امