گوجه فرنگی متعلق به یکی از مهمترین خانوادهای گیاهی به نام سلاناسه است که اعضای این خانواده مدل های خوبی برای مطالعات ژنتیکی و فیزیولوژی می باشند.کاهش میزان محصول بر اثر عوامل متفاوت بخصوص آفات و بیماری ها یکی از معضلات کشاورزان در تولید این محصول می باشد. از بیماری های مهم گوجه فرنگی بیماری شانکر ساقه گوجه فرنگی است که توسط عامل alternaria alternata f.sp. lycopersici ایجاد می شود. استفاده از ارقام مقاوم در برنامه های اصلاح نژادی یکی از مهم ترین و مقرون به صرفه ترین روش های جلوگیری از این بیماری می باشد. در این تحقیق به منظور دستیابی به منابع ژنتیکی مقاومت، واکنش 72 نمونه ژنتیکی نگه داری شده در بانک ژن گیاهی ملی ایران در برابر قارچ alternaria alternata f.sp. lycopersici در شرایط گلخانه بررسی گردید. آلوده سازی در مرحله 5 تا 6 برگی انجام گرفت. یادداشت برداری ها به محض رویت اولین علائم به فواصل 4 روزه در 8 نوبت انجام پذیرفت. واکنش به بیماری نمونه های ژنتیکی بر اساس میانگین سطح زیر منحنی پیشرفت بیماری مقایسه شدند. نمونه های g72910 و a721033 با حداقل درصد پیشرفت بیماری مقاومت بالاتری نشان دادند و می توان آن ها را به عنوان لاین های متحمل معرفی کرد. نمونه a721075 حساس ترین نمونه و نمونه های a72907، a721091 و a721065 در رده های بعدی حساسیت قرار گرفتند. مقاومت به این بیماری توسط ژن غالب asc1 کنترل می شود. گیاهان گوجه فرنگی با ژنوتیپ asc/asc فاقد پروتئین asc-ip و حساس به توکسینaal می باشند. از میان ارقام مقاوم، نیمه مقاوم، حساس و رقم کاملا حساس با ژنوتیپ asc/asc چندین رقم انتخاب شد و پس از استخراج dna جهت تکثیر dna منطقه ژنومی asc1 پرایمری بر اساس ناحیه حذف شده در پروموتور asc1 طراحی شد که بررسی نتایج حاصل از تکثیر نشان داد که این پرایمر قدرت تمایز میان ارقام هموزیگوس غالب (asc/asc) و ارقام هتروزیگوس (asc/asc) با ارقام هموزیگوس مغلوب (asc/asc) را دارد.