سیب زمینی solanum tuberosum از تیره solanaceae یکی از محصولات غذایی مهم دنیا است. بیماری لکه موجی آلترناریایی یکی از بیماریهای مهم سیب¬زمینی است که سالیانه مقادیر زیادی از محصول سیب زمینی را تحت تاثیر خود قرار می دهد و در سالهای اخیر به صورت یک بیماری مهم در مناطق سیب زمینی کاری ایران و بخصوص اصفهان در آمده است. در این تحقیق بیش از 320 جدایه قارچی از برگ های مبتلا به لکه موجی سیب زمینی از استان های اصفهان، اردبیل، خوزستان، همدان، سمنان، خراسان رضوی و گوجه فرنگی کاری استان اصفهان جداسازی شد. بر اساس مطالعات مرفولوژیک، 247 جدایه از قارچ¬های جداسازی شده، متعلق به alternaria spp. ، 35 جدایهulocladium spp.، 27 جدایهstemphylium spp. و 19 جدایهspp. drechslera بودند. بر اساس خصوصیات مورفولوژیک هفت گونه آلترناریاa. alternata, a. tenuissima, a. solani, a. arborescens, a. infectoria, a. dumosa, a. interrupta شناسایی گردید. در میان جدایه های مورد مطالعه دو گونه a. alternata وa. tenuissima بیشترین میزان فراوانی را در میان گونه ها داشتند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در بین ودرون گونه های جدا سازی شده، از تکثیر منطقه igs جدایه ها با pcr استفاده شد که از نظر ژنتیکی از تنوع بالایی برخوردار می باشد. با استفاده از آغازگرهای igs26 و 26s3111f مناطق igs1 و igs2 بطور کامل و قسمتی از انتهای 28s همچنین قسمت ابتدایی 18s به طول 2732 جفت باز تکثیر وتوالی یابی گردید. تنوع ژنتیکی موجود در این مناطق بین گونه های مختلف جنس آلترناریا با استفاده از آنزیم های برشی alui, hinfi, mspi, rsai, با روش pcr-rflp مورد بررسی قرار گرفت. جدایه های ma4 و ie1 متعلق به دو گونه a. alternata و a. tenuissimaکه از نظر مورفولوژیکی کاملا متفاوت بودند با ضریب تشابه بسیار بالا از یکدیگر جداشدند. این موضوع نشان دهنده شباهت این دو گونه در این منطقه با وجود تفاوت های مورفولوژیکی و نحوه رشد می باشد. درآزمون بیماری زایی نیز تفاوتی در شدت بیماری زایی و زمان ظهور علائم بین دو گونه فوق وجود نداشت. جدایه های se9 و ie10 متعلق به دو گونه a. dumosa و a. interrupta بیشترین شباهت را به یکدیگر نسبت به سایر گونه ها داشتند. جدایه متعلق به گونه a. infectoria متعلق به گروه گونه ای a. infectoria در یک دسته جداگانه از سایر گونه ها متمایز شد. این جدایه در آزمون بیماری زایی با ایجاد هاله زرد رنگ تفاوت قابل توجهی نشان داد. جدایه مرتبط به گونه a. solani به طور مشخص از سایر گونه ها جدا شد. این گونه در دسته آلترناریاهای اسپور بزرگ قرار داشته و در آزمون بیماری زایی نیز زمان ظهور علائم بیماری نسبت به سایر گونه ها تفاوت زیادی داشت. به نظر می رسد در بررسی تنوع ژنتیکی گونه¬های آلترناریا، به جای استفاده از تعیین توالی رایج its، تعیین توالی منطقه igs که طول بزرگتری نیز دارد ، مفیدتر می باشد