نام پژوهشگر: غلامرضا بخشی خانیکی

کلون کردن ژنm2e ویروس آنفولانزا تیپ آبه همراه ژن 70-hsp مایکوباکتریوم توبرکلوزیس در وکتور پروکاریوتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1388
  سعید مشایخ پور   خسرو آقایی پور

71 بحث 7 2 تکثیر گردید.پس از تأیید قطعات محصول hsp و 70 m2e ژن ،pcr باطراحی پرایمرجهت بر روی ژل، در مرحله بعد جهت تخلیص باند مورد نظر و حذف دیگر ترکیبات و pcr را در این مرحله به مقدار زیاد انجام دادیم،رعایت این pcr ,pcr ناخالصی های موجود در واکنش ، pcr در 50 درصد از نمونه انجام می گیرد 0 تخلیص محصول pcr نکته الزامی بود که واکنش بهینه می باشد. به همین دلیل با تخلیص دقیق باند مورد نظر ligation مرحل? مهم جهت مرحله بعد، یعنی ( ligation احتمال کلونینگ اشتباه قطعات دیگر را در وکتور (در مرحله ،(hsp و 70 m2e (ژن حاصل به کمترین درصد می رسانیم. t4 dna قطع? مورد نظر را با استفاده از آنزیم t/a cloning درکلونینگ با استفاده از کیت taq dna که توسط آنزیم pcr نمودیم. نمونه محصول ptz57r/t وارد وکتور ligase (over hang) پلیمریزه شده بود و چون این آنزیم پس از پلیمریزه کردن یک آویخته polymerase over نیز دارای t/a coloning انتهای رشته پلیمریزه شده اضافه می نماید. وکتورکیت (a) آدنین این دوآویخته با هم یکسان می شوند و با استفاده از ligation می باشد که به هنگام (t) hang مورد استفاده t4 dna ligase . قطعه مورد نظر داخل وکتور کلون می گردد t4 dna ligase آنزیم 22 بهترین نتیجه را به ما داد. 0c در دمای ترانسفورماسیون پلاسمید در سلولهای کامپتنت تهیه شده، به روش کوهن صورت گرفت . این سلولها توانایی حفظ کارایی خود را در دمای 70 - درجه سانتیگراد دارند.اما با گذشت زمان از کارایی به این سلولها میزان کارایی آنها برای مدت dmso آنها کاسته می شود. در این طرح با اضافه کردن طولانی تر حفظ شد . درمرحله ترانسفورمیشن ،با توجه به امکانات و هزینه ،روش شوک حرارتی نسبت به روش الکتروپوریشن م قرون به صرفه و مناسبتر می باشد . جهت انتخاب کلنی پس از ترانسفورمیشن،از روش استفاده گردید. کلنی های سفید به این علت که هم حاوی وکتور و هم white/blue screening حاوی قطعه مورد نظر ما بود ، انتخاب گردیدند. که برای داشتن کلنی های آبی و سفید و غربالگری ? -d-thiogalactoside استفاده گردید که نقش x-gal و iptg سلولهای نوترکیب از مواد واقع در فرادست ناحیه 5 ژن و برانگیختن lacz شناسائی پروموتور ویژه ژن (iptc) isopropyl- و آنزیم مربوطه می باشند . چند میکرولیتر mrna نسخه برد اری این ژن و نتیجتاً تولید (inducing) از محلول استاندارد این ماده درهرپلیت کافی است تا به اندازه کافی از ژن مزبور را متجلی نماید . آنزیم ایفاگری lacz سلول هائی که در حضور آنتی بیوتیک رشد کرده و قادر باشند از توالی رمزگردان را تولید نمایند ، حاوی وکتور نرمال هستند . (?-d-galactosidase) موسوم به بتا - گالاکتوزیداز 73 الحاق شده در dna برعکس، سلول هائی که در حضور آنتی بیوتیک رشد کرده و به دلیل وارد شدن این ژن قادر نباشند تا آنزیم ایفاگری را تولید نمایند، حا وی وکتور نوترکیب هستند . در mcs ناحیه الحاق شده در تجلی اختلالی به وجود نیاورد. dna موارد استثنائی ممکن است نیز درغربال نمودن سلول (x-gal) 5-bromo-4-chloro-3-indolyl- ? –d-galactoside نقش های نوترکیب تشخیص سلول های حاوی وکتور نوترکیب می باشد . ای ن ماده یکی از مشتقات است که به عنوان ماده زمینه برای آنزیم بتا - گالاکتوزیداز عمل (carbohydrates) کاربوهیدرات ها کرده و پس از مصرف، ماده ای به رنگ آبی تیره در اطراف سلول های حاوی ژن فعال برجای می گذارد. پس از تخلیص پلاسمید کلون شده از باکتری میزبان وبه هنگام تائید کلونینگ در هنگام می باشد، تعیین دقیق سایز وکتور super coil مورد نظر بصورت dna الکتروفورز، به علت اینکه امکان پذیر نمی باشد. به همین جهت، با استفاده از آنزیم های محدود کننده که سایت برش بر روی وکتور داشتند، اقدام به خطی کردن وکتور نمودیم و سپس سایز وکتور حاوی ژن را تعیین نمودیم. آلمان صورت پذیرفت.سپس نتایج به دست آمده mwg تعیین توالی ژن مذکور توسط شرکت و دیگر ژنهای این خانواده که از بانک ژن hsp و 70 m2e با توالی ژن dnaman توسط نرم افزار استخراج شده بود، مقایسه گردید. مقایسه توالی ها بر پایه میزان همولوژی بین دو توالی می باشد. در این روش درصد همولوژی بین دو منطقه که با یکدیگر مقایسه می گردند، توسط فرمول زیرتعیین می شود: تعداد توالی یکسان بین دو منطق? مقایسه شده طول کل مناطق خالی – طول منطق? مقایسه شده این ژنها درسکانس و توالی در انتهای نتایج قید شده است. (open reading frame) orf سکانس نوکلئوتیدی قطعه کلون شده با سکانس alignment نکته بسیار جالب این بود که در که از بانک ژن دریافت گردیده بود 100 % همولوژی مشاهده hsp و 70 m2e نوکلئوتیدی ژن و مقایسه آن با سکانس آمینو اسید hsp و 70 m2e شد.همچنین با توالی یابی آمینواسید حاصل از ژن این ژنها در بانک ژن نشان داده شد که صد در صد همولوژی وجود دارد. مهمترین استراتژی، طراحی پرایمر بیانی جهت بیان این ژن میباشد. در این طرح ، پرایمرها به از باکتری سل را به hsp از ویروس آنفولانزا و 70 m2e گونه ای طراحی شده اند،که بتوان ژنهای 7 4 صورت پذیرفت.سپس بر روی oligo گونه کامل جدا کرد. طراحی این پرایمرهابر پایه نرم افزار قرار دارد، هضم آنزیمی صورت گرفت.