نام پژوهشگر: علی اکبر حداد مشهد ریزه

پیشگویی ساختار ژنی آنزیم فیتاز قارچی با میزان بیان مطلوب و ساختاری مقاوم به حرارت بر مبنای داده پردازی های رایانه ای
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1391
  مریم قلی زاده   علی اصغر اسلمی نژاد

آنزیم فیتاز به گروه خاصی از فسفاتازها اختصاص دارد که مسئول اولیه هیدرولیز اسید فیتیک می باشند. این آنزیم کاربردهای زیادی در صنعت برای قابل دسترس کردن، فسفر، مواد معدنی، انرژی و اسیدهای آمینه دارد. اسید فیتیک فرم اصلی اما غیر قابل استفاده فسفر در دستگاه گوارش طیور است که بدون افزودن آنزیم فیتاز در جیره غذایی از دستگاه گوارش دفع خواهد شد. هدف از این پروژه ارائه ساختار جدید فیتاز به منظور افزایش بیان و پایدار سازی گرمایی این آنزیم بر مبنای برنامه های بیوانفورماتیکی می باشد. با تجزیه و تحلیل نواحی بالادست ژن فیتاز گونه های قارچیِ مختلف به یک توالی جدید دست پیدا کردیم که نتایج مبین کارآمدی بیان سیستم ارائه شده در این تحقیق نسبت به مدل های پایه ای ژن فیتاز می باشد. از آنجایی که یک مشکل اصلی استفاده از فیتاز در جیره غذایی طیور عدم پایداری این آنزیم در دماهای بالایی است که طی فرآوری خواراک مورد استفاده قرار می گیرد، لذا دستیابی به فیتازی با مقاومت حرارتی بالا در کاربرد صنعتی تولید این آنزیم بسیار ضروری به نظر می رسد. مدل فیتاز مقاوم به حرارت با جایگزینی چند اسیدآمینه در توالی پروتئینی فیتاز طبیعی ساخته شد. ارزیابی ساختار سه بعدی پروتئین نشان داد پایداری حرارتی بدون اعمال تغییر معنی داری در شکل و ساختار فیتاز ایجاد شده است.

بررسی میزان ماندگاری و رفتار تمایزی سلول های بنیادی مزانشیمی انسان در پیوندهای زنوگرافت به اندام های مختلف مدل حیوانی رت
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1392
  علی اکبر حداد مشهد ریزه   مریم مقدم متین

