یکی از مباحث کلیدی و اساسی هرحکومت بحث مشروعیت آن است که تقویت و تضعیف آن در استقرار و ثبات و عدم آندو در حکومت نقش بی بدیلی دارد. در این رساله ابتدا کلیات مباحث مشروعیت و انواع و اقسام آن در قالب فصل اول بیان و با عنایت به نظرات دو اندیشمند تأثیرگذار در جهان اسلام (آیت الله خامنه ای و آیت الله محمدباقر صدر) فصل های دوم و سوم به بررسی نظرات آنان و در فصل چهارم، به نتیجه گیری و بیان نقاط اشتراک و افتراق در مبانی آنان پرداخته شده است. این دو شخصیت در بسیاری از امور مقدماتی که بر مبانی فکری آنان بی تأثیر نبوده مشترک می باشند ولی در برخی مبانی فکری با هم متفاوت هستند که این خود باعث اختلاف در نظریه ایندو نسبت به مبنای مشروعیت حکومت شده است. پس از پذیرش اینکه حاکم مطلق بر جهان پروردگار و کسی که مأذون از جانب اوست می باشد، در زمان غیبت امام معصوم? که شخصی به صورت معین برای ولایت و قانونگذاری بر جامعه تعیین نشده است (گرچه ویژگی ها و صفات آن به صورت عام بیان شده ولی مصداق معین نشده) بر مومنین است که نسبت به این امر اقدام کنند. آیت الله خامنه ای مبنای مشروعیت را تحقق اراده الهی می داند، اما آیت الله صدر مشروعیت را ترکیبی از اراد? الهی ـ مردمی می داند و لذا نظر این دو شخصیت از اینجا از هم جدا می شود، لازمه مشروعیت الهی حاکم، ورود او در مسائل حکومت در شکل ولایت مطلقه و دخالت مستقیم لذا حاکم فقیه، مرجع تمام امور است و مشروعیت تمام ارکان حکومت با تأیید او صورت می گیرد چون او مشروعیتش را از پروردگار گرفته و فقط اوست که می تواند در مشروعیتش خلل ایجاد کند، و در این امر مردم نقشی جز عینیت بخشی به دستورات و اوامر فقیه را ندارند. و یا نظارت او بر اجرای دستورات دینی توسط متصدیان امور مختلف حکومت. ولی طبق نظر دوم فقیه تنها ناظر بر اعمال و جریان حکومت است و این مردم هستند که با تأیید خود به اجزای آن حکومت مشروعیت می دهند و با عدم تأیید مردم حکومت فقیه دچار عدم مشروعیت شده و ساقط می شود.