شبیه سازی دینامیک مولکولی روشی مناسب برای مدل سازی میکروسکوپی مواد است و در شاخه های مختلف علوم و تکنولوژی کاربرد فراوان دارد. اندازه گیری تجربی خواص ترمودینامیکی تعداد زیادی از مواد را به دلیل هزینه بالا و صرف زمان زیاد اقتصادی نیست. با استفاده از روش های محاسباتی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی، می توان خواص ترمودینامیکی آن ها را محاسبه و نتایج حاصل را با داده های تجربی مقایسه نمود. یکی از مب...

برهمکنش های بین مولکولی، خصوصاً پیوند هیدروژنی، در سیستم های بیولوژیکی از اهمیت فراوانی برخوردار می باشند، و تعیین خواص دقیق آنها بسیار مشکل است. ویژگی های مختلف برهمکنش های n-h…h با استفاده از تئوری تابعیت چگالی مورد بررسی قرار گرفته اند. در این پژوهش، تانسورهای پوشیدگی شیمیایی و شیب میدان الکتریکی هسته های اکسیژن، نیتروژن و هیدروژن، اوربیتال های پیوندی طبیعی در مولکول 2’3’-di-o-acetyl-5’-deoxy...

برهمکنشهای ضعیف نقش مهمی رادر برخی حوزه های شیمی و بیوشیمی بازی می کنند. دسته ای از برهمکنشها دربردارنده انواع مختلفی از نیروهای جاذبه و دافعه شامل پیوندهای هیدروژنی، هالوژنی و برهمکنش میان اتمهای سنگین می باشند.از بین برهمکنش اتمهای سنگین برهمکنش میان اتمهای کالکوژن که شامل عناصر خانواده اکسیژن هستند باسایر عناصر سنگین از جمله کالکوژنهای دیگراز اهمیت ویژه ای برخوردار است و در سالهای اخیر مورد ...

در این پژوهش ساختار الکترونی جفت نوکلئوتیدهای کومه شدۀ at و gc در دو ایزوفرم b-dna و z-dna با استفاده از روش تابع نمای دانسیته (density functional theory) مورد بررسی قرار گرفته است. پایۀ تابع نمای (basis functional) b3pw91 همراه با مجموعۀ پایۀ (basis set) 6-31g** جهت مطالعۀ توزیع اربیتال های مولکولی و سطوح انرژی دی نوکلئوتید های کومه شده در b-dna و z-dna به کار گرفته شده است. مشخص شد که توزیع ا...

استفاده گسترده از آفت کش ها و به ویژه علف کش ها در کشاورزی موجب نگرانی های گسترده زیست محیطی شده است. جذب سطحی و رهاسازی علف کش ها بر روی ذرات خاک از مهمترین فاکتورهای موثر بر تحرک و دوام این ترکیبات در خاک و سایر سیستم های طبیعی است. این واکنشها میزان کارائی و درجه خطر زیست محیطی علف کش ها را کنترل می کنند. در شالیزارهای شمال کشور، تیوبنکارب به طور گسترده ای برای کنترل علفهای هرز استفاده می شو...

خوداجتماعی مولکولی فرآیندی است که در آن مولکولها توسط برهمکنشهای غیرکوالانسی، مانند برهمکنشهای الکترواستاتیک، آبگریزی و پیوند هیدروژنی، گردهم می آیند و اجتماعات اَبَرمولکولی تشکیل می دهند. تشکیل مایسل، وزیکول و ساختارهای دولایه به وسیله ی مولکولهای دوگانه دوست و همچنین تشکیل دسته های پلی الکترولیتی که عامل آن برهمکنشهای الکترواستاتیک است، مثالهایی از این پدیده هستند. در این میان خوداجتماعی پپتیده...

دو هدف در این تحقیق دنبال می شود. در بخش اول، ابتدا اثرات چند-ذره ای در برخی خوشه های مولکولی مطالعه می گردد. خوشه های مولکولی مورد مطالعه شامل مدلهای مولکولی مناسبی نظیر استامید، اوره، تیو اوره و اسید اگزالیک می باشد. محاسبات اثرات چند-ذره ای به کمک تئوری اختلال مولر-پلست، نظریه تابعیت چگالی ، تئوری اتمها در مولکولها (aim) وآنالیز اوربیتالهای طبیعی (nbo) انجام گرفت. برای بدست آوردن ماهیت فیزیک...