تغییرات ساختاری شامل مضاعف شدن، درج، حذف و واژگونی یک قطعه بزرگ توالی dna، یک عامل مهم در تغییرات ژنوم انسانی است. اندازه گیری تغییرات ساختاری در یک توالی ژنوم نوعاً چالش برانگیزتر از اندازه گیری تغییرات نوکلئوتید تنهاست. روش های جاری برای شناسایی تغییر ساختاری شامل esp و acgh، نمی توانند مرزهای تغییرات را دقیقاً شناسایی کنند. در نتیجه بسیاری از تغییرات ساختاری انسانی گزارش شده بد تعریف شده اند و به آسانی با مطالعات و تکنیک های اندازه گیری متفاوت مقایسه نمی شوند. در این تحقیق تحلیل هندسی تغییرات ساختاری، یک روش هندسی برای شناسایی، دسته بندی و مقایسه ی تغییرات ساختاری، معرفی می شود. این روش عدم قطعیت در اندازه گیری یک تغییر ساختاری را به صورت یک چندضلعی در صفحه نمایش می دهد و اندازه گیری های پشتیبانی کننده ی یک تغییر با محاسبه ی اشتراک چندضلعی ها، با استفاده از یک الگوریتم هندسه ی محاسباتی، شناسایی می شود.