گیاه سیر allium sativum یکی از محصولات مهم خانواده آلیوم می باشد. سیر گیاهی است علفی، دائمی و دارای ساقه ای به ارتفاع 20 تا 40 سانتی مترکه قسمت زیر زمینی آن متورم و مرکب از 3 تا 12سیرچه است. یکی از روشهای بررسی تنوع در ارقام و گونههای مختلف گیاهی، انجام مطالعات سیتوژنتیکی و کاریوتایپی است. برای این که دقیقا مرزهای بین گونهای در یک جنس مشخص شود، شمارش تعداد کروموزوم ها و مشاهده تشابهات کروموزومی و تهیه کاریوتایپ، ضرورت پیدا می کند. امروزه تنوع مبنای همه گزینش هاست و انتخاب ژنوتیپی نیز نیازمند تنوع میباشد.کاهش تنوع ژنتیکی علاوه بر اینکه بازدهی، برنامه اصلاحی را کاهش می دهد، باعث ایجاد یکنواختی ژنتیکی در مزارع و آسیب پذیری شدید محصولات کشاورزی در برابر آفات و بیماری ها و تنش های محیطی می گردد. به منظور بررسی تنوع سیتوژنتیکی و کاریوتایپی، تعداد 19 اکوتیپ سیر بومی ایران (بجنورد، شاندیز، طبس، حسام آباد همدان، چنار همدان، گنجتپه همدان، یزد، لالجین همدان، علیآباد همدان، سمنان، گراچنالی همدان، قائنات، بندرانزلی، ساری، خواف، تویسرکان همدان، سبزوار، مریانج همدان و شاهرود ) جمع آوری گردیدند. پس از آماده سازی ریشه ها، رنگ آمیزی و بررسی میکروسکوپی، در اغلب موارد تعداد پنج تکرار از سلول های متافازی مناسب انتخاب و با استفاده از نرم افزار karyotype analysis 1/5 طول بازوهای کوتاه و بلند کروموزوم و طول کل کروموزومها اندازهگیری شد. سایر شاخص های کاریوتایپی در نرم افزار اکسل محاسبه گردید. نتایج نشان داد که عدد پایه کروموزومی در اکوتیپ بجنورد 7=x (14=x2=n2) و در سایر اکوتیپها 8=x (16=x2=n2) می باشد. دادهها در نرمافزار jmp8 در قالب طرح کاملا تصادفی نامتعادل تجزیه و تحلیل شدندکه اختلاف معنی داری را در سطح معنی داری یک درصد بین طول بازوی کوتاه، طول بازوی بلند و طول کل کروموزوم نشان دادند. مقایسه میانگین بین اکوتیپ ها به روش توکی انجام شد. به منظور دسته بندی اکوتیپ ها، تجزیه کلاستر به روش ward انجام شدکه توانست اکوتیپ ها را از نظر تقارن سانترومری و تقارن اندازه ی کروموزومی به دو گروه متقارن و نامتقارن تقسیم کند. کمترین فاصله اقلیدسی را دو اکوتیپ سمنان و طبس نشان دادند. بر اساس تجزیه و تحلیل های صورت گرفته مشخص شد،کوچکترین کروموزوم ها مربوط به اکوتیپ یزد و بزرگترین کروموزوم ها مربوط به اکوتیپ علیآباد است. متقارنترین کاریوتایپ (تقارن سانترومری متاسانتریکی و تقارن اندازه ) اکوتیپ یزد، و نامتقارن ترین کاریوتایپ اکوتیپ خواف بود .