شناخت تنوع ژنتیکی در گیاه خارمریم کمک بزرگی برای تحقیقات به نژادی در مورد این گیاه می نماید. هدف از این مطاالعه بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از داده های مورفولوژیکی و نشانگر rapd بود. به این منظورآزمایشی در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی در مزرعه آزمایشی دانشکده کشاورزی دانشگاه شهید چمران اهواز اجرا شد. در این مطالعه صفات مورفولوژیک شامل ارتفاع بوته، تعداد شاخه های فرعی، تعداد کاپیتول های فرعی، قطر کاپیتول اصلی، تعداد دانه در کاپیتول اصلی، طول دانه، عرض دانه و ضخامت دانه، وزن دانه در کاپیتول اصلی، وزن هزار دانه، عملکرد دانه، عملکرد بیولوژیک و شاخص برداشت، صفات فنولوژیک شامل تعداد روز تا شروع گلدهی(تعداد روز تا 10% گلدهی)، تعداد روز تا پایان گلدهی (تعداد روز تا 75 % گلدهی)، و صفات فیتوشیمیایی شامل تعیین ظرفیت آنتی اکسیدانی، تعیین میزان فنل و فلاونوئید و تعیین میزان سیلیمارین گیاه مورد بررسی قرار گرفت. تجزیه واریانس دادهها تفاوت معنی داری (01/0??) را برای کلیه صفات نشان داد. در بخش مولکولی پروژه از 30 آغازگر 10 نوکلئوتیدی با توالی تصادفی از سری آغازگرهای opa و timb استفاده شد. از بین30 آغازگر مورد استفاده، پس از بررسی براساس میزان تشکیل باند، چند شکلی و نیز تکرار پذیری باندها تعداد 26 آغازگر انتخاب شد. 26 آغازگر منتخب، تعداد 351 باند قابل تشخیص و تکرار پذیر ایجاد نمودند که %80 آنها (281 باند) در بین جمعیت های مختلف چند شکلی نشان دادند. تعداد متوسط باندهای پلیمورف برای هر آغازگر 2/11 بود. تجزیه کلاستر با استفاده از الگوریتم upgma، اکوتیپ های مختلف خارمریم را در 3 گروه اصلی تقسیم بندی نمود. نتایج این پژوهش مبین وجود تنوع مولکولی، مورفولوژیک و فیتوشیمیایی در بین اکوتیپ های خارمریم و همینطور بیانگر کارآمدی نشانگر rapd در تعیین تنوع ژنتیکی اکوتیپ های خارمریم مورد مطالعه می باشد.