پیشگویی دانسیته مایعات یونی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی و مقایسه نتایج آن با معادلات حالت

پایان نامه
چکیده

دسته جدیدی از ترکیبات شیمیایی با عنوان مایعات یونی با خواص و ویژگی های فوق العاده، قادر به ایجاد محیط های شیمیایی سبز به منظور اجرای فرآیندهای شیمیایی هستند، اما با وجود تحقیقات آزمایشگاهی و تئوری زیاد هنوز هیچ ارتباط روشنی بین ساختار مولکولی و خواص این مایعات بدست نیامده است. یکی از راه های بدست آوردن خواص ترمودینامیکی و ماکروسکوپی این مایعات، استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. این روش مبتنی بر میدان نیرو بوده و مواد را از دید میکروسکوپی بررسی می کند. در این تحقیق به منظور بدست آوردن خواص و مشخصات ماکروسکوپی مایع یونی 1بوتیل-3 متیل ایمیدازولیوم تترا فلورو بورات، ابتدا با استفاده از روش های مکانیک کوانتومی و محاسبات آغازین، هندسه و مختصات فضایی مولکول شبیه سازی شده است، و فایل pdb این مایع یونی ساخته شد. این شبیه سازی با استفاده از نرم افزار gaussian 9 و روش mp2 با مجموعه پایه 6-31g(d) انجام شده است. سپس به کمک نرم افزار دینامیک مولکولی namd دانسیته این مایع یونی پیشگویی شد. برای بدست آوردن این خاصیت توسط نرم افزار namd، از شکل پارامتری میدان نیروی charmm استفاده شده است. با توجه به گونه های اتمی مشابه، ابتدا پارامترهای میدان نیروی charmm، با بهینه سازی پارامترهای میدان نیروی opls-aa، بدست آورده شدند. پیشگویی دانسیته این مایع یونی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی نسبت به مقدار تجربی آن 1/5-1/017 درصد خطا داشت. مقدار دانسیته این مایع یونی 1.1819 gr/cm3 به دست آورده شد.

منابع مشابه

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

متن کامل

مطالعه برهمکنش نانولوله کربنی دو‌دیواره با هورمون محرکه فولیکولی (FSH) به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی

برهمکنش نانوذراتی همچون نانولوله‌های کربنی با درشت‌ملکول‌های زیستی به علت کاربرد گسترده آنها در حوزه‌های مختلف از جمله شناسایی و از بین بردن سلول‌های سرطانی، مهندسی بافت، بلوری کردن پروتئین‌ها، ساخت راکتورها و همچنین حس‌گرهای زیستی اهمیت زیادی پیدا کرده است. باور بر این است که نانولوله‌های کربنی از طریق برهمکنش با پروتئین‌ها (نانوذرات-پروتئین کرونا) می‌توانند اثرات زیستی مهمی در بدن داشته باشند...

متن کامل

شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری‌های بیماری‌زا و غیر بیماری‌زا ترشح می‌شود. سطح فعالیت آنها غشای‌پلاسمایی گلبول‌های قرمز خون می‌باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می‌باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول‌های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می‌شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه‌ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 ...

متن کامل

بررسی نفوذ داروهای آسپیرین و ایبوپروفن در غشاء دولایه لیپیدی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی

برهمکنش دو نوع داروی ضدالتهاب غیراستروئیدی آسپرین و ایبوبروفن همراه با یک غشاء مدل دولایه لیپیدی به کمک ‌‌شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamic Simulation) بررسی شد. به منظور مطالعه‌ی تاثیر نوع دارو، حالت باری دارو، دوز دارو و وجود پروتئین غشائی انتگرالی بر نفوذ دارو در غشاء، 11 سیستم مختلف با شرایط یکسان ‌‌شبیه‌سازی گردید. در هر سیستم 4 پارامتر نشان‌دهنده‌ی نفوذ و 9 پارامتر موثر بر نفوذ...

متن کامل

معادله حالت برای مایعات یونی درون نانولوله ی کربنی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی

در این پروژه، با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی یک معادله حالت برای مایع یونی 1- اتیل 3- متیل ایمیدازولیوم هگزا فلوروفسفات درون نانولوله ی کربنی با شعاع های 75/0، 1، 25/1، 5/1و75/1 نانومتر، که به ترتیب دارای 20، 39، 64، 100و 149 جفت یون می باشند، بررسی کرده ایم. با توجه به فشار تنسوری آنیزوتروپیک، دو معادله حالت مجزا برای جهت های محوری و شعاعی برای مایع یونی درون نانولوله ی کربنی داریم....

بررسی رفتار شکست نانوکامپوزیت اپوکسی نانولوله کربنی دودیواره به کمک روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

درا ین مطالعه، رفتار شکست نانوکامپوزیت های پایها پوکسی تقویت شده با نانولوله های کربنی دودیواره به روش دینام کی مولکولی بررسی شده است. برای آماده سازی مدل پلیمری، ساختار اتمی دقیق اپوکسی استفاده شده در مطالعات آزمایشگاهی و برای انجام شبیه سازی از پتانسیل های Tersoff  و Amber در توصیف رفتار نانولوله کربن و اپوکسی استفاده شد. از میان روش های موجود برای شبیه سازی فرایند ایجاد پیوند عرضی، روشی بهک ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده فنی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023