نام پژوهشگر: میثم تقی نسب

شناسایی مولکولی و تنوع ژنتیکی جدایه های عامل بیماری پوسیدگی ساقه کلزا به وسیله عامل قارچی sclerotinia sclerotiorum
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده کشاورزی گنبد 1389
  فریبا کریمیان   سعید نصراله نژاد

پوسیدگی اسکلروتینیایی ساقه یکی از مهم ترین بیماری های کلزا در بسیاری از مناطق تولید این گیاه روغنی و با ارزش است. میزان بوته های بیمار در بعضی از مزارع تا 80 درصد و میزان خسارت ناشی از آن، گاهی در مزارع با آلودگی شدید تا 50 درصد عملکرد محصول نیز می باشد. این بیماری که عامل آن sclerotinia sclerotiorum می باشد، در روی کلزا، آفتابگردان و سایر گیاهان از قبیل کلم، کاهو، توتون، شب بو و تعدادی از گیاهان دیگر نیز باعث پوسیدگی ساقه و طوقه می شود. قارچ عامل بیماری، یکی از پلی فاژترین پاتوژن های گیاهی بوده و دارای دامنه میزبانی وسیعی است. در این تحقیق 19گروه سازگار میسیلیومی از 33 نمونه عامل بیماری بر روی کلزا، کلم و آفتابگردان از مناطق مختلف استان در سال زراعی 88-1387 جمع آوری و در محیط کشت pda کشت داده شد و مورد بررسی مرفولوژیکی و ملکولی قرار گرفت. که در نتیجه از 342 تلاقی انجام شده ایزوله-های مختلف قارچ s.sclerotiorum، 40 تلاقی دارای سازگاری و 302 تلاقی دارای ناسازگاری میسیلیومی بودند.هم چنین برای بررسی تنوع مولکولی جدایه های بدست آمده از 8 آغازگر rapd در واکنش pcr استفاده شد. 149 نشانگر چند شکلی.پس از الکتروفورز در ژل آگارز به دست آمد. تجزیه داده های ملکولی با pop gene نشان داد که در بین جدایه های مورد بررسی، تنوع ژنتیکی نسبتاً بالایی وجود دارد. بعلاوه مشخص شده که شباهت ها و فواصل ژنتیکی، با دور یا نزدیک بودن فاصله مکانی نمونه های جمع آوری شده وابستگی ندارد. با توجه به آزمون هاردی - واینبرگ ، می توان گفت جمعیت مورد مطالعه درتمام مکان های ژنی مورد بررسی در حال تعادل است؛ علت این امر را می توان جوان بودن زراعت کلزا در استان گلستان، میزبان های فراوان این قارچ(از جمله علف های هرز ) و یا شاید تنوع کم ارقام تحت کشت کلزا در منطقه و بخصوص برآیند جهش های پی در پی در ژنوم قارچ s.sclerotiorum ، طی چند سال اخیر ذکر نمود. واژه های کلیدی:

شناسایی و تعیین نژادهای ویروس وای سیب زمینی به روش های مولکولی در مزارع توتون استان گلستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده علوم کشاورزی 1390
  فاطمه زینتی فخراباد   اسدالله احمدی خواه