این هضم با دو آنزیم pead که در وکتور بیانی 4 m2e ژن انجام hsp انجام می گیرد.همین هضم آنزیمی بر روی ژن 70 bamhi وncoi محدودکننده درشرایط مناسب و pcr بود.پس از انجام bglii وbamhi گرفت .اما آنزیمهای محدود کننده آن در هر دو قطعه bamhi جدا کردن این دو ژن باید عمل چسباندن یا لایگیشن انجام شود. آنزیم این دو قطعه به t4 dn ligase نقاط چسبنده همسانی پدید می آورد که پس از تیمار با آنزیم -hsp یکدیگر می چسبند.سپس برروی این قطعه که اکنون یک بخش ملحق شده به صورت 70 انجام شد.برای تکثیر این قطعه از پرایمرهای طراحی شده استفاده شد. به این pcr است m2e سایت hsp از قطعه 70 revers و پرایمر ncoi سایت برش m2e از forward ترتیب که پرایمر دارد. bglii برش پس از انجام عمل لایگیشن و نگهداری مواد در دمای 22 درجه سانتیگراد و انکوبه شدن به پلاکهای شفاف را که دارای x-gal وiptg با کشت روی محیط آگار دارای ،over night صورت پلاسمید الحاق شده بود، جداکردیم .این پلاکها در واقع ، قطعه فیوژن شده را دریافت کردند.در این bglii و ncoi و bamhi مرحله با یک هضم آنزیمی و به کار بردن هر سه آنزیم محدود کننده توانستیم قطعات، با انتهاهای چسبنده مناسب تولید کنیم.همچنین با هضم آنزیمی روی این وکتور آمادگی دریافت قطعه ،bglii و ncoi به وسیله دو آنزیم محدود کننده pqe وکتور 60 فیوژن شده را پیدا کرد.این دو آنزیم در دمای 37 درجه و پس از گذشت یک شب به گونه کامل را برش دادند. pqe وکتور 60 آماده شده است.این قطعه پس m2e-hsp اکنون همه شرایط برای چسباندن قطعه فیوژن شده 70 به وکتور t4 dn ligase و قرارگرفتن در تیوب حاوی بافر ویژه و آنزیم pcr از انجام نوترکیب باید با عمل ترانسفورماسیون که برپایه شوک حرارتی dna وارد شد.این pqe60 فرستاده شود. dh5? صورت می گیرد به درون سلولهای باکتری برای این کار، ما نیاز به سلولهای کامپیتنت داریم . این سلولها با تیمار مواد شیمیایی ویژه توانایی نو ترکیب را، پیدا می کنند.پس از انجام عمل ترانسفورماسیون، می خواهیم بدانیم dna دریافت نوترکیب را دریافت کرده اند. بنابراین دوباره از روش غربالگری به کمک محیط dna کدام سلولها استفاده می کنیم. x-gal-iptg دارای lb-agar نوترکیب رادریافت کرده اند.همچنین اگر این کلنی هاروی محیط دارای dna ، کلنی های شفاف آمپی سیلین رشد کرده اند، پس در این صورت به این آنتی بیوتیک مقاوم هستند.برای اطمینان بیش تر 75 از کلنی های سفید، می توانیم برای مرحله بعدی که تخلیص sub culture با یک پلاسمیداست،آماده شویم.استخراج پلاسمیدازسلولهای ترانسفورم شده به روش لیز قلیایی یا لیز آلکالین و با استفاده از کیت استخراج صورت گرفت. انجام pcr اکنون باید روی این محصول استخراج شده با استفاده از پرایمرهای اختصاصی وهضم آنزیمی قطعات بدست آمده دراثرآنزیمهای محدود کننده بااستفاده از pcr دهیم.پس از انجام مورد بررسی و آنالیز قرار گرفت. dna man نرم افزار forward ازآغاز ، پرایمر هایی طراحی شدند که جهت بیان ژن ها مورداستفاده قرار گیرند. پرایمر به گونه ای طراحی گردید که سایت برش آنزیم محدود کننده بیانی در آن وجود داشته باشد. مرحله و وکتور های pcr بر روی محصول double digest مهم و حساس دیگر هضم آنزیمی به روش می باشد. ppicz?a و ptz57r/t بسیاری از پلاسمیدهادارند، mcs ازمیان آنزیم های محدودکننده معمول که جایگاه برش برروی hsp و 70 m2e با توجه به وجود جایگاه آن در درون ژن bglii و ncoi و bamhi آنزیم های در این طرح جهت کلونینگ در یک وکتور بیانی و pcr انتخاب گردیدند. با توجه به اینکه محصول رعایت برخی pcr در نهایت جهت بیان پروتئین نوترکیب بکار برده می شود. در انجام مراحل نکات ضروری میباشد. زیرا ایجاد موتاسیون در توالی این ژن (حتی موتاسیون های نقطه ای)، می تواند سبب تغییر در ساختار چهار چوب ژن و تولید پروتئین های ناقص و یا حتی عدم ساخت پروتئین (موتاسیونهای بی معنی) و یا تولید پروتئین های با اسیدهای آمینه تغییر یافته شود. جهت سنتز شده چندین نکته را می dna جلوگیری از خطا و جایگزینی نوکلئوتیدهای اشتباه در زنجیره پلی مراز با توانایی اگزونوکلئازی dna توان رعایت کرد. اولین نکته استفاده از آنزیم های است. pwo dna polymerase یا pfu dna polymerase همانند آنزیم (reading proof) فاقد خاصیت اگزو نوکلئازی است. این آنزیم ها توانایی اصلاح taq dna polymerase آنزیم را ندارند. dna نوکلئوتیدهای نادرست جایگزین شده در زنجیره استفاده از تعداد سیکل های pcr ازدیگرراه های کاهش میزان موتاسیون در واکنش نهایی میباشند.که این نکات تا حد extention محدود،افزایش غلظت الگو،افزایش پرایمرو افزایش امکان در این طرح در نظر گرفته شدند.علاوه براین جهت افزایش اختصاصیت واکنش وعدم ایجاد صورت پذیرفت. (hot-start) باندهای غیر اختصاصی،واکنش بصورت شروع داغ درآماده سازی نمونه هاجهت کلونینگ رعایت چندین نکته ضروری است.جهت هضم آنزیمی بطور همزمان استفاده گردید. به bglii و ncoi و bamhi نمونه ها برای کلونینگ، از آنزیم های 7 6 مورد استفاده قرار tango 2x این ترتیب که بافر مناسب جهت فعالیت هرسه آنزیم یعنی گرفت.همچنین بهترین دما جهت فعالیت آین آنزیم ها 37 درجه سانتیگراد میباشد. برش غیر ) star activity دراستفاده از آنزیم های یکسان در یک شرایط بافری باید به فعالیت نیز توجه شود.