نام پژوهشگر: کامران قائدی

بررسی اثر منفـرد کردن سلول های بنیادی جنینی انسـانی بر بیان ژن ppar? در مقایسه با ژن های کلیـدی در تشکیل کلنی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1392
  عصمت السادات کاج آبادی   سیدمحمدحسین نصراصفهانی

سلول های بنیادی جنینی انسانی قابلیت های شگرفی در حوزه ی پزشکی و سلول درمانی دارند. در این راستا، منفرد کردن سلول های بنیادی انسانی با هدف گسترش سریع این سلول ها و انجام دست ورزی های مختلف بر روی آن ها اجتناب ناپذیر است. اما در این فرایند مانعی وجود دارد، بدین معنا که آپوپتوز القا شده در اثر فعالیت مسیر سیگنالی rho/rock که در نتیجه ی منفرد شدن سلول های بنیادی انسانی فعال می شود، کشت و دست ورزی این سلول ها را با مشکل مواجه می کند. اگرچه محققان با معرفی y-27632 به عنون مهارکننده ی rock موفق شدند مقاومت این سلول های منفرد را تا حدی افزایش دهند، تلاش برای بهبود این شرایط هنوز ادامه دارد. در پژوهش حاضر اثر یکی از آگونیست های ppar? به نام pioglitazone بر سلول های بنیادی منفرد شده ی انسانی بررسی گردید. نتایج حاصل از رنگ آمیزی آلکالین فسفاتاز نشان داد که اضافه کردن pioglitazone به محیط کشت معمول hescهای منفرد شده، موجب افزایش شکل گیری کلنی می گردد. به علاوه داده های بدست آمده از تست annexin v و بررسی چرخه ی سلولی به کمک آنالیز های فلوسایتومتری، عدم تغییر چشمگیر در آپوپتوز یا فازهای چرخه ی سلولی را نشان داد و از این طریق تأییدی بر اعمال اثر pioglitazone بر سلول های بنیادی جنینی انسانی منفرد شده با افزایش شکل گیری کلنی در این سلول ها بود . تحقیقات ما نشان داد که مکانیسم عمکرد pioglitazone در این روند، کمک به شکل گیری ساختار اسکلت سلولی به واسطه ی افزایش ?-catenin قرار گرفته در ناحیه ی غشایی است، این اطلاعات توسط real time pcr و western blotting در هر دو سطح rna و پروتئین تأیید شد. علاوه بر این، نقش pioglitazone در حفظ hesc های منفرد شده از طریق افزایش بیان nanog در سطح rna، اثر مثبت این ماکروملکول بر این سلول های منفرد را تأیید نمود. در مجموع با اثبات اثرمثبت pioglitazone در تشکیل کلنی hescs به صورت co-treatment با rock inhibitor برای نخستین بار روشی برای بهینه سازی شرایط زیستی سلول های بنیادی انسانی با استفاده از آگونیست ppar? ارائه گردید. به علاوه یکی از دستاورد های مهم استفاده از pioglitazone به همراه rock inhibitor (با توجه به قیمت بالای این inhibitor در مقایسه با آگونیست های ppar?) صرفه جویی در هزینه های آزمایش بر روی سلول های بنیادی انسانی است.

کلون کردن cdnaیneurotrophic factor)gdnf(glial cell line-derived در حامل بیانی با قابلیت الحاق هدفمند در ژنوم سلول میزبان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1392
  صهبا شهبازی   کامران قائدی

چ فده قیقحت : هدننک دک یلاوت زا یپک ود یاراد ینایب روتکو تخاس هعلاطم نیا زا فده gdnf نایب یارب یناسنا .تسا نارادناتسپ یلولس هدر رد : قیقحت شور cds نیئتورپ gdnf صخشم یکیتامروفناویب تاعلاطم هلیسو هب یناسنا دیدرگ تفج ود کمک اب . اب هک یرمیارپ رازفا مرن oligo7.4 یحارط دندش رد هناشن دیتپپ ، n و نیئتورپ لانیمرت his-tag رد c نآ لانیمرت شور زا هدافتسا اب .تفرگ رارق t/a cloning روتکو رد هدش دیلوت هعطق ptz57r/t رارق تفرگ تحص دییات زا دعب . یلاوت 2 نیا رد هدش نولک هعطق هناگادج روط هب هعطق ره ،روتکو زا دعب و دش هداد شرب بسانم یاه میزنآ اب زا یکی رد یزاس صلاخ multiple cloning site روتکو رد اه pbudce4.1/attb رارق تفرگ روتکو . pbudce4.1/attb هزادنا اب kb 6 . 4 نامزمه نایب یارب 2 نیا رد .تسا هدش یحارط نارادناتسپ یلولس هدر رد نژ روتکو 2 رتومورپ cmv و ef1? هیبعت هدیدرگ نژ ود نیا مه زا لقتسم و یمئاد ،?اب نایب هدننک نیمضت هک ،تسا یلاوت دوجو نینچمه .دشاب یم attb زارگتنیا رثا هاگیاج هک phic31 دورو ثعاب دناوت یم ،تسا هب رظن دروم تاعطق .دوش مونژ ناونع تحت یرگید روتکو طسوت زارگتنیا نیا دیلوت pcmv-int روتکو دعب هلحرم رد .دریگ یم تروص یاه لولس رد هدمآ تسد هب top10 e. coli هلیسو هب تبثم یاه ینلک یزاسادج زا دعب .دش مروفسنارت colony pcr هب .دیدرگ صلاخ و یزاسادج بیکرتون روتکو یلولس هدر ،هدش هتخاس روتکو ییاراک یسررب روظنم hek293t روتکو و روکذم بیکرتون روتکو طسوت نامزمه روط هب pcmv-int نیماتکفوپیل هلیسو هب ltx .دش تکفسنارت : جیاتن هدننک دک یلاوت زا یپک ود یاراد ینایب روتکو gdnf یلاوت هلیسو هب نآ تحص و ،هتخاس تیقفوم اب یناسنا یاه لولس .دش دییات یمیزنآ شرب و یبای hek293t یتنآ اب رامیت تحت ،هدش رکذ روتکو ود اب هدش تکفسنارت .دندش هداد شرتسگ و یزاسادج مواقم یاه ینلک و دنتفرگ رارق نیسوئز کیتویب : یدیلک ناگژاو rhgdnf ، hek293t cell line ، bicistronic vector زارگتنیا ، phic31

