گیاه دارویی مرزه بختیاری با نام علمی satureja bachtiarica bunge یک گیاه دارویی چندساله و متعلق به خانواده lamiaceae می باشد. بررسی تنوع ژنتیکی موجود در ژرم پلاسم گیاهان پیش نیاز هر برنامه اصلاحی یا حفاظتی گیاهان است. لذا این تحقیق به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بین و درون هشت توده وحشی شامل 57 گیاه مرزه بختیاری طی سال های 89 و 90 در گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام انجام شد. روابط ژنتیکی این نمونه ها با استفاده از 15 آغازگر issr و 11 آغازگر rapd مطالعه گردید. dna ژنومی نمونه های برگی نگهداری شده در 80- درجه سانتی گراد به روش ctab استخراج گردید. کمیت dna استخراج شده با اسپکتروفوتومتر و ژل آگاروز 8/0 درصد تعیین شد. برای مشاهده قطعات تکثیر شده از ژل آگاروز 5/1 درصد استفاده شد. سپس امتیازدهی باندهای تکثیر شده به صورت حضور باند (یک) و عدم حضور باند (صفر) انجام شد. ماتریس تشابه دایس و جاکارد با استفاده از نرم افزارهای (darwin (ver 5.0، mega 3.1 محاسبه و داده های حاصل با استفاده از نرم افزار genalex (ver 6.4) تجزیه واریانس مولکولی شدند. نتایج نشان داد که تکثیر dna ژنومی با استفاده از آغازگرهای rapd، 84 باند تولید کرد که 81 باند (4/96%)، با میانگین 36/7 باند چندشکل در هر آغازگر، چندشکلی نشان دادند. تعداد قطعات تکثیر شده با آغازگر rapd دامنه ای از 4 تا 14 باند داشت که اندازه قطعات تکثیر یافته 180 تا 1700 جفت باز بود. همچنین، با استفاده از نشانگر rapd به ترتیب بیشترین و کمترین درصد باندهای چندشکل در جمعیت سمیرم (38/77 درصد) و جمعیت فارسان (48/40 درصد) مشاهده گردید. جمعیت سمیرم بالاترین شاخص تنوع ژنی نا اریب (259/0) و بالاترین میزان شاخص شانون (38/0) را نیز به خود اختصاص داد. در حالی که کم ترین میزان شاخص تنوع ژنی نا اریب (172/0) برای جمعیت اقلید و کم ترین میزان شاخص شانون (245/0) برای جمعیت فارسان به ثبت رسید. از طرفی، پانزده آغازگر issr بکار رفته، 136 باند تولید کردند که 134 باند (52/98%) از آن ها چندشکلی نشان دادند. تعداد باندهای تکثیر شده از 6 تا 12 باند متغیر بود که قطعات تکثیر شده اندازه ای در حدود 100 تا 1900 جفت باز داشتند. در سیستم نشانگری issr مشخص شد که بالاترین درصد باندهای چندشکل در جمعیت سمیرم با میزان 18/66 درصد وجود داشت. جمعیت فارسان نیز با میزان 62/31 درصد باندهای چندشکل کمترین میزان چندشکلی را نشان داد. برطبق نتایج این نشانگر جمعیت شهرکرد دارای بالاترین شاخص تنوع ژنی نااریب (211/0) و بالاترین میزان شاخص شانون (301/0) بود. جمعیت فارسان و یزد نیز دارای کمترین میزان شاخص تنوع ژنی نااریب (175/0) بودند، اما پایین ترین میزان شاخص شانون (191/0) به جمعیت فارسان اختصاص داشت. آنالیز واریانس مولکولی نشان داد که سطح بیشتری از تنوع به درون جمعیت ها (63 درصد) تعلق داشت، در حالی که تنها 37% تنوع در بین جمعیت ها مشاهده گردید. آنالیز خوشه ای هشت جمعیت را به شش گروه شامل جمعیت های اقلید و سپیدان؛ جمعیت سمیرم؛ جمعیت های فارسان و یزد؛ جمعیت سی سخت؛ جمعیت شهرکرد؛ و در نهایت جمعیت ایلام تقسیم نمود. نتایج این تحقیق نشان داد که هر دو نشانگر rapd و issr برای ارزیابی میزان تنوع ژنتیکی در گیاه دارویی مرزه بختیاری سودمند هستند.