بررسی ساختار تنوع ژنتیکی در ذخایر گیاهی، یکی از قدم های اولیه در اکثر برنامه های اصلاحی می باشد. در این پژوهش شباهت های ژنتیکی و تجزیه ی خوشه ای به کمک هفده نشان گر مولکولی ریزماهواره بر روی 140رقم برنج روی کروموزوم های 1 تا 12 مورد ارزیابی قرار گرفت. هدف از این تحقیق تعیین تنوع بین ارقام با استفاده از داده های مولکولی جهت استفاده در برنامه های اصلاحی آینده می باشد.dna ژنومی استخراج شده از نمونه های گیاهی با آغازگرهای مربوط به 17 جایگاه ریزماهواره تکثیر و محصول حاصل با استفاده از ژل اکریل آمید الکتروفورز شد. در مجموع تعداد 49 نوار چند شکل در 140رقم مورد مطالعه مشاهده شد. از 17 آغازگر، 16 آغازگر پلی-مورفیسم و یک آغازگر (rm239) مونومورف بوده است. شاخص تنوع ژنتیکی نی (nei) و میزان هتروزیگوسیتی بر اساس ضریب تشابه جاکارد به روش upgma به دست آمد. با استفاده از نرم افزار ntsys تجزیه خوشه ای داده ها ارزیابی شد. بیشترین تشابه ژنتیکی بین ارقام اصلاح شده و ارقام خارجی و کمترین آن بین ارقام محلی و ارقام خارجی بود. pic (polymorphic information content) محتوی اطلاعات پلی مورفیسم برای هر آغازگر با استفاده از نرم افزار microsatellite tools for excel محاسبه شد. میانگین میزان pic، 434/0 می باشد. بر اساس این تحقیق نشانگرهای ریزماهواره ابزار قدرتمندی جهت بررسی تنوع ژنتیکی ارقام و تفکیک آن ها از یکدیگر می باشند.