dnaپلیمرازها، آنزیم های مسئول حفظ، همانندسازی و انتقال اطلاعات ژنتیکی در تمام ارگانیسم ها می باشند. هم یوکاریوت ها و هم پروکاریوت ها چندین آنزیم dna پلیمراز مختلف دارند که بعضی از آنها در همانندسازی ژنوم، بعضی در ترمیم و بعضی دیگر در فرایندهای جانبی مختلف دخالت دارند. بیشتر بیولوژیdna پلیمراز ها از مطالعات گوناگون بر روی اولین dna پلیمراز شناخته شده- dna پلیمراز і باکتری e. coli- بدست آمده است. با شناسایی اولین آنزیم dna پلیمراز مقاوم به حرارت- taq dna polymerase- و کاربرد آن در تکنیک pcr، تحقیقات بیولوژی مولکولی جهش چشمگیری پیدا کرد و اهمیت مطالعه و شناسایی dna پلیمرازهای مقاوم به حرارت مختلف را دو چندان ساخت. در پژوهش حاضر باکتری ترموفیل بومی ایران به نام geobacillus sp.mkk مشابه باکتری geobacillus stearothermophilus با توانایی تولید dna پلیمراز مقاوم به حرارت ، مورد مطالعه قرار گرفته و شرایط رشد آن به منظور بدست آوردن بیشترین تعداد باکتری و در نتیجه بالاترین مقدار آنزیم dna پلیمراز، بهینه گردید. با استفاده از اسپکتروفتومتر تعداد سلول های باکتری در طول موج 600 نانومتر در شرایط مختلف بررسی و مقایسه شد و بهترین شرایط برای رشد باکتری بدست آمد. در میان منبع های مختلف کربن (گلوکز، گالاکتوز، فروکتوز، لاکتوز و آب پنیر) گلوکز به عنوان بهترین منبع کربن، در میان منبع های مختلف ازت (عصاره مخمر، آمونیوم سولفات، اوره) عصاره مخمر بهترین منبع ازت، در بین دماهای مختلف (40،45،50،55،60،65) دمای 55 درجه سانتیگراد مناسب ترین دما، در میان ph های مختلف (4 ،5 ،6 ،7 ،8) 6ph از همه بهتر و بین rpm های مختلف (120، 150، 170، 200) rpm150 از همه مناسب تر بود. سپس در شرایط بهینه منحنی رشد باکتری رسم گردید و باکتری ها در اواخر فاز لگاریتمی که دارای بیشترین تعداد و فعالیت می باشند، برای بدست آوردن عصاره سلولی مورد استفاده قرار گرفتند. از عصاره سلولی بدست آمده در واکنش pcr به جای taqپلیمراز استفاده شد و نتایج نشان داد که آنزیم dna پلیمراز موجود در عصاره سلولی توانایی انجام واکنش pcr را دارد.

پروبیوتیک ها میکروارگانیسم های زنده ایی هستند که وقتی توسط میزبان مصرف می شوند، در سلامتی میزبان دارای اثرات مفیدی می باشند. امروزه استفاده از پروبیوتیک ها به منظور پیشگیری و درمان بیمـاری هـا بسیـار مـورد تـوجـه قـرار گـرفتـه اسـت. عفـونـت هـای بـاکتـریـایی دستگاه ادراری (urinary tract infections = utis )، یکی از شایع ترین عفونت هاست. همچنین تجویز آنتی بیوتیک از روش های متداول در درمان عفونت های ادراری است که رژیم دارویی نامناسب می تواند زمینه ی ایجاد سویه های مقاوم به آنتی بیوتیک را فراهم آورد. امروزه به دلیل شیوع سویه های مقاوم در بین عوامل ایجاد کننده ی عفونت ادراری، محققین به دنبال راهی جایگزین و موثرتر می باشند که یکی از آنها بکارگیری پروبیوتیک ها در پیشگیری و درمان برخی عفونت هاست. هدف از این مطالعه، بررسی فعالیت آنتاگونیستی لاکتوباسیل ها به عنوان ارگانیسم های پروبیوتیکی بر علیه سویه های جدا شده شایع در عفونت ادراری، می باشند. از میان 600 نمونه بررسی شده، نمونه هایی که تعداد کلنی های آن cfu/ml 10000? بودند، از لحاظ عفـونـت ادراری مثبـت گـزارش شدند. از بین آنهـا چهـار باکـتری enterococcus sp,، e. coli klebsiella pneumoniae , enterobacter sp, بیشترین شیوع را داشتند. برای بررسی الگوی حساسیت باکتری های فوق، آنتی بیوگرام به روش کربی- بوئر نسبت به آنتی بیوتیک های رایج در درمان عفونت ادراری انجام گرفت. mic جدایه های e.coli با بیشترین مقاومت نسبت به سه آنتی بیوتیک آمپی سیلین، سیپروفلوکساسین و کوتریماکسازول به روش broth microdilution، قبل و بعد از اثر پروبیوتیک ها، انجام شد. گـونه های با مقاومت چندگـانه (6گـانه و بـالاتر) غـربـالگری گـردید و اثـر ضـد میکـروبی سـه گـونـه لاکـتـوبـاسیـلـوس، شـامـل: l. casei atcc 32392, l. rhamnosus atcc 7469 و l. acidophilus atcc 4356 ، به روش چاهک پلیت و تعیین mic بخش شناور بررسی گردید. هیچ گونه فعالیت آنتاگونیستی مناسبی از گونه های لاکتوباسیلوس مورد مطالعه بر علیه سویه های انتخابی با بالاترین مقاومت آنتی بیوتیکی در جدایه های enterobacter sp., enterococcus sp., k. pneumoniae مشاهده نشد و تنها اثر مهاری این لاکتوباسیلوس ها بر روی جدایه های e. coli با مقاومت 8 و 9 گانه بود. atcc32392 l. caseiموثرترین پروبیوتیک شناخته شد. برای تعیین منشا ژنتیکی مقاومت، مطالعات مولکولی به روش حذف پلاسمید توسط اتیدیوم بروماید و آکریدین نارنجی انجام شد و با تهیه نیم رخ پلاسمیدی و replica plating، پیشنهاد گردید که منشا مقاومت به آمپی سیلین، پلاسمیدی است. بعد از آن حذف پلاسمید با استفاده از بخش شناور به دست آمده از کشت لاکتوباسیلوس های مذکور بررسی گردید. نیم رخ پلاسمیدی سویه های تیمار شده با بخش شناور با نیمرخ پلاسمیدی سویه مادری تفاوتی نداشت و بنا براین به نظر می رسد پروبیوتیک ها قادر به حذف پلاسمید مقاومت در سویه های مقاوم e. coli نبودند.

نظر به افزایش اهمیت سیستم های پساب شهری، بیمارستانی و صنعتی در ایجاد باکتری های مقاوم به آنتی بیوتیک، پساب مراکز پرورش طیور با استفاده از باکتری های enterobacteriaceae، enterococci و staphylococci به عنوان ارگانیسم های شاخص مورد بررسی قرار گرفت. چرا که در این مراکز همواره حجم بالایی از آنتی بیوتیک ها جهت اهداف درمانی و نیز به عنوان محرک رشد مورد استفاده قرار می گیرند. ورود مقادیر زیادی آنتی بیوتیک از طریق فضولات طیور به درون این پساب ها منجربه اعمال فشار انتخابی و غلبه باکتری های مقاوم به آنتی بیوتیک در چنین محیط هایی خواهد شد. باکتری هایی که در نهایت از طریق این پساب مستقیما به محیط راه یافته و به عنوان مخزنی از ژن های مقاومت عمل خواهند کرد. هدف از پروژه حاضر بررسی مقاومت این سویه های شاخص نسبت به آنتی بیوتیک های رایج درمانی بوده است. نتایج حاکی از آن است که کاربرد گسترده ی آنتی بیوتیک های تتراسیکلین و اکسی تتراسیکلین به عنوان محرک رشد در مراکز پرورش طیور، میزان شیوع باکتری های مقاوم به این دو آنتی بیوتیک را به طور وسیعی افزایش داده است. از این رو دانش بشری همواره به دنبال جایگزینی برای آنتی بیوتیک ها بوده است که مهمترین دستاورد آن پروبیوتیک هاست. امروزه بکارگیری پروبیوتیک ها در پرورش حیوانات پذیرفته شده و میزان مصرف آن ها روز به روز در حال افزایش است بنابراین در این راستا، گونه ای از جنس lactobacillus از این مراکز جداسازی و شناسایی مولکولی آن با روش تجزیه و تحلیل توالی ژن s rrna16 انجام شد و خصوصیات پروبیوتیکی آن از طریق فعالیت باز دارندگی رشد علیه باکتری های شاخص جداسازی شده مانند escherichia coli، enterococcus و staphylococcus، مقاومت نسبت به ph اسیدی و نمک صفراوی مورد بررسی قرار گرفت. lactobacillus جداشده این پتانسیل را دارد که به عنوان یک پروبیوتیک جایگزین آنتی بیوتیک در رژیم غذایی طیور شود که البته این امر نیاز به بررسی جامع تری دارد. در ادامه از lactobacillus های جداسازی شده جهت کاهش میزان مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های مقاوم استفاده شد و مشاهده گردید که میزان حداقل غلظت بازدارنده رشد mic باکتری ها، برای آنتی بیوتیک تتراسایکلین در e. coli و staphylococcus بعد از اثر قسمت شناور lactobacillus ها کاهش می یابد. اما نتایج بعد از تعیین الگوی پلاسمیدی حاصل از آزمایشات حذف پلاسمیدی حاکی از آن است که بخش شناور هیچ گونه اثری در حذف پلاسمید و کاهش مقاومت از این طریق نداشته و احتمالا با تغییراتی که در شرایط فیزیولوژیکی باکتری ایجاد می کند، زمینه کاهش مقاومت در باکتری شاخص مورد آزمایش را فراهم ساخته است.

