استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r2 در nested-pcr بعد از pcr دور اول با جفت آغازگرهای p1/p7 و p1a/p7a منجر به تکثیر قطعه bp 1239 در تعداد زیادی از نمونه های جمع آوری شده در اواخر تابستان و اوایل پاییز شد، ولی تکثیر قطعه مورد نظر در نمونه های بهاره و اوایل تابستان موفقیت آمیز نبود. برای بررسی بیشتر این نمونه ها از جفت آغازگرهای fuu5/ru3، pa2f/r و npa2f/r در nested-pcr از محصول pcr جفت آغازگر p1a/p7a استفاده شد. استفاده از جفت آغازگرها fuu5/ru3، pa2f/r و npa2f/r در نمونه های مثبت منجر به تکثیر قطعات bp 876، bp 1178 و bp 485 شد. بر اساس این نتایج استفاده از جفت آغازگرهای fuu5/ru3، pa2f/r و npa2f/r برای ردیابی فیتوپلاسمای انگور مناسب تشخیص داده شد ولی ترکیب جفت آغازگر p1a/p7a در pcr دور اول و r16f2n/r2 در دور دوم بهترین روش برای ردیابی فایتوپلاسماهای انگور ارزیابی گردید. به منظور شناسایی جدایه های عامل بیماری در نمونه های انگور جمع آوری شده، از آزمون pcr-rflp استفاده شد. به این منظور یک قطعه bp 1239 با استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r2 در واکنش nested-pcr در جدایه های مختلف تکثیر شد و سپس این قطعه توسط آنزیم های برشی hea???، hinf?، mse?، msp?(hap??)، rsa? و taq? مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. بر اساس این آزمون، جدایه های فایتوپلاسمایی در دو گروه ? و ?? طبقه بندی شدند. بر اساس آزمون pcr-rflp ده جدایه از مناطق، گهرود، سامان و فرخ شهر استان چهارمحال و بختیاری ، تیران و شهرضای استان اصفهان، ملایر استان همدان و مروست استان یزد به عنوان نماینده برای تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب گردیدند. مقایسه توالی های نوکلئوتیدی این جدایه ها با توالی های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های مورد مطالعه، دارای بیش از 99% یکنواختی با توالی گونه candidatus phytoplasma solani ثبت شده در بانک ژن می باشند. رسم درخت تبارزایی به روش neighbor-joining با 10000 تکرار، مشخص نمود که جدایه های فایتوپلاسمایی متعلق به گروه stolbur group (16srxii) ازگونه ca. phytoplasma solani می باشند. با توجه به گزارش گونه ca. phytoplasma solani از روی میزبان های دیگر در مرکز ایران، احتمالاً ناقل مشترکی در گسترش این گونه فایتوپلاسمایی نقش دارد.

شناسایی و بررسی مولکولی ویروس زردی چغندرقند (beet yellows virus) در برخی از نقاط ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1392
  محدثه گرامی نوقابی   محسن مهرور

ویروس زردی چغندرقند (beet yellows virus-byv) عضو تیپ جنس از خانواده closteroviridae می باشد که به عنوان دومین ویروس غالب گیاهان خانواده کنوپودیاسه در ایران شناخته شده است. به منظور شناسایی و تعیین برخی از خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی byv در طی سال های1392-1391 تعداد 175 نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی از مزارع کاشت چغندرقند در استان های خراسان رضوی، کرمانشاه، همدان و آذربایجان غربی جمع آوری شد. در ابتدا جهت ارزیابی وجود ویروس در نمونه های مشکوک به آلودگی از آزمون سرولوژیکی dad-elisa استفاده گردید. نتایج نشان داد که از میان 175 نمونه برگی 18 نمونه آلوده به این ویروس بودند. جهت شناسایی، و بررسی تنوع ژنتیکی در جدایه های ایرانی شناسایی شده در این تحقیق ژن های ششم (orf 6) و هشتم (orf 8) ویروس با اندازه های تقریبی به ترتیب 615و 534 جفت باز در آزمون pcr تکثیر و از میان نمونه های آلوده هفت جدایه جهت تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب شدند. رسم درخت فیلوژنی برای هر دو ژن با استفاده از نرم افزار mega 5.2 و بکارگیری روش neighbor joining انجام شد. نتایج حاصل از آنالیزهای فیلوژنی در مورد ژن شش ویروسی نشانگر دارا بودن بیشترین درصد تشابه جدایه های ایرانی با جدایه ای از اوکراین (x73476) 79/94-19/99% بود. نتایج به دست آمده از آنالیز فیلوژنتیکی ژن هشتم byv نیز نشان داد که جدایه ایرانی دارای بیشترین درصد تشابه در سطح nt با جدایه از اوکراین و به اندازه 58/99% می باشد. در هر دو درخت فیلوژنی رسم شده تمامی جدایه های ایرانی به همراه جدایه اوکراین در یک گروه قرار گرفتند. این مطالعه اولین گزارش این ویروس از شهرستان سبزوار می باشد و هم چنین در استان های مورد بررسی تاکنون نمونه های آلوده یافت شده توالی یابی نشده و این مهم برای اولین بار در این مطالعه صورت گرفته است.

