بررسی الگوی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران
نویسندگان
چکیده مقاله:
شناخت الگوی عدم تعادل پیوستگی در جمعیت‌های مختلف اطلاعات سودمندی برای بررسی‌های انتخاب ژنومیک (ژنومیک) (GS) و پویش ژنوم یا ژنوم (GWAS) و شناخت معماری ژنتیکی صفات از طریق بررسی فاز پایداری عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفت کمی فراهم می‌کند. هدف از این پژوهش بررسی عدم تعادل پیوستگی در سه نژاد از گوسفندان بومی ایران (بلوچی، لری-بختیاری و زل) است. بدین منظور از 186 نمونه گوسفند (شامل 96 نمونه بلوچی، 45 نمونه لری بختیاری و 45 نمونه زل) خون‌گیری به عمل آمد و با استفاده از آرایه‌های Ovine 50K SNPChip شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ و آنگاه عدم تعادل پیوستگی در هر نژاد با استفاده از آماره r2 اندازه‌گیری شد. بنابر نتایج این بررسی، بیشترین میانگین LD در فاصله‌های کمتر از Kb10 در نژاد بلوچی، لری بختیاری و زل به‌ترتیب 323/0±392/0، 308/0±360/0 و 306/0±340/0 برآورد شد. بررسیLD در کروموزوم‌های اتوزوم هر نژاد، کروموزوم‌های 24 و 25 در نژاد بلوچی، 9 و 21 در نژاد لری بختیاری و 23 و 24 در نژاد زل بیشترین میانگین r2 را داشتند. بررسی همبستگی عدم تعادل پیوستگی بین نژادهای مختلف، بیشترین پایداری فاز LD را بین نژادهای زل و لری بختیاری نشان داد که احتمال دارد ناشی از وجود نیاکان مشترک بین این نژادها باشد. هر چه میزان LD بالاتر باشد تراکم نشانگری پایین‌تری در بررسی‌های ارتباطی مورد نیاز است. نتایج این بررسی مشخص کرد برای به دست آمدن صحت 85 درصدی (با فرض اینکه دیگر عامل‌های مؤثر بر صحت انتخاب ژنومیک برطرف شده باشد) در بررسی‌های انتخاب ژنومیک و GWAS به آرایه‌هایی با تراکم نشانگری بالاتر از 50K نیاز خواهد بود.
منابع مشابه
بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و عدم تعادل پیوستگی در برخی از نژادهای گوسفند بومی ایران
فن‌آوری‌های ژنومی مانند تعیین ژنوتیپ با کارایی بالا بر اساس آرایه‌های SNP، پتانسیل بالایی برای رمزگشایی معماری ژنتیکی صفات پیچیده دارد و اطلاعات زمینه‌ای در مورد ساختار ژنوم در حیوانات اهلی، از قبیل میزان عدم تعادل پیوستگی (LD) فراهم می‌کند. در این پژوهش، از آرایه ژنومیIllumina Ovine SNP50K BeadChip برای تخمین و مقایسه عدم تعادل پیوستگی، اندازه مؤثر جمعیت (Ne) و هتروزیگوسیتی در سه جمعیت گوسفند ...
متن کاملبررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی و مطالعه ارتباط ژنومی هاپلوتیپی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر دو قلوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی
Twinning trait is an important trait in sheep breeding. Reproductive traits differ greatly across sheep breeds, but also between sheep in a single flock. Identification of ewes with higher twinning rate and more raised lambs per year is an important parameter for breeding and farming success. A genome-wide haplotype association study, using 42,416 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) was cond...
متن کاملبررسی سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم گاوهای بومی استان فارس با استفاده از داده‌های متراکم نشانگرهای چند شکل تک نوکلئوتیدی
زمینه مطالعاتی: شناسایی سطوح عدم تعادل پیوستگی در میان جمعیتها ابزاری مفید در مطالعه تاریخچه جمعیتها و شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی است. هدف: در این تحقیق، به منظور فراهم آوردن اطلاعات پایه مورد نیاز در طراحی مطالعات ارتباطی کل ژنوم و بررسی تغییرات اندازه موثر جمعیت در گاوهای بومی فارس، سطوح عدم تعادل پیوستگی در ژنوم افراد این جمعیت مورد مطالعه قرار گرفت. روش کار: بدین منظور ...
متن کاملروند تحلیل تیموس در گوسفندان بومی ایران
در این پژوهش تیموس 30رأس گوسفند نر وماده،نژاد بومی ایرانی،از5ماهه تا 8ساله در سه گروه بررسی گردید. تیموس در گوسفند از یک بخش گردنی در دو طرف نای و یک بخش سینه ای در سمت چپ،در میان سینه پیشین تشکیل گردیده است. پس از ذبح و تشریح نواحی گردن و سینه،شکل خارجی،موقعیت،روابط،رگها و اعصاب غده بررسی وابعاد آن اندازه گیری و وزن شدند. برای مطالعه بافت شناسی،پس از پایداری غده در فرمالین،از هر نمونه برشهای ب...
متن کاملبررسی الگوی عدم تعادل لینکاژی و مطالعه ارتباط ژنومی هاپلوتیپی جهت شناسایی مناطق ژنومی موثر بر دو قلوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی
دوقلوزایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند میباشند. صفات تولیدمثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوتهای عمده میباشند. در این تحقیق مطالعه الگوی عدمتعادل لینکاژی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی با استفاده از 42416 نشانگر تکنوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی مؤثر بر نرخ دوقلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونههای خون از 96 رأس گوسفند بلوچی همرا...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 48 شماره 1
صفحات 11- 18
تاریخ انتشار 2017-05-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023