بیماری های ویروسی توتون به دلیل تاثیر بر کیفیت و کمیت محصول، از اهمیت بسیاری برخوردارند. یکی از مهمترین ویروس های توتون که از پراکنش جهانی برخوردار است، ویروس وای سیب زمینی (potato virus y, pvy) می باشد. این ویروس از جنس potyvirus و خانواده potyviridae با پیکره ایزومتریک و ژنوم rna تک لا و مثبت می باشد. به منظور بررسی پراکندگی مکانی و تعیین موقعیت تاکسونومیکی جدایه های pvy ، در تابستان 1389 تعداد 182 نمونه از مزارع توتون نواحی مینودشت، علی آباد، فاضل آباد و قرق استان گلستان جمع آوری گردید. آلودگی نمونه ها با آزمون das-elisa بوسیله آنتی سرم چند همسانه ای مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 90 نمونه آلوده به pvy بودند. به منظور شناسایی علایم هر جدایه، عصاره تعدادی از نمونه هایی که در آزمون الایزا مثبت ارزیابی شدند، بر روی گیاهان آزمون شامل nicotiana.tabacum cv.samsun (ایجاد نقاط نکروتیک روی برگ و موزائیک)، n.whiteburley (موزائیک)، n.glutinosa (موزائیک و ایجاد نقاط کلروتیک)، n.rustica (نکروز رگبرگ)، chenopodium amaranticolor (ایجاد نقاط نکروتیک)، physalis floridana (رگبرگ روشنی و ایجاد نقاط کلروتیک) و datura metel (رگبرگ روشنی) مایه زنی شدند. rna ویروس با استفاده از کیت rnx-plus استخراج و برای ساخت cdna بوسیله آغازگر الیگو dt رونویسی معکوس گردید و با یک جفت آغازگر اختصاصی pvy که در ناحیه cp طراحی شده بود، در واکنش rt-pcr تکثیر شد. بعد از تأیید بر روی ژل آگارز 1% در الکتروفورز، نمونه های آلوده به pvy در محدوده bp1000 مورد انتظار، ایجاد باند نمودند. محصول pcr بطور مستقیم ترادف یابی شد و ترادف های بدست آمده به طول850 نوکلئوتید همراه با 30 ترادف انتخاب شده از genbank مقایسه شدند. همردیف سازی چندگانه و آنالیز فیلوژنتیک با clastalx و blast در نرم افزار bioedit انجام و درخت فیلوژنتیک به روش maximum parsimony ترسیم گردید. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که جدایه های pvy از تمام دنیا در 4 گروه قرار می گیرند و جدایه های علی آباد و فاضل آباد از ایران همراه با جدایه های اسپانیا، ایتالیا و بوشهر در یک گروه و جدایه مینودشت همراه با جدایه های هلند، ویتنام و تایوان در گروه دیگر قرار می گیرند. فواصل ژنتیکی بین و داخل گروهی نتایج آنالیز فیلوژنتیکی را تأیید نمودند.

کنترل بیولوژیک موخور
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده جنگلداری و مهندسی چوب و کاغذ 1390
  مجتبی محمدی ورمزیار   محمد رضا کاوسی

در این تحقیق گیاه نیمه انگل موخور که با استقرار بر روی درختان غرب کشور سبب خسارات زیاد به آنها شده است مورد کنترل قرار گرفته است.جهت کنترل از عوامل باکتریایی به روش سوسپانسیون تهیه گردید و بر روی گیاه انگل پاشیده شد. نتایج نشان داد به کارگیری عوامل مورد نظر سبب کنترل گیان نیمه انگل گردید.بین جدایه های مورد نظر به لحاظ میزان اثر اختلاف وجو داشت . علت اختلاف می تواند توانایی ذاتی جدایه ها در استفاده از شرایط محیطی باشد

بررسی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی گونه های pectobacterium مولد ساق سیاه و پوسیدگی نرم سیب زمینی در استان گلستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده فنی –کشاورزی گیاه پزشکی 1391
  معصومه ممشلی   حشمت اله رحیمیان