شناسایی ویروس y سیب زمینی به روش lamp و مقایسه این روش با روشهای pcr و elisa
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1392
  محسن عسکرزاده گوگدره   محسن مهرور

انتخاب روش مناسب و سریع جهت شناسایی عوامل ویروسی که گاهاً خسارات شدیدی بر عملکرد سیب زمینی دارند از اهمیت ویژه ای برخوردار است، بدین منظور روشهای تشخیصی متعددی وجود دارد که تکنیک lamp یکی از آنها می باشد. جهت بررسی کارایی این تکنیک جهت شناسایی ویروس y سیب زمینی و مقایسه آن با روشهای pcr و elisa ابتدا تعداد 250 نمونه برگی از استان خراسان رضوی جمع آوری شد و سپس از انجام تست الایزا با هریک از نمونه تعداد 26 نمونه آلوده بودند. سپس با بهینه سازی دمایی تکنیک lamp، واکنش lamp و pcr از نظر حساسیت در تشخیص نسبت های رقیق سازی مشخص از dna تکثیر شده از روی rna ویروس مورد ارزیابی قرار گرفت. در ادامه حساسیت سه تکنیک تشخیصی elisa، pcr و lamp برای شناسایی ویروس در نمونه های ایجاد شده از نسبت های ترکیبی مشخص از گیاه محک آلوده و سالم مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که در آزمون اول تکنیک lamp و pcr، هر دو قادر به تکثیر حداقل تا پنج کپی نامبر در هر واکنش بودند. در آزمون دوم نیز روش elisa تا نسبت 1 گیاه آلوده به 16 گیاه سالم را قادر به شناسایی بود در حالیکه دو روش lamp و pcr قادر به شناسایی ویروس y در نسبت 1 به 1024 را بودند. در مجموع به نظر می رسد که روش lamp با توجه به سریع، ساده و دقیق بودنش نسبت به روشهای pcr و elisa که زمان بر و پر هزینه هستند روشی مناسب جهت شناسایی ویروس y سیب زمینی باشد.

شناسایی، تعیین پراکنش و بررسی خصوصیات مولکولی ویروس های موزاییک خاکزاد غلات در خراسان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1393
  عاطفه حسینی   عصمت مهدیخانی مقدم

ویروس های عامل موزاییک خاکزاد در غلات، در مناطق مختلف دنیا از اهمیت بالایی برخوردار می باشند. این ویروس ها در دو جنس bymovirus و furovirus طبقه بندی می گردند. تا کنون هیچ بررسی جامعی در خصوص شناسایی و بررسی خصوصیات مولکولی آن ها در ایران صورت نگرفته است. به منظور شناسایی ویروس های مذکور در طی سال های 1389 تا 1391 تعداد 251 نمونه گیاهی از مزارع جو و 111 نمونه گیاهی از مزارع گندم استان های خراسان شمالی، جنوبی، رضوی، گلستان و آذربایجان غربی با استفاده از سه آنتی سرم(bymv) barley yellow mosaic virus، barley mild mosaic virus (bmmv) و(sbwmv) soilborn wheat mosaic virus مورد بررسی قرار گرفت و نهایتا ویروس ها در تمامی استان ها جز خراسان جنوبی در آزمون الایزا ردیابی گردید. تعدای از نمونه های گیاهی مثبت در آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای عمومی bymv1-r1/f1 bammv1-f3 و bammv1-r2، sbwmv-l2 و sbwmv-r2 بررسی شد. سپس به منظور تایید کامل حضور ویروس ها در نمونه های گیاهی محصول pcr مربوط به یک جدایه از هر ویروس تعیین توالی گردید. به منظور بررسی جایگاه فیلوژنی ویروس موزاییک زرد جو تعداد 8 نمونه مربوط به ناحیه کد کننده پوشش پروتئینی و 5 نمونه مربوط به vpg همسانه سازی و تعیین توالی گردید. نتایج نشان داد که جدایه های ایرانی در هر دو این مناطق ژنومی در گروه مجزا از سایر جدایه های دنیا اما نزدیک به جدایه های اروپایی می باشد. در مقایسه دندروگرام رسم شده بر مبنای پوشش پروتئینی و vpg جدایه های ایرانی با جدایه های دنیا نتایج تقریبا مشابه به دست آمد، بنابراین تکامل این دو ژن به صورت موازی صورت گرفته و تنها در مورد vpg به دلیل اینکه شباهت بین جدایه ها کمتر است سرعت تکامل اندکی بیشتر است به منظور تعیین برخی از خصوصیات ژنومی این ویروس توالی کامل rna1 به طول تقریبی 7500 جفت باز و rna2 به طول تقریبی 3500 جفت باز همسانه سازی و تعیین توالی گردید. به طور کلی جدایه ایرانی در دندوگرام رسم شده بر مبنای توالی rna1 بیشتر به جدایه های اروپایی شباهت نشان می دهد در صورتیکه در دندروگرام رسم شده بر مبنای توالی rna2 شباهت به جدایه های آسیایی دارد. بنابراین از نظر تکاملی احتمال می رود جدایه ایرانی به دلیل واقع شدن ایران در موقعیت بینابین اروپا و آسیا، rna1 آن از جدایه های اروپا و rna2 از جدایه های آسیا تکامل یافته باشد. ردیابی و بررسی مولکولی این ویروس ها برای اولین بار در ایران می باشد.

