رستم عبداللهی آرپناهی
استادیار، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران
[ 1 ] - تأثیر اسناد کردن و تراکم نشانگری در بهبود درستی ارزیابیهای ژنگانی
با دسترسی به اطلاعات نشانگرهای تک نوکلئوتیدی (SNP)، پیشبینی شایستگی ژنتیکی افراد بدون اطلاعات پدیدگانی (فنوتیپی) با استفاده از ارزیابی ژنگانی (ژنومی) امکانپذیر شده است. لیکن، استفاده از تراشه (چیپ)های متراکم برای ارزیابی همۀ افراد جمعیت مقرون‌به‌صرفه نیست. برای دستیابی به بیشترین بازدهی در بررسی‌های ژنگانی میتوان گروهی از حیوان‌ها را با تراشههای با تراکم بالا و دیگر افراد را با تراشههای ...
[ 2 ] - ارزیابی کارایی تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ بر صحت روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی
به منظور افزایش صحت ارزیابیهای روش بهترین پیشبینی نااُریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تکنوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیهسازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاههای ژنی کنترل‌‌کنندة صفات کمی (QTL)، به مدت 100 نسل بین 100 فرد ...
[ 3 ] - برآورد فراسنجه‌های ژنتیکی صفت وزن تخممرغ و وزن بدن در نتیجۀ اثر متقابل اجتماعی در یک لاین تجاری جوجۀ گوشتی
اثر متقابل اجتماعی در میان افراد میتواند نقش مهمی بر میزان عملکرد صفات تولیدی و صفات مرتبط با شایستگی در دامهای اهلی داشته باشد. به همین جهت در این بررسی اثر متقابل اجتماعی پن در یک لاین تجاری گوشتی برای دو صفت وزن تخممرغ و وزن بدن ارزیابی و در این پژوهش از دادههای 29645 پرنده واقع در مجتمع مرغ لاین آرین بابل‌کنار استفاده شد و فراسنجه‌های ژنتیکی مستقیم و اجتماعی برای این دو صفت با استفاده ا...
[ 4 ] - ردیابی نشانههای انتخاب مثبت در نژادهای گوسفند ایرانی افشاری و مغانی با استفاده از اطلاعات ژنگانی
شناسایی مناطق ژنگانی (ژنومی) تحت انتخاب مثبت از بحث‌های مهم در حوزۀ ژنتیک جمعیت است. هدف این تحقیق، شناسایی مناطقی از ژنگان گوسفندان افشاری و مغانی است که تحت تأثیر انتخاب طبیعی یا مصنوعی قرار گرفتهاند. برای این منظور 75 رأس گوسفند از دو نژاد افشاری (41 رأس) و مغانی (34 رأس)، با استفاده از آرایههای ژنگانیIllumina Ovine SNP50K BeadChip تعیین نژادگان (ژنوتیپ) شدند. برای ردیابی نشانههای انتخاب...
[ 5 ] - تعیین شمار رکورد روز آزمون موردنیاز هر دام برای جایگزینی مدل رگرسیون تصادفی با مدل متداول دورۀ شیردهی
با توسعۀ مدلهای آماری مختلط برای ارزیابی صفات تکرارشده در طول زمان، مدل رگرسیون تصادفی (RRM) جایگزین مدل دورۀ شیردهی (LM) شده است. کمترین شمار رکورد روز آزمون لازم در هر دورۀ شیردهی به ازای هر حیوان برای جایگزینی LM با RRM یک چالش در ارزیابی ژنتیکی است. در این بررسی از 381236 رکورد روز آزمون مربوط به 44117 گاو شیری از هشت گله با دورۀ شیردهی اول استفاده شد. بر پایۀ شمار رکورد روز آزمون هر دام، ...
[ 6 ] - شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با قطر پشم در نژادهای گوسفند ایرانی
هدف از این پژوهش پویش ژنوم گوسفند برای شناسایی جایگاههای مؤثر بر قطر پشم در نژادهای بومی کشور بود. برای این منظور نمونه‌های خون 94 حیوان، شامل 47 رأس از نژاد ایرانی زل و 47 رأس از نژاد ایرانی لری‌بختیاری تهیه شد و پس از استخراج DNA، نمونه‌ها با استفاده از آرایههای Ovine 50k SNP Chip تعیین ژنوتیپ شدند. دادههای حاصل به منظور بررسی کیفی آنالیز شدند. پس از این مراحل، در نهایت مجموع 48056 نشانگر ...