از جمله شرایطی که می تواند باعث افزایش این فعالیت آنزیم ها ( dna اختصاصی بالا و قدرت یونی پائین محلول ph شود، می توان به غلظت بالای گلیسرول (بیش از 5 درصد) به دو dna اشاره کرد. تعدادی از آنزیم های محدودگر در برش منطقه شناسایی خود که در انتهای رشته ای خطی قرار دارد، ناتوان می باشند. به نحوی که میزان کارآنزیم باافزایش نوکلئوتیدهای جانبی منطقه شناسایی آنزیم افزایش می یابد. جهت اطمینان از عملکرد صحیح آنزیم ها، هر کدام از آنزیم های نامبرده در شرایط بافری یکسان به تنهایی مورد استفاده قرار گرفت تا به عنوان کنترل (double digestion (شرایط مناسب جهت و m2e حاوی ژن t-vector مثبت در نظر گرفته شود. در واکنشی دیگر اقدام به هضم آنزیمی نمودیم. hsp70 یکی از اهداف مهندسی ژنتیک و همچنین اهداف این پروژه تولید واکسنهاست . در کلون کردن و خالص کردن آن می باشد ولی در مورد تولید محصولات پروتئینی نیاز به dna هدف فقط تکثیر تولید موثر پروتئین در میزبان می باشد . موجودات مختلف سیستمهای بیان ژنی مختلفی دارند وبیشترژنهای آنهادر بسیاری از اوقات خاموش می باشند . همچنین سیستمهای بیان ژن موجودات مختلف ( مخصوصا بین پروکاریوتها و یوکاریوتها )با هم تفاوت دارندومثلا ژنهای یوکاریوتی در پروکاریوتها به راحتی بیان نمی شوند . بنابراین یکی ازاهداف بیوتکنولوژی ومهندسی ژنتیک ، تولیدوانتخاب مناسب حاملهایی است که ( experssion vector ) ژنهای داخل آن به میزان بسیار زیادی بیان می شوند . یک حامل بیان ژن حاملی است که نه تنها می توان از آن به عنوان حامل کلون استفاده کرد بلکه این حامل دارای یک توالی تنظیمی می باشد که باعث می شود که بیان ژن مورد نظر تحت کنترل مهندسی ژنتیک قرار گیرد . است که به علت سهولت رشد آن در محیط e.coli یکی از وکتور های معروف کلونینگ ، باکتری کشت به عنوان میزبان رایج در همسانه سازی ژنها به کار می رود . این باکتری معمولا وقتی به کار می رود که هدف از آزمایش جداسازی ساده یک ژن خاص باشد . با وجود این ، در برخی شرایط ممکن است استفاده از یک میزبان یوکاریوتی ، مطلوب تر باشد . این امر به ویژه در بیوتکنولوژی مصداق پیدا می کند که در آن ممکن است هدف مطالعه یک ژن نباشد،بلکه از کلونینگ برای کنترل یا 77 بالا بردن سنتزیک فراوردهمتابولیکی مهم(نظیرواکسنهایاهورمونها) استفاده شود. به عنوان میزبان e. coli نخستین تلاشها در ساختن پروتئین نوترکیب در باکتری هایی مانند صورت گرفته است. که به دلیل داشتن فهرست مشکلات فراوان ، بیوتکنولوژیست ها در جست و جوی وکتور ها و میزبان های مناسب برای سنتز پروتئین نو ترکیب هستند و از آنجا که یوکاریوتهای میکروبی مانند مخمر و یا قارچ ، با جانوران اشتراکات بیشتری دارند،انتظاربراین است که در ساخت داشته باشند . e. coli یک پروتئین نو ترکیب کار آیی بیشتری از مخمر ها می توانند به همان سادگی باکتری در ظروف کشت رشد کنند و تظاهر یک ژن کلون شده را در شرایطی نزدیک تر به خود جانور امکان پذیر سازند . با امیدواری بسیار ، امروزه یوکاریوتهای میکروبی از جمله مخمر به شکلی روزمره برای تولید پروتئینهای جانوری گوناگونی به کار گرفته می شوند . مخمر ساکارومیسس سروزیه ( مخمر نانوایی) به معروف ترین میزبان تبدیل شده است اما اشکالاتی نیز دارد ، بویژه اینکه یک سیستم قوی ترشح پروتئین را به داخل محیط رشد ندارد . در نبود ترشح ، پروتئین های نوترکیب در درون سلول باقی می مانند و در نتیجه به آسانی خالص نمی شوند . با وجود این ،از انواع دیگر مخمر با داشتن انواع پلاسمید به عنوان وکتور بیانی استفاده می شود. تکثیر می یابند ،یکی از پرکاربرد ترین پلاسمیدها جهت استفاده در e.coli پلاسمیدهایی که در نوترکیب می باشند.پژوهشگران ،این پلاسمیدها را برای استفاده به عنوان وکتور درکلونینگ dna منجر به e.coli طراحی کرده اند برای نمونه،حذف قطعات غیر ضروری پلاسمیدهای ،dna می dna تولیدوکتورهای پلاسمیدی می شود.اینها دارای سه منطقه ضروری برای کلونینگ باشند:منشا همانندسازی،یک مارکر برای انتخاب سلولهای نوترکیب (معمولا یک ژن مقاوم به آنتی خارجی بتواند به آن وارد شود.آنزیمهای سلول میزبان،تکثیر dna بیوتیک)ومنطقه ای که قطعات 1 آغاز می کنند.منشاهمانندسازی،یک توالی خاص از (ori) پلاسمید را از منشا همانند سازی آغاز ori از ناحیه dna است که از 50 تا 100 جفت باز اندازه دارد.هنگامی که همانندسازی dna می شود،بدون توجه به توالی نوکلئوتیدی پلاسمید، تمام حلقه را طی می نماید بنابراین هر توالی پلاسمید تکثیر می یابد. dna ای که درون چنین پلاسمیدی قرار گیرد،همراه با بقیه dna وکتور نوترکیب تحت شرایط خاصی مخلوط شود،فقط dna با e.coli هنگامی که سلولهای پلاسمیدی را وارد خود می سازند(ترانسفورماسیون). dna ، تعداد اندکی ازسلولها 1 a sequence at which replication is initiated 7 8 پلاسمیدی را وارد خود می سازدوبنابراین دچار dna یک سلول از هر 10000 سلول،مولکول انکوبه شدند، e.coli ترانسفورماسیون می شود.پس از اینکه وکتورهای پلاسمیدی همراه با سلولهایی که پلاسمید را وارد خودشان کرده اند به آسانی از سلولهای دیگر تشخیص داده می شوند. برای نمونه ،اگر یک پلاسمید ،ژن مقاومت به آنتی بیوتیک آمپی سیلین را داشته باشد ،سلولهای ترانسفورم شده را می توان با استفاده از محیط های کشت حاوی آمپی سیلین جدا نمود.قطعات 10 اندازه دارند را می توان درون وکتورهای پلاسمیدی جای داد. kb ای که تا dna شودتمامی سلولهایی که از e.coli هنگامی که پلاسمید حامل قطعه مورد نظر،وارد سلول dna سلول اولیه ترانسفورم شده به وجودمی آیندمقاومت آنتی بیوتیکی داشته و پلاسمید حاوی مورد نظر را دارا می باشند. پلاسمیدی تکثیر می یابد و وارد سلولهای دختری dna مورد نظر به همراه بقیه ی dna کلون dna. اولیه به تعداد زیاد در سلولهای کلنی تکثیر می یابد dna خواهد شد.