در این تحقیق 17 رقم گندم نان و 22 رقم گندم دوروم بومی ایران به منظور ارزیابی تنوع مورفولوژیکی و ژنتیکی توسط نشانگرهای issr مورد بررسی قرار گرفتند. در ارزیابی فنوتیپی، صفات تعداد پنجه بارور، تعدا پنجه نابارور، ارتفاع بوته، طول سنبله، طول ریشک، طول پدانکل، تعداد سنبلچه در سنبله، تعداد دانه در سنبله، وزن سنبله، بیوماس بوته، وزن صد دانه و عملکرد دانه تک بوته مورد ارزیابی قرار گرفت. در تجزیه به مولفه های اصلی برای ارقام گندم نان 4 مولفه استخراج شد که 93/75 درصد از واریانس کل را توجیه کردند. در تجزیه به مولفه های اصلی برای ارقام گندم دوروم 4 مولفه استخراج شد که 32/83 درصد از واریانس کل را توجیه کردند. تجزیه خوشه ای ارقام گندم نان بر اساس صفات مورفولوژیک با استفاده از الگوریتم upgma ، ارقام در 3 کلاستر قرار داد. تجزیه خوشه ای ارقام گندم دوروم بر اساس صفات مورفولوژیک با استفاده از الگوریتم upgma ، ارقام در 3 کلاستر قرار داد. نتایج آنالیز تابع تشخیص برای تفکیک گونه ها نشان داد که صفات طول سنبله، طول ریشک و تعداد سنبلچه در سنبله در تمایز ریختی این دو گونه از هم حائز اهمیت می باشند. از 20 آغازگر issr مورد استفاده ، در ارقام گندم نان و دوروم به ترتیب 16 و 15 آغازگر قطعات چند شکل تکثیر کردند. در ارقام گندم نان از 123 نوار نمره دهی شده، 114 نوار چند شکل بودند و بیشترین شاخص محتوای چند شکلی و شاخص نشانگر در آغازگر 888ubc مشاهده شد. در ارقام گندم دوروم از 104 نوار نمره دهی شده، 103 نوار چند شکل بودند و بیشترین شاخص محتوای چند شکلی و شاخص نشانگر در آغازگر 841ubc مشاهده شد. تجزیه خوشه ای بر اساس ماتریس عدم تشابه دایس و الگوریتم نزدیک ترین همسایه، گونه ها را در 2 گروه قرار داد. در ارقام گندم نان حداقل تنوع بین ارقامی با کد 1137kc- و 1311kc- و حداکثر تنوع بین ارقامی با کد 1034kc- و 18653kc- تشخیص داده شد. در ارقام گندم دوروم حداقل تنوع بین ارقامی با کد 1071 kc-و 12564tn- و حداکثر تنوع بین ارقامی با کد 12567tn- و 963kc- تشخیص داده شد. بالا بودن میزان شاخص تنوع ژنی و شانون ارقام گندم دوروم نسبت به ارقام گندم نان بیان داشت که ارقام گندم دوروم نسبت به ارقام گندم نان متنوع تر می باشند. در آزمون مانتل بین داده های مورفولوژیک و مولکولی در ارقام گندم نان همبستگی معنی داری مشاهده شد این در حالی است که بین داده های مورفولوژیک و داده های مولکولی در ارقام گندم دوروم همبستگی معنی داری مشاهده نشد.