[ 7 ] - Imputation of parent-offspring trios and their effect on accuracy of genomic prediction using Bayesian method
The objective of this study was to evaluate the imputation accuracy of parent-offspring trios under different scenarios. By using simulated datasets, the performance Bayesian LASSO in genomic prediction was also examined. The genome consisted of 5 chromosomes and each chromosome was set as 1 Morgan length. The number of SNPs per chromosome was 10000. One hundred QTLs were randomly distributed a...
[ 8 ] - برآورد اجزای واریانس وزن بدن گوسفند مرینوس در تولد و شیرگیری با استفاده از نشانگرهای تک نوکلئوتیدی و دو رویکرد حداکثر درست‌نمایی محدود شده و بیزی
مقدمه: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیر ژنتیکی با اطلاعات شجرهای و ژنومی، از ملزومات پیشبینی صحیح ارزشهای اصلاحی می‌باشد. دسترسی به آرایههای چندشکلی تکنوکلئوتیدی (SNP) با تراکم بالا و افزایش تعداد حیوانات با اطلاعات ژنوتیپی، دقت و صحت برآوردهای مبتنی بر جمعیت را افزایش می‌دهد. انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه‌ای قادر است بیشتر واریانس ژنتیکی را توسط نشانگرها توجیه نماید. هدف از مطالعه حاضر...
[ 9 ] - مقایسه مدل های تکرارپذیری، چند صفتی و تابعیت تصادفی در برآورد اجزای واریانس برای صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح در گاوهای هلشتاین ایران
به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح با استفاده از سه مدل تکرارپذیر، چند صفتی و تابعیت تصادفی از تعداد 159482 رکورد فاصله زایش تا اولین تلقیح که طی سالهای 1360 تا 1392 از 33 گله گاو هلشتاین ایران توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمعآوری شده بود، استفاده شد. مدل چندصفتی نسبت به مدل تکرارپذیر و تابعیت تصادفی دارای معیار اطلاعات بیزین کمتر و فاکتور بیز آن نسبت به دو مدل دیگر ...
[ 10 ] - تعیین ضرایب اقتصادی صفات تولید و تولید مثل گوسفند نژاد کردی در سیستم روستایی
در این تحقیق پارامترهای مربوط به صفات تولید، تولیدمثل، مدیریت و اقتصادی حاصل از رکوردگیرهای، تعداد هفت گله با 600 رأس گوسفند کردی در طول یک چرخه تولید سالانه در سیستم روستایی استفاده شد. ضرایب اقتصادی صفات با استفاده از سه گرایش حداکثر سود، درآمد به هزینه و حداقل هزینه برآورد گردید. نتایج نشان داد که متوسط سود (خالص) به ازای هر رأس میش در هر سال، نسبت درآمد (کل سود) به هزینه و نسبت هزینه به درآ...
[ 11 ] - مقایسه روش های آماری پارامتری و بازنمونه گیری در ارزیابی صفات کمّی با ساختار ژنتیکی متفاوت
هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونهگیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیهسازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرم...
[ 12 ] - برآورد پارامترها و روند ژنتیکی صفات رشد گوسفند لری بختیاری با مدل های معادلات ساختاری
برای تجزیه ژنتیکی صفات رشد گوسفند لری بختیاری با مدلهای معادلات ساختاری و مدلهای چند متغیره استاندارد از دادههای فنوتیپی و شجرهای جمعآوری شده طی سالهای 1390-1374 در ایستگاه اصلاح نژاد گوسفند لری بختیاری استفاده شد. صفات مورد بررسی شامل وزن تولد، میانگین افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، وزن شیرگیری، میانگین افزایش وزن روزانه از شیرگیری تا شش ماهگی و وزن شش ماهگی بودند. سه مدل مختلف شا...
[ 13 ] - ارزیابی ژنتیکی گاوهای نر هلشتاین با استفاده از روز آزمون های مختلف به روش رگرسیون تصادفی
به منظور تعیین تعداد رکورد روز آزمون مناسب برای آزمون نتاج گاوهای نر هلشتاین از 732140 رکورد روز آزمون تولید شیر زایش اول مربوط به 73214 راس گاو شیری از 62 گله طی سال های 1371 الی 1395 که توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع آوری شده بود، استفاده شد. همبستگی پیش بینی ارزش ارثی (EBV) گاوهای نر با استفاده از 10 رکورد روز آزمون دختران آنها با تعداد متفاوت رکورد روز آزمون، مقایسه شد. همبستگی EBV گاوهای نر...