در این حالت ،قطعه گفته می شود که دردرون پلاسمید والدی قرار گرفته باشد. dna شده به قطعاتی از کاربردآن افزایش می یابد.پلی لینکر e.coli بااضافه نمودن یک پلی لینکر به وکتور پلاسمیدی به یک قطعه مصنوعی گفته می شود که دارای یک کپی از چندین محل برش متفاوت می باشد. به گونه ای که این محلهای برش در جای دیگری از پلاسمید وجود نداشته باشند.هنگامی که چنین وکتوری با یک آنزیم محدودکننده که فقط یک محل برش درپلی لینکر را شناسایی می کند، تیمار شود،وکتور تنها در یکجا در طول پلی لینکر برش می خورد. تولید شده با طول مناسب را با استفاده از همان آنزیم محدود dna پس از آن، می توان هر قطعه از کننده به وسیله لیگاز درون پلاسمید برش خورده قرار داد. پلاسمیدهایی که حاوی یک پلی لینکر می باشند به پژوهشگران این اجازه را می دهند که درهنگام با آنزیمهای محدود کننده گوناگون،از همان وکتورپلاسمیدی استفاده dna کلون کردن قطعات کنند.این کار موجب ساده شدن آزمایش ها می شود. پرداختن به علت بهره گیری از این دو ژن : درهنگام عفونت جانوران باویروس آنفولانزا،هماگلوتینین و نورامینیداز بخش های اصلی برای ایجاد پاسخ ایمنی هستند.این موضوع سبب پیش رفت دریفت ژنتیکی این اپی توپ ها شده است .(15) 79 باایجادسوش های جدید توانایی کنترل کردن این ویروس هارا با واکسیناسیون نخواهیم داشت.با بهره گیری از اپی توپ هایی که ساختار حفظ شده دارند،می توان ناگیرایی موثری ایجاد کرد. یک پروتئین غشائی است که در تجمع ذرات ، a ازویروس آنفولانزانوع m سکانس پروتئین 2 .(15- پروتئینی ویروس و در سطح سلول هائی که با ویروس آلوده شده اند،دیده می شود( 20 ساختار بسیار حفظ شده دارد.بنابراین اپی توپ بسیار جالبی برای توسعه ساخت واکسن m پروتئین 2 یک کانال یونی تشکیل می دهد که واسطه نفوذ پروتون به ذرات m خواهد بود.پروتئین تترامر 2 ویروسی است. البته پس از اندوسیتوز که سبب جدا شدن پروتئین از نوکلئوپروتئین ویروسی می .( شود.نوکلئوپروتئین آزاد سپس به درون هسته انتقال داده می شود( 16 در سطح خارج سلولی سلول های آلوده به ویروس آنفولانزا یافت m ترمینال پروتئین 2 -n بخش .( می شوند.مشخص شده که اینها اپی توپ های خوبی برای کنترل عفونت ویروسی می باشند( 15 بخش خارج سلولی)به صورت ) m2e همچنین،آنچنان که در گذشته آشکار شده اگر پروتئین .(21- مولتی مر باشد می تواند ایمنی زائی بیش تری ایجاد نماید ( 7 32 و 24 )،ویروس پاپیلوما(عامل ) b به ذرات پروتئینی ویروس هپاتیت m2e اتصال و فیوژن پپتید 7) یا فلاژلین ( 21 )،موفقیت بسیاری در برابر چالش های آنفولانزا ایجاد ) q-b ایجاد زگیل)( 23 )،فاژ کرده است . و فراهم کردن دفاع m2e بر ضد بخش igg2a اینچنین پروتئین مولتی مری توانائی القاء تولید .(21- بر علیه عفونت آنفولانزا را خواهد داشت ( 32 متصل igg2a و آنتی بادی m2e درواقع این موضوع اشاره به آن دارد که،مجموعه پروتئین به آن می تواندتحریک کننده مناسبی برای سلول های کشنده طبیعی درگیر در ایمنی سلولی باشد.این را که در سطح سلول های آلوده به ویروس m2e متصل به پروتئین igg2a سلول هامی توانند .( آنفولانزا قرار دارند شناسائی کرده و به آن ها متصل شوند ( 25 به ویروس موزائیک m2e یکی دیگرازکوشش هائی که دراین راستاانجام شده، فیوزکردن پروتئین پاپایااست.ویروس موزائیک پاپایا همان ویروس موزائیک عنبه هندی است.یکی از تفاوت های عمده همگی بیست q-b و فاژ hbv و hpv این بررسی استفاده ازیک ویروس میله ای است زیرا وجهی هستند اما شکل ویروس پاپایا میله ای است.تفاوت دیگر این است که این ویروس یک گیاه را .( مورد تهاجم خود قرار می دهد( 36 و 13 پیوسته دچار (shift,drift) چند قطعه ای و ناپایدار بودن rna ویروس آنفولانزابه علت تغییرات آنتی ژنیکی می شود. 8 0 که ساختاری با کم ترین تغییرات و m با توجه به چنین دشواری هائی بهره گیری از پروتئین 2 دگرگونی را دارد،می تواند به عنوان یک کاندید در تهیه واکسن مطرح شود. جزء سیستم چاپرونی heat shock protein (hsp اعضاءخانواده( 70 هستند.این پروتئین ها به گونه بسیار حفظ شده در باکتری ها،درسیتوسل سلول های یوکاریوتی،در شبکه اندوپلاسمی،درکلروپلاستهاومیتوکندری هاوجوددارند. مایکوباکتریوم توبرکلوزیس با کمک چین خوردن صحیح پروتئین های تازه سنتز شده hsp70 می تواند باعث القای پاسخ ایمنی سلولی نیرومند بر ضد باکتری و افزایش بیان آنتی ژن به وسیله شود.از سوی دیگر این پروتئین خاصیت ادجوانی دارد که می تواند به عنوان کاندیدی در mhci hsp جهت تولید واکسن بکار رود. از این رو،ترکیبی از آنتی ژن های 70 که 23 اسید آمینه m پروتئین 2 extracellular مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و قسمت نامیده می شود،می تواند به عنوان ادجوانی که تحریک کننده سیستم ایمنی هومورال و m2e دارد و نقش مهاری m2e به ویژه ایمنی سلولی است، بکار رود. زیرا آنتی بادی تولید شده بر علیه پروتئین در تکثیر ویروس،درون سلول میزبان به دلیل بلاک کردن کانال های یونی دارد. به عنوان کاندیدی در جهت تولید m2e-hsp بنابراین می توان گفت،فیوژن پروتئین 70 واکسن بر ضد سویه های ویروس آنفولانزا مطرح است. چشم اندازآینده نزدیک دراین طرح، بیان ژن های کلون شده و تولید پروتئین در راستای ساخت واکسن های نوترکیب می باشد.

