ارزیابی کارایی تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ بر صحت روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی
نویسندگان
چکیده مقاله:
به منظور افزایش صحت ارزیابی‌‌های روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تک‌‌نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیهسازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاه‌‌های ژنی کنترل‌‌کنندة صفات کمی (QTL)، به مدت 100 نسل بین 100 فرد (50 نر و 50 ماده) آمیزش تصادفی صورت گرفت. در نسل 101 (جمعیت مرجع) تعداد نمونه‌‌ها به 1000 یا 2000 فرد افزایش یافت و برای این افراد یک ارزش فنوتیپی شبیهسازی شد. سپس اثر نشانگرها در این جمعیت با استفاده از روش GBLUP و روش ترکیبی GBLUP با تکنیک بگینگ (BGBLUP) برآورد گردید. در آخر با استفاده از ضرایب رگرسیونی برآورد شده و با توجه به ژنوتیپ نشانگرها برای افراد جوان نسل‌‌های 102 تا 105 که جمعیت تائید نام دارند و فاقد فنوتیپ‌‌اند، ارزشهای اصلاحی ژنومی محاسبه شد. براساس نتایج پژوهش حاضر، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روش GBLUP در همة حالات از حیث عددی بالاتر از BGBLUP بوده (p > 0.05) و در مورد نسل اول جمعیت تائید (نسل 102) و بدون توجه به توزیع آثار جایگزینی ژنها، با جمعیتی برابر 1000 (یا 2000) فرد در جمعیت مرجع دامنة صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی روش GBLUP از 049/0±339/0 (042/0±412/0) برای صفت با توارث‌‌پذیری 5 درصد تا 015/0±728/0 (015/0±783/0) برای صفت با توارث‌‌پذیری 65 درصد متفاوت بود و مقادیر مشابه برای روش BGBLUP نیز به ترتیب 047/0±338/0 (042/0±411/0) و 016/0±725/0 (015/0±780/0) بود.
منابع مشابه
ارزیابی صحت پیشبینی ژنومی در معماری‌های مختلف ژنومی صفات کمی و آستانه‌ای با جانهی داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده، توسط روش جنگل تصادفی
Genomic selection is a promising challenge for discovering genetic variants influencing quantitative and threshold traits for improving the genetic gain and accuracy of genomic prediction in animal breeding. Since a proportion of genotypes are generally uncalled, therefore, prediction of genomic accuracy requires imputation of missing genotypes. The objectives of this study were (1) to quantify...
متن کاملتأثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیشبینی ژنومی روش‌‌های پارامتری
افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک روش‌‌های پ...
متن کاملمطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP
انتخاب ژنومی، روشی برای پیشبینی ارزشهای اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ‌کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می‌کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrBLUP بود. صفات با وراثت‌پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیهسازی شد. ژنوم شبیه‌سازی‌شده دارای25 جفت ک...
متن کاملبررسی اثر توزیع اثر qtl بر صحت ارزیابی ژنومی با روش bayesian
در این مطالعه ژنومی متشکل از 10 کروموزوم هر یک به طول 200 سانتی¬مورگان شبیه¬سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل 2/0 سانتی¬مورگان طراحی شدند و جایگاه‌‌های ژنی مؤثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه¬سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژنها در نظر گرفته ¬شد. در ابتدا جمعیت پایه¬ای از حیوانات با اندازه مؤثر 100 (50 نر و 50 ماده) شبیه¬سازی شد و این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیز...
منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 48 شماره 4
صفحات 573- 584
تاریخ انتشار 2018-02-20
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023