تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity

نویسندگان

  • احمد معینی دانشیار، گروه اصلاح‌نباتات و بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، تهران،
  • محسن مردی دانشیار، بخش ژنومیکس پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی. کرج
چکیده

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب‌ترین ادویه جهانی، گونه‌ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می‌باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت‌های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی‌یابی، توالی‌یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان‌تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی‌های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آن‌ها در دسترس نیست. توالی‌یابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در داده‌های ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پایین‌دست ضروری می‌باشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالی‌یابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم‌افزار پرکاربرد به نام‌های SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالی‌ها و تعداد یونی‌ژن‌های بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo می‌باشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه می‌شود منجر به افزایش معنی-داری در تعداد رکوردهای به‌دست آمده در پایگاه‌های اطلاعاتی می‌شود و تعداد بیشتر یونی‌ژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیت‌های مهم بیشتری را فراهم می‌کند. یونی‌ژن‌های مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونی‌ژن‌های مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. به‌طور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آن‌ها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم‌افزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف می‌توان توصیه‌هایی در زمینه استفاده از آن‌ها ارائه داد و نرم‌افزار مناسب‌تر را انتخاب کرد.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 23 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (crocus sativus l.) با استفاده از نرم افزارهای soapdenovo و trinity

زعفران (crocus sativus l.)، ارزشمندترین و محبوب­ترین ادویه جهانی، گونه­ای تریپلوئید از خانواده iridaceae می­باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت­های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی­یابی، توالی­یابی rna (rnaseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان­تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی­های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...

متن کامل

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی‌های EST کلاله زعفران (.Crocus sativus L) به منظور تعیین جهت‌گیری کارکردی ژنوم و شبکه ژنی

روش‌های ژنومیکس کارکردی نظیر تجزیه و تحلیل توالی‌های EST<span style="font-size: 11.0pt; mso-ansi-font-si...

متن کامل

بررسی اثر چند روش‏ فیزیکی و زراعی بر جمعیت کنه (Rhizoglyphus robini) و عملکرد کلاله زعفران (.Crocus sativus L)

در این آزمایش، تأثیر آفتاب‏دهی با پلاستیک شفاف، زمان کاشت و اولین آبیاری پس از کاشت بر جمعیت کنه (Rhizoglyphus robini) و عملکرد کلاله زعفران به‌صورت کرت‏های خردشده و در قالب طرح بلوک‏های کامل تصادفی در سه تکرار طی سال‏های 1390 تا 1394 در شهرستان گناباد مورد ارزیابی قرار گرفت. فاکتور‏های اصلی شامل آفتاب‏دهی و عدم آفتاب‏دهی خاک قبل از کاشت بودند که در کرت‏های اصلی قرار گرفتند. ه...

متن کامل

مطالعه تنوع ژنتیکی و برخی از صفات زراعی و کیفی در زعفران (.Crocus sativus L)

به‌منظور مطالعه تنوع ژنتیکی و زراعی زعفران، شش اکوتیپ از نقاط مختلف استان خراسان (مشهد، تربت‌جام، گناباد، تربت‌حیدریه، قاین و بیرجند) جمع‌آوری و در طی دو سال زراعی 93-1391 در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج مزرعه‌ای نشان داد که اختلاف معنی‌داری بین اکوتیپ‌ها از لحاظ اکثر صفات زراعی و کیفی مورد مطالعه وجود دارد. به‌طوری‌که تجزیه خوشه‏ای، اکوتیپ‏های ت...

متن کامل

بررسی سمیت تحت حاد عصاره آبی کلاله و گلبرگ زعفران (Crocus sativus L.) در موش صحرایی

در این مطالعه سمیت تحت حاد عصاره آبی کلاله و گلبرگ زعفران در موش صحرایی (رت) بررسی گردید. ابتدا دوزهای 16/0، 32/0 و 48/0 گرم بر کیلوگرم از عصاره آبی کلاله و دوزهای 2/1، 4/2 و 6/3 گرم بر کیلوگرم از عصاره آبی گلبرگ انتخاب و روزانه به مدت دو هفته از راه داخل صفاقی به حیوانات تزریق گردید. در روز پانزدهم پس از نمونه‌گیری آزمایش های خون‌شناسی، بیوشیمی و آسیب‌شناسی انجام گرفت. هر دو نوع عصاره باعث کاه...

متن کامل

ذخیره در منابع من

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}

  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

دانلود متن کامل

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 23 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید


عنوان ژورنال:

دوره 4  شماره 6

صفحات  35- 46

تاریخ انتشار 2014-09-23

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2022