مطالعه شبکه ژنی موثر بر رشد ماهیچه سینه جوجه راس تحت داده‌های RNA-Seq
نویسندگان
چکیده مقاله:
جوجه های بومی جز مهم‌ترین ذخایر ژنتیکی هستند که به شرایط محیطی بخوبی سازگاری یافته‌اند. اما بطور معمول سرعت رشد و راندمان غذایی آنها در مقایسه با جوجه‌های امروزی مناسب است. مطالعات مقایسه‌ای بین جوجه‌های امروزی و مرغان بومی امکان درک علل این تفاوت‌های ژنتیکی را مهیا می‌سازد. جهت بررسی تفاوت‌های ترانسکریپتومی ژن‌ها و مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با رشد ماهیچه سینه در دو گروه مرغ بومی و جوجه تجاری از مطالعات ژنومی تکنولوژی‌های توالی‌یابی نسل آینده استفاده شد. در این پژوهش تعداد 200 قطعه پرنده از سویه راس 708 و 200 قطعه جوجه بومی اصفهان در یک شرایط مشابه مدیریتی و تغذیه استاندارد پرورش داده شدند. در بررسی تجزیه و تحلیل داده‌هایRNA-Seq بین دو گروه آزمایشی، پروفایل بیان ژن در 4 نمونه ماهیچه سینه 28 روزگی عمر جوجه‌ها مورد مقایسه قرار گرفت. مقایسه آماری بیان ژن‌های توالی‌یابی شده در این دو گروه، 606 ژن با تفاوت معنی‌دار را مشخص کرد. در جوجه تجاری از این تعداد 357 ژن افزایش بیان و 249 ژن کاهش بیان نشان دادند. شبکه برهم کنش پروتئین- پروتئین (Protein-protein interaction) با استفاده از 267 ژن تشکیل و از این تعداد 75 ژن در قالب سه ماژول با حداکثر سطح معنی‌داری شناسایی شد. بررسی‌های هستی شناسی ژنی نشان داد هر سه ماژول در رشد ونموی ماهیچه سینه نقش موثری را ایفا کرده و ژن‌های شاخص آنها JUN، EGR1، THBS1، ITGA4 و ACTA2 بودند.
منابع مشابه
شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی‌یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش‌ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهم‌بندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجم...
متن کاملکاربرد شبکه‌های تلفیقی به منظور برازش شبکه تنظیم بیان ژنی مؤثر بر رشد ماهیچه اسکلتی در گاو
فناوری توالی‌یابی رونوشت‌های سلولی ابزار قدرتمندی در جهت تجزیه و تحلیل رونوشت‌های سلولی، در بسیاری از زمینه‌های تحقیقاتی می‌باشد. در سال‌های اخیر پیاده‌سازی شبکه جهت بررسی روابط بین ژن‌ها با استفاده از داده‌های حاصل از این فناوری به درک بهتر سازوکارهای پیچیده فیزیولوژیکی کمک نموده است. در این مطالعه به ساخت شبکه تنظیم بیان ژن و مطالعه روابط بین ژن‌های دخیل در تشکیل و رشد بافت ماهیچه اسکلتی به ک...
متن کاملRNA-Seq Bayesian Network Exploration of Immune System in Bovine
Background: The stress is one of main factors effects on production system. Several factors (both genetic and environmental elements) regulate immune response to stress. Objectives: In order to determine the major immune system regulatory genes underlying stress responses, a learning Bayesian network approach for those regulatory genes was applied to RNA-...
متن کاملمطالعه بیان ژن افتراقی زنبور عسل ملکه، نر و کارگر با استفاده از داده‌های RNA-seq
این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژن‌های شاخص در تمایز و تکامل ملکه، نر و کارگر با مقایسه تفریقی آنها در سن 5 لاروی یا همان سن تمایز انجام شد. لذا ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 15 نمونه از زنبور عسل نژاد ایتالیایی (A. m. ligustica) شامل 5 زنبور نر، 5 کارگر و 5 ملکه از طریق همردیفی و مکانیابی خوانشهای RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع زنبور عسل نسخه Amel_4.5 مرتب شد. سپس آنالیز بیان افترا...
متن کاملبررسی شبکه تنظیمی مؤثر در شروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری با استفاده از داده‌های RNA-seq
در این مطالعه به منظور درک بهتر شبکه تنظیمی درگیر درشروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری، در ابتدا ژن های با بیان بالا با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های RNA-Seq در سه حالت زیر شناسایی گردید: حالت اول) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 35 روز قبل از زایمان با 3 روز بعد از زایمان ، حالت دوم) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 7 روز قبل از زایمان با 3 روز بعد از زایمان، حالت سوم) مقایسه بافت پستان گاو شی...
متن کاملتاثیر کادمیم در ضریب تبدیل غذا و رشد در جوجه های گوشتی نژاد راس
تاثیر کادمیم در ضریب تبدیل غذا و رشد در جوجه های گوشتیی نژاد راس
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 6 شماره 2
صفحات 189- 203
تاریخ انتشار 2018-03
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023