یک روش جدید کشف کامپلکس های پروتئینی از شبکه های ppi مبتنی بر حذف نویز شبکه با استفاده از تاثیر حذف هاب ها

پایان نامه
چکیده

پروتئ?ن ها به عنوان واحد های اصلی فرآ?ند های ز?ستی ، از اهم?ت خاصی برخوردار هستند. ا?ن کارخانه های ز?ستی کوچک در فرآ?ند ها?ی همچون رشد و تقس?م سلول ها ، تکث?ر dna و تسر?ع واکنش های ز?ستی نقش اساسی دارند. از آنجا?ی که ا?ن واحد های ز?ستی به صورت گروهی فعال?ت می کنند و عملکرد های متفاوتی در گروه های مختلف از خود نشان می دهند ، شناخت آن ها وابسته به شناخت گروه های کوچک ?ا بزرگ پروتئ?نی حاوی آن ها می باشد. نکته قابل توجه در ا?ن باب وجود هزاران پروتئ?ن گوناگون می باشد که هر کدام توانا?ی تعامل با پروتئ?ن های د?گر را دارند. به ا?ن ترت?ب مشکل بزرگ پ?ش رو ، تشخ?ص گروه های پروتئ?نی اصلی از م?ان م?ل?ون ها گروه پ?شنهادی می باشد. از م?ان روش های متعددی که برای رس?دن به ا?ن مهم معرفی گرد?ده اند ، روش های مبتنی بر تجز?ه و تحل?ل شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی ، از جا?گاه و?ژه ای برخوردار هستند. ا?ن روش ها که به عنوان پا?ه اصلی بس?اری از روش های د?گر به حساب می آ?ند ، سعی می کنند از طرق مختلف ، گروه های پروتئ?نی اصلی را از شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی استخراج کنند. به ا?ن دل?ل که ا?ن شبکه ها را می توان به صورت ?ک گراف بس?ار بزرگ مدل کرد ، ا?ن توانا?ی وجود دارد تا مسئله اصلی به مسئله خوشه بندی گراف ها در علوم کامپ?وتر تقل?ل پ?دا کند. وجود نو?ز بس?ار در چن?ن گراف ها?ی و ناقص بودن داده های اول?ه برای تشک?ل ا?ن گراف ها ، سبب ت?ش های بس?ار و معرفی روش های مختلفی برای فا?ق آمدن به چن?ن مشک?تی شده است. متاسفانه بس?اری از ا?ن روش ها محدود?ت های بس?ار ز?ادی دارند که برای استفاده از شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی مناسب ن?ستند. بعضی از آن ها تنها برای گراف های بدون وزن طراحی شده اند و برخی د?گر هر پروتئ?ن را تنها به ?ک گروه اختصاص می دهند ؛ درحالی که شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی به صورت گراف های وزن دار مدل می شوند و ثابت شده است که بس?اری از پروتئ?ن ها به ب?شتر از ?ک گروه اصلی متعلق هستند. در ا?ن تحق?ق ما با معرفی ?ک روش جد?د چهار بخشی مبتنی بر حذف هاب ها توانست?م مقدار قابل توجهی از نو?ز موجود در شبکه را کاهش ده?م و به ا?ن ترت?ب گروه های پروتئ?نی را با دقت ب?شتری روی مجموعه داده های مختلف تشخ?ص ده?م.

منابع مشابه

بهبود پایداری شبکه قدرت با روش جدید حذف بار ترکیبی

Power system blackouts have become a serious problem for electric utilities especially in recent years. Different forms of system instability have emerged in recent blackouts, such as voltage instability and frequency instability. To counteract each form of system instability, special algorithms have been designed in the protection system, e.g. Under Frequency Load Shedding (UFLS) and Under Vol...

متن کامل

بهبود پایداری شبکه قدرت با روش جدید حذف بار ترکیبی

امروزه با گسترش شبکه‌های قدرت و بهره‌برداری آنها در حاشیه پایداری کمتر, روش‌های حفاظت شبکه برای حفظ پایداری در مقابله با حوادث مختلف اهمیت ویژه‌ای یافته‌اند. در این میان حذف بار به عنوان ابزاری نهائی و کارآمد برای حفظ پایداری فرکانس و ولتاژ پس از بروز حادثه مورد استفاده قرار گرفته است. عملکرد نامناسب روش متداول حذف بار فرکانسی سنتی هنگام بروز حوادث بزرگ و ترکیبی از قبیل خروج نیروگاه و خطوط ان...

متن کامل

بهبود عملکرد سامانه های کنترل از طریق شبکه با استفاده از یک روش رمزنگاری جدید

سامانه‌های کنترل از طریق شبکه شامل آن دسته از سامانه‌های کنترلی می‌باشد که در آن‌ها ارتباط میان کنترل‌گر و دستگاه از طریق شبکه‌های مخابراتی برقرار است. اولین و بزرگترین چالش در سامانه‌های کنترل از طریق شبکه، مسأله تأخیر زمانی می‌باشد که افزایش مقدار آن، به شدت عملکرد سامانه کنترلی را تحت تأثیر قرار می‌دهد. از جمله مسائل مهم دیگر در سامانه‌های کنترل از طریق شبکه مسائل امنیتی است، زیرا امکان دستر...

متن کامل

بهبود عملکرد سامانه های کنترل از طریق شبکه با استفاده از یک روش رمزنگاری جدید

سامانه‌های کنترل از طریق شبکه شامل آن دسته از سامانه‌های کنترلی می‌باشد که در آن‌ها ارتباط میان کنترل‌گر و دستگاه از طریق شبکه‌های مخابراتی برقرار است. اولین و بزرگترین چالش در سامانه‌های کنترل از طریق شبکه، مسأله تأخیر زمانی می‌باشد که افزایش مقدار آن، به شدت عملکرد سامانه کنترلی را تحت تأثیر قرار می‌دهد. از جمله مسائل مهم دیگر در سامانه‌های کنترل از طریق شبکه مسائل امنیتی است، زیرا امکان دستر...

متن کامل

حذف نویز صوتی مبتنی بر یک الگوریتم وفقی نوین

چکیده: الگوریتم وفقی کمینه میانگین مربعـات (LMS) بـه­صـورت گستـرده در سناریـوی حـذف نـویز صوتی مورداستفاده قرار گرفته است. سیگنال­های صوتی مانند گفتار معمولاً شامل تغییرات ناگهانی هستند که با نویز ضربه­ای مدل می­شوند. از طرف دیگر، کانال­های صوتی در عالم واقعیت دارای پاسخ ضربه تنک هستند. نویز ضربه­ای و کانال صوتی تنک، دو چالش مهم در سنـاریوی حـذف نـویز صوتی هستند که اخیراً هرکدام به­طور جداگانه مو...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده برق و کامپیوتر

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023