سیب زمینی یک محصول مهم جهانی است و در ایران نیز در دهه گذشته وسعت کشت آن افزایش یافته است. پکتوباکتریوم ها یا اروینیاهای عامل پوسیدگی نرم گروه مهمی از باکتری های بیماریزای گیاهی هستند که شدیدا? سبب خسارت و محدود نمودن تولید این محصول می شوند. شناخت دقیق جدایه ها و گونه های بیماریزای سیب زمینی در هر منطقه در مدیریت کنترل بیماری امری مهم است. بدین منظور طی سال زراعی 1391-1390 از مزارع سیب زمینی واقع در نواحی اصلی تولید استان گلستان شامل شهرهای جلین، علی آباد، سرخنکلاته، گالیکش، گنبد و آزادشهر بازدید صورت گرفت و بافت های دارای علایم پوسیدگی نرم و ساق سیاه جمع آوری شدند. سوسپانسیون های بافت های آلوده در آب مقطر استریل تهیه و سپس بوسیله لوپ روی محیط emb مخطط گردیدند. کلنی های نمایانگر سایه سبز متالیک جداسازی شدند و به منظور خالص سازی مجددا? روی پلیت های حاوی emb کشت گردیدند. جدایه های بیمارگر بر اساس توانایی ایجاد پوسیدگی در قطعات سیب زمینی، انتخاب شدند. براساس نتایج آزمون های مورفولوژیک، بیوشیمیایی و فیزیولوژیک، باکتری عامل ایجاد کننده ساق سیاه و پوسیدگی نرم احتمالا زیرگونه pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum می باشد. تنوع ژنتیکی جدایه ها با روش های rep-pcr و is50-pcr ارزیابی گردید. سطح تشابه اثر انگشت ژنتیکی جدایه ها پس از الکتروفورز محصولات pcr در ژل آگارز 2/1 درصد و رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید، تعیین شد. ماتریکس تشابه با استفاده از ضریب تشابه جاکارد ایجاد شد و دندروگرام با استفاده از روش upgma ترسیم گردید. جدایه ها، 7 گروه را در سطح تشابه 67 درصد در box-pcr، 6 گروه را در سطح تشابه 48 درصد در eric1-pcr، 7 گروه را در سطح تشابه 44 درصد با eric2-pcr و 7 شاخه را در سطح تشابه 63 درصد در is50-pcr تشکیل دادند. نتایج فوق نشانگر وجود تنوع ژنتیکی قابل توجهی میان جمعیت های pcc روی سیب-زمینی در استان گلستان می باشند.

بررسی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی عامل شانکر باکتریایی بادام و مقایسه آن با جدایه هایی از هسته دارها در استان خراسان رضوی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده تولیدات گیاهی و دامی 1391
  حمیده احسنی   حشمت اله رحیمیان

بادام از قدیمی ترین درختان میوه هسته دار می باشدکه یکی از بیشترین تولیدات خشکبار جهان را به خود اختصاص داده است. شانکر باکتریایی که بوسیله پاتووار های pseudomonas syringae ایجاد می شود یکی از مشکلات جدی باغ های درختان میوه هسته دار می باشد. در این تحقیق طی سال های 1391-1390 نمونه برداری از باغات بادام و در کنار آن درختان میوه هسته دار واقع در مناطق مختلف استان خراسان رضوی صورت گرفت. علائم بیماری در درختان آلوده به صورت زخم های نکروتیک برگ، ترشح صمغ روی جوانه ها، سرشاخه ها وتنه مشاهده گردیدند. جهت جداسازی عوامل بیماریزای باکتریایی، نمونه ها از بافت های آلوده، در داخل آب مقطر خرد شده و سپس یک لوپ از عصاره به دست آمده روی محیط کشت nas کشت داده شد و پرگنه های نوع غالب انتخاب و خالص سازی گردید. عامل بیماری براساس آزمون های گروه lopat و gatta، (pss)pseudomonas syringae pv. syringae و تعدادی به عنوان فرم های بینابین pss وp. mors-pronorum(psm) شناسایی شد. در کل 23 جدایه به دست آمده مورد بررسی های فنوتیپی ( فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی) قرار گرفتند. جدایه ها براساس خصوصیات فنوتیپی اختلافات جزئی نشان دادند. dna ژنومی جدایه ها استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز(pcr) با پرایمرهای اختصاصی d21 و d22 به کار برده شدند. به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایه ها، از روش های rep-pcr، is50-pcr و آغازگرهای eric1r، eric2،boxa1، is50 استفاده شد. محصول تکثیر شده در ژل آگارز 2/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم برماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntysys-pc نسخه02/2 برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. در آنالیز خوشه ای داده ها مشخص گردید که جدایه ها با آغازگر boxa1r در سطح تشابه 75 درصد شامل 7 گروه، با آغازگر eric1 در سطح تشابه 65 درصد شامل 7گروه و با آغازگر eric2 در سطح تشابه 56 درصد شامل 8 گروه و درpcr-is50 در سطح تشابه 52 درصد متشکل از 11گروه بودند. نتایج به دست آمده، تنوع ژنتیکی را در بین جدایه-های عامل بیماری شانکر درختان بادام و هسته دار در استان خراسان رضوی نشان می دهد.