شناسائی و تعیین تنوع ژنتیکی ژن پروتئین پوششی ویروس برگ بادبزنی (grapevin fanleaf virus) مو در استان خراسان رضوی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1393
  زهرا غلام پور   محمد زکی عقل

ویروس برگ بادبزنی مو (grapevine fanleaf virus, gflv) متعلق به جنس nepovirus از خانواده secoviridae است. این ویروس یکی از مخرب¬ترین بیماری ویروسی مو در سراسر دنیا است که موجب خسارت جبران ناپذیری در تاکستان¬ها می شود. به منظور شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی gflv در تاکستان¬های استان خراسان¬رضوی در طی سال¬های 1391 و 1392 از تاکستان¬ها و علف هرز های موجود نمونه برداری شد. با استفاده از آنتی¬بادی جدایه ایرانی ویروس در آزمون آلیزا آلودگی به gflv در 114 نمونه مو و 46 نمونه علف هرز تایید شد. در این تحقیق علاوه بر علف¬های هرز مرغ و علف هفت بند برای اولین بار گیاهان قیاق، یونجه¬باغی و بارهنگ به عنوان میزبان¬های طبیعی ویروس برگ بادبزنی مو معرفی شدند. ویروس برگ بادبزنی مو از طریق مایه زنی عصاره آلوده مرغ و قیاق به گیاهان مرغ و قیاق سالم و سلمک انتقال داده شد. با مایه زنی عصاره تاک¬های آلوده به سلمک تولید لکه¬های کلروتیک و رگبرگ روشنی در برگ¬های جدید شد. با استفاده از آغازگر¬های اختصاصی قطعه¬ای بطول 1760 جفت باز مربوط به طول کامل پروتئین پوششی ویروس و 230 نوکلئوتید انتهای ژنوم تکثیر شد. هضم آنزیمی قطعه تکثیر شده با اندونوکلئاز taqi جدایه¬های gflv از خراسان-رضوی را در 18 گروه ژنوتیپی قرار داد. جدایه¬های ایرانی gflv با جدایه¬های سایر نقاط دنیا 36/2±97/88 درصد در سطح نوکلئوتیدی و 72/1±2/95 درصد در سطح آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی شباهت داشتند. نتایج آنالیز¬های فیلوژنی بر اساس ژن پروتئین پوششی، جدایه¬های ایرانی gflv را در شاخه¬ای مجزا از جدایه¬های سایر نقاط دنیا قرار داد. همچنین جدایه¬های شرق کشور در گروهی مجزا از جدایه¬های شمال¬غرب کشور قرار گرفتند. که نشان دهنده اثر جدائی جغرافیائی در تکامل gflv است. اسیدآمینه گلایسین 297 (g297) و موتیف r2 که در انتقال اختصاصی ویروس با نماتود نقش دارند در ناحیه مرکزی ژن پروتئین پوششی ویروس صرفنظر از منبع جداسازی به صورت کاملا حفاظت شده بوده که نشان دهنده توانایی انتقال آنها با نماتود x. index است.

