در این مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت ماهی گورخری گنو و ماهی گورخری معمولی با استفاده از روش pcr-rflp بررسی گردید. جهت تعیین و مقایسه تنوع ژنتیکی این دو ماهی در حوزه خلیج فارس، تعداد 30 نمونه ماهی گورخری گنو از چشمه آب گرم گنو در استان هرمزگان و 30 نمونه ماهی گورخری معمولی از چشمه آب گرم میراحمد در استان بوشهر طی یک سال جمع آوری گردید. نمونه ها در اتانول 96% فیکس شد و برای انجام مطالعات ژنتیکی به آزمایشگاه بیوتکنولوژی خرمشهر منتقل گردید. dna نمونه ها به روش فنل-کلروفرم استخراج و سپس کمیت و کیفیت dna استخراج شده با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز ژل آگارز 1% تعیین شد. با استفاده از توالی ناحیه d-loop و پرایمر اختصاصی ماهی آفانیوس، محصول pcr برای تمامی نمونه ها به دست آمد. جهت هضم آنزیمی محصول pcr به طول 550 جفت باز، از 5 آنزیم محدودگرalui, dpni, eco47i, hindiii hinfi استفاده شد، سپس باندهای dna نمونه ها، با استفاده از الکتروفورز عمودی ژل پلی اکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره مشاهده گردید. آنالیز داده ها با استفاده از نرم افزارarlequin 3.11 انجام گرفت. در نتیجه این آنالیزها، 12 هاپلوتیپ متفاوت به دست آمد که 9 هاپلوتیپ مربوط به ماهی گورخری گنو و 3 هاپلوتیپ مربوط به ماهی گورخری معمولی بود. 4 هاپلوتیپ به دست آمده در ماهی گورخری گنو جزء هاپلوتیپ های نادر بودند. در ماهی گورخری معمولی هاپلوتیپ aaaaa بیشترین فراوانی را دارا بود و در ماهی گورخری گنو هاپلوتیپ های eabab، eacab و cababبیشترین فراوانی را نشان دادند. محاسبه تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی نشان داد که تنوع در ژنوم میتوکندریایی ماهی گورخری گنو بالاتر از ماهی گورخری معمولی است. بررسی های انجام شده بر ژنوتیپ های حاصله نشان داد که pcr-rflp تکنیک مناسبی جهت تعیین تنوع ژنتیکی بین دو گونه ماهی مذکور می باشد.