در این رساله حل برخی از مسائل ترکیباتی با استفاده از محاسبات مولکولی بررسی گردیده است. مسائل ترکیباتی که در این رساله انتخاب شده و مورد بررسی قرار گرفته اند، همگی در رده ی مسائل np قرار دارند. این مسائل، مسائلی هستند که برای آنها هیچ الگوریتمی با زمان اجرای چند جمله ای در مدل محاسباتی وجود ندارد ولی در مدل مولکولی برای آنهاالگوریتم های مولکولی با زمان چند جمله ای ارائه شده است.