تاثیر ph و دما روی رشد گونه ‎های بومی تریکودرما و مقایسه فعالیت آنتاگونیستی آن ها روی بیمارگر فوزاریوم گوجه فرنگی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده تولیدات گیاهی و دامی 1393
  رقیه حبیبی   کامران رهنما

پژمردگی آوندی گوجه¬فرنگی ناشی از fusarium oxysporum یکی از مشکلات اساسی در تولید این محصول است. به منظور بررسی اثر دما و ph بر فعالیت آنتاگونیستی چند گونه trichoderma بومی مزارع جالیز بر این بیمارگر، آزمایش فاکتوریل در قالب طرح بلوک¬های کامل تصادفی در شرایط آزمایشگاه و گلخانه¬ای انجام شد. همچنین به منظور بررسی توانایی تولید آنزیم¬های خارج سلولی اثر آن بر رشد میسلیومی بیمارگر، آزمایشی در قالب طرح کاملا تصادفی انجام شد. نتایج کشت متقابل نشان داد تمام پنج جدایه بومی این قارچ قادر به کاهش رشد میسلیومی گونه f. oxysporum در شرایط آزمایشگاه روی محیط¬کشت سیب¬زمینی- دکستروز- آگار بودند. توانایی گونه¬های trichoderma در بازدارندگی از رشد این بیمارگر، با هم و در دما و ph¬های متفاوت اختلاف معنی¬داری در سطح یک درصد داشت. گونه¬ی t. harzianum (احمدآباد) با 33/58 درصد بازدارندگی از رشد در دمای 30 درجه¬سانتی¬گراد و ph 5/6 بالاترین فعالیت آنتاگونیستی را داشت. نتایج در محیط کشت¬های مختلف حاوی سوبسترای اختصاصی هر آنزیم با پپتون آگار براساس قطر هاله شفاف ایجاد شده در اطراف پرگنه در حال رشد هر قارچ نشان داد که (1-3) t. atroviridae، (6011) t. virens و fusarium oxysporum قادر به تولید آنزیم¬های آمیلاز، سلولاز و لاکاز هستند. گونه t. koningii قادر به تولید آنزیم لیپاز بود. گونه t. harzianum (احمدآباد) قادر به تولید آنزیم¬های آمیلاز و سلولاز بود ولی درتولید آنزیم لاکاز فعال نبود. اما جدایه (6022) t. atroviridae در تولید آنزیم لاکاز فعال بوده ولی در مقایسه با جدایه (1-3) t. atroviridae از این گونه قادر به تولید آنزیم های آمیلاز و سلولاز نبود. هیچیک از گونه¬های trichoderma در این بررسی قادر به تولید پروتئاز نبودند. در آزمایشات گلخانه-ای پس از گذشت 35 روز اندازه¬گیری شاخص¬های رشدی بوته¬های گوجه¬فرنگی مربوط به هر تیمار اختلاف معنی¬داری با شاهد در هر دو روش تزریق سوسپانسیون و اختلاط عوامل بیوکنترل با خاک نشان دادند. با توجه به گروه¬بندی آماری، توان کنترل¬کنندگی تیمار آنتاگونیست t. harzianum (احمدآباد) به¬همراه بیمارگر نسبت به دو گونه دیگر در مقایسه با شاهد آلوده به مراتب بیشتر بوده و به¬ترتیب با 02/2 و 14/2 گرم در افزایش وزن تر کل و وزن خشک اندام¬هوایی و 32/2 سانتی¬متر در افزایش ارتفاع گیاه همراه بود.