بیان ژن بتا دیفنسین 2 نوتروفیل گاو درفضای پری پلاسمی باکتری اشریشیا-کولی و مقایسه با بیان سیتوپلاسمی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1392
  شهرزاد آقایی   کامران قائدی

یکی از ویژگی های سلول های درگیر در دستگاه ایمنی ذاتی تولید انواعی از پپتید های ضد میکروبی کاتیونی با وزن مولکولی6-2 کیلودالتون می باشد. یکی از بزرگترین خانواده ی این پپتید ها دیفنسین ها می باشند که با طیف وسیع فعالیت علیه باکتری ها، ویروس ها، قارچ ها و… به عنوان آنتی بیوتیک های طبیعی محسوب می شوند. هدف از این تحقیق، طراحی و سنتز، بیان پری پلاسمی و سیتوپلاسمی، خالص سازی و نیز بررسی و مقایسه ی خاصیت ضد قارچی پروتئین بتا دیفنسین 2 نوتروفیل گاوی (bnbd2) در دو نوع بیان شده بوده است. در این مطالعه باکتری bl21 حامل وکتور pet48b(+) که در آن ژن bnbd2 همراه با سیگنال پپتید pelb در ابتدای آن، همسانه سازی شده بود، استفاده گردید. بیان در محیط کشت lb و با غلظت 1 میلی مولار iptg در دمای 30 درجه ی سانتیگراد انجام شد. بیان پری پلاسمی بعد از شوک اسمزی و نیز بیان سیتوپلاسمی بعد از سونیکاسیون توسط الکتروفورز عمودی sds-page بررسی گردید. مرحله ی خالص سازی پروتئین نوترکیب با استفاده از کروماتوگرافی تمایلی ستون نیکل انجام و تخلیص پپتید نیز با استفاده از برش شیمیایی و شکافت در جایگاه اسید فرمیک صورت گرفت. اثر ضد قارچی پروتئین تخلیص شده بر روی گونه های آسپرژیلوس و نیز کاندیدا آلبیکنز در دو نوع سیتوپلاسمی و پری پلاسمی بررسی و مقایسه گردید. نتایج آزمایشات sds-page و دات بلات و وسترن بلات، بیان پروتئین نوترکیب و اتصال آن را به آنتی بادیmouse anti-(his)6 peroxidase تایید کرد. همچنین هاله های عدم رشد در محیط کشت مولر-هینتون آگار، خاصیت ضد قارچی پروتئین bnbd2 را با اختلافی کم در دو نوع پری پلاسمی و سیتوپلاسمی نشان داد.

استفاده از لایه ی سطحی باسیلوس ها به عنوان داربست برای کشت سلول های pc12
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1392
  غزال باب المراد   محمد حسین نصر اصفهانی

