ایجاد درخت ژنی با استفاده از واگرایی کولبک-لیبلر روی ژن‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری

نویسندگان

  • حسن توکلی استادیار گروه مهندسی برق، دانشکده فنی، دانشگاه گیلان
چکیده مقاله:

نظریه­ اطلاعات، شاخه­ای از ریاضیات است که با مهندسی ارتباطات، زیست­شناسی و پزشکی هم­پوشانی دارد. هدف از بررسی حاضر ارائه روشی جهت خوشه­بندی تعدادی از ژن­های موثر روی تولید شیر در گاو شیری با استفاده از الگوریتمی متکی بر واگرایی کولبک­­ -­ لیبلر بود. در این پژوهش بعد از استخراج توالی DNA ژن‌ و اگزون‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری، فراسنجه آنتروپی در مراتب یک تا چهار برای هر ژن و اگزون‌های هر ژن محاسبه شد. جهت استخراج فاصله میان ژن‌ها از یکدیگر، از واگرایی کولبک - لیبلر در سه روش مختلف استفاده شد. روش‌های اول و دوم مبتنی بر همترازی ولی روش سوم غیر مبتنی بر همترازی و بر پایه آنتروپی نسبی ژن‌ها بود. نتایج هر سه روش واگرایی کولبک - لیبلر روی توالی DNA ژن‌ها و اگزون‌ها با استفاده از هفت روش معمولSingle ،Complete ،Average ،Weighted ، Centroid،  Medianو KMeansخوشه‌بندی شدند. تجمیع نتایج هر خوشه‌بندی که با الگوریتم AdaBoost انجام شد، و خود نوعی درخت ژنی را تداعی کرد، نشان داد که روش سوم، خوشه‌بندی معقولی را از نظر زیستی برای مجموعه‌ای از ژن‌ها حاصل نمود چرا که با نتایج حاشیه­نویسی ژنومی ژن‌های حاصل ازGeneMANIA  مطابقت داشت. این اعتقاد وجود دارد که روش ارائه شده برای ایجاد درخت ژنی می‌تواند با سایر روش‌های متکی بر توالی DNA ژن‌ها جهت خوشه­بندی مجموعه‌ای از ژن‌ها، رقابت نماید و لذا می‌تواند در گروه‌بندی ژن‌های سایر گو‌نه‌ها نیز بکار رود.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

امکان سنجی آنتروپی نسبی در خوشه بندی تعدادی از ژن‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری

چکیده سابقه و هدف: جدا از اینکه شیر نقش مهمی در تغذیه انسان ایفا می‌نماید، افزایش تولید شیر و یا تغییر در میزان ترکیبات آن بیشترین توجه اصلاحگران گاو شیری را به خود اختصاص داده است به همین علت پژوهش و بررسی ژنهایی که روی تولید و ترکیب شیر نقش موثری دارند، بسیار با اهمیت است. نظریه‌ اطلاعات، شاخه‌ای از ریاضیات است که با مهندسی ارتباطات، زیست شناسی و پزشکی همپوشانی دارد. آنتروپی اندازه‌ای از عدم...

متن کامل

تجزیه وتحلیل ریسک کولبک-لیبلر

انتخاب مدل به منظور استنباط بیش بینی رفتار آینده جوامع تحت بررسی از اهمیت ویژه ای برخوردار است. هدف انتخاب مدل انتخاب مدل بهینه از میان مجموعه مدل های بیشنهادی است معمولا مدل مولد داده ها مجهول است و در صدد براورد یا تقریب این مدل هستیم در این بایان نامه دو ملاک اطلاع ناسازگار aicو kicبرای انتخاب مدل بررسی شده اند و دو ملاک اطلاع سازگار aicو kic برای انتخاب مدل به ترتیب به جای ملاک اطلاع aicوki...

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 6  شماره 3

صفحات  11- 28

تاریخ انتشار 2017-11-22

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023