تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity

نویسندگان

  • احمد معینی دانشیار، گروه اصلاح‌نباتات و بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، تهران،
  • محسن مردی دانشیار، بخش ژنومیکس پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی. کرج
چکیده

زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب‌ترین ادویه جهانی، گونه‌ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می‌باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت‌های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی‌یابی، توالی‌یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان‌تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی‌های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آن‌ها در دسترس نیست. توالی‌یابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در داده‌های ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پایین‌دست ضروری می‌باشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالی‌یابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم‌افزار پرکاربرد به نام‌های SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالی‌ها و تعداد یونی‌ژن‌های بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo می‌باشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه می‌شود منجر به افزایش معنی-داری در تعداد رکوردهای به‌دست آمده در پایگاه‌های اطلاعاتی می‌شود و تعداد بیشتر یونی‌ژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیت‌های مهم بیشتری را فراهم می‌کند. یونی‌ژن‌های مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونی‌ژن‌های مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. به‌طور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آن‌ها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم‌افزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف می‌توان توصیه‌هایی در زمینه استفاده از آن‌ها ارائه داد و نرم‌افزار مناسب‌تر را انتخاب کرد.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (crocus sativus l.) با استفاده از نرم افزارهای soapdenovo و trinity

زعفران (crocus sativus l.)، ارزشمندترین و محبوب­ترین ادویه جهانی، گونه­ای تریپلوئید از خانواده iridaceae می­باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت­های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی­یابی، توالی­یابی rna (rnaseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان­تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی­های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...

متن کامل

تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی‌های EST کلاله زعفران (.Crocus sativus L) به منظور تعیین جهت‌گیری کارکردی ژنوم و شبکه ژنی

روش‌های ژنومیکس کارکردی نظیر تجزیه و تحلیل توالی‌های EST<span style="font-size: 11.0pt; mso-ansi-font-si...

متن کامل

بررسی اثر چند روش‏ فیزیکی و زراعی بر جمعیت کنه (Rhizoglyphus robini) و عملکرد کلاله زعفران (.Crocus sativus L)

در این آزمایش، تأثیر آفتاب‏دهی با پلاستیک شفاف، زمان کاشت و اولین آبیاری پس از کاشت بر جمعیت کنه (Rhizoglyphus robini) و عملکرد کلاله زعفران به‌صورت کرت‏های خردشده و در قالب طرح بلوک‏های کامل تصادفی در سه تکرار طی سال‏های 1390 تا 1394 در شهرستان گناباد مورد ارزیابی قرار گرفت. فاکتور‏های اصلی شامل آفتاب‏دهی و عدم آفتاب‏دهی خاک قبل از کاشت بودند که در کرت‏های اصلی قرار گرفتند. ه...

متن کامل

مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم‌بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)

زعفران گیاه دارویی و ادویه‌ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به‌عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می‌شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی‌یابی آن به‌عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک‌های توالی‌یابی نسل بعد، توالی‌یابی RNA به‌عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته ‌است. سرهم‌بندی ترنسکریپتوم­ها­ از تعداد بی‌شمار خوانش‌های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه‌هایی ...

متن کامل

بهینه سازی تراکم و وزن بنه زعفران (.Crocus sativus L) با استفاده از طرح مرکب مرکزی

بررسی مسائل زراعی جهت بهبود کیفیت و افزایش عملکرد محصول زعفران بسیار مهم است. یکی از مباحث مطرح در این زمینه، اندازه و تراکم بنه زعفران می‌باشد که می‌ تواند بر نحوه تخصیص مواد در گیاه مؤثر بوده و از طریق تحت تأثیر قراردادن رشد رویشی بر تولید تأثیرگذار باشد. بنابراین به‌منظور تعیین اثر متقابل تراکم و اندازه بنه جهت به دست آوردن مناسب‌ترین وزن بنه به تفکیک تراکم به‌عنوان اصلی‌ترین عوامل مؤثر بر ر...

متن کامل

ذخیره در منابع من

ذخیره در منابع من ذخیره شده در منابع من

{@ msg_add @}

  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی راحت تر خواهید کرد

دانلود متن کامل

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید


عنوان ژورنال:

دوره 4  شماره 6

صفحات  35- 46

تاریخ انتشار 2014-09-23

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2021