اثر تنش خشکی و بر هم کنش آن با اسیدآسکوربیک بر برخی فعالیت های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی گیاه سیاه دانه(nigella sativa l.)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1388
  صنم سلیمی الیزیی   غلامرضا بخشی خانیکی

این پژوهش به منظور بررسی تاثیر تنش خشکی و بر هم کنش آن با اسیدآسکوربیک بر برخی فعالیت های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی گیاه سیاه دانه (nigella sativa l.) اجرا شد. کشت گیاه بصورت گلخانه ای با هفت تیمار مختلف آبیاری و آسکوربات شامل 1) تیمار شاهد با آبیاری به مقدار ظرفیت زراعی، 2) تیمار با آبیاری3/2 ظرفیت زراعی، 3) تیمار با آبیاری3/1 ظرفیت زراعی، 4) تیمار با آبیاری3/2 ظرفیت زراعی به همراه اسید آسکوربیک 10 میلی مولار، 5) تیمار با آبیاری 3/2 ظرفیت زراعی به همراه اسید آسکوربیک 1 میلی مولار، 6) تیمار با آبیاری3/1 ظرفیت زراعی به همراه اسید آسکوربیک 10 میلی مولار، 7) تیمار با آبیاری 3/1 ظرفیت زراعی به همراه اسید آسکوربیک 1 میلی مولار، در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با چهار تکرار برگیاه صورت گرفت. پس از دو هفته با توجه به وضعیت گیاهان، اندازه گیری های مختلف صورت گرفت. عملیات آماری نتایج بصورت آنالیز واریانس و آزمون دانکن توسط برنامه آماری spss انجام شد. در بررسی پارامترهای رشد گیاه مشاهده شد که وزن تر، وزن خشک و طول اندامهای هوایی و زمینی توسط هر دو تنش fc 3/1 و fc 3/2 کاهش معنی داری را در سطح 5% نشان می دهند. در تیمارهای اسیدآسکوربیک، تنها تیمار mm 10 در تنش fc 3/2 توانست این کاهش را جبران کند. در تحقیق حاضر تغییرات فعالیت سه آنزیم آنتی اکسیدان سوپراکسید دیسموتاز، گلوتاتیون پراکسیداز و کاتالاز در هر دو اندام هوایی و زمینی مورد مطالعه انجام گرفت و مشاهده شد که تنش fc 3/1 باعث افزایش فعالیت هر سه آنزیم در هر دو اندام می شود. تنش fc 3/2 تنها باعث افزایش فعالیت آنزیمهای گلوتاتیون پراکسیداز و کاتالاز می شود و بر فعالیت آنزیم سوپراکسیددیسموتاز تاثیر چندانی ندارد. در بررسی اثر جبرانی اسیدآسکوربیک، هر دو تیمار mm 1 وmm 10 اسیدآسکوربیک باعث تخفیف اثر تنش fc 3/1 بر افزایش فعالیت آنزیم سوپراکسیددیسموتاز شدند. با وجود عدم تاثیر غلظت mm 1 و mm 10 از اسیدآسکوربیک بر کاهش تنش fc 3/1، مقدار آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز در اندام هوایی توسط هر دو غلظت mm 1 و mm 10 از تنش fc 3/2 و در اندام زمینی تنها توسط غلظت mm 10 از تنش fc 3/2 جبران شد. تخفیف اثر تنش بر افزایش مقدار آنزیم کاتالاز نیز در اندام هوایی توسط تمامی تیمارها به جز تیمار اسیدآسکوربیک mm 1 از تنش fc 3/1، و در اندام زمینی توسط تیمار mm 10 از تنش fc 3/1 و fc 3/2 صورت گرفت. کلروفیل گیاه توسط هر دو تنش fc 3/1 و fc 3/2 کاهش معنی داری را در سطح 5% نشان می دهد. در تیمارهای اسیدآسکوربیک، تنها تیمار mm 10 در تنش fc 3/2 توانست این کاهش را جبران کند. در بررسی پروتئین گیاهی، مقدار آن در تنش fc 3/1 و fc 3/2 در هر دو اندام کاهش یافت که این مقدار تنها توسط اسیدآسکوربیک mm 10 در تنش fc 3/2 جبران شد. در مطالعه و بررسی که بر دیگر اسمولیتهای گیاهی صورت گرفت، مشاهده شد که مقدار اسیدآسکوربیک، پرولین، قندهای محلول و پلی آمینها در هر دو تنش fc 3/1 و fc 3/2 افزایش معنی دار در سطح 5% را نشان می دهند. که مقدار تمامی آنها با تیمار اسیدآسکوربیک mm 10 در تنش fc 3/2 تا سطح گیاه شاهد کاهش می یابد. مقدار مالون دی آلدئید تنها در تنش fc 3/1 افزایش می یابد که اسیدآسکوربیک mm 10 باعث جبران اثر تنش fc 3/1 و در نتیجه کاهش مقدار افزایش یافته آن می شود.

