در این پایان نامه، تلاش شده تا از روش های مدل سازی کامپیوتری جهت طراحی فاز ساکن، بهینه سازی پارامترهای جداسازی و بررسی مکانیسم بازداری استفاده شود. در مطالعه اول مدل سازی کامپیوتری از طریق روشهای کومفا، کومفا – تمرکز میدانی، و کومسیا بر روی یک سری از ترکیبات ضد سرطان انجام گرفت. قابلیت پیشگویی خارجی مدلهای ساخته شده، از طریق مجموعه آزمون مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین پارامترهای آماری م...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

پروتئین مارک2 به ابرخانواده پروتئین‏ کینازها تعلق دارد. این پروتئین نقش بسیار مهمی در تنظیم فعالیت‏های حیاتی سلول همچون ایجاد قطبیت، تنظیم اتصالات سلولی، تنظیم اسکلت سلولی و تمایز سلول ایفا می‏کند.کارکرد نامناسب این پروتئین در حالت‏های پاتولوژیکی چون بیماری آلزایمر، آتیسم، برخی سرطان‏ها و توسعه بیماری‏زایی توسط هلیکوباکتر پیلوری، گزارش شده‏است. درک جزئیات ساختاری این پروتئین و بویژه جزئیات حرکت...

در این پایان نامه در آغاز به شناسایی عنصر کربن و کاربردهای فراوان آن را در طبیعت و صنعت می پردازیم. سپس بررسی نظریه ی گرمایی از دید مدل های کلاسیک ونیمه کلاسیک خواهیم پرداخت. با به کار بردن پتانسیل برنر نوع دوم(ریبو) در بررسی رسانش گرمایی نانولوله های کربنی با توزیع جرم نامتقارن با کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی با شرایط مرزی ثابت یک جهت برتر برای شارش گرما از جرم کم به جرم زیاد یافته ایم. در ...

رزین وینیل استر از جمله پلیمرهای گرماسخت است که به خاطر هزینه پایین و سادگی تهیه، جایگزین مناسبی برای اپوکسی در کاربردهایی از قبیل چسبها، مواد رنگی، پوشش های سطح و تهیه مواد مرکب شده است. اما با توجه به پایین بودن خواص مکانیکی و حرارتی این رزین، می توان از نانوذرات به منظور بهبود خواص مکانیکی و حرارتی آن استفاده کرد. از جمله کاربردهای وینیل استر که در این تحقیق مدنظر است، استفاده از آن برای ساخ...

‏ نانوسیم های سیلیکونی قابلیت های فراوانی در تولید ساختارهای نانوالکترومکانیکی، سامانه های تبدیل ‏انرژی، نانو حسگر ها و سلول های خورشیدی از خود نشان داده اند. در ابزارهای ترموالکتریکی، به منظور ‏بهبود بازده تبدیل انرژی، کاهش دادن رسانایی حرارتی بدون کاستن از رسانایی الکتریکی مد نظر قرار می ‏گیرد و نانوسیم های سیلیکونی گزینه مناسبی برای دستیابی به این هدف هستند. در این تحقیق، از دینامیک ‏مولکولی...

کربید سیلیکون به خاطر خواص فوق‌العاده مکانیکی، فیزیکی، ترمودینامیکی و شیمیایی، یک سرامیک بسیار جذاب برای اکثر صنایع است. در این پژوهش خواص مکانیکی و ترمودینامیکی ساختار C3 کربید سیلیکون با استفاده از شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی و نظریه تابعی چگالی مبتنی بر تقریب شیب تعمیم یافته در دما و فشارهای بالا محاسبه و جهت صحت با نتایج تجربی موجود مقایسه شده است. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از پت...

در این پایان نامه به بررسی خواص مکانیکی از قبیل مدول یانگ، مدول برشی و ضریب پواسون و رفتار مکانیکی مانند کمانش و ارتعاشات جانبی و پیچشی نانولوله های کربنی و گرافین ها به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی پرداخته شده است. برای این منظور، جهت محاسبه انرژی پیوندی بین اتمهای کربن از تابع پتانسیل ترسف-برنر استفاده شده است. این شبیه سازی ها در دسته جواب کانونی که از ترموستات نوز-هوور برای ثابت نگه داشتن ...

پروتئین p53، یک مهار‏کننده‏ی تومور کلیدی در سلول است که به هنگام آسیب به dna فعال می‏شود و مهمترین عملکرد خود که توقف چرخه‏ی سلولی و آپاپتوز است را انجام می‏دهد. پروتئین p53 در بیش از 50% سرطان‏ها جهش می‏یابد و 99% این جهش‏ها در دمین اتصالی به dna رخ می‏دهد. موقعیت اکثر این جهش‏ها (بیش از 90%) در لوپ‏‏های سطحی پروتئین (لوپ‏های l3 و l2) و موتیف lsh (loop sheet helix) جای گرفته است. لوپ‏های سطحی ...

مطالعه ی خصوصیات اجتماعات پپتیدی و فرایند خود اجتماعی پپتیدها از نظر پزشکی، بیوتکنولوژی، مهندسی مواد و نانوتکنولوژی دارای اهمیت بسیار می باشد. از نظر پزشکی و سلامت، درک فرایند اجتماع پپتیدها و پروتئین ها می تواند در شناخت و درمان بیماری هایی چون آلزایمر و پارکینسون بسیار مفید باشد. روش های مختلف نظری و تجربی برای انجام این مطالعات وجود دارد. پپتیدهای کوتاه مکمل یونی eak16 با دارا بودن ترکیبی از...