امروزه یکی از چالش بسیار مهم در عرصه مهندسی بافت، بهینه کردن داربست ها جهت جداسازی، تکثیر و تمایز سلول ها می باشد. در این زمینه تحقیقاتی در سطح دنیا انجام شده است و از پلیمرهای گوناگونی جهت نیل به این هدف بهره برده شده است. در بحث مربوط به داربست خصوصیاتی مد نظر می باشد که در این زمینه محققان بسیاری تحقیق کرده اند. از آن جمله می توان موارد زیر را نام برد: قدرت مکانیکی جهت تقلید از شرایط موجود زنده، زیست سازگاری و زیست تخریب پذیری، درصد تخلخل بالا، توانایی فراهم کردن سیگنال های شیمیایی مناسب جهت هدایت رشد بافت، عدم تحریک پاسخ های سمی، توانایی تولید در اندازه و شکل های مناسب برای جایگزینی در بافت هدف، توانایی تاثیر به روی ژن های سلول ها جهت افزایش تکثیر و تمایز در ترمیم بافت، توانایی ایجاد هم کنش های اختصاصی با سایر سلول ها. نانو داربست ها شامل نانو فیبرها و فیبرهای پروتئینی خود مجتمع شونده هستند. در این محیط ها فیبرها باید کوچک تر از سلول ها باشند، تا اینکه سلول ها توسط داربست در برگرفته شوند، همانند ماتریکس خارج سلولی طبیعی. در این تحقیق برآنیم تا برای اولین بار لایه سطحی bacillus coagulans hn-68 و bacillus thuringiensis mh14 و پارااسپورال بادیbacillus thuringiensis mh14 را جهت استفاده به عنوان داربست برای کشت بافت بررسی کنیم. از خصوصیات مهم s-layer می توان قابلیت تجزیه ی زیستی، خود تجمعی و خود سامان دهی، ساختار شفاف و سه بعدی آن و ضخامت در حد نانو را نام برد، همچنین منافذ موجود در این لایه دارای اندازه و شکل یکسان هستند. از طرفی پایداری و در دسترس بودن این روش، مقاومت در مقابل آنزیم های پروتئولیتیک و مقاومت خوب در مقابل آنزیم های صفراوی، عصاره پانکراس و گرادیان ph این روش را به روشی ممتاز جهت استفاده به عنوان داربست در کشت بافت مبدل کرده است. همچنین تاکنون گزارشی در مورد سمیت و آلر ژی زایی آن ارائه نشده است. در این مطالعه با روش نو و ساده رنگ آمیزی با کوماسی بلو و میکروسکوپ نوری و همچنین تکنیک های afm، ftir، xrd و مطالعات بیوانفورماتیکی این سه پروتئین مطالعه شدند و در نهایت لایه سطحی و لاشه ی bacillus coagulans hn-68 جهت استفاده به عنوان داربست برای کشت سلول های pc12 انتخاب شدند. با استفاده از تکنیک mts سمیت داربست ها بررسی شد به علاوه چسبندگی سلول ها با استفاده از میکروسکوپ نوری مشاهده و در نهایت با بهره گیری از روش رنگ آمیزی dapi هسته سلول ها شمارش شد. نتایج حاکی از آن بود که حضور یون کلسیم از طریق اتصال به گروه های کربوکسیل و اتم های نیتروژن لایزین، آسپاراژین، هیستیدین و زنجیره پپتیدی منجر به افزایش کریستاله شدن لایه s و تغییر ساختار دوم آن می شود، به علاوه سطح داخلی لایه s بیشتر بار منفی و سطح خارجی آن بیشتر بار مثبت دارد. در نهایت لایهs bacillus coagulans hn-68 می تواند بستر مناسبی برای اتصال و تکثیر سلول های pc12 باشد به خصوص اگر کف پلیت کشت سلول ابتدا توسط plo با بار مثبت تیمار شود.

مطالعه ی تغییرات بیان mir-584 در سرطان معده مرتبط با هلیکوباکتر پیلوری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1394
  لاله ابراهیمی قهنویه   کامران قائدی

سرطان معده چهارمین بدخیمی شایع و دومین عامل مرگ در اثر سرطان در جهان می باشد. عوامل مختلفی از جمله عوامل ژنتیکی و عوامل محیطی همچون عفونت هلیکوباکتر پیلوری موجب ایجاد بدخیمی در معده می گردند. هلیکوباکتر پیلوری، شایع ترین عفونت باکتریایی در جهان، عمده ترین علت سرطان معده است. مطالعات اخیر نشان داده که در میان واسطه های القایی در پاسخ به عفونت، microrna ها (mirna) دارای نقش بالقوه ای بر پیامد تعامل باکتری-میزبان هستند. mirnaها گروه جدیدی از rnaهای کوچک غیر کد کننده هستند که نقش تنظیمی مهمی در بیان ژن ها با اتصال به ناحیه 3 ترجمه نشدنی ژن هدف خود و مهار ترجمه آن، دارند. mirnaها در فعالیت های مختلف سلولی از جمله تمایز، تکثیر و مرگ برنامه ریزی شده سلول دارای نقش عملکردی بوده و هم به عنوان انکوژن ها و هم سرکوب کننده های تومور عمل می کنند. بیان mirna ها می تواند بوسیله عفونت باکتریایی تغییر یابد، بنابراین این تغییرات می توانند به عنوان بیومارکر سرطان معده مورد استفاده قرار گیرند. با این حال اطلاعات کمی درباره mirna های دخیل در سرطان معده در دسترس می باشد. mir-584 به عنوان یکی از mirna های منتخب در سرطان معده ی القا شده در حضور هلیکوباکتر پیلوری افزایش بیان داشته، که می تواند به عنوان بیومارکر احتمالی برای تشخیص سرطان معده مورد استفاده قرار گیرد.