به منظور مطالعه دینامیک بهم پیوستگی نانو ذرات مغناطیسی معلق درون سیال حامل (فروفلوید) از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده کردیم . مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات در راستای میدان مغناطیسی خارجی شکل می گیرد . همچنین با شبیه سازی سیالات مگنتورئولوژیکال مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات ...

فشار و ضریب خودنفوذی سیال تترا فلورید کربن با استفاده از پتانسیل hfd-like دو ذره ای که از وارونگی انتگرال برخورد چگالی کاهش یافته در فشار صفر بدست آمده و همچنین فشار مخلوط های سیال cf_4-arcf_4-ch_4 و در دمای ثابت و در چگالی های مختلف با استفاده از توابع پتانسیل دقیق و جدید hfd-like دو ذره ای با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی محاسبه شده است. برای داشتن نیروهای چند ذره ای دقیق، پتانسیل های...

نمیوپسین پروتئینی متعلق به خانواده ی بزرگ پروتئین های اتصالی به کلسیم از نوع ef-hand و از گروه فتوپروتئین های وابسته به ca2+ می باشد که به طور گسترده ای به عنوان کاوشگر داخل سلولی کلسیم، بیوسنسور، نشانگر آنالیز زیستی برای مطالعات immunoassay و … استفاده می شود. یکی از ویژگی های تمامی اعضای خانواده ی ef-hand وجود موتیف ساختمانی مارپیچ-لوپ-مارپیچ می باشد. در این تحقیق برای نخستین بار تغییرات کانف...

سیکلوسپورین a یکی از داروهای مهارکننده سیستم ایمنی است که به طور گسترده در عمل های پیوند اعضا بکار می رود. سیکلوسپورین a به پروتئین سیتوزولی سیکلوفیلین در سلول های لنفوسیت به خصوص لنفوسیت t اتصال می یابد. در این پایان نامه نحوه اتصال سیکلوسپورین به سیکلو فیلین با استفاده از داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت که برای محاسبات داکینگ از برنامه autodock 4 و برای شبیه سازی های د...

در تحقیق حاضر، ساختار و دینامیک مایع یونی [emim][fep] در حالت های خالص و مخلوط با کربن دی-اکسید با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مشخص شده است. کمیت های میانگین مربع جابجایی و تابع توزیع شعاعی برای مایع یونی خالص در مقایسه با مخلوط دوتایی آن با کربن دی اکسید محاسبه و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. ضرایب خودنفوذی کاتیون، آنیون و کربن دی اکسید از روی شیب نمودارهای میانگین مربع جابجایی د...

تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری‌هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده‌های مهم، حلقه‌های ایندولی می‌باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده‌ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندا...

دینامیک مولکولی روشی برای شبیه‏سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع وگاز با استفاده از نیروها، سرعت‏ها و مکان ذرات است. در بین این عوامل، نیرو مهم‏ترین عامل است. در شبیه‏سازی دینامیک مولکولی کلاسیک، نیرو از پتانسیل کلاسیک به دست می‏آید.در این پایان نامه از روش شبیهسازی دینامیک مولکولی برای مطالعهی نفوذ مولکولهای 3 cfcl، 2cl2 cf، cl3 cfو 4 cf در زئولیت fau با فرمول شیمیایی384 o 192 ...

در تحقیقات انجام شده در این رساله به منظور محاسبه و بررسی عامل نفوذ حرارتی، هدایت گرمایی و شارهای گرما، الگوریتم جدیدی از دینامیک مولکولی غیر تعادلی را توسعه دادیم . این الگوریتم برپایه روشی است که اخیرا"هافسجولد تحت عنوان الگوریتم hex بکار برده شده است ، که در آن شار گرمایی ثابتی به دیواره های جعبه شبیه سازی اعمال می شود و سپس در هر گام زمانی گرادیانهای غلظت و دما محاسبه می گردند. مطالعات انجا...

مواد نانو کریستال حاوی کریستال هایی با اندازه دانه هایی در مقیاس نانو(از 1 نانومتر تا 100 نانومتر) می باشند. محل اتصال دو یا چند دانه در مواد پلی کریستال را مرزدانه می گویند. خواص بسیار زیادی از مواد پلی کریستالی تحت اثر همین مرزدانه ها است. چیدمان های اتمی در مرزدانه ها میتواند باعث ایجاد خواص متفاوتی مانند خواص الکتریکی یا خواص ترمودینامیکی، خواص استحکامی شوند. در این پایان نامه به بررسی خواص...

جفت شدگی ناهماهنگ بین مدهای خمشی و کششی در ورقه گرافینی باعث به وجود آمدن موج های ایستا و به نوبه خود ایجاد ناهمواری ذاتی در گرافین می شوند. یکی از راه های تغییر در میزان این ناهمواری، انباشت ذرات مختلف روی سطح آن است. در این پژوهش انباشت اتم های کربن بر روی گرافین دو لایه را توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی در دما های متفاوت مورد بررسی قرار داده ایم. این شبیه سازی توسط نرم افزار لمپس انجام شده ک...