دراین پایان نامه با استفاده از تکنیک شبیه سازی دینامیک مولکولی تعادلی خواص گرمایی و مکانیکی نانوسیم روی مطالعه شده است، این شبیه سازی در هنگرد npt انجام شده و از پتانسیل کلری-روزاتو برای انجام شبیه سازی استفاده شده است. با به دست آوردن نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی بر روی عنصر zn متوجه این نکته شدیم که عنصر zn به علت ویژگی ساختاری اندکی متفاوت با ساختار hcp توسط پتانسیل های موجود قابل...

در این پایان نامه، تلاش شده تا از روش های مدل سازی کامپیوتری جهت طراحی فاز ساکن، بهینه سازی پارامترهای جداسازی و بررسی مکانیسم بازداری استفاده شود. در مطالعه اول مدل سازی کامپیوتری از طریق روشهای کومفا، کومفا – تمرکز میدانی، و کومسیا بر روی یک سری از ترکیبات ضد سرطان انجام گرفت. قابلیت پیشگویی خارجی مدلهای ساخته شده، از طریق مجموعه آزمون مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین پارامترهای آماری م...

شیشه زیست فعال به دلیل توانایی پیوند بافت نرم و سخت در ترمیم، درمان و شکسته بندی استخوان و نیز به عنوان جایگزینی مناسب برای استخوانچه های گوش مورد توجه قرار گرفته است. در این مقاله از شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس برای مطالعه ساختار شیشه زیست فعال شبیه سازی شده به روش سل-ژل استفاده شد. برای ایجاد گروه های هیدروکسیل، سیستم شیشه زیست فعال مورد نظر مدل سازی شد. سپس یک سی...

در مقاله حاضر خصوصیات مختلف محلول آب و یون های فلزی مانند سرعت یونها، نحوه آرایش مولکولهای آب حول یون فلزی و زمان شرکت مولکول های آب در لایه تشکیل شده حول یون فلزی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی بررسی گردید. نتایج این تحقیق تشکیل یک آرایش پوسته مانند از مولکول های آب در اطراف یون های فلزی و تشکیل کمپلکس M(H2O) را نشان می دهد. تعداد مولکول های آب در این آرایش پوسته ای برای یونهای سرب، نیکل و ک...

چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می‌تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان‌های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش‌ها: روش‌های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به‌وسیله‌ی میدان‌های نیروی...

در این مقاله، از شبیه سازی غیر تعادلی دینامیک مولکولی جهت مطالعه تأثیرات خواص سطح و دمای سیستم بر رفتار هیدرودینامیکی و انتقال حرارتی مولکول های آب در نانو کانال استفاده شده است. در این مطالعه که بر اساس شبیه سازی دینامیک مولکولی است از پتانسیل الکتریکی و پتانسیل لنارد- جونز برای مدل کردن برهم کنش های بین ذرات استفاده شده است. نیروهای خارجی به مرکز جرم هر یک از مولکول های آب در جهت محور xاعمال ...

شبیه سازی دینامیک مولکولی روی ساختار B-DNA با توالی d(CGCGAATTCGCG) و در محیطی با غلظت یک مولار از نمک سدیم کلرید انجام شد. مطالعه در هفت دمای مختلف از 280 تا 400 کلوین با فاصله دمایی 20 کلوین با زمان شبیه سازی 50 نانو ثانیه برای هر دما انجام گرفت. در هر دما تابع توزیع شعاعی برای مولکول‌های آب و کاتیون‌های سدیم در اطراف اتم‌های مختلفی از مولکول دی ان ای محاسبه شد. محاسبات نشان داد در طی فرآیند ...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

چکیدهاسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. Cytochrome c552 (Cyc1) یک پروتئین پری­پلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هِم A و B در ساختار Cyc1 و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (Cyc2) و انتقال آن به پروتئین بعدی (CcO)، دلیل اصلی انتخاب این پروتئین است. در این تحقیق، با هدف بهبود فرآیند...