عصر امام باقر و امام صادق? مصادف با بروز اندیشه هایی چون امامیه، کیسانیه، غلات و زیدیه از مکتب کلامی شیعه و معتزله، جبریه، مرجئه و خوارج از مکتب کلامی اهل سنت و زندقه، مسیحیت و یهودیت از غیر مسلمانان است. مکاتب فقهی شیعه و اهل سنت و اندیشه های سیاسی و اقتصادی بخش دیگری از اندیشه های آن عصر را به خود اختصاص داده است. امام باقر و امام صادق? در برابر هر یک از اندیشه ها مواجهه ی خاصی داشتند. سیره ی ایشان? این گونه بود که مواجهات خود را بر مبنای دو اصل مهم پایه ریزی کنند: 1- پایبندی به مبانی دین اسلام و مذهب شیعه؛ 2- رعایت موازین اخلاقی. هر مواجهه دارای چهار عنصر و رکن اصلی است: مواجهه کننده، صاحب اندیشه، مخاطب مواجهه و شاهد مواجهه. به طور طبیعی شیوه ی اتخاذ شده توسط این دو امام بزرگوار? معلول چند عامل مانند موضوع اندیشه، مخاطب، زمان و شاهد مواجهه است. مواجهات امام باقر و امام صادق? به طور کلی به سه شیوه ی تقابل، تبیین و تصحیح صورت گرفته است. هر یک از آن ها دارای چند مصداق است. مواجهات تقابلی مانند تکذیب، توبیخ، لعن و نفرین و مواجهات تبیینی مانند تفصیل و اجمال است. موضوعات مورد مواجهه ی این دو امام بزرگوار متناسب با ویژگی های آن عصر، اعتقادی، سیاسی، فقهی، اقتصادی و علمی است. مواجهات اعتقادی در دو قالب درون دینی و برون دینی، مواجهات سیاسی به صورت مواجهه با حکومت و مردم و مواجهات اقتصادی در چارچوب مواجهات تشکیلاتی و غیر تشکیلاتی صورت گرفته است. برخی ابزارهای به کار رفته در این مواجهات مثل معجزه و علم غیب، ویژه ی مقام امامت امام باقر و امام صادق? و برخی دیگر همانند ابزارهای گفتاری، نوشتاری و رفتاری مشترک بین همه ی انسان هاست.