بررسی تاثیر قارچکش ایپرودیون-کاربندازیم (رورال تی اس) بر ساختار جمعیت باکتری‌های ریزوسفر خیار به روش Illumina MiSeq sequencing
Authors
Abstract:
مطالعه تاثیرات قارچکش‌ها بر جوامع میکروبی ریزوسفر و خاک به دلیل نقش مهم و برجسته میکروارگانیسم‌ها در سلامت گیاه و خاک، بسیار حائز اهمیت است. در این پژوهش، تاثیر قارچکش رورال تی اس بر دینامیک و ساختار جمعیت باکتری‌های ریزوسفر خیار به روش توالی‌یابی نسل بعدی مبتنی بر ژن 16S rRNA (ناحیه V4) با استفاده از روش Illumina MiSeq sequencing، در سه مرحله رشدی گیاه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که از بین 26 شاخه و 352 جنس باکتریایی شناسایی شده برای 18 نمونه، در مجموع شاخه Proteobacteria و جنس Pseudomonas بیشترین فراوانی را داشتند. کاربرد قارچکش رورال تی اس سبب تغییر در ساختار و دینامیک جمعیت باکتریایی شد؛ کاهش فراوانی نسبی جنس Pseudomonas در مرحله اواسط گلدهی در تیمار قارچکش و مرحله آخر گلدهی در نمونه‌های شاهد مشاهده شد. علاوه بر این، فراوانی نسبی جنس‌هایSphingopyxis ، Sphingobacterium و Chryseobacterim در گیاهان تیمار شده با قارچکش در هر سه مرحله، بیشتر از گیاهان شاهد بود. تجزیه و تحلیل شاخص‌های تنوع نشان داد که در مجموع خاک ریزوسفری گیاهان شاهد از تنوع بیشتری نسبت به خاک ریزوسفری گیاهان تیمار شده با رورال‌تی‌اس برخوردار بودند (شانون=33/5)، ولی از نظر غنای گونه سهم خاک مربوط به تیمار رورال تی‌اس بیشتر بود (17/2434Chao1=). علاوه بر این، مرحله رشدی گیاه بر تعداد OTU، شاخص تنوع و غنای گونه‌ای (صرفنظر از نوع تیمار)، معنی‌دار بوده و خاک ریزوسفری گیاهان در مرحله قبل از گلدهی از بیشترین تعداد OTU، تنوع و غنا برخوردار می‌باشد.
similar resources
Insight into biases and sequencing errors for amplicon sequencing with the Illumina MiSeq platform
With read lengths of currently up to 2 × 300 bp, high throughput and low sequencing costs Illumina's MiSeq is becoming one of the most utilized sequencing platforms worldwide. The platform is manageable and affordable even for smaller labs. This enables quick turnaround on a broad range of applications such as targeted gene sequencing, metagenomics, small genome sequencing and clinical molecula...
full textAn improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform
BACKGROUND To take advantage of affordable high-throughput next-generation sequencing technologies to characterize microbial community composition often requires the development of improved methods to overcome technical limitations inherent to the sequencing platforms. Sequencing low sequence diversity libraries such as 16S rRNA amplicons has been problematic on the Illumina MiSeq platform and ...
full textIllumina MiSeq sequencing disfavours a sequence motif in the GFP reporter gene
Green fluorescent protein (GFP) is one of the most used reporter genes. We have used next-generation sequencing (NGS) to analyse the genetic diversity of a recombinant influenza A virus that expresses GFP and found a remarkable coverage dip in the GFP coding sequence. This coverage dip was present when virus-derived RT-PCR product or the parental plasmid DNA was used as starting material for NG...
full textMassively parallel multiplex DNA sequencing for specimen identification using an Illumina MiSeq platform
Genetic information is a valuable component of biosystematics, especially specimen identification through the use of species-specific DNA barcodes. Although many genomics applications have shifted to High-Throughput Sequencing (HTS) or Next-Generation Sequencing (NGS) technologies, sample identification (e.g., via DNA barcoding) is still most often done with Sanger sequencing. Here, we present ...
full textEvaluation of the reproducibility of amplicon sequencing with Illumina MiSeq platform
Illumina's MiSeq has become the dominant platform for gene amplicon sequencing in microbial ecology studies; however, various technical concerns, such as reproducibility, still exist. To assess reproducibility, 16S rRNA gene amplicons from 18 soil samples of a reciprocal transplantation experiment were sequenced on an Illumina MiSeq. The V4 region of 16S rRNA gene from each sample was sequenced...
full textAssessment of Bifidobacterium Species Using groEL Gene on the Basis of Illumina MiSeq High-Throughput Sequencing
The next-generation high-throughput sequencing techniques have introduced a new way to assess the gut's microbial diversity on the basis of 16S rRNA gene-based microbiota analysis. However, the precise appraisal of the biodiversity of Bifidobacterium species within the gut remains a challenging task because of the limited resolving power of the 16S rRNA gene in different species. The groEL gene...
full textMy Resources
Journal title
volume 6 issue 2
pages 293- 307
publication date 2018-03
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
No Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023