یک مدل ریاضی جدید برای مساله استنباط هاپلوتایپ‌ها از ژنوتایپ‌ها با معیار پارسیمونی

نویسندگان

  • باقریان, مهری گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت
  • فیض آبادی, رضا گروه ریاضی کاربردی، دانشکده علوم ریاضی، دانشگاه گیلان، رشت

چکیده

The haplotype inference is one of the most important issues in the field of bioinformatics. It is because of its various applications in the diagnosis and treatment of inherited diseases such as diabetes, Alzheimer's and heart disease, which has provided a competition for researchers in presentation of mathematical models and design of algorithms to solve this problem. Despite the existence of a robust literature, a need is still felt for providing new or improved methods because of the NP-hard nature of the problem. Haplotype inference is expressed by different criteria. Parsimony is one of the most important criteria here, and the problem in this study is examined with this criterion. Haplotype inference by parsimony criterion solving methods are divided into two categories: exact and approximate. The exact methods often formulate this problem as an integer programming model. Recently, in an article an exact model, HI Base- 10, for haplotype inference has been proposed, which first corresponds a number to each haplotype and genotype, and then forms the model based on these numbers. As a result of this action, it does not impose any variable and constraint corresponding to heterozygous sites in the model. In this paper, we correspond numbers to the genotype in a different approach and form a mixed binary model based on these numbers. As a result of this conversion, the new model has fewer variables than the HI Base- 10, and it doesn’t have integer variable. In addition, in the new model, there is no variable and constraint corresponding to homozygous sites, and they are assigned to heterozygous sites. In addition, the value of the model is determined considering the large number of homozygous sites compared with heterozygous sites.  

جستجوی کلمه کلیدی

None

برای دسترسی به متن کامل این مقاله و 10 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

ثبت نام

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

ورود

منابع مشابه

یک چالش اساسی در استنباط مدل‌های آمیخته، معرفی معیارهای کارا برای انتخاب مدل است. منبع اصلی این چالش نیز برازش و محاسبه ماکسیمم تابع درستنمایی مدل می‌باشد. داده تاگی روش جدیدی است که برای برازش کارای مدل‌های آمیخته با روش ماکسیمم درستنمایی پیشنهاد شده است. این روش، اخیرا، طرفداران زیادی پیدا کرده است و مشکلات عمده سایر روش‌های استنباط مبتنی بر درستنمایی در مدل‌های آمیخته را ندارد. یکی از معایب ...

در این مقاله با استفاده از معادله پخش در مساله مقدار اولیه و مساله مقدار مرزی - اولیه و همچنین استناد به نظریه کلاسیک ژنتیک جمعیت، پدیده هایی مانند اثر آستانه ای و اطلاعات کیفی راجع به رفتار عمومی جوابهای معادله پخش برای مدلهای ژنتیکی بررسی می شود.

در این مقاله، نوع جدیدی از مسائل بهینه سازی ترکیبی، با عنوان مساله مجاورت مصرف کنندگان ارائه می­گردد. مجموعه­ای از منابع را در نظر بگیرید که هر یک دارای ارزش وزنی مشخصی می­باشد. همچنین مجموعه­ای از مصرف کنندگان را در نظر بگیرید که از این منابع به طور مشترک استفاده می­کنند. هر چیدمان مکانی از مصرف­کنندگان در کنار یکدیگر، یک نقطه از فضای جواب مساله است. اگر در یک چیدمان مفروض، تمام مصرف­کنندگان ی...

در این مقاله، یک مدل جدید هزینه گرا برای مساله موازنه خط مونتاژ ارائه شده است که شامل هزینه نیروی انسانی و خرید تجهیزات می باشد. رویکرد این مدل نسبت به هزینه های مذکور به ­ گونه ای است که علاوه بر اینکه با شرایط واقعی خطوط مونتاژ منطبق می باشد، امکان استفاده از تجهیزات مشترک بین کارهای مونتاژ را میسر می سازد. تابع هدف و محدودیت های این مدل در قالب روابط ریاضی بیان شده و روابطی نیز برای محاسبه ح...

در این نوشتار روشی برای برنامه‌ریزی عدد صحیح به‌منظور برنامه‌ی زمان‌بندی نیروی انسانی، با فرض در نظر گرفتن تجربه، تخصص و مطلوبیت افراد ارائه شده است. مسئله‌ی برنامه‌ی زمان‌بندی نیروی انسانی که زیرشاخه‌یی از برنامه‌ریزی تولید است، به‌دلیل تخصیص منابع به عناصر در یک پهنه‌ی زمانی یا مکانی با توجه به محدودیت‌ها، خواسته‌ها و نیازهای سیستم، و با هدف کمینه‌کردن هزینه‌ها و استفاده‌ی بیشینه از منابع از ...

به دلیل ایرادات روشهای سنتی تعیین نمره معیار که معمولا به صورت نه چندان دقیق انجام می گیرد،  تحقیق حاضر بدنبال ارایه مدلی جدید بر اساس مدل رش می باشد. تعیین نمره معیار دقیق و پیوند آن به توانایی واقعی افراد یکی از ضرورت های دنیای امروز می باشد. چارچوب مشترک اروپایی ارجاع، به عنوان یک مرجع مهم و اساسی در سنجش و آزمون سازی تاکید زیادی بدین مهم کرده است. روش پیشنهادی در این مقاله، با تلفیق روشهای ...

× خانه ژورنال ها ثبت نام ورود