پاسخ ایمنی، عدم ماندگاری بلند مدت سلول های پیوند شده و نیز مهاجرت سلولی از محل پیوند به بافت های غیر هدف از جمله چالش های اساسی پیش روی درمان های مبتنی بر سلول های بنیادی بالغ می باشند. این مشکلات ممکن است با استفاده همزمان از سلول ها و بافت ها مصون از پاسخ ایمنی در حضور داربست سلولی مناسب تعدیل یابد. لذا در این تحقیق در ابتدا سلول های بنیادی مزانشیمی بافت چربی انسانی، به منظور ردیابی آسان پس از پیوند به اندام های هدف، به ژن های گزارشگر gfp و jred تجهیز شدند. سلول های تراریخت شده به طور جداگانه به اندام های مختلف شامل: مغز، چشم و همچنین بیضه، کبد و پوست به طور مستقل و توامان با داربست سلولی مشتق از کیتوزان پیوند و در ادامه بقاء، نفوذ پذیری و مهاجرت آن ها در طول 6 ماه پس از پیوند مورد بررسی قرار گرفتند. همچنین سرنوشت سلول های پیوند شده به چشم شامل تمایز و تمایز زدایی آن ها مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از بررسی ها مبین عدم عوارض جانبی، از جمله واکنش های ایمنی در حیوان های مورد آزمون و زنده ماندن آن ها پس از پیوند بود. سلول های پیوند شده در تمامی گروه های مورد آزمون شامل مغز، چشم، بیضه، کبد و پوست تا 6 ماه پس از جراحی، مبتنی بر مشاهدات میکروسکوپی و آزمون های مولکولی، در محل پیوند قابل ردیابی بودند. با وجود قابلیت بقاء و ماندگاری سلول ها در محل پیوند، با گذر زمان بعضی از آن ها از اندام های هدف خارج و ردیابی تجمعی آن ها در طحال امکان پذیر شد. این نتایج مبین قابلیت سلول های پیوندی در عبور از سدهای خونی و نیز فرار از داربست سلولی کیتوزان بود؛ با این وجود، تعداد سلول های ردیابی شده در طحال گروه های وابسته به داربست سلولی نسبت به گروه های مستقل از داربست بسیار کمتر بود. علاوه بر این، ردیابی سلول های پیوند شده در محیط زجاجیه چشم تا 90 روز پس از پیوند امکان پذیر شد. با این وجود تعداد، قابلیت اتصال و نیز توان گسترش آن ها در شرایط in-vitro با گذر زمان و پس از بازیافت کاهش یافت و تمایز این سلول ها به سمت سلول های پیش ساز چشمی و اندوتلیالی نشان داده شد. به طور کلی، نتایج حاصل از این تحقیق مبین بقاء و توان تمایزی مطلوب سلول های بنیادی مزانشیمی بافت چربی انسانی از یک سو و نیز توان داربست سلولی کیتوزان در محبوس نمودن سلول های پیوندی از سوی دیگر بود. لذا، با وجود آنکه این نتایج می تواند مرتفع کننده برخی چالش های اساسی استفاده از سلول های بنیادی بالغ در درمان های نوین باشد، تمایل فرار این سلول ها از اندام هدف باید بیشتر مورد آزمون قرار گیرد.

کلون سازی بخشی از توالی ژن کدکننده آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b در e. coli
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه زابل - دانشکده علوم پایه 1393
  مریم شهرکی مجاهد   فاطمه حدادی

ویروس هپاتیت b که یکی از عوامل مهم ایجاد بیماری¬های عفونی و با سرعت شیوع بیشتر از یک میلیون نفر در سال می¬باشد، نهمین عامل مرگ و میر در سراسر جهان و اصلی¬ترین علت مرگ ناشی از هپاتیت در ایران است. این بیماری درمان اختصاصی نداشته و شیوع بالای آن مستلزم گسترش روش های پیشگیری، به¬ ویژه توسعه راهکارهای ایمن سازی بر علیه آن می باشد. لذا در این تحقیق همسانه سازی مجازی و آزمایشگاهی قطعه ای از آنتی ژن سطحی این ویروس (hbsag) با 2 روش استحصال از ژنوم بومی و سنتز مبتنی بر توالی های موجود در پایگاه های اطلاعاتی در دستور کار قرار گرفته است. به این منظور درگام نخست نمونه خون بیماران مبتلا به هپاتیت b از مرکز بیماری¬های خاص شهرستان زابل تهیه و پس از استخراج ژنوم همسانه سازی آن با استفاده از pcr صورت پذیرفت. همزمان استحصال توالی از بانک اطلاعات ژنی انجام و آزمون هایی مجازی چون قالب یابی، همگون یابی، اپی توب سنجی و همسانه سازی آن در ناقل مورد نظر صورت پذیرفت. نتایج حاصل از این تحقیق تولید قطعه¬ای به طول 288 جفت باز را به همراه داشت که قرابت یابی و اپی توب سنجی آن مبین قابلیت آنتی ژنسیتی قوی در آن بود، لذا قطعه hbsag در ناقل هدف همسانه سازی شد. به طور کلی نتایج حاصل از این تحقیق فراهم کننده دیدگاه داده پردازی مجازی و زیست شناسی سنتزی می باشد. همچنین سازه نوترکیب ساخته شده می¬تواند به عنوان سازه ای توانا با قابلیت بیان در جهت توسعه واکسن های نوترکیب معرفی گردد.