شناسایی عوامل بیماریزا و پراکنش مکانی گونه موخور در جنگل‏های ایلام (مطالعه موردی: منطقه گچان)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده جنگلداری و مهندسی چوب و کاغذ 1388
  سهیلا عزیزی   محمدرضا کاوسی

این تحقیق در منطقه گچان در جنگلهای استان ایلام با هدف شناسایی عوامل زنده و غیر زنده بیماریزای جنس loranthus انجام شد. گیاه نیمه انگل فوق دارای دو گونهeuropaeus l. و grewinkii l. در ایران می‏باشد، میزبان گونه اول، بلوط ایرانی ((quercus brantii بنه (pistacia atlantica) و میزبان گونه دوم، افرا کیکم (monspessulanum acer) در منطقه مورد مطالعه شناسایی شد. با اجرای آمار برداری صد درصد مختصات گونه‏های آلوده بهspp loranthus در سطح 100 هکتار به وسیله gps با پلی گونهایی به عرض 50 متر برداشت شد. پارامترهای قطر، ارتفاع و سطح تاج پوشش درختان آلوده و ارتفاع محل آلودگی درختان ثبت گردید. برای تجزیه و تحلیل داده ها از نرم‏افزارهای sas و excelاستفاده شد. اختلاف معنی‏دار در سطح احتمال 05/ با طبقه بندی درختان به 13 طبقه قطری (5 سانتیمتری) بدست آمد. در کلاسه قطری 20-25 سانتیمتری بیشترین شدت آلودگی مشاهده شد. ارتفاع درختان به 4 کلاسه 3 متری تقسیم و بیشترین آلودگی در کلاسه 12 تا 9 و کمترین آلودگی در کلاسه3 تا 1 متری مشاهده گردید. نقشه پراکنش درختان آلوده برحسب ارتفاع از سطح دریا، جهات‏ جغرافیایی ، شیب منطقه و گونه با استفاده از نرم افزار arcgis ترسیم شد. بین جهات جغرافیایی اختلاف معنی داری در سطح 5 % وجود داشت که بیشرین شدت آلودگی در جهت شمالی و کمترین در جهت جنوبی مشاهده گردید. میزان آلودگی روی درختان بلوط بیشترین و در گونه بنه کمترین بود. بیشترین میزان آلودگی در شیب 10-25 درصد و کمترین مقدار در شیب 60-75 درصد وجود داشته است. نمونه‏هایی با علائم لکه برگی و سوختگی برگ برای جدا سازی و بررسی عوامل بیماریزای لورانتوس جمع‏آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند و بر روی محیط اگار غذایی(na) کشت شدند. سپس 5 جدایه بر روی محیط ydc خالص گردید. جدایه‏ها با آزمون‏های مورفولوژیک، بیوشیمیایی و تغذیه‎ای مورد مطالعه قرار گرفتند و پس از مقایسه با جداول استاندارد، سه جدایه به عنوان quercina brenneria و دو جدایه به عنوان گونه های بینابینی جنس‏های atrosepticum pectobacterium وchrysanthemi dickeya شناسایی شد. سوسپانسیون غلیظ جهت آزمون بیماریزایی جدایه‏ها تهیه و بر روی برگ گونه های لورانتوس تزریق گردید، علائم بیماری پس از 7 الی 15 روز ظاهر شد. این اولین گزارش از جداسازی گونه های b. quercina ، d. chrysanthemi وp. atrosepticum به عنوان عوامل بیماریزای باکتریایی از روی گیاه نیمه انگل موخور در جهان می‏باشد.