تعیین ترادف کامل ژنوم، بررسی دینامیسم جمعیتهای ویروس m سیب زمینی در ایران و اجرای اصول کخ با ساخت همسانه عفونت زا
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1393
  فاطمه طبسی نژاد   حمید روحانی

ویروس m سیب زمینی (potato virus m- pvm) متعلق به جنس carlavirus از خانواده betaflexiviridae است. پیکره های ویروس رشته ای و دارای یک قطعه آر.ان.ای تک لای مثبت به اندازه 5/8 کیلو باز و شش چهارچوب ژنی است. میزبان اصلی ویروس سیب زمینی و دارای گسترش جهانی است. به منظور تعیین تنوع ژنهای پروتئین پوششی و پروتئین p11 (چارچوب ژنی ششم) در جدایه های ایرانی ویروس pvmاز مزارع سیب زمینی در استانهای خراسان رضوی، خراسان شمالی، کرمان، فارس، اصفهان و همدان نمونه برداری شد. شناسایی گیاهان آلوده به pvm با استفاده از آزمون الیزای مستقیم انجام شد. آر.ان.ای کل از گیاهان آلوده استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، طول کامل پروتئین پوششی و پروتئین p11 ویروس m تکثیر شد. قطعات تکثیر شده پس از همسانه سازی، تعیین توالی و آنالیز توالیها به ترتیب در 30 و 16جدایه انجام شد. نتایج بررسی blast نشان داد که قطعات 915 و 398 جفت بازی تکثیر شده در واکنش زنجیره ای پلی مراز به ترتیب ترادف کامل ژن پروتئین پوششی و p11 ویروس m سیب زمینی است. میزان شباهت این دو ژن در جدایه های ایرانی ویروس m سیب زمینی با جدایه های بانک ژن 98-74 درصد در سطح نوکلئوتیدی و 99-83 درصد در سطح آمینواسیدی بود. در آنالیز فیلوژنی، جدایه های pvm در دو گروه pvm-o شامل جدایه های خراسان شمالی و رضوی و برخی از جدایه های کرمان همراه با جدایه های آمریکای شمالی و pvm-d شامل جدایه های همدان، اصفهان و کرمان با جدایه های اروپایی دسته بندی شدند. در هر گروه شباهت بین اعضاء 100-81 درصد و شباهت بین گروهی 76-74 درصد بود. آنالیزها بر روی توالیهای این دو ژن نشان داد که موتاسیون و موقعیت جغرافیایی، فاکتورهایی موثر در تنوع جدایه های pvm هستند. از سوی دیگر فشار انتخاب منفی نیز تنوع و تکامل این ویروس را هدایت کرده و تغییرات ژنتیکی ایجاد شده را در جمعیت، پایدار می کند. طول کامل ژنوم جدایه ایرانی pvm با آغازگرهای اختصاصی تکثیر و تعیین ترادف ژنوم کامل ویروس pvmبه روش primer walking انجام شد و با رس شمار jx678982 در بانک ژن ثبت گردید. ژنوم کامل جدایه ایرانی pvm با جدایه های موجود در بانک ژن 7/96-1/93 در سطح نوکلئوتیدی شباهت داشت. این جدایه ارتباط نزدیکی با جدایه های آلمان [eu604672] و روسیه [d14449] داشت. ژنوم کامل pvm در ناقل دوگانه pbi 121 تحت کنترل پیشبر 35s ویروس موزائیک گل کلم (camv) قرار گرفت و سازه حاصل به روش agroinoculation به گیاهان سیب زمینی، گوجه فرنگی و توتون مایه زنی شد. 20 روز پس از مایه زنی و بروز علایم در گیاهان، ردیابی ویروس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی pvm انجام شد.

شناسایی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروییدهای مو در استان های اصفهان، مرکزی، چهارمحال و بختیاری و یزد.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده کشاورزی 1392
  عبدالرحمان خضرپور   امیر مساح

