تشخیص میکوز نیاز به نشان دادن قارچ بیماری زا در نمونه مناسب و خاصی از بیماری دارد. مشاهده قارچ بوسیله لام یا بافت شناسی از دقت و حساسیت تشخیصی کمتری نسبت به کشت دادن سوش برخوردار است اما سریعتر انجام می شود کشت قارچ اجازه می دهد که دقیقا عامل بیماریزا مشخص شده و میتواند کمترین تعداد ارگانیزم ها را آشکار کند. پاسخ مثبت کاذب با هر دو روش اتفاق می افتند. آرتیفکت ممکن است در لام یا برشهای بافت شناسی با قارچ اشتباه گرفته شود. برخی اوقات بعضی از قارچها بدون داشتن بیماری قارچی در خلط بیماران ظاهر می شود مانند آسپرژیلوس و کریپتوکوکوس نئوفورمنس بافت شناسی عامل فوق العاده با ارزشی در نشان دادن قارچها در نقاط ملتهب می باشد. تنها این روش می تواند نشان دهد. که آیا اسپرژیلوس در شش یا سینوس پارانال بصورت بیماری زا است یا فقط بصورت ساپروفیت در حال رشد در ترشحات سینوسی است نشان دادن قارچها در مقطع بافتی معمولا نیاز به رنگ آمیزی اختصاصی مانند متانامین سیلور (methenamine silver) دارد. آزمایش پوستی با آنتی ژنهای قارچی در عفونتهای فعال ارزش تشخیصی اندکی دارد. آزمایشات سرولوژیک در تشخیص بیماریهای کوکسیدیومایکوز (coccidiomveosis) و کرپیتوکوکوز (crvptococosis) و همچنین در واکنش بعدی نسبت به درمان این مایکوزها خیلی مفید است . در هیستوپلاسموز (histoplasmosis) و پاراکوکسیدیومایکوز (paracoccidimvcosis) آزمایشات سرولوژیک غالبا در تقویت تشخیص بالینی مفید هستند. اسپرژیلوس از جمله قارچهایی است که در همه جاوجود دارند و انواع مختلف از این قارچ از راههای مختلف می توانند باعث بیماری شوند. اسپرژیلوس فومیگاتوس شایع ترین پاتوژن است و نوع فلاووس در درجه دوم اهمیت قرار دارد خصوصا در بیمارانیکه نقص سیستم ایمنی دارند و یا ضایعاتی که منشاء آن در بینی یا سینوسهای پارانازل می باشد.