واکسن های مورد استفاده در درمان و پیش گیری عمدتا دارای آنتی ژن های غیر ضروری می باشند که حجم زیادی از فعالیت سیستم ایمنی را به خود مشغول می نمایند. این آنتی ژن ها در افزایش ایمنی میزبان نقشی نداشته و می توانند جهت بالا بردن ظرفیت تولید آنتی بادی بر علیه آنتی ژن اصلی حذف شوند. در این راستا تولید آنتی ژن های خالص و یا نوترکیب می تواند دررسیدن به افزایش ایمنی و بالا بردن سطح مقاومت میزبان موثر باشند اما تولید پروتئین خالص عمدتا با هزینه بالائی همراه است و امکان استفاده آن در سطح وسیع مقدورنمی باشد . از طرفی در زمانی که چندین آنتی ژن نیاز است که در یک زمان به حیوان تزریق شود استفاده از یک پرو تئین نوترکیب، مقرون به صرفه نمی باشد. در این راستا تهیه بخشی از پروتئین و یا اپی توپ آنتی ژن که بیشترین تحریک کنندگی را در میزبان ایجاد نماید می تواند در کنار چندین اپیتوپ دیگر از چند آنتی ژن مختلف بشکل یک پپتید ترکیبی (fusion protein) از کارآئی بالائی برای ایجاد ایمنی در میزبان بکار گرفته شود.از این روشناسایی اپیتوپ های آنتی ژن ها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. جنس باکتری کلستریدیوم و از جمله ، باکتری کلستریدیوم پرفرنژنس از مواردی است که در ایجاد بیماری در انسان و دام بسیار خطرناک می باشد.بر این اساس در تحقیقات صورت گرفته در این پایان نامه سعی در شناسائی اپی توپ های توکسین اپسیلون این باکتری می باشد. در این پروژه ابتدا پرایمرهای مختلف از ژن توکسین اپسیلون طراحی و قطعات مختلف بوسیله pcr تهیه گردید. سپس قطعات تهیه شده، در پلاسمید ptz57r/t و در نهایت به پلاسمید بیانی pet 21a وارد شده و پپتید های نوترکیب تولیدشده بوسیله روش های مختلف eliza و western blot مورد ارزیابی قرار گرفت. این نتایج نشان داد که بخش های خاصی از توکسین می تواند در واکنش به آنتی بادی اختصاصی واکنشی مشابه با توکسین طبیعی داشته باشد. استفاده از این نتایج و بکار گیری آن در تولید پروتئین های ترکیبی می تواند در بکار گیری تولید واکسن و همچنین ایجاد ایمنی در میزبان برای چند پروتئین با حداقل هزینه مورد استفاده قرار گیرد. واژه های کلیدی: کلستریدیوم پرفرنژنس، توکسین اپسیلون، شاخص های آنتی ژنیک (اپی توپ)، پروتئین های ترکیبی