ویروییدها به عنوان کوچکترین بیمارگرهای گیاهی، از یک مولکولrna حلقوی تشکیل شده و بیماری های مخربی را در گیاهان ایجاد می کنند. تا کنون در مو پنج ویرویید شامل ویرویید لکه زرد مو1 grapevine yellow speckle viroid-1 (gysvd-1)، ویرویید لکه زرد مو2 grapevine yellow speckle viroid- 2 (gysvd-2)، ویرویید کوتولگی رازک hop stunt viroid (hsvd)، ویرویید استرالیایی موaustralian grapevine viroid (agvd) و ویرویید اگزوکورتیس مرکبات citrus exocortis viroid (cevd) شناسایی شده اند. با توجه به عدم وجود اطلاعات در مورد پراکندگی و خصوصیات مولکولی این ویروییدها در استان های مرکزی ایران نمونه برداری از تاکستان های چهار استان اصفهان، چهارمحال و بختیاری، یزد و مرکزی در بهار و تابستان 91 بر اساس علایم لکه زردی و رگبرگ زردی برای دو ویرویید gysvd1 و gysvd2 و در مورد سه ویرویید دیگر با توجه به اینکه فاقد علایم می باشند، به صورت تصادفی انجام شد. rna کل از برگ های جمع آوری شده استخراج شد و به عنوان الگو درآزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی ویرویید های مو شامل gysvd1-mf/gysvd1-mr1، gysvd1_h/gysvd1 c4+، gysvd1_h/gysvd1_c /gysvd1 c4+، gysvd2 h1/gysvd2 c1-، hsvd h2+/hsvd c3-، hsvd_87/hsvd_83m، agvd h2+/agvd c2- و agvd h1+/agvdc1- استفاده شد. در آزمون rt-pcr از بین 120 نمونه جمع آوری شده به ترتیب 120 ، 33، 46 و 40 نمونه به hsvd، agvd ، gysvd-1 و gysvd-2 آلوده تشخیص داده شدند. همچنین هیچ نمونه ای آلوده به cevd شناسایی نگردید. آزمون multiplex rt-pcr برای شناسایی هم زمان چهار ویرویید agvd، hsvd، gysvd-1 و gysvd-2 توسط مخلوطی از آغازگرهای gysvd1-mf/gysvd1-mr1، gysvd2 h1/gysvd2 c1-، hsvd_87/hsvd_83m و agvd h2+/agvd c2- انجام شد و باند های bp130، bp250، bp 300 و bp 370 به ترتیب مربوط به agvd، gysvd-2، hsvd و gysvd-1 مشاهده گردید. محصول pcr یا همسانه تمام طول ژنوم مربوط به 23 جدایه از ویرویید های مو از مناطق مختلف جغرافیایی انتخاب و تعیین توالی شدند. نتایج حاصل از هم-ردیف سازی نشان دهنده میزان تشابه بالا (بیش از 90%) بین جدایه های توالی یابی شده با جدایه های موجود دربانک ژن بود. جدایه های میمه و خاتم agvd بیشترین (7/99%)و کمترین (3/97%) میزان تشابه را به ترتیب با جدایه مراغه با شماره دسترسی jq686701 و جدایه ایران با شماره دسترسی fj940923 نشان دادند. بیشترین و کمترین میزان تشابه جدایه های hsvd مربوط به جدایه سامان ، محلات و شهرضا با جدایه ای از چین با شماره دسترسی dq371459 و جدایه خاتم با جدایه ایران با شماره دسترسیjx430795 به ترتیب به میزان 100% و 3/92% بود. در جدایه های gysvd1 بیشترین میزان تشابه مربوط به جدایه های محلات، میمه و شهرضا با جدایه ای از ایتالیا با شماره دسترسیaf462167 به میزان 8/97% وکمترین میزان تشابه مربوط به جدایه گهرو با سه جدایه از چین، ایران و ایتالیا به ترتیب با شماره های دسترسی gu170805، jn008866 و af462167 به میزان 1/95% بود. جدایه گهرو gysvd2 بیشترین میزان تشابه را با جدایه ای از چین با شماره دسترسی dq377131 به میزان 4/99% و کمترین میزان تشابه را جدایه های میمه و تیران با جدایه ایران با شماره دسترسی jn008867 به میزان 3/98% نشان دادند. درخت تبارزایی بر اساس توالی تمام طول ژنوم ویروییدها به روش neighbor-joining با 10000 بار تکرار رسم شد. نتایج حاصل از درخت تبارزایی نشان دهنده عدم تفکیک جدایه های ویروییدی بر اساس منطقه جغرافیایی بود. نتایج حاصل از این تحقیق پراکندگی بالای ویروییدهای مو در استان های مرکزی ایران و میزان تشابه بالای نوکلئوتیدی آن ها با سایر توالی های موجود در بانک ژن را نشان داد.

بررسی ژنتیک ویروس برگ باد بزنی مو(grapevin fanleaf virus) در جنوب غربی ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1394
  مریم کارگر   محمد زکی عقل

تنوع ژنتیکی ویروس برگ بادبزنی مو در مناطق جنوب غربی ایران از طریق روش rt-pcr-rflp و تعیین ترادف بررسی شد.