چکیده: در طی سالهای 86 و 87 ، از مزارع لوبیا در مناطق لوبیا کاری استان مازندران (گلوگاه، قائم شهر و تنکابن) نمونه هایی با علائمی از قبیل موزائیک و بدشکلی جمع آوری گردید. ضمن عصاره گیری از نمونه های جمع آوری شده و مایه زنی بر روی انواع گیاهان آزمون، قابل انتقال بودن عارضه از نمونه های آلوده به گیاهان سالم به اثبات رسید. براساس نتایج بدست آمده از مایه زنی برروی گیاهان آزمون و بکارگیری تکنیک های سرولوژیکی elisa آلودگی نمونه های جمع اوری شده به ویروس bcmv و bcmnv به اثبات رسید. بررسی های به عمل آمده نشان دهنده وجود آلودگی به ویروس های bcmv و bcmnv در استان مازندران می باشد. این ویروس ها علاوه بر انتقال توسط شته ها، قادر به انتقال از طریق بذر با درصد بالائی نیز می باشد. در بررسی های مولکولی rt-pcr شناسایی این ویروس ها با استفاده از پرایمرهای اختصاصی تایید شد. در این نواحی تنکابن و گلوگاه و قائم شهر وجود آلودگی به bcmv و bcmnv از طریق تکنیک الایزا و همچنین pcr تائید گردید.

سدیم دودسیل سولفات (sds) یک ترکیب مهم سورفاکتانتی است که به میزان زیاد در شوینده هایی مانند شامپوها ، صابون های ماشین شویی و خمیر دندان ها استفاده می شود. sds به سرعت تحت شرایط هوازی تجزیه می شود که در تجزیه اولیه و نهایی این سورفاکتانت میکروارگانیسم ها مهم هستند. با توجه به افزایش استفاده از sds، پاک سازی زیستی آن توسط میکروارگانیسم های مناسب حائز اهمیت است. در این پژوهش وجود باکتری های تجزیه کننده sds در پساب ماشین شویی مورد بررسی قرار گرفت، چهار باکتری تجزیه کننده sds از نمونه پساب ماشین شویی به دست آمد. با بررسی های بیشتر جدایه kgs به عنوان جدایه برتر انتخاب گردید که ژن رمز گذار آنزیم آلکیل سولفاتاز (تجزیه کننده sdsُ) در این چهار جدایه با استفاده از روش pcr شناسایی گردید. بررسی میزان sds تجزیه شده با استفاده از روش رنگ سنجی ماده فعال متیلن بلو (mbas) انجام گرفت و مشخص شد که جدایه kgs بعد از بهینه کردن شرایط تجزیه قادر به تجزیه 98% sds با غلظت mm 5/1 موجود در محیط کشت در طی 24 ساعت است. شناسایی جدایه برتر با استفاده از تعیین توالی قسمتی از ژن rdna 16s و آزمون های بیوشیمیایی تاییدی انجام گرفت. نتایج حاصل نشان دادند که جدایه kgs متعلق به جنس pseudomonas می باشد و 44/99 درصد به گونه pseudomonas aeruginosa شباهت دارد. جدایه kgs یک باکتری کم نیاز است که به راحتی رشد کرده و می تواند sds را به عنوان تنها منبع کربن و انرژی استفاده کند. جدایه kgs باسیل گرم منفی هوازی، غیر تخمیری و اکسیداز مثبت می باشد

میکروارگانیسم ها برای سازمان دهی و بسته بندی dnaی خود از تعدادی پروتئین بازی کوچک استفاده می کنند. این پروتئین ها بر روی بیان ژن، رفتار رشد و قابلیت زیست میکروارگانیسم ها، تاثیر عمیقی دارند. این پروتئین ها‏‏ْ‎‏ًٌٍٍُِ‏ٌُ، پروتئین های شبه هیستونی نامیده می شوند.یکی از پروتئین های شبه هیستونی که به خوبی مطالعه شده است، پروتئین hu از باکتری e.coli می باشد. پروتئین hbsu از bacillus subtilis یکی از اعضای خانواده بزرگ پروتئین های شبه هیستونی است.این پروتئین توسط ژن hbs رمز می شود. در این مطالعه، به منظور تولید مقدار زیادی از پروتئین hbsu، ژن hbs همسانه و بیان شد. تولید مقدار زیادی از پروتئین نوترکیب، مراحل بعدی کار را تسهیل می کند. dna ژنومی متعلق به باکتری atcc 6633 b.subtilis استخراج شد و با پرایمرهای طراحی شده، واکنش pcr انجام گردید. سپس محصول pcr تخلیص شد و در حامل بیانی pet28a(+)، همسانه گردید. پلاسمید نوترکیب در باکتری e.coli dh5? تراریخت شد. به منظور تایید همسانه سازی ، از سلول های تراریخته، پلاسمید استخراج شد. پلاسمید استخراج شده به وسیله pcr آنالیز شد. سپس محصول pcr تعیین توالی گردید. پلاسمیدهای نوترکیب دارای ژن hbs، به میزبان بیانی bl21 تراریخت شدند. برای بیان ژن hbs، کلونی های مثبت در محیط کشت lb دارای ?g/?l50 کانامایسین، کشت داده شدند. سپس iptg (mm1) به عنوان القاگر به محیط کشت افزوده شد. برای اطمینان از بیان ژن همسانه شده، sds-page انجام شد و محصول kd11 پروتئین نوترکیب مشاهده گردید. پروتئین نوترکیب با ستون ni-nta تخلیص گردید. در این مطالعه، با موفقیت ژن hbs همسانه و بیان شد و پروتئین نوترکیب تخلیص گردید.

به دلیل سرایت عفونت های میکروبی از راه آب آلوده به استفاده کنندگان از آبهای ساحلی، تعیین کیفیت آنها حائز اهمیت می باشد. این امر توسط سنجش تراکم میکروارگانیسم های شاخص انجام می پذیرد. به دلیل شوری 5/3 درصدی آب دریا و از بین رفتن e. coli (شاخص اصلی آلودگی میکروبی) در حضور این غلظت از نمک، بسیاری از استانداردها به وجود این باکتری و سویه های بیماریزای آن اهمیت نمی دهند. ولی دریای خزر به عنوان بزرگترین دریاچه شور جهان یکی از موارد استثناست و با داشتن میانگین حدود 1% نمک در آبهای سواحل جنوبی باید مستقل از دیگر آب های دریایی مطالعه گردد. لذا با توجه به اهمیت این باکتری در تعیین کیفیت آب، در این تحقیق ردیابی سلول های زنده و dna باکتری e .coliدرآبهای ساحلی ایستگاه رادیو دریای شهر چالوس در یک آکواریوم به عنوان مدل تجربی مورد مطالعه قرار گرفت. حضور این باکتری و مدت زمان بقای آن در سه دوره در تاریخ های 19/9/86 و20/2/87 و 17/8/88 بررسی شد. برای جدا کردن باکتری ها از روش فیلتراسیون غشایی استفاده شد. کلیه ی نتایج وجود باکتری e. coli در آبهای ساحلی ایستگاه رادیو دریای شهر چالوس را تأیید نمود. بنابراین این باکتری می تواند به عنوان یک شاخص آلودگی مدفوعی در جهت تعیین سلامت میکروبی آبهای این منطقه مورد استفاده قرار گیرد. در یکی از نمونه های دارای ذرات شن و ماسه معلق، تعداد این باکتری حتی بعد از گذشت 45 روز به صفر نرسید که دلیل آن را می توان در جدا شدن باکتری های بیوفیلم و شناوری آنها در آب جستحو کرد. در سایر نمونه ها تراکم باکتری e. coli به ترتیب از ml100/cfu 103 ×9 و 104 ×1 بعد از 10 و 6 روز به کمتر از ml100/cfu 100 × 1 کاهش یافت. با توجه به حضور مستمر این باکتری در آبهای سواحل جنوبی خزر و از بین رفتن آن طی یک دوره زمانی در مدل که به خاطر توان خودپالائی آب دریا می باشد، می توان نتیجه گرفت که در این منطقه از دریای خزر همواره آلودگی وجود دارد. در دور سوم نمونه گیری توان بازیافت سلول های زنده ولی غیر قابل کشت باکتری e. coli با غنی سازی محیط کشت و تیمار دمایی بررسی گشت و نتایج به دست آمده حاکی از آن است که به عدم توانایی احیاء مجدد چنین سلول هایی باید به دیده ی تردید نگریست. ردیابی مستقیم سلول زنده ولی غیر قابل کشت باکتری e. coli با تکنیک pcr و به کارگیری پرایمر اختصاصی e. coli طراحی شده از ژن uid a انجام شد. پس از آنکه تراکم سلول های قابل کشت باکتری به کمتر از ml100/cfu 100 × 1 رسید، در همین حجم وجود dna باکتری e. coli با روش pcr نشان داده شد. مطالعه موردی نشان داد که مولکول های dna این باکتری در زمانی کوتاهتر از یک هفته قابل ردیابی است. البته دریافت پاسخی مطمئن در این رابطه نیازمند مطالعات بیشتر است.

چکیده آرشیو ها و کتابخانه ها در سر تا سر دنیا از مشکل فرسودگی کتاب ها و دست نوشته ها که در اثر فعالیت میکرو ارگانیسم ها به ویژه قارچ ها ایجاد می شوند، دچار خسارت می گردند. با استفاده از روش های وابسته به کشت ، تنها بخشی از موجود ها قابل شناسایی هستند و به دلیل دانش ناقص از عوامل دخیل در فرسودگی زیستی، حفاظت و نگهداری از آثار تاریخی مکتوب دارای مشکلات زیادی است. در این پژوهش از نمونه های کاغذ با ترکیبات و قدمت مختلف موجود در کتابخانه ملی ایران نمونه برداری گردید و برای شناسایی اجتماعات قارچی آن ها از روش های وابسته به کشت استفاده شد. در روش های کشت از تمامی نمونه های کاغذ مورد مطالعه آلودگی قارچی جدا گردید، بیشترین فراوانی قارچی در این نمونه ها متعلق به جنس های penicillium ,aspergillus و chaetomium بود. این سه جنس فراوانترین جنس های قارچی در فرسودگی زیستی کاغذ به شمار می آیند

چکیده اینتگرون ها از عناصر متحرک ژنتیکی هستند که قادرند ژنهای مقاومت به آنتی بیوتیک های مختلف را حمل نمایند. در میان کلاس های مختلف اینتگرون، اینتگرون کلاس i در ایجاد و انتقال مقاومت های آنتی بیوتیکی مهمتر و دارای فراگیری بیشتری می باشد. نقش اینتگرون ها در بوجود آوردن مقاومت های چندگانه آنتی بیوتیکی نیز ثابت شده است.از طرفی دیگر، کلبسیلا پنومونیه از عوامل مهم عفونت های بیمارستانی و مقاومت های داروئی می باشد. لذا با توجه به اهمیت ژن اینتگرون کلاس i در مقاومت های دارویی و نقش کلبسیلا پنومونیه در عفونت های بیمارستانی، این پژوهش جهت بهینه سازی تکنیک pcr برای بررسی ملکولی دقیق تر اینتگرون کلاس i سویه های کلبسیلا پنومونیه در جهت طراحی کیت تشخیصی می باشد. این مطالعه بر روی سویه های استاندارد atcc1029 klebsiella pneumoniae به عنوان اینتگرون مثبت (c+)و pneumoniae atcc1053 klebsiella به عنوان اینتگرون منفی (c-) و 30 نمونه کلبسیلا پنومونیه جدا شده از محیط و تجهیزات بخش مراقبت های ویژه بیمارستان شهید بهشتی بابل انجام شد. پس از جداسازی و شناسایی کامل باکتری ها، برای بررسی الگوی حساسیت و مقاومت به آنتی بیوتیک های سیپروفلوکسازین، سفازولین، سفتریاکسون، سفتی زوکسیم، سفپیم، سفوتاکسیم، آمیکاسین، اوفلوکسازین، ایمی پنم، تیکارسیلین وجنتامایسین ، تست حساسیت به روش دیسک دیفیوژن صورت گرفت. پس از انجام تست حساسیت، درصد مقاومت به آنتی بیوتیک های فوق به ترتیب 60، 6/86، 3/83، 90، 90، 90، 6/36، 6/56، 60، 6/86 و 6/86 بدست آمد. استخراج dna انجام گردید. ژن اینتگرون کلاس i با استفاده از برنامه pcr و پرایمر بدست آمده از مقالات، تشخیص داده شد. سپس یک جفت پرایمر جدید برای ناحیه inti ژن اینتگرون کلاس i طراحی گردید و pcr مجدد برای تمام سویه های کلبسیلا پنومونیه با این پرایمر طراحی شده انجام شد. با استفاده از پرایمر اولیه، از 30 سویه کلبسیلا پنومونیه جدا شده از icu، 11 سویه (6/36درصد) دارای ژن اینتگرون کلاس i بودند. بهترین دمای annealing برای این پرایمر، که در مقالات 55 درجه سانتی گراد گزارش شده بود، 53 درجه سانتی گراد بدست آمد. با استفاده از پرایمر جدید طراحی شده، از 30 سویه فوق، در 18 مورد (60 درصد) ژن اینتگرون کلاس i شناسایی شد که 11 مورد شناسایی شده با پرایمر اول را نیز در بر می گیرد. نتایج این مطالعه نشان می دهد با استفاده از پرایمر جدید و بهینه سازی صورت گرفته ، می توان درصد بیشتری از سویه های کلینیکی کلبسیلا پنومونیه دارای ژن اینتگرون کلاس i را، در مقایسه با پرایمر موجود، شناسایی کرد. از آنجایی که اینتگرون کلاس i نقش مهمی در ایجاد و انتقال مقاومت آنتی بیوتیکی دارد، شناسایی موارد بیشتر آنها با طراحی کیت های تشخیصی پزشکی حائز اهمیت می باشد. مقاومت آنتی بیوتیکی سویه های کلبسیلا پنومونیه جدا شده از محیط و وسایل icu بسیار بالا بوده که می تواند به دلیل مصرف بی رویه آنتی بیوتیک ها باشد. باید تدابیری اندیشیده شود تا از بروز و انتشار این عنصر مقاومت آنتی بیوتیکی جلوگیری گردد. واژه های کلیدی: کلبسیلا پنومونیه، اینتگرون کلاس i، مقاومت آنتی بیوتیکی، طراحی پرایمر، کیت تشخیصی

بسیاری از فعالیت های انسان پیامدهای غیرقابل جبرانی برای محیط زیست دارد. بطوریکه امروزه تخریب محیط زیست کل حیات کره زیست کره را تهدید می کند. خارج کردن ضایعات به روش ایمنی از محیط زیست انسان برای ادامه تمدن ضروری است. خاک واسطه برگشت مجدد این ضایعات محسوب می گردد. بنابراین حفاظت از خاک در جهت حفظ محیط زیست و ادامه حیات انسان ضروری است. برای پاکسازی خاک روش های متعددی وجود دارد که تکنیک گیاه پالایی یا پاکسازی گیاهی یکی از ارزانترین این روش هاست که علاوه بر حذف آلودگی خاک منجر به ایجاد فضای سبز می گردد. هدف از این پژوهش مطالعه سیستم ریشه ای ذرت در حذف آلودگی نفتی بود. برای این منظور رشد و سبز شدن ذرت در سه نوع خاک شامل: نوع اول گلدان های حاوی خاک همراه با غلظت 1-6% نفت خام، نوع دوم گلدان های حاوی غلظت 2% نفت خام ( p0= خاک شاهد، p1 = خاک حاوی غلظت 2% نفت خام و pf = p1 همراه با 500 میلی گرم آمونیوم نیترات و 50 میلی گرم پتاسیم دی هیدروژن فسفات ) و نوع سوم گلدان حاوی خاک آلوده پالایشگاه جنوب تهران ( c0 = خاک شاهد، c1 = حاوی خاک آلوده پالایشگاه و cf = c1 همراه با 25 میلی گرم پتاسیم مونو هیدروژن فسفات، 50 میلی گرم اوره و 15 میلی گرم سوپر فسفات) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که درصد سبز شدن در خاک های آلوده به نفت کاهش یافت. کاهش رشد، وزن تر و خشک گیاه و رنگیزه های فتوسنتزی به دلیل کاهش هوادهی، رطوبت پذیری پایین و افزایش موادسمی در خاک آلوده به نفت مشاهده شد. همچنین اثر آلاینده های نفتی بر میزان برخی عناصر ماکرو مورد بررسی قرار گرفت. نتایج افزایش میزان سدیم، فسفر، منیزیم و کاهش پتاسیم را نشان داد. کاهش میزان پلی ساکارید ها در گیاهان رشد یافته در خاک آلوده به نفت مشاهده شد. میزان مالون دآلدهید در برگ وریشه گیاهان رشد یافته در خاک pf نسبت به دو تیمار دیگر افزایش یافت. این امر در مورد میزان پرولین در ریشه نیز مشاهده شد، اما وضعیت در برگ برعکس بود. میزان ترکیبات فنلی در برگ گیاهان رشد یافته در خاک pf افزایش نشان داد و در ریشه گیاهان رشد یافته در خاک آلوده کاهش میزان ترکیبات فنلی و فلاونوئید مشاهده شد. میزان پروتئین در گیاهان رشد یافته درخاک آلوده افزایش یافت. فعالیت آنزیم پراکسیداز درگیاهان رشد یافته در خاک آلوده افزایش نشان داد. این امر در مورد آنزیم سوپراکسید دیسموتاز برعکس بود. شمارش باکتری های ناحیه ریزوسفر کاهش تعداد باکتری ها را در خاک p1 و pf نسبت به p0 نشان داد. مقاوم ترین باکتری به نفت خام شناسایی شد و بررسی ها با آنالیز فیلوژنتیکی s rrna 16 نشان داد که این باکتری مربوط به جنس brachybacterium sp. می باشد.

پراکسیداز (pod; ec 1.11.1.7) اکسیدوردوکتازی است که بطور گسترده در اکثر موجودات زنده وجود دارد. پراکسیدازها را می توان به عنوان آنزیم های دو عملکردی در نظر گرفت که تعداد زیادی از گهرمایه ها را در حضور h2o2 اکسید می کنند. پراکسیدازهای گیاهی در طیف وسیعی از فرآیندهای فیزیولوژیکی مانند حذف پراکسید هیدروژن و اکسیداسیون ترکیبات سمی شرکت می کنند. هدف از این پژوهش تخلیص جزئی و بررسی ویژگی های سینتیکی آنزیم پراکسیداز ساقه کلم قمری (brassica oleracea gongylodes) بعنوان یک منبع غنی از پراکسیداز بود. نتایج نشان داد ph بهینه فعالیت این آنزیم 5 بود و در محدوده ی 8-4 ph بیش از 50% از فعالیت خود را حفظ کرده بود. دمای بهینه آنزیم °c 30 بود و آنزیم در دمای °c 45-4 نسبتاً پایدار بود. مقادیر km و vmax برای گایاکول به ترتیب mm 9 و u/ml 3 و برای h2o2 به ترتیب mm 06/0 و u/ml 313/0 محاسبه شد. وزن مولکولی آنزیم با روش sds-page حدود kda 3/39 برآورد شد. فعالیت آنزیم در حضور co2+، cu2+، آسکوربیک اسید، ?-مرکاپتواتانول، دی تیوتریتول و سیستئین بشدت کاهش یافت، اما ag+، mg2، ni2+ و zn2+ اثر مهار کننده کمتری داشتند. اثر مهارکننده nacn روی فعالیت آنزیم پراکسیداز ساقه کلم قمری بیشتر از اثر nan3 بود. در این تحقیق همچنین حذف دو ترکیب 2-کلروفنل و 4،2-دی کلروفنل با روش پلیمریزاسیون کاتالیز شده توسط پراکسیداز و با استفاده از آنزیم خالص شده کلم قمری مورد آزمون قرار گرفت. نتایج نشان داد که با تغییر مقدار h2o2 و آنزیم در مخلوط واکنش تا رسیدن به غلظت بهینه می توان کارآیی حذف ترکیبات فنلی را افزایش داد، افزودن peg، sds و edta نیز به این امر کمک می کرد. در بخش سوم، ظرفیت گیاه پالایی 2-کلروفنل توسط ذرت خوشه ای (sorghum bicolor) و کلزا (brassica napus) مورد مطالعه قرار گرفت. تغییرات مورفولوژیکی متعددی در ساختار ریشه و اندام هوایی (بویژه پوست) گیاهان فوق مشاهده شد. همچنین در گیاهان تیمار شده، محتوای رنگیزه های فتوسنتزی کاهش و محتوای قندهای احیاء کننده و پلی ساکاریدی افزایش یافت. همچنین بررسی فعالیت کمی و کیفی آنزیم های pod، ppo، sod و cat نشان دهنده ی افزایش فعالیت این آنزیم ها در گیاهان تحت تنش ترکیبات فنلی است.

dna پلیمراز ها از آنزیم های مهم و اساسی در حفظ، همانندسازی و انتقال اطلاعات ژنتیکی در تمام ارگانیسم ها می باشند..dna پلیمراز ها کاربرد های فراوانی در بیولوژی مولکولی، به ویژه در pcr و توالی یابی دای دی اکسی دارند. شناسایی taq polymerase انقلابی در بیولوژی مولکولی به وجود آورد. از آن پس تحقیقات در این زمینه جهش چشمگیری پیدا کرد و dna پلیمراز های مقاوم به حرارت مختلفی برای دست یابی به آنزیمی با ویژگی های مطلوب مورد مطالعه قرار گرفتند. مطالعه حاضر نیز با هدف آشکار سازی ظرفیت بالقوه و تعیین ویژگی های dna پلیمراز های مقاوم به حرارت یوباکتر های جمع آوری شده از چشمه های آب گرم اردبیل انجام گرفت. با توجه به ناشناخته بودن سویه های بومی، سویه های مورد مطالعه به روش فیلوژنی مولکولی با استفاده از توالی ژن 16s rdna تعیین هویت شدند. بررسی ها نشان دادند که سویه های مورد مطالعه به جنس geobacillus تعلق دارند. سپس با استفاده از توالی بخش های حفاظت شده این ژن در باسیلوس های گرما دوست گوناگون، پرایمر هایی برای شناسایی دامنه های مختلف این ژن در سویه های بومی طراحی گردید. آنالیز توالی ها و دامنه ها در 8 سویه مورد مطالعه نشان داد که این آنزیم به خانواده a آنزیم های dna پلیمراز تعلق دارد و دارای دامنه 5’به3’ اگزونوکلئازی و فاقد دامنه 3’به 5’ اگزونوکلئازی می باشد. در مرحله بعد عصاره سلولی این باکتری ثهیه و در واکنش pcr جایگزین taq پلیمراز گردید. نتایج نشان داد که آنزیم dna پلیمراز موجود در عصاره سلولی توانایی انجام واکنش pcr را دارد.

میکروارگانیسم ها عامل تخریب زیستی اشیاء فرهنگی در حوزه های هنر و نوشتاری محسوب می شوند. در این بین قارچ ها به دلیل توانایی بالا در تولید انواع آنزیم های تجزیه کننده از اهمیت به سزایی برخوردارند. آنچه که مسلم است نگهداری و مرمت آثار باستانی بدون اطلاعات کافی از عوامل تخریب کننده ممکن نیست. روش های جداسازی و طبقه بندی متداول کلاسیک، وقت گیر و خسته کننده اند و شناسایی دقیق در سطح گونه با استفاده از آنها مشکل خواهد بود. تحقیقات در زمینه بکارگیری روش های مولکولی برای تعیین گونه های درگیر در این تخریب ها در حال انجام است. این روش ها به حداقل مقدار نمونه برای شناسایی دقیق ارگانیسم ها نیاز دارند و بالقوه روشی غیر مخرب برای نمونه های حساس به شمار می روند. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک در ترکیب با روش های مولکولی به گسترش اطلاعات بیولوژی مولکولی قارچ ها می انجامد. هدف از انجام این پژوهش، شناسایی و بررسی قارچ های تخریب کننده ی نسخ خطی قدیمی متعلق به کتابخانه ملی ایران، و مقایسه ساختار عوامل تخریب (آنزیم ها) در سه نمونه انتخابی بود. برای این منظور پس از کشت نمونه ها و خالص سازی dna، تکثیر و سپس تعیین توالی ناحیه its، انجام rflp بر روی باند حاصل و هم چنین rep-pcr برای شناسایی آنها انجام شد. در نتیجه این، 15 نمونه متعلق به جنس های penicillium، aspergillus، chaetomium، alternaria و thanatephorus تعیین هویت شدند. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی و بررسی میزان بیان ژن رمز کننده سلوبیوهیدرولازi در حضور کاغذ به عنوان تنها منبع کربن، نقش این آنزیم به عنوان یکی از عوامل موثر در تخریب ثابت شد. با بکارگیری یک تکنیک ساده و موثر برای دستیابی به توالی کامل ژن، که تجربه جدیدی در زمینه سلولازهای قارچی موثر بر کاغذ بود، سه عضو جدید از خانواده سلولازها متعلق به سه قارچ penicillium granulatum، chaetomium murorum و alternaria japonica، با صرف وقت و هزینه بسیار کمتر نسبت به سایر روش های معمول، معرفی شدند. مقایسه توالی آمینواسیدی این آنزیم، ساختار چند قسمتی معمول و جعبه های محافظت شده در دومین کاتالیتیک سلوبیوهیدرولازها را در هر سه مورد نشان داد.

امروزه فراژنگان شناسی(metagenomics) ، به منظور کشف ژن ها و عملکردهای ناشناخته و منحصر به فرد در جمعیت های میکروبی، شامل انواع قابل کشت و غیرقابل کشت، کاربرد بسیار دارد. از جمله زمینه های بررسی فراژنگان شناسی، پاک سازی زیستی است که در آن تنوع پیچیده میکروبی نواحی آلوده، فرصتی را برای طراحی راهبردهای مختلف بوجود می آورد. یکی از زمینه های مناسب در پاکسازی زیستی، بررسی ژن های مربوط به مسیر تجزیه ترکیبات آلاینده آروماتیک از جمله فنل است. هسته مرکزی تمام حدواسط های دی هیدروکسیله در آن ها، کتکول است که البته سمیت کتکول با شکست حلقه بنزنی توسط دی اکسیژنازها به مراتب کاهش می یابد. در واقع دی اکسیژنازهای تجزیه کننده کتکول، به دو گروه اینترادیول دی اکسیژناز و اکسترادیول دی اکسیژناز تقسیم می شوند. بر این اساس، در این مطالعه از نواحی حفاظت شده ژن کتکول 1و2 دی اکسیژناز }(1,2-ctd(cd03460 { به عنوان یک اینترادیول دی اکسیژناز، در بررسی فراژنگانی استفاده شد. در جهت دستیابی به توالی های این ژن در جمعیت های میکروبی، از توالی های ذخیره شده این ژن در پایگاه های اطلاعاتی، که بیشتر برپایه جمعیت های قابل کشت جمع آوری شده است، پرایمرهایی برای انجام pcr طراحی شدند. توانایی این پرایمرها به عنوان نشانگرهای مولکولی، ابتدا بر روی جدایه های قابل کشت غربال شده از مناطق آلوده به نفت، آزمایش و برپایه آن مسیر کلی مطالعه فراژنگانی طراحی شد. به این ترتیب، یکی از جفت پرایمرهای طراحی شده، قطعه مورد نظر را در تمام جدایه تکثیر کرد که به کمک پرایمر پس رو آن، mrna ژن کتکول 1و2 دی اکسیژناز از یک جدایه معمول در اغلب ایستگاه ها، استخراج و سپس cdna آن تهیه شد. توالی این جدایه با ژن (1,2-ctd(cd03460 در pseudomonas stutzeri dsm 4166، %93 شباهت نشان داد. سرانجام، مطالعه فراژنگان شناسی با انتخاب ایستگاه مناسب در بررسی تنوع زیستی با rep-pcr و تعیین توالی s rdna16 جدایه ها و سپس استخراج غیرمستقیم mrna جمعیت میکروبی، پیگیری شد. بنابراین با انجام rt-pcr توسط پرایمرهای مشخص شده، cdna اختصاصی جداسازی و کتابخانه فراژنگانی ساخته شد. در نهایت یکی از کلنی ها برای ارزیابی درستی کتابخانه، توالی یابی شد که 87% به ژن (1,2-ctd(cd03460 در pseudomonas aeruginosa dk2 شبیه بود. این نتایج نشان می دهد کتابخانه ساخته شده بالقوه می تواند امکان رسیدن به توالی های جدید ژن(1,2-ctd(cd03460 را فراهم سازد و افزون بر آن، پرایمرهای طراحی شده می توانند به عنوان نشانگرهای باکتریایی ژن مذکور به کار گرفته شوند.

چکیده: تجزیه ناپذیری مواد مورد استفاده در بسته بندیهای مواد غذایی یکی از بزرگترین مشکلات جامعه ی امروزی است. از این رو استفاده از پلیمرهای زیستی در جهت حذف این مشکل قابل توجه میباشد. پلیمرهای زیستی نسبت به پلیمرهای شیمیایی و سنتزی از نظر خواص مکانیکی سطح کیفیت پایینتری دارند، اما با استفاده از صنعت نانوتکنووژیی می توان این مشکل را حل نمود. نانوذرات به همراه پلیمرهای زیستی هم در جهت بهبود خواص مکانیکی این فیلم ها و هم درجهت کنترل آلودگیهای میکروبی به علت خاصیت ضدمیکروبی آ نها در صنعت بسته بندی مواد غذایی استتفاده می - گردند. از طرفی پروبیوتیکها به علت خواص درمانی و اثرات سلامت بخش، در صنایع غذایی در تعداد مشخصی استتفاده می شوند. هدف از این پژوهش بررسی تأثیر برخی نانوذرات وفیلم زیستی بر باکتریهای بیماری زا با منشأ غذا و باکتری- های پروبیوتیک میباشد. در این پژوهش از نانوذرات نقره، کیتوزان و نانوماده تیتانیویم دی اکسید و فیلم کیتوزان استفاده گردید. خاصیت ضد میکروبی آ نها، با سنجیدن کمترین غلظت بازدارنده رشد وکمترین غلظت کشتنده رشتد بر روی باکتری هتای بیماری زا با منشتأ غذا staphylococcus aureus ptcc 1431 و listeria monocytogenes ( و باکتریهای پروبیوتیک همچون lactobacillus plantarum atcc 8014, lactobacillus fermentom atcc 9338 ، lactobacillus casei atcc 39392 سنجیده شد. آ نگاه تأثیر نانوذرات نام برده و فیلم در مدت زمان 24 ستاعت، 7 و 15 روز بر علیه تعداد باکتریهای پروبیوتیک و برخی خواص پروبیوتیکی مقاومت به ph های اسیدی مختلف، مقاومت به نمک صفراوی، خاصیت ضدمیکروبی) و مقاومت آنتی بیوتیکی آ نها با احتمال p?0/05 و حذف پلاستمیدی مورد بررسی قرارگریت. در بخشی دیگر اثر ضدمیکروبی نانو ذرات نقره،کیتوزان و نانو ماده تیتانیویم دی اکسید( و فیلم کیتوزان بر پروبیوتیکها درحضور پریبیوتیکها سنجیده گردید. نتایج نشان داد که پروبیوتیتک ها مقاومتت بیشتری نسبت به خاصیت ضدمیکروبی نانوذرات نقره، کیتوزان و نانو ماده تیتانیویم دی اکسید( و فیلم کیتوزا نسبت به باکتریهای بیماریزا با منشأ غذا داشته اند. از میان خواص پروبیوتیکی مقاومت به اسید و صفرا بیشتر تحت تأثیر نانوذرات قرارگرفته، خاصیت ضدمیکروبی تغییری نکرده و تنها الگوی مقاومت به جنتامایسین در لاکتوباسیلوس کازئی از حاوت مقاوم به این آنتی بیوتیک به حاوت حد واسط در رابطه با پیش تیمار با نانوذره نقره دیده شد. فیلم کیتوزان نیز به مراتب تاثیرضدمیکروبی کمتری نسبت به نانوذرات روی تعداد و خواص پروبیوتیکها نشان داد. در بخشی دیگر مشخص گردید اثرضدمیکروبی نانوذرات و فیلم کیتوزان بر روی پروبیوتیکها در حضور پری بیوتیتک ها کاهش یافت . در پی مطالعات مولکولی این نتیجه حاصل شد که تنها نانوماده تیتانیویم دی اکسید با اندازه 21 نانومتر در مدت زمان قرارگیری 7 و 15 روز قابلیت حذف پلاسمید موجود در لاکتوباسیلوس کازئی atcc 39392 را دارد.

برای بررسی بیان ژن های cslyc و csbch دخیل در سنتز کروسین در کالوسهای حاصل از جداکشت خامه و گلپوش زعفران crocus sativus از تکنیک واکنش زنجیره پلی مرازی نسخه برداری معکوس (rt-pcr) استفاده شد. این روش بر روی کالوس های حاصل از جداکشت خامه و گلپوش غنچه گلی زعفران سه مزرعه شاهرود، مردآباد کرج و تربت حیدریه انجام شد و در نهایت نتایج حاصل به لحاظ شدت بیان ژن ها از تکنیک synchronize با یکدیگر مقایسه شدند، در کالوس حاصل از جداکشت خامه و گلپوش گلی مزرعه شاهرود بیشترین شدت بیان و در مزرعه مردآباد کمترین شدت بیان دیده شد. جهت تفسیر علت بیان تفاوت در بیان این ژن ها چندین عامل را مورد بررسی قرار دادیم. در ابتدا نوع بافت خاک، یون های سدیم و پتاسیم موجود در خاک و هدایت الکتریکی خاک (ec) مورد آزمایش قرار گرفتند. نتایج حاکی از آن بود که خاک مزرعه شاهرود با داشتن میزان یون های سدیم بیشتر و پتاسیم کمتر و همپنین میزان ec بیشتر نسبت به خاک مزارع تربت حیدریه و سپس مردآباد کرج دارای تنش شوری بیشتری بود. بافت خاک هر سه مزرعه از نوع رس-شنی بود. با توجه به مطالعات بالا برخی از شاخص های تنش نیز در کالوس خامه و گلپوش ها، خامه و گلپوش های in vivo و بنه های مربوط به گل زعفران هر مزرعه مورد مطالعه قرار گرفتند. میزان پراکسیداسیون لیپیدها و محتوای پرولینی و همچنین آنزیم ها ای آنتی اکسیدانی در بافت ها و اندام های مورد استفاده گل زعفران مزرعه شاهرود نسبت به تربت حیدریه و سپس مردآباد بیشتر بود. جهت بررسی بیشتر، میزان قندهای محلول و پلی ساکاریدی نیز در بنه و خامه و گلپوش های in vivo غنچه گلی هر منطقه نیز با یکدیگر مقایسه شدند. طبق آنچه که پیش بینی شد اندام های مربوط به غنچه گلی شاهرود بیشترین میزان قندهای احیایی و در مردآباد بیشترین میزان قندهای پلی ساکاریدی دیده شد. بر اساس مطالعات bouvier و همکاران در سال که 2003، به نظر می رسد علت بیان بیشتر دو ژنbch و lyc در کالوس حاصل از جدا کشت خامه و گلپوش شاهرود، اثر تنش شوری بر روی آن باشد. از سویی دیگر احتمال دارد با توجه به نمو کلاله زعفران in vivo که در طی آن قندهای پلی ساکاریدی مثل نشاسته به قندهای کوچکترتجزیه می شوند (grilli and canini, 2004)، می توان چنین استنباط نمود که علت بالاتر بودن شدت بیان ژن به ترتیب در منطقه شاهرود، تربت حیدریه و مردآباد کرج، احتمالاً قندهای احیایی حاصل از تجزیه پلی ساکارید نشاسته از سویی جهت کاهش اثرات نامطلوب تنش عمل کرده و تعادل اسمزی را در گیاه برقرار کرده، از طرفی دیگر به سمت مسیر تبدیل آمیلوپلاست به کروموپلاست رفته است.

زعفران مزروعی crocus sativus l. گیاهی علفی، پایا و تریپلوئید از خانواده بزرگ زنبقیان (iridaceae) است که از طریق رویشی بنه ها (corm) تکثیر می شوند. سه ترکیب اصلی از مشتقات کاروتنوئیدی زعفران، کروسین (رنگ)، گلیکوزید پیکروکروسین (طعم) و ماده معطر سافرانال (عطر) می باشند. تکنیک کشت بافت در شیشه، روش با ارزش برای تولید ساختار های کلاله مانند (slss) می باشد. در کلاله کامل زعفران (in vivo) کروسین از طریق مسیر موالونات و غیرموالونات بیوسنتز می گردد، بررسی مولکولی مسیر بیوسنتز رنگدانه درکلاله های (slss) بدست آمده از کشت جداکشت های مختلف گل نارس زعفران موجب تأیید وجود این مسیر در شیشه بود. در این پژوهش بنه ها با جوانه های ناقص گلی و خاک اطراف آن ها از مزارع سه منطقه (شاهرود، تربت حیدریه و مردآباد کرج) جمع آوری شدند. کشت بافت تخمدان و گلپوش در محیط ms حاوی هورمون های naa و bap (mg. l-1 10) صورت گرفت. بعد از چندین واکشت به مرحله تولید ساختار کلاله مانند قرمز رنگ رسیدند. بیان دو ژن اصلی مسیر موالونات یعنی lycopene ?-cyclase (lcy) که تشکیل بتا کاروتن دو حلقه ای را از لیکوپن کاتالیز می کند و ژن ?-carotene hydroxylase (bch) که باعث هیدروکسیلی شدن بتاکاروتن و تبدیل آن به زآگزانتین می شود، در کالوس های حاوی slss به روش نیمه کمی rt-pcr با هم مقایسه شدند. بیشترین بیان در کالوس تخمدان و کالوس گلپوش شاهرود و کمترین آن در مردآباد مشاهده گردید. به علاوه خاک هر سه منطقه از لحاظ عناصر سدیم و پتاسیم تبادلی و محلول، نوع بافت خاک و هدایت الکتریکی آن ها نیز مورد آزمایش قرار گرفت. خاک شاهرود با بیشترین میزان سدیم محلول و تبادلی نسبت به دو منطقه دیگر شورترین خاک (ec= 4.1 ds/m) و خاک تربت حیدریه و مردآباد نیز به ترتیب با ds/m2/3 و 6/2 ec= در محدوده خاک با شوری ناچیز قرار گرفتند. بنابراین به نظر می رسید بنه ها و جوانه های گلی منطقه شاهرود با بیشترین تنش شوری مواجه بودند و این تنش در شدت بیان ژن های مسیر بیوسنتز کروسین نقش القا کننده داشته است. برای تأیید شدت تنش، میزان پرولین آزاد، محتوای مالون د آلدئید، قند های احیا کننده و پلی ساکارید ها درنمونه های بنه، تخمدان و کالوس حاصل از کشت تخمدان، گلپوش و کالوس حاصل از کشت سه منطقه با هم مقایسه شدند. نتایج نشان دهنده بیشترین مقدار پرولین، مالون دی آلدئید، و قند احیا کننده در نمونه های شاهرود بود. به علاوه فعالیت آنزیم های آنتی اکسیدانی sod, pod, cat به روش الکتروفورز نیز افزایش فعالیت این آنزیم ها را در نمونه های تحت تنش شوری شاهرود تأیید کرد.

فرایند وارونویسی (reverse transcription)همراه با ازدیاد (rt-pcr) dna روش قوی مولکولی است که برای تشخیص، تعیین کمیت و بررسی بیان ژن و ویروس های rna دار، کاربرد بسیاری دارد. کارایی این واکنش ها بیشتر به ویژگی های مولکولی آنزیم های وارونوشتاز(reverse transcriptase) موجود وابسته است. ساخت cdna در دمای بالا مزیت های بسیاری دارد از جمله حذف ساختارهای دوم rna و بنابر این وارونوشتازهای پایـدار حرارتی، ابزار مهمی برای ساختcdna با طول کامل شناخـته شده اند. در این بـررسی، dna ژنـومی از باکتـری گرمادوسـت geobacillus stearothermophilus strain10 جداسازی و برای شناسایی ژن trt که محصول orf آن پروتئینی با توانمندی وارونویسی است، به کار گرفته شد. این orf شبیه orfهای دیگر از اینترون های گروه ii باکتری هاست. یک جفت پرایمر طراحی شده، برای تکثیر و همسانه سازی ژن trt در پلاسمید ptz57r/t استفاده شد و پس از تعیین توالی برای تایید هویت آن، به پلاسمید pet-28a منتقل شد . ژن trt در میزبان هترولوگ escherichia coli بیش بیان گردید و محصول پروتئین آن پس از خالص سازی، در واکنش rt-pcr در دمای °c70 استفاده شد.

زعفران مزروعی crocus sativus l. گیاهی علفی، پایا و تریپلوئید از خانواده بزرگ زنبقیان (iridaceae) است که از طریق رویشی بنه ها (corm) تکثیر می شوند. تکنیک کشت بافت در شیشه، روش با ارزش برای تولید ساختار های کلاله مانند (slss) می باشد. در کلاله کامل زعفران (in vivo) کروسین از طریق مسیر موالونات و غیرموالونات بیوسنتز می گردد. در این پژوهش جوانه های ناقص گلی و خاک اطراف آن ها از مزرعه قائن جمع آوری شد. کشت بافت گلپوش در محیط ms حاوی هورمون های naa و bap (mg. l-1 10) صورت گرفت. بعد از چندین واکشت به مرحله تولید ساختار کلاله مانند قرمز رنگ رسیدند. برای بررسی بیان ژن cszcd ، رمزگذار آنزیم زآگزانتین کلیواژ 7، 8 (´7، ´8) دی اکسیژناز و تولید کننده کروستین دی آلدهید در کالوس گلپوش، از تکنیک واکنش زنجیره پلی مرازی نسخه برداری معکوس (rt-pcr) استفاده شد. نتایج حاصل به لحاظ شدت بیان ژن با تکنیک synchronize مقایسه شدند و در نهایت محصول pcr ژن نام برده نیز توالی یابی گردید. بیشترین بیان ژن در کالوس گلپوش شاهرود و کمترین آن در قائن مشاهده گردید. با توجه به آنکه جداکشت های هر سه منطقه در شرایط کاملا یکسان به مدت شش ماه کشت داده شدند این اختلاف بیان ژن دلیلی بر تائید نظریه "اپی ژنیک" است که waddington در سال 1939 مطرح کرد که تائیدی بر تاثیر عوامل محیطی بدون اثر بر توالی اصلی dna به روی بیان ژن است که می تواند به نسل بعد نیز منتقل گردد. به همین منظور خاک منطقه قائن از لحاظ عناصر سدیم و پتاسیم تبادلی و محلول، نوع بافت خاک و هدایت الکتریکی(ec) آن نیز مورد آزمایش قرار گرفت. نتایج حاکی از آن بود که بنه ها و جوانه های گلی خاک منطقه قائن با تنش شوری بسیار کمی مواجه بودند. بر خلاف انتظار تحت تنش نبودن خاک این منطقه، بر روی بیان ژن cs zcd اثر عکس داشت، که این نتیجه می تواند با مشاهدات bouvier و همکاران در سال 2002 که درباره اثر مثبت تنش خشکی بر روی بیان ژن cszcd بدست آورند، همخوانی داشته باشد . از آنجا که مشخص شد این تنش در شدت بیان ژن cszcd در منطقه قائن نقش منفی داشته است. برای تأیید میزان پرولین آزاد، محتوای مالون د آلدئید، قند های احیا کننده و پلی ساکارید ها درنمونه های خامه، تخمدان و کالوس حاصل از کشت تخمدان، گلپوش و خامه حاصل از کشت منطقه قائن سنجیده شد. نتایج نشان دهنده مقدار پرولین، مالون دی آلدئید، و قند احیا کننده بسیار کمی در نمونه های قائن بود. به علاوه فعالیت آنزیم های آنتی اکسیدانی پراکسیداز و آنزیم مالات دهیدروژناز به روش الکتروفورز نیز کاهش فعالیت این آنزیم ها را در نمونه های قائن تأیید کرد.

enterococcus کوکسی گرم مثبت ، بی هوازی اختیاری و بدون اسپور می باشد که در محیط های مختلفی شامل مجاری روده ای انسان، خاک ، گیاهان و آب یافت می شود. e. faecium از گونه های معروف آن است و به جهت مقاومت آنتی بیوتیکی از اهمیت بالایی برخوردار است. توانایی تشکیل بیوفیلم روی سطوح زنده یکی از عوامل مهم بیماریزایی در این باکتری محسوب می شود. انتروکوکوس با تشکیل بیوفیلم در اندوکاردیت، عفونت مجاری ادراری، عفونت های ریشه دندانی و عفونت های چشمی دخیل است. امروزه استفاده از مواد ضدمیکروبی جدید که باعث حذف بیوفیلم و یا ممانعت از تشکیل بیوفیلم و نیز کاهش مقاومت آنتی بیوتیکی می گردند بسیار حائز اهمیت است. در این پژوهش به بررسی اثر عصاره ی بدون سلول تعدادی از باکتری های پروبیوتیک بر روی بیوفیلم ، حذف پلاسمید مقاومت (plasmid curing) و مقاومت آنتی بیوتیکی e. faecium پرداخته شد. با بررسی تأثیر عصاره ی بدون سلول آنها بر روی بیوفیلم اثبات شد که عصاره ی بدون سلول l. rhamnosus بر روی ممانعت از تشکیل بیوفیلم و حذف بیوفیلم نسبت به عصاره ی بدون سلول l. casei تأثیر بیشتری دارد. در بخش مربوط به حذف پلاسمیدی ، به بررسی اثر عصاره ی بدون سلول دو باکتری فوق بر روی حذف پلاسمیدی در این گونه پرداخته شد و نتایج حاکی از آن است که بخش شناور هیچ گونه اثری در حذف پلاسمید و کاهش مقاومت از این طریق نداشته است. در ادامه تأثیر بخش شناور این پروبیوتیک ها بر کاهش میزان مقاومت آنتی بیوتیکی در e. faecium مورد ارزیابی قرار گرفت و نتایج حاصل اثبات کننده ی این موضوع بودند که پیش تیمار سویه های e. faecium با غلظت (1/8 submic ( از بخش شناور پروبیوتیک ها موجب کاهش مقاومت آنها نمی شود.

تخریب فلزات ناشی از فعالیت میکروبی ، خوردگی زیستی (biocorrosion) یا خوردگی تحت تاثیر میکروب ها (mic: microbiologically influenced corrosion) نامیده می شود که نتیجه ی برهم کنش های بین سطوح فلزات و سلول های باکتریایی و نیز متابولیت های آن ها می باشد. با دانستن وقایعی که منجر به این پدیده می شوند می توان با استفاده از عوامل بازدارنده ی آن ها با خوردگی مبارزه نمود.اکثر تحقیقات خوردگی زیستی به تأثیر شدید بیوفیلم های تک گونه ای یا چندگونه ای بر رفتارهای خوردگی آهن ، مس ، آلومینیم و آلیاژهای آن ها می پردازد. پیامدهای ایمنی و محیطی بازدارندگان خوردگی مورد استفاده در صنایع مختلف همیشه به عنوان یک نگرانی جهانی مطرح بوده است . بازدارندگان آلی خوردگی دوست دار طبیعت ، غیر سمی ، بی خطر ، ارزان ، تجدیدپذیر و در دسترس هستند که از جمل? آن ها میتوان به عصاره های گیاهی و نانوذره کیتوزان اشاره کرد. این پژوهش با تأکید بر باکتری های رسوب دهنده و غیراکسیدکنند? فلزی (mpnb) انجام شد. در این پژوهش پس از جداسازی باکتری های مورد نظر (pseudomonas sp. وmicrococcus sp.) از نمون? آب و فلز دارای خوردگی، و شناسایی بیوشیمیایی و ملکولی آن ها اثر عصار? گیاهان مورد، اکالیپتوس و پنیرک بر سلول های پلانکتونیک و بیوفیلم آن ها مورد بررسی قرارگرفت. همچنین اثر جدای? قوی تر از نظر تشکیل بیوفیلم (pseudomonas putida) بر فولاد ساد? کربنی به تنهایی و نیز به همراه این ترکیبات به عنوان بازدارند? خوردگی سنجیده شد. نتایج حاکی از آن است که از بین ترکیبات آلی مورد بررسی نانوذره کیتوزان و از بین عصاره های گیاهی، عصار? مورد دارای بیشترین اثر بر جدایه های مورد بررسی بودند. اما از بین این دو بازدارند? برتر، عصار? مورد در بازدارندگی خوردگی نتایج قابل توجه تری را نشان داد.

فیتاز ازجمله آنزیم های پرکاربرد در صنایع است که با هیدرولیز فیتات، فسفر محدود و دیگر مواد معدنی را در دسترس حیوانات تک معده قرار می دهد. باوجود منابع گسترده ی فیتاز، منابع میکروبی aspergillus یکی از قابل اعتمادترین منابع فیتاز برای استفاده به عنوان مکمل غذایی مشخص شده است؛ بنابراین در این پژوهش هدف، جداسازی قارچ های aspergillus قرار گرفت. قارچ های aspergillus از خاک مزارع کشاورزی و ضایعات مرغداری جداسازی و به روش ماکروسکوپی و میکروسکوپی شناسایی شدند؛ برای شناسایی جدایه های تولیدکننده آنزیم فیتاز، از محیط psm آگار حاوی 05/0% فیتات سدیم استفاده شد و مشاهده شد که همه ی جدایه ها قادر به هیدرولیز فیتات سدیم به عنوان سوبسترا محیط هستند و هاله شفاف اطراف کلنی در حال رشد تشکیل دادند. فعالیت جدایه ها در محیط مایع بررسی شد و جدایه برتر انتخاب و شناسایی مولکولی گردید؛ برای ارتقای سطح تولید آنزیم، شرایط فیزیکی و شیمیایی محیط کشت بهینه شد و تولید آنزیم در شرایط بهینه سنجش شد؛ نتایج نشان داد که تولید آنزیم در شرایط بهینه(u/l25/0) نسبت به شرایط اولیه(u/l14/0) افزایش پیداکرده است. مرحله ی بعد اسپور های قارچ در آلژینات سدیم 3% تثبیت شد و تأثیر آن بر تولید آنزیم مطالعه شد، این مرحله 3 بار تکرار شد، نتایج نشان داد که در هر سه مرحله اسپور های تثبیت شده نسبت به آزاد فعالیت فیتاز بیشتری را نشان دادند؛ و در مرحله ی دوم و سوم زمان کوتاه تری برای تجزیه ی کامل فیتات در محیط لازم بود. همچنین اسپور های قارچ بر روی ذرات خاک اره تثبیت و فعالیت فیتاز سنجش شد(u/l23/0) در پایان تولید فیتاز توسط فرآیند تخمیر بستر جامد مطالعه شد و مشخص شد که بستر ایده ال برای تولید فیتاز در این مطالعه سبوس گندم است.

چکیده pseudomonas مکانیسم اصلی مقاومت iv و ii تغییر در آنزیم هدف دارویعنی توپوایزومراز سلول باکتری نقش حیاتی دارند. این dna به فلوروکوئینولون ها، است که در تکثیر aeruginosa این آنزیم ها یعنی a تغییرات از طریق جهش در ناحیه تعیین کننده مقاومت 1 در ژن کدکننده زیرواحد رخ می دهد. parc و gyra ژن های در پژوهش حاضر، 73 جدایه از بیماران دارای عفونت زخم های سوختگی و 2 جدایه از نمونه های خون، ادرار و خلط بیماران بستری در بیمارستان قلب انتخاب و میزان حساسیت آنها به 0بررسی شد. mic و میکرودیلوشن براث برای تعیین kirby-bauer سیپروفلوکساسین با دو روش سپس جدایه های مقاوم جهت تشخیص جهش های دخیل در ایجاد مقاومت به آنتی بیوتیک مورد ارزیابی قرار گرفتند. توسط واکنش های زنجیره ای پلیمراز 0 تکثیر و سپس تعیین توالی parc و gyra ژن های qrdr شدند. در 2 % جدایه های مقاوم gyra جهش تبدیل اسید آمینه ترئونین به ایزولوسین در موقعیت کدون 37 33/5 % جدایه ها جهش تبدیل ، parc مشاهده شد در ژن ، mic?8?g/ml به سیپروفلوکساسین با 10 % جهش تبدیل سرین به تریپتوفان / سرین در موقعیت 33 . و 35 % جهش تبدیل سرین به لوسین و 5 val103val , ala118ala, در کدون 33 داشتند. هم چنین جهش های خاموش مختلفی نیز مانند مشاهده شد. parc در ala115ala و gyra در ala136ala, his132his parc و در thr 83 ile جهش ؛ gyra داده های این پروژه نشان می دهد که رایج ترین جهش در به parc است. در این مطالعه هیچ جهشی در ser 87 leu بویژه ، ser 87 leu/trp ؛ جهش تنهایی مشاهده نشد. در واقع جهش همزمان دو ژن، می تواند عامل اصلی مقاومت در سطح بالا به فلوروکوئینولون در بیماران مبتلا به زخم های سوختگی و عفونت های ادراری شود. نیز داشتند، که این parc داشتند، جهش در gyra که جهش در p. aeruginosa همه جدایه های می تواند نقش مهمی در افزایش سطح مقاومت ایفا کند. quinolone resistance-determining region(qrdr) 1 polymerase chain reaction(pcr) 0

خطر ابتلا به عفونت های متقاطع در حین اعمال پزشکی و دندانپزشکی، یکی از دغدغه های دیرین بیماران و کادر درمانی است. از این رو گندزدایی و ضدعفونی کردن سطوح و ابزار آلوده، در پیشگیری از عفونت های متقاطع بسیار حائز اهمیت است. میکروب ها می توانند بر روی سطوح زنده بمانند و از طریق پوست، مجاری هوایی، مخاط، چشم و بلع وارد بدن شوند و ایجاد بیماری کنند. به علاوه این میکروب ها می توانند بر روی سطوح و ابزار دندانپزشکی و همچنین خطوط آب یونیت دندانپزشکی، بیوفیلم تشکیل داده و موجب آلودگی شوند. امروزه به علت افزایش مقاومت باکتری ها، استفاده از مواد ضدمیکروبی جدید که باعث حذف و مهار تشکیل بیوفیلم و نیز کاهش مقاومت آنتی بیوتیکی می گردند، اهمیت زیادی پیدا کرده است. در این پژوهش، به جداسازی و شناسایی باکتری های آلوده کننده تجهیزات، سطوح و هوای کلینیک دندانپزشکی، بررسی اثر عصاره هیدروالکلی آویشن، بابونه و بومادران و همچنین عصاره فاقد سلول برخی پروبیوتیک ها بر سلول -های پلانکتونی و بیوفیلمی این باکتری ها، حذف و مهار تشکیل بیوفیلم توسط این عصاره ها و تعیین اثر توأمان این عصاره ها بر حالت پلانکتونی این باکتری ها پرداخته شد. به علاوه تمامی این اثرات با ترکیب گندزدای سارفوسپت سریع که برای ضدعفونی کردن سطوح و ابزار دندانپزشکی بکار می رود، مقایسه شد. با شناسایی های انجام شده، گونه های باسیلوس و استافیلوکوک، از جمله سویه های bacillus safensis و staphylococcus xylosus جداسازی شدند. نتایج نشان داد که در میان عصاره های اتانولی گیاهان دارویی، عصاره آویشن دارای بیشترین اثر بازدارندگی بر سلول های پلانکتونی می باشد. بعلاوه عصاره فاقد سلول l. rhamnosus ptcc 1607 توانست رشد جدایه s. xylosus را مهار کند. بررسی اثر توأمان عوامل ضدمیکروب، بیشتر اثرات بی تفاوتی و آنتاگونیستی را نشان داد. این عصاره ها، اثرات حذف و مهار تشکیل بیوفیلم را نیز نشان دادند. در تمام موارد، اثر ترکیب گندزدای سارفوسپت سریع، بسیار قوی تر بود.

وارونوشتاز مقاوم به دما (trt ) اهمیت زیادی جهت تولید cdna دارد. ژن trt با توانایی تولید این آنزیم، از باکتری geobacillus stearothermophilus strain10 استخراج و توسط حامل بیانی pet28-a در میزبان escherichie coli کلون شد و شرایط رشد این میزبان هترولوگ مورد بهینه سازی قرار گرفت. زیست توده ها جمع آوری شد.عصاره سلولی تهیه، آنزیم مورد نظر تخلیص و غلظت پروتئینی آن سنجیده شد. وارونوشتاز حاصل، جهت rt-pcr و real time-pcr مورد بررسی قرار گرفت و مقاومت دمایی 70 درجه سانتی گراد در آن به اثبات رسید.