[ 14 ] - بررسی جمعیت مؤثر، نامتعادلی پیوستگی و ساختار بلوک تک‌جوری در گاومیش‌های نژاد آذربایجانی با استفاده از تراشههای متراکم نشانگری
هدف از این پژوهش برآورد میزان نامتعادلی پیوستگی، تعیین ساختار بلوکهای تک‌جوری (هاپلوتیپی) و اندازۀ مؤثر جمعیت گاومیش آذربایجانی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنگان (ژنوم) حاصل از تراشههای متراکمK 90 (SNPchip 90k) بود. حیوان‌های مورد بررسی و ارزیابی 243 رأس گاومیش آذربایجانی پراکنده در استانهای گیلان، اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی بود. پس از کنترل کیفیت دادهه...
[ 15 ] - بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و عدم تعادل پیوستگی در برخی از نژادهای گوسفند بومی ایران
فن‌آوری‌های ژنومی مانند تعیین ژنوتیپ با کارایی بالا بر اساس آرایههای SNP، پتانسیل بالایی برای رمزگشایی معماری ژنتیکی صفات پیچیده دارد و اطلاعات زمینه‌ای در مورد ساختار ژنوم در حیوانات اهلی، از قبیل میزان عدم تعادل پیوستگی (LD) فراهم می‌کند. در این پژوهش، از آرایه ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip برای تخمین و مقایسه عدم تعادل پیوستگی، اندازه مؤثر جمعیت (Ne) و هتروزیگوسیتی در سه جمعیت گوسفند ...
[ 16 ] - تأثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیشبینی ژنومی روشهای پارامتری
افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک روشهای پ...
[ 17 ] - ارزیابی استراتژی‌های اصلاح‌نژاد در مرغان بومی مازندران با استفاده از شبیهسازی رایانه‌ای
هدف از پژوهش کنونی مقایسه استراتژی‌های اصلاح نژاد در گله مرغ بومی مازندران به کمک شبیهسازی رایانه‌ای بود. صفات شبیه‌سازیشده، وزن بدن در زمان تولد (BW1)، هشت هفتگی (BW8)، دوازده هفتگی (BW12)، زمان بلوغ جنسی (BWM)، سن بلوغ جنسی (AFE)، وزن اولین تخم (EWM)، میانگین وزن تخممرغ در هفتههای 28 تا 32 (EW28-32) و تعداد تخممرغ (EN) بودند. در استراتژی اول خروسها بر اساس ارزش اصلاحی صفت BW12 و مرغه...
[ 18 ] - Comparison of Introgression and Synthetic Breed Strategies for Litter Size Trait in Sheep using Computer Simulation
The objective of this study was to compare introgression and synthetic breed strategies for litter size trait improvement in sheep using computer simulation. For this purpose, a trait with heritability of 0.1, consisting of two chromosomes was simulated. On chromosome 1, a single QTL as the major gene was created that accounted for 40% of the total genetic variance. The effect of favorable and ...
[ 19 ] - ارزیابی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برخی صفات اقتصادی جمعیت گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از SNP ها و بلوک های هاپلوتایپی
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشه‌هایی با تراکم‌های مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزشهای اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از S...
[ 20 ] - ارزیابی روشهای انتخاب سنتی و ژنومیک برای انتقال و تثبیت یک ژن عمده در گوسفند بوسیله شبیه سازی
هدف از این مطالعه بررسی انتقال یک ژن عمده با روشهای سنتی (Classic)، ژنومیک (Genomic)، سنتی با انتخاب به کمک ژن (GasClassic) و ژنومیک با انتخاب به کمک ژن (GasGenomic) برای بهبود صفت چندقلوزایی با استفاده از شبیهسازی رایانه‌ای در یک جمعیت گوسفند بود. بدین منظور صفتی با وراثت‌پذیری 1/0 شامل دو کروموزم که هر یک به طول صد سانتی مورگان بود، شبیه سازی شد. بر روی هر کروموزم 10000 SNPو 100QTL به صورت ...
نویسندگان همکار