پیشرفت های اخیر در زمینه مطالعات ژنومی، منجر به تولید انبوهی از ترادف بیان شونده ی نشاندار(est) در بسیاری از موجودات، بویژه گونه های گیاهی شده است. یکی از گونه های شورزی بومی کشور، گیاه aeluropus littoralis می باشد که در مواجه با شوری خصوصیات بیولوژیکی و فیزیولوژیکی ارزشمندی از خود نشان می دهد. در این پژوهش انتقال پذیری 108 نشانگر ریزماهواره est با منشاء گرامینه (گندم، برنج و جو ) و همچنین طراحی و آزمون تکثیر 18 مورد نشانگر ریزماهواره مبتنی بر est (ales ) با استفاده از ماده ژنومی گیاه آلوروپوس لیتورالیس بعنوان الگو ارزیابی شد.. علاوه بر این اکوتیپ ها از نظر برخی صفات فیزیولوژیک مهم در تحمل به شوری طبقه بندی و توصیف شدند. در مجموع 28 مورد از 30 آغازگر مورد استفاده الگوی های نواری مناسب و قابل امتیازدهی تولید کردند. تکثیر با این آغازگرها 131جایگاه آللی را در اکوتیپ های مورد ارزیابی آشکار کرد، به نحوی که به ازای هر نشانگر بطور میانگین 6/4 آلل تکثیر شد. میزان اطلاعات چندشکلی در مجموع نشانگرهای مورد استفاده بین 0 تا 0.38 با میانگین 0.31 متغیر بود. بیشترین انتقال پذیری بین ژنوم آلوروپوس لیتورالیس و ژنوم برنج به میزان تقریبی 40 درصد وکمترین انتقال پذیری از ژنوم جو به میزان 27 درصد بدست آمد. تجزیه خوشه ای بر اساس الگوریتم upmga و ضریب تشابه دایس ژنوتیپ های آلوروپوس را به 7 گروه منتسب کرد. تجزیه خوشه ای، اکثر نمونه های جمع آوری شده از مرکز ایران و شمال غرب کشور در یک گروه قرار داد. طبق این نتایج احتمال می رود مرکز تنوع برای گیاه آلوروپوس لیتورالیس در ایران، مناطق مرکزی است و از آنجا به سایر نقاط منتقل شده است. همچنین تجزیه خوشه ای با استفاده از شش صفت فیزیولوژیک مرتبط با حفظ و برقراری هموستازی یون، اکوتیپ های آلوروپوس لیتورالیس را در 5 گروه قرار داد. در مجموع الگوی کلی گروه بندی مولکولی و فنوتیپی مشابه است و تا حدی با تقسیم بندی جغرافیایی مطابقت دارد. نشانگرهای ریزماهواره est معرفی شده در این مطالعه ابزارهای مناسبی برای انواع اهداف پژوهشی شامل تجزیه روابط شجره ای، مطالعه ارتباط نشانگر- صفت و مکان یابی مقایسه ای و بررسی تنوع ژنتیکی می باشند.