غلظت های بالای کلر در محیط ریشه، آب قابل دسترس را جهت فتوسنتز در گیاه محدود کرده و با برهم زدن تعادل اسمزی و یونی، بتدریج منجر به کاهش رشد می گردد. مطالعه حاضر اثر غلظت های کلر آب آبیاری در گیاهان توتون رقم کوکر347 را بر پایه طرح کاملا تصادفی با تیمار کلر در چهار سطح کلرید کلسیم (صفر، 50، 100 و 150 میلی گرم در لیتر) با چهار تکرار، مورد بررسی قرار داد. در این پژوهش شاخص های رشد، میزان رنگیزه های فتوسنتزی، کربوهیدرات محلول کل، قندهای احیاء کننده، پرولین، نیکوتین، شاخص پراکسیده شدن لیپیدی (مالون دی آلدئید) و سطوح عناصر غذایی شامل کلر، نیترات، پتاسیم، کلسیم و سدیم پس از به کارگیری تیمارها در بخش های مختلف گیاه اندازه گیری شد. در اثر افزودن کلر به آب آبیاری بیش از 50 میلی گرم در لیتر کلرید کلسیم عملکرد کل، سرعت رشد نسبی (rgr)، نسبت سطح برگ (lar)، میزان رنگیزه های فتوسنتزی، پرولین و نیکوتین کاهش و از طرف دیگر سرعت واحد برگ (ulr) و موجودی آب در واحد سطح برگ (lwca) افزایش یافت. شوری حاصل از یون کلر در تیمار 150 باعث افزایش معنی دار سطح پراکسیده شدن لیپیدی غشاء گردید. غلظت نیترات برگ با غلظت های بالای کلر همبستگی منفی نشان داد. بر اساس نتایج این پژوهش به نظر می رسد افزودن کلر به آب آبیاری به میزان 50 میلی گرم در لیتر cacl2، با تحریک جذب پتاسیم، به طور عمده موجب تحریک تثبیت نیترات گردید و ضمن برقراری تعادل یونی، با اثر مثبت بر فعالیت آنزیم های چرخه های تولید انرژی، همراه با افزایش میزان تعرق و هدایت روزنه ای منجر به تحریک رشد، افزایش تولیدات فتوسنتزی و بهبود معنی دار شاخص های رشد گیاه گردید. اثرات مفید غلظت های پایین کلر بر شاخص های رشد و جذب سایر عناصر غذایی در این مطالعه، با نقش کلر به عنوان یک عنصر غذایی کم مصرف همخوانی داشت. از طرف دیگر به نظر رسید افزایش کلر آب آبیاری بیش از 50 میلی گرم در لیتر cacl2، ضمن برهم زدن تعادل یونی، موجب بروز اثرات سمی آنیون کلر بر متابولیسم گیاه همراه با کاهش تولیدات فتوسنتزی و بنابراین مصرف انرژی بیشتر در جهت برقراری تعادل یونی بود و نهایتا منجر به کاهش سطح رشد و عملکرد گردید. با توجه به پاسخ گیاه به غلظت های بالای کلر در جهت حفظ تعادل اسمزی به وسیله تجمع کلر در واکوئل های برگی و درنتیجه کاهش آب قابل دسترس فتوسیستم های کلروپلاستی، کاهش کارایی فتوسنتزی و کاهش رشد در غلظت های بالای کلر مشاهده گردید. کاهش سطح برگ و بنابراین کاهش سطح دریافت نور و کاهش مقدار رنگیزه های فتوسنتزی همراه تغییر احتمالی در هدایت روزانه ای و نرخ تعرق، از عمده ترین دلایل کاهش رشد در غلظت های بالای کلر بود. همچنین سمیت یونی به دلیل جذب مقادیر زیاد یون کلر و رقابت و اختلال در جذب و انتقال یون های ضروری و عدم تعادل و کمبود عناصر ضروری به ویژه نیتروژن به شکل نیترات و کاهش اسیمیلاسیون نیترات از دیگر عوامل مضر حضور غلظت های بالای یون کلر در آب آبیاری بر رشد گیاه توتون بود. پراکسیده شدن لیپیدها و آسیب به غشاهای زیستی از جمله غشاهای تیلاکوییدی از جمله مواردی است که در شرایط تنش شوری حاصل از یون کلر مشاهده شد.