چکیده به منظور ارزیابی واکنش تحمل به خشکی گیاه دارویی زیره سبز 49 اکوتیپ جمع آوری شده از 9 استان کشور طی دو سال بصورت آزمایش کرت های خردشده در شرایط تنش خشکی و نرمال در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با دو تکرار مورد مطالعه قرار گرفتند. صفات اندازه گیری شده شامل: ارتفاع، تعداد چتر در بوته، تعداد دانه در چتر، وزن هزار دانه، عملکرد بیولوژیک و عملکرد دانه می باشند. نتایج تجزیه واریانس مرکب نشان دادکه بین ژنوتیپ ها، شرایط مختلف آبیاری و سال از نظر کلیه صفات مورد مطالعه اختلاف معنی داری وجود دارد. با استفاده از شاخص های تحمل/حساسیت و بر اساس روش های آماری چند متغیره دو اکوتیپ سیوند و فردوس به عنوان اکوتیپ های کرانه ای شناسایی و روند پاسخ به تنش خشکی این ژنوتیپ ها در مرحله رویشی با بررسی صفات محتوای آب نسبی برگ، میزان آب نسبی از دست رفته و نشت یونی مورد مطالعه قرار گرفت. اکوتیپ سیوند در این مرحله نیز مقاومت بیشتری را نشان داد. با توجه به اهمیت وجود تنوع ژنتیکی برای انتخاب، با استفاده از نشانگر aflp قرابت توده ها مورد ارزیابی قرار گرفت. شش جفت ترکیب آغازگری در مجموع 126 باند قابل امتیازدهی در محدوده 50 تا 300 جفت باز تولید کردند که در این بین 60 باند چند شکل مشاهده شد(47 درصد). این نشانگر به طور مشخص توانست جمعیت ها را در 2 گروه و اکوتیپ ها را در 5 گروه مجزا قرار دهد. بر اساس تجزیه خوشه ای توده های سمنان و فارس بیشترین فاصله ژنتیکی را از یکدیگر دارند و جمعیت های کرمان، خراسان رضوی و اصفهان با داشتن زمینه ژنتیکی یکسان در یک زیر گروه جای گرفتند. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای در تجزیه به مختصات اصلی تایید شد. 80 درصد از تنوع بین ارقام تنها توسط دو مولفه توجیه گردید و این نشان می دهد که آغازگر های مورد استفاده تنها بخشی از ژنوم را مورد پوشش قرار داده اند در نتیجه استفاده از نشانگر های بیشتر (ترکیب آغازگر های متنوع دارای جایگاه برش 6 بازی و 4 بازی) برای بررسی تمام نواحی ژنوم ضروری به نظر می رسد