بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از نشانگرهای مولکولی از گام های اولیه و مهم در برنامه های اصلاحی جو می باشد. در این مطالعه، تنوع ژنتیکی70 لاین جو با استفاده از 68 جفت آغازگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت و 58 آغازگر الگوی نواری واضح و قابل امتیازدهی تولید کردند. در مجموع، 203 آلل چندشکل شناسایی گردید. تعداد آلل های چندشکل مشاهده شده از 2 تا 15 با میانگین آلل 08/4 به ازای هر جایگاه ژنی متغیر بود. میزان محتوای اطلاعات چندشکلی نیز بین 13/0 و 81/0 با میانگین 46/0 متغیر بود. لاین های جو مورد مطالعه با استفاده از تجزیه خوشه ای به 3 گروه و 6 زیرگروه تقسیم شدند که با نتایج حاصل از تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی همخوانی داشت. تجزیه واریانس مولکولی، نشان داد که اختلاف معنی داری بین زیرگروه ها وجود دارد. این اختلاف و نتایج گروه بندی لاین ها بر اساس دو روش ذکر شده را تایید کرد. بعلاوه، مقادیر شاخص تنوع ژنتیکی اطلاعات شانون، هتروزیگوتی مورد انتظار و درصد چندشکلی محاسبه شده در زیرگروه ها با یکدیگر مطابقت داشتند. براساس فاصله ژنتیکی نی، میانگین ماتریس فاصله و شباهت به ترتیب 108/0 و 898/0 بود. در این پژوهش، نشانگرهای ssr ارقام مورد مطالعه را به خوبی از یکدیگر تفکیک کنند. تجزیه ارتباط بین 5 صفت وابسته به تحمل به خشکی شامل روز تا خوشه دهی، روز تا پرشدن دانه، روز تا رسیدگی فیزیولوژیک، وزن هزار دانه، عملکرد با نشانگرهای ریزماهواره انجام شد و 38 نشانگر مثبت شناسایی گردید. همچنین، در تجزیه های تکمیلی مشخص گردید که هیچکدام از این نشانگرها، نشانگر مثبت کاذب (fpm) نبودند. شناسایی نشانگرهای مثبت می توانند شناسایی ارقام جو مقاوم به خشکی را تسهیل کرده و موجب صرفه جویی در وقت، هزینه و نیروی انسانی گردند.