انار با نام علمی (.punica granatum l) یکی از قدیمی ترین میوه های خوراکی شناخته شده در جهان است. بر پایه اکثر مطالعات انجام شده انار بومی ایران بوده و از ایران به سایر کشورها انتقال یافته است.در این مطالعه تنوع ژنتیکی 238 ژنوتیپ انار ترش ایران با استفاده از نشانگر های ریز ماهواره بررسی شد. آغازگرهای ssr-mp26 و ssr-mp39 به ترتیب با 907/0 و 544/0 بیشترین و کمترین pic را نشان دادند. تجزیه خوشه ای ژنوتیپ ها را در شش گروه تفکیک کرد که تنوع ژنتیکی بالای ژنوتیپ های انارترش ایران را نشان داد. نتایج این بررسی نشان داد که کلکسیون انار یزد ممکن است حاوی ژنوتیپ های متفاوت با اسامی مشابه و یا ژنوتیپ های یکسان با اسامی متفاوت باشد که ضروری است توسط تحقیقات بیشتر مورد تایید قرار گیرد.

زردآلو با نام علمی (prunus armeniaca l. ) متعلق به خانواده رزاسه است که بومی مناطق مدیترانه و آسیای میانه به ویژه ایران می باشد. نیاز به شرایط آب و هوایی مناسب و نیز ارزش اقتصادی بالا دو دلیل اصلی برای گستردگی کشت و کار و تنوع ژنتیکی زردآلو بشمار می رود. هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی و ساختار ژنتیکی ارقام و ژنوتیپ های زردآلو بر اساس منشا جغرافیایی آنها می باشد. بر این اساس تنوع ژنتیکی 83 رقم و ژنوتیپ زردآلوی موجود در کلکسیون های ایران و چک با استفاده از 15 آغازگر ssr نشاندار با فلورسنت ارزیابی شد. در ابتدا آغازگرهای مورد نظر روی 83 نمونه زردآلو مورد آزمایش قرار گرفت که آغازگر ud5 با بیشترین مقدار چندشکلی و الگوی باندی واضح، در ادامه تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند. بعلاوه، نتایج این تحقیق نشان داد ارقام و ژنوتیپ های زردآلو موجود در کلکسیون های ایران و چک بر اساس منشا و پراکندگی جغرافیایی در گروهبندی های مجزایی قرار نمی گیرند.

جنس prunus متعلق به خانواده rosaceae شامل گونه های مهم اقتصادی متعددی است که در نیمکره شمالی زمین از جمله ایران توزیع شده است. گونه های این جنس به علت اهمیت اقتصادی، تنوع ژنتیکی، مورفولوژیکی و اکولوژیکی مورد مطالعات مولکولی و باغبانی قرار گرفته است. امروزه در میوه کاری نوین و صنعتی، استفاده از دورگه های بین گونه ای برای دست یابی به پایه های پیوندی سودمند، مورد توجه می باشد. اخیراً با توسعه نشانگرهای مولکولی مختلف، امکان تشخیص و گزینش پایه های درختان میوه میسر شده است. هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع، ساختار و روابط ژنتیکی ژنوتیپ ها و تهیه شناسنامه مولکولی برای پایه های امید بخش جنس prunus با استفاده از نشانگرهای aflp و ssr می باشد. بر این اساس 89 ژنوتیپ از جنس prunus شامل دورگه های آلو × بادام، گوجه × بادام، هلو × بادام، گوجه × زردآلو، آلو × زردآلو، برخی از ژنوتیپ های بادام، زردآلو، هلو، آلو و گوجه، گیلاس و نیز ژنوتیپ هایی با منشأ نامشخص، با استفاده از 25 نشانگر ssr و 5 ترکیب آغازگر aflp مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از نرم افزارهای gcluto v. 1.0، splitstree 4، structure 2.3 و r 2.14.1 اغلب دورگه های (هلو × بادام) از دورگه های دارای یک والد آلو یا گوجه تفکیک گردیدند و ژنوتیپ های والدینی مطابق با تاکسونومی جنس prunusدر خوشه های مجزا گروه بندی شدند. دورگه های هلو × بادام بیشترین فاصله ژنتیکی را از دورگه های دارای یک والد آلو یا گوجه نشان دادند. وجود تنوع ژنتیکی و چند شکلی بالای نشانگر ssr امکان تهیه کلید های شناسایی اختصاصی برای پایه ها را فراهم کرد. همچنین در این تحقیق استفاده از ترکیب آغازگرهای نشان دار و آشکارسازی نوارها با کمک دستگاه licor در مقایسه با روش قدیمی نتایج کارآمدتری را نشان داد. بنابراین مطالعه حاضر می تواند در شناسایی پایه های دورگه ی امیدبخش بر اساس والدین و حفظ مالکیت معنوی آن ها مورد استفاده قرار گیرد.