تأثیر ژنوتیپ بر آندروژنز گیاه جو (hordeum vulgare l.)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم کشاورزی 1389
  صغری محمودی   دانیال کهریزی

تولید آزمایشگاهی گیاهان هاپلوئید و هاپلوئید مضاعف، روشی است که جهت تسریع برنامه های اصلاحی به صورت عملی بکار گرفته می شود. روش های معمول تولید گیاهان هاپلویید در جو شامل کشت بساک، کشت میکروسپور و حذف کروموزوم می باشد. در این مطالعه به منظور تولید گیاهان هاپلویید جو از روش کشت بساک استفاده شد. هدف از این تحقیق بررسی تأثیر ژنوتیپ بر روی نرزایی جو در شرایط آزمایشگاهی می باشد. بدین منظور پاسخ به کشت بساک دوازده ژنوتیپ جو دیپلوئید پائیزه ایرانی بر روی محیط کشت القاء جنین جامد fhg حاوی g/l90 ساکارز،2 mg/l 2,4-d و mg/l 1/0 کینتین بررسی شد. گیاهان مادری در یک آزمایش در قالب طرح کاملاً تصادفی با 4 تکرار در گلخانه ای با فتوپریود 16/ 8 ساعت (روشنایی/تاریکی) و درجه حرارت c? 25/ c? 15 (روز/ شب) کشت شدند. هر تکرار شامل یک گلدان با 3 گیاه بود. سنبله های این گیاهان بمدت 14 روز در دمای 4 درجه سانتیگراد پیش تیمار سرمایی شدند. تمام ژنوتیپ های مورد بررسی تولید جنین و گیاه سبز نمودند. بر اساس نتایج این مطالعه مشخص گردید که ژنوتیپ، تأثیر معنی داری بر روی تمامی صفات مورد مطالعه تشکیل جنین، باززایی کل (گیاهان سبز+ آلبینوز)، باززایی گیاه سبز و باززایی گیاه آلبینوز دارد. ژنوتیپ شماره 9 بیشترین فراوانی جنین زایی، باززایی گیاه سبز و باززایی کل را دارا بود (792/74% جنین زایی، 29/17% باززایی کل، 293/7% باززایی گیاهچه سبز). متفاوت بودن توانایی آندروژنیک و باززایی گیاه در ژنوتیپ های مطالعه شده در این آزمایش، وابستگی شدید ژنتیکی صفات آندروژنیک را تأیید نمود. نتایج، همبستگی مثبت و بسیار معنی داری (971/0) را بین درصد تشکیل جنین و باززایی گیاه سبز نشان داد. تجزیه کلاستر برای صفات درصد تشکیل جنین و باززایی گیاه سبز ژنوتیپ ها را در دو گروه قرار داد. در گروه اول ژنوتیپ شماره 4، 7 و 9 که پاسخ خوبی به آندروژنز نشان دادند. در گروه دوم ژنوتیپ شماره 1، 11، 6، 5، 12، 8، 2، 10 و 3 قرار گرفتند که به آندروژنز پاسخ ضعیفی داشتند. نتایج تجزیه تابع تشخیص این گروه بندی را به طور کامل تأیید نمود.

بررسی اثر تنظیم کننده های رشد گیاهی بر غده زایی زیره سیاه (bunium persicum) در شرایط این ویترو
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان البرز - پژوهشکده بیوتکنولوژی 1389
  زویا پژمان   محمود اطرشی

چکیده زیره سیاه (bunium persicum) گیاهی از خانواده چتریان (umbellifera) می باشد که به لحاظ برخورداری از ارزش دارویی واقتصادی بالا جایگاه ویژه ای را به خود اختصاص داده است. طولانی بودن طول دوره رویش، وجود خواب در بذر و نیاز به پیش تیمار سرما جهت جوانه زنی از موانع اساسی کشت زراعی این گیاه می باشد، لذا استفاده از تکنیک کشت بافت گیاهی جهت تکثیر و توسعه این گیاه دارویی ارزشمند ضروری به نظر می رسد. این پژوهش با هدف بررسی اثر ترکیب و غلظت تنظیم کننده های رشد گیاهی و همچنین میزان ساکارز بر غده زایی، از ریزنمونه های ریشه و ریز غده صورت پذیرفته است. ریز غده ها و ریشه های حاصل از گیاهچه های زیره در محیط کشت درون شیشه ای به محیط کشت ms با تیمارهای هورمونیbap ، kin و ja به همراه naa در غلظت های مختلف ساکارز، 30، 60، 90 و 120 گرم در لیتر منتقل گردیده و در شرایط 16 ساعت روشنایی و 8 ساعت تاریکی در دمای 25 درجه سانتی گراد به مدت 6 هفته نگهداری گردیدند. در تیمارهای 2/0 میلی گرم در لیتر ja + 5/1 میلی گرم در لیتر naa و 5/0 میلی گرم در لیتر kin + 1 میلی گرم در لیتر naa از ریشه و ترکیب هورمونی 2/0 میلی گرم در لیتر ja + 5/1 میلی گرم در لیتر naa از غده، غده زایی انجام گرفت. بیشترین درصد غده زایی در تیمار 5/1 میلی گرم در لیتر naa + 2/0 میلی گرم در لیتر ja در غلظت 30 گرم ساکارز در لیتر در ریز نمونه ریشه مشاهده گردید.

بررسی تنوع گونه ای گیاهی منطقه گناباد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1390
  علیرضا اکرامی   غلامرضا بخشی خانیکی

منطقه گناباد در استان خراسان رضوی با موقعیت جغرافیایی 30 ?58 تا ?60 طول شرقی و ?34 تا ?35عرض شمالی واقع شده است. بلندترین نقطه ارتفاعی در منطقه، با ارتفاع 2863 متر از سطح دریا در قله سیاه کوه واقع در جنوب غربی محدوده مورد مطالعه و پست ترین نقطه با ارتفاع 810 متر از سطح دریا واقع در کویر نمک در ناحیه شمال غربی منطقه مطالعاتی قرار گرفته است. میانگین دمای گرمترین و سردترین ماه سال به ترتیب 3/29 و 9/3 درجه سانتیگراد و میزان بارندگی سالانه آن 4/142 میلی متر می باشد. در این پژوهش منطقه گناباد واقع در استان خراسان رضوی مورد مطالعه قرار گرفت. بررسی فلور منطقه مورد مطالعه حاکی از رویش 213 گونه و زیرگونه متعلق به 147 جنس و 34 تیره گیاهی است. وسعت تیپ های گیاهی در عرصه مورد مطالعه برابر 1109139 هکتار است. تیپ های گیاهی 56/72 درصد از کل اراضی مورد بررسی را شامل می شوند. در این منطقه تیپ گیاهی در 5 گروه گیاهی و یک تیپ منفردشناسایی و تفکیک شده است. 1- گروه artemisia sieberiبا 9 تیپ گیاهی 2- گروه artemisia aucheri با 2 تیپ گیاهی 3- گروه convolvulus sp. با 3 تیپ گیاهی 4- گروهsalsola tomentosa با 7 تیپ گیاهی 5- گروه peganum harmala با 2 تیپ گیاهی 6- منفردها با 7 تیپ گیاهی کامفیت ها 51 درصد گیاهان منطقه را تشکیل می دهند که شکل زیستی غالب می باشد و پس از آنها تروفیت ها با 37 درصد و ژئوفیت ها 7 درصد و فانروفیت ها 5 درصد قرار دارند.

واکنش فیزیولوژیکی فلفل به همزیستی میکوریزا در شرایط شور
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1390
  سمانه صباغ سبزوار   محمد آرمین

تنش شوری یکی از مهم ترین فاکتورهای غیر زیستی است که میزان رشد و محصول دهی را در بسیاری از گیاهان محدود می نمایدو مشخص شده است قارچ های میکوریز قادرند که این محدودیت را در برخی گیاهان مناطق شور، کاهش دهند. در این مطالعه اثرات arbuscular mycorrhiza توسط دو گونه glomus/mosseae و glomus /intradicese بر رشد و عملکرد فلفل در شرایط شور به صورت آزمایش فاکتوریل بر پایه ی طرح کامل تصادفی با 3 تکرار و تیمار شوری از نوع کلرید سدیم درچهار سطح(0،2،4،6)دسی زیمنس بر متر انجام گرفت.آزمایش در گلدان های حاوی مخلوطی از شن و ماسه و لوم در شرایط گلخانه انجام گرفت. صفات مورد مطالعه شامل ارتفاع ،تعدادبرگ،کلروفیل،سطح برگ،وزن ریشه،وزن ساقه،وزن برگ،سدیم،پتاسیم،تعداد میوه،وعملکرد میوه بودند.?نتایج تجزیه ی واریانس نشان داد ؛اثرات ساده میکوریز بر ارتفاع،وزن ساقه،وزن برگ،میزان سدیم،عملکرد میوه معنی دار بوده و اثرات ساده شوری برتمامی صفات به جز وزن ریشه معنی دار بوده و اثرات متقابل میکوریزا و شوری بر عملکرد ساقه،وزن برگ،میزان پتاسیم وعملکرد میوه معنی دار بود. در مقایسه دوگونه میکوریز اثر همزیستی گلوموس موسه برافزایش عملکرد و سایر صفات اندازه گیری شده بیشتر بود. بنابراین، در پایان می توان نتیجه گرفت که فلفل میکوریزی در مقایسه با گیاهان غیر میکوریزی رشد و عملکرد بهتری درشرایط شور دارد.

اثر محلول پاشی اسید سالیسیلیک بر ویژگی های فیزیولوژیکی، کمی و کیفی ریحان (ocimum basilicum) در شرایط تنش خشکی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم 1391
  علیرضا خمر   غلامرضا بخشی خانیکی

ریحان (ocimum basilicum) گیاهی یکساله و اسانس دار از تیره نعنائیان با کاهش میزان قند خون می تواند به درمان دیابت کمک کند و موجب پایین آوردن فشار خون نیز می شود. به منظور بررسی اثر تنظیم کننده رشد گیاهی اسید سالیسیلیک بر ویژگی های کمی و کیفی ریحان در شرایط تنش خشکی، آزمایشی به صورت کرت های خرد شده در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با 3 تکرار، در سال زراعی 1390 در مزرعه آموزشی سایت جدید دانشگاه زابل اجراء گردید. عامل اصلی تنش در 3 سطح آبیاری (3، 5 و 7روز) و عامل فرعی محلول پاشی اسید سالیسیلیک در 4 سطح (0، 1000، 2000 و 3000 میلی مولار) در نظر گرفته شدند. محلول پاشی در سه مرحله از 30 روز بعد از کشت به فاصله هر 10 روز انجام گردید. ارتفاع بوته، تعداد برگ و سطح برگ در بوته، تعداد ساقه جانبی، وزن تر و خشک ریشه و اندام های هوایی، محتوای رطوبت نسبی برگ، درصد و عملکرد اسانس، میزان کلروفیل برگ، تنظیم کننده های اسمزی (پرولین و کربوهیدرات) و درصد خاکستر تحت رژیم آبیاری معنی داری شد. با تنش خشکی ناشی از افزایش فواصل آبیاری ارتفاع بوته، تعداد برگ و سطح برگ در بوته، تعداد ساقه جانبی، وزن تر و خشک ریشه و اندام های هوایی، محتوای رطوبت نسبی برگ، عملکرد اسانس و میزان کلروفیل برگ کاهش و تنظیم کننده های اسمزی (پرولین و کربوهیدرات) و درصد اسانس نیز افزایش یافتند. محلول پاشی اسید سالیسیلیک از لحاظ آماری سبب افزایش معنی دار کلیه ویژگی های مورد بررسی شد. نتایج نشان داد که اعمال تنش خشکی برای بدست آوردن درصد بالای اسانس در گیاه دارویی ریحان که سبب افزایش کیفی محصول می گردد، مناسب خواهد بود. در نهایت محلول پاشی اسید سالیسیلیک توانست آسیب ناشی از تنش خشکی را تا حدی جبران نماید.

بررسی اثرات تنش خشکی بر برخی صفامت مرفولوژیک و فیزیولوژیک در ژنوتیپ های گندم نان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان البرز - دانشکده علوم کشاورزی 1391
  سید خدارحم معتمدی پور   غلامرضا بخشی خانیکی

چکیده به منظوز ارزیابی و طبقه بندی صفات مورفولوژیک و فیزیولوژیک ژنوتیپ های گندم نان در دو شرایط تنش متوسط (دیم) و تنش ملایم (آبیاری تکمیلی) خشکی 18 لاین گندم نان در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی در ایستگاه تحقیقات کشاورزی دیم گچساران در سال زراعی 1390-1389 مورد بررسی قرار گرفت. واریانس ژنوتیپ ها برای صفات معنی دار بود، بنابراین تنوع ژنتیکی بالایی در بین صفات وجود داشت. صفات وزن دانه ها در سنبله، دمای کانوپی دو هفته بعد از گلدهی و وزن سنبله بالاترین همبستگی را با عملکرد دانه در شرایط دیم و صفات خروج برگ پرچم، دمای کانوپی دو هفته بعد از گلدهی و طول پدانکل بالاترین همبستگی را با عملکرد دانه در شرایط آبیاری تکمیلی داشتند. نتایج رگرسیون مرحله ای برای عملکرد دانه در بوته در شرایط دیم نشان داد که صفات نمره زراعی، تعداد سنبلچه در سنبله و طول دانه مقدار کلروفیل برگ و وزن هزار دانه 92 درصد از تغییرات عملکرد دانه را موجب شدند. و در تنش ملایم صفات قدرت رشد گیاهچه، طول برگ وطول سنبله مجموعاً69 درصد از تغییرات عملکرد دانه در بوته را باعث شدند. بر اساس ضرایب مسیر، صفات نمره زراعی وتعداد سنبلچه در سنبله بیشترین اثر مستقیم مثبت را بر عملکرد دانه در شرایط دیم داشت در حالیکه صفات قدرت رویشی و طول سنبله بیشترین اثر مستقیم مثبت را بر عملکرد دانه در شرایط آبی داشتند. بطور کلی می توان نتیجه گیری کرد که صفات نمره زراعی وتعداد سنبلچه در سنبله در شرایط دیم و صفات قدرت رویشی و طول سنبله در شرایط آبی اصلی ترین صفات برای شناسائی ژنوتیپ برتر است. واژه های کلیدی: گندم نان، خشکی،رگرسیون مرحله ای،تحمل،ژنوتیپ