زیتون (olea europaea l.) یک محصول روغنی مهم است، اما اطلاعات ژنومی و ترانس کریپتومی موجود برای این گیاه محدود است. این اطلاعات جهت آشکار ساختن مکانیزم های مولکولی بیوسنتز اسید های چرب و توسعه نشانگرهای مولکولی ضروری می باشد. در مجموع مقادیر کمی از نشانگرهای مولکولی بر پایه ی توالی-های بیانی در زیتون، کارآمدی و صحت اصلاح ژنتیکی را محدود ساخته است. توالی یابی ترانس کریپتومی با کارآمدی بالا برای تولید یک پایگاه بزرگ از توالی های ترانس کریپتومی، جهت کشف ژن و توسعه نشانگرهای مولکولی ضروری است. در این تحقیق،ترانس کریپتوم های زیتون از میوه ی آن، با استفاده از تکنولوژی توالی یابی دوطرفه illumina، توالی یابی گشت. قرائت های خام فیلتر شده، به صورت تعداد کلی 32902 ،unigene، با میانگین طول 789 جفت باز مونتاژ گردیدند. از این unigene ها، 20821(63.28%) شباهت معنی داری با پروتئین های موجود در پایگاه اطلاعاتی پروتئینی غیر تکراری ncbi داشتند(e-value < 10-5). علاوه بر این، 587 unigene با 519 ژن آرابیدوپسیس برپایه آنالیز blastx در منابع اطلاعاتی آرابیدوپسیس همولوژی نشان دادند(tair, version 10). در کل، 4459 unigene به نشانگر ssr تبدیل شدند(est-ssr). ssr های دو نوکلئوتیدی بیشترین تکرار بودند(57.52%، 2565) و به دنبال آن، ssr های سه نوکلئوتیدی ها(40.30%، 1797)، چهار نوکلئوتیدی ها(1.27%، 57)، شش نوکلئوتیدی ها(0.58%، 26) و پنج نوکلئوتیدی ها(0.31%،14) قرار دارند. غالبترین واحد تکراری ag/ct(45.11%) و به دنبال آن aag/ctt(12.92%)، at/at(8.98%)، agg/cct(8.29%)، و ac/gt(4.58%) قرار دارند. 39 est-ssr انتخاب گشته و جهت تکثیر و تعیین درجه چند شکلی در خزانه های dna ژنومی برای آنها پرایمر طراحی گشت. این مطالعه ثابت کرد که توالی یابی دوطرفه illumina، یک رویکرد سریع و کارآمد و کم هزینه برای کشف ژن و توسعه نشانگرهای مولکولی در موجودات غیر مدل است. نتایج این پژوهش منبع جامعی از توالی های ترانس کریپتومی را برای تحقیقات ژنومی زیتون فراهم آورد.

ژنوتیپ های وحشی و دورگه های امیدبخش بادام، منبع غنی از صفات مطلوب می باشند که برای برنامه های به نژادی و اصلاح نباتات مفید هستند. در بادام، خودناسازگاری توسط یک مکان ژنی چندآللی کنترل می شود. در این پژوهش، آلل های خود ناسازگاری، در 184 رقم، ژنوتیپ و دورگه های امیدبخش بادام مطالعه شد.. واکنش های زنجیره ای پلیمراز با استفاده از چهار مجموعه آغازگر شامل دو جفت آغازگر دژنره (paconsif/em-pc1consrd، em-pc2consfd/em-pc3consrd)، یک جفت آغازگر عمومی (as1ii/amyc5r) و یک جفت آغازگر اختصاصی (cebasf/amyc5r) صورت گرفت. آغازگر اختصاصی cebasf/amyc5r، 21 آلل خودسازگاری sf را در نمونه های مورد بررسی تکثیر کرد.اندازه ی کلیه ی آلل های تکثیر شده توسط آغازگرها، با گزارشات قبلی و نمونه های شاهد مقایسه شد. آلل های s1، s7 و s2 بیشترین فراوانی را داشتند. آلل های s14، s15 و s17 در نمونه های بررسی شده، دیده نشدند و s16 و s28 کمترین فراوانی را در بین آلل ها داشتند.. نمونه ها با استفاده از تجزیه و تحلیل ساختاری و از نظر فاصله ی ژنتیکی آلل های خودناسازگاری در 9 گروه قرار گرفتند. ارقام بادام در گروه های سازگار و نیمه سازگار طبقه بندی شده و نمونه های سازگار از نظر ژنوتیپ خودناسازگاری معرفی شدند.

کمبود ریزمغذی‏ها به ویژه آهن و روی از شایع‏ترین اختلالات تغذیه‏ای در جهان است. شناسایی ارقام با بالاترین میزان آهن و روی دانه در منابع ژنتیکی برنج و درک اساس ژنتیکی تجمع آن‏ها پیش نیاز برنامه‏های اصلاح ژنتیکی آهن و روی می‏باشد. در این مطالعه میزان آهن و روی دانه 50 رقم برنج شامل ارقام بومی، اصلاحی و خارجی در دو تکرار با دستگاه جذب اتمی اندازه‏گیری شد. میزان آهن ارقام از 06/9 تا 55/50 میلی‏گرم در کیلوگرم و میزان روی از 94/10 تا 92/36 میلی‏گرم در کیلوگرم متغیر بود. ارقام مهر و دادرس به ترتیب دارای بالاترین میزان آهن و روی بودند. همبستگی بین مقادیر آهن و روی در ارقام برنج مورد مطالعه معنی‏دار و مثبت بود. ارزیابی ملکولی ارقام برنج با 42 نشانگر ریزماهواره مرتبط با آهن و روی انجام گرفت که از میان آنها 34 نشانگر چندشکلی نشان دادند. بیشترین میزان چندشکلی، تنوع ژنتیکی و شاخص شانون در نشانگر rm276 مشاهده شد. در مطالعه تنوع هاپلوتایپی ارقام مهر و دادرس به عنوان رقم مرجع مورد استفاده قرار گرفتند. هاپلوتایپ رقم مهر با ترکیب آللی 266-327-184-166 جفت باز در qtl روی واقع درکروموزوم 8، بیشترین شباهت را با هاپلوتایپ رقم مرجع دادرس داشته است. هاپلوتایپ رقم norin22 با ترکیب آللی 205-326-135جفت باز نیز بیشترین شباهت را با هاپلوتایپ مرجع آهن(مهر) در مکان ژنی کروموزوم 6، داشته است. این ترکیبات آللی را می‏توان به عنوان بهترین و موثرترین ترکیب آللی برای انتخاب به کمک نشانگر معرفی نمود. همچنین وجود ترکیب آللی متفاوت با هاپلوتیپ مرجع در ارقامی با غلظت آهن و روی بالا بیانگر حضور مکان‏های ژنی جدید در کنترل محتوای آهن و روی دانه ارقام ایرانی می‏باشد. با توجه به نتایج تجزیه ارتباطی نشانگرهای rm6832، rm407 و rm19675، 3/87 درصد تغییرات آهن و نشانگرهای rm1089 و rm20، 72 درصد از تغییرات روی را تبیین کردند که این نشانگرها را می‏توان به عنوان متمایزکننده‏ترین و تأثیرگذارترین نشانگرها در بررسی تنوع ژنتیکی آهن و روی برنج معرفی نمود. در ارزیابی تجزیه ساختار، ارقام به دو زیر جمعیت تقسیم شدند، زیر جمعیت اول شامل ارقام بومی و دوم شامل ارقام اصلاحی و خارجی بودند. در تجزیه واریانس مولکولی، واریانس درون جمعیتی بیشتر از واریانس بین جمعیتی بوده و حداقل تمایز ژنتیکی بین ارقام اصلاحی و خارجی و حداکثر آن بین ارقام بومی و خارجی مشاهده شد. با توجه به مطابقت نتایج خوشه بندی مولکولی با خوشه‏بندی فنوتیپی آهن و روی می‏توان بیان کرد که مکان‏های ژنی مورد مطالعه، در کنترل آهن و روی ارقام ایرانی نیز موثر می‏باشند.

امروزه زردآلو (prunus armeniaca linnaeus syn. armeniaca vulgaris lammarck) بصورت تجاری در سراسر جهان کشت می شود. بیشترین سطح تولید زردآلو در نواحی مدیترانه ای و خاورمیانه به ویژه ایران متمرکز شده است. همه گونه های خویشاوند زردآلو دیپلوئید (16=n2) بوده، اما در میان آنها برخی از موتانت های تتراپلوئید نیز یافت شده است. هدف از این مطالعه، تعیین نقشه ارتباطی بین نشانگرهای مولکولی و مکانهای ژنی کمی صفات وابسته به عملکرد در زردآلو با استفاده از روش نقشه یابی ارتباطی و بررسی کارآیی این روش در تهیه نقشه ژنتیکی زردآلو می باشد. در این مطالعه از 347 ژنوتیپ مختلف زردآلو جمع آوری شده از کلکسیون های موجود در موسسات تحقیقاتی تبریز و جمهوری چک و 40 نشانگر ریزماهواره نشاندار با فلورسنت برای بررسی تنوع ژنتیکی، ساختار جمعیت استفاده شده است. از این تعداد ژنوتیپ، 55 ژنوتیپ زردآلو که اطلاعات صفات مرفولوژیک برای آن ها موجود بود در نقشه یابی ارتباطی مورد بررسی قرار گرفتند. در مجموع 216 آلل چندشکلی نشان دادند. میانگین تعداد آلل در هر مکان 2/8 و میانگین آلل موثر 4/4 بود. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و ظرفیت اطلاعات چندشکلی به ترتیب 74/0 و 70/0 بود. در مقابل میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده 80/0 بود. بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت، 6 گروه مشخص را شناسایی نمودند که با توزیع جغرافیایی نمونه های مورد بررسی مطابقت نشان داد. نتایج نقشه یابی ارتباطی در این تحقیق نشان داد، 24 نشانگر ریزماهواره با 46 صفت مورفولوژیک دارای ارتباط و پیوستگی بودند و میزان عدم تعادل لینکاژی 02/0 بدست آمد.

انار(punica granatum l.) گیاه بومی ایران است که به دلیل اهمیت اقتصادی، زینتی و دارویی کشت و کار می شود. اگرچه این گیاه یکی از مهمترین محصولات باغبانی کشورمان محسوب می شود، اما تا کنون بررسی دقیقی پیرامون توصیف ذخایر ژنتیکی و ژرم پلاسم آن انجام نشده است. ارزیابی تنوع ژنتیکی یکی از ارکان اصلی توصیف و بکارگیری ژرم پلاسم می باشد. در این مطالعه، تنوع ژنتیکی 738 نمونه انار با منشا جغرافیایی متفاوت از ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. با استفاده از 12 نشانگر چند شکل ریزماهواره (ssr)، تعداد 43 آلل با میانگین 59/3 آلل در هر مکان ژنی و متوسط اطلاعات چندشکلی 458/0 را شناسایی کردیم. علاوه بر ارزیابی پارامترهای تنوع ژنتیکی، آزمون اختصاص بایسین و تجزیه و تحلیل شبکه فیلوژنتیک بمنظور ارزیابی ساختار جمعیت مورد استفاده قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان می دهد که ارزیابی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت در کلکسیون پایه انار می تواند برای استفاده کارامد از ژرم پلاسم و تعیین نقشه ارتباطی مفید باشد. علاوه براین، نشانگرهای ریزماهواره می توانند در گزینش ژنوتیپ های منحصر به فرد و ایجاد کلکسیون هسته موثر باشند. نتایج این تحقیق می تواند در درک بهتر ماهیت ژنتیکی افراد، تعیین روابط ژنتیکی، و منشا جغرافیایی ژرم پلاسم انار مفید بوده و در حفاظت و بکارگیری این ذخایر ژنتیکی نقش موثری ایفا کند. کلمات کلیدی: انار، نشانگر ریز ماهواره (ssr)، کلکسیون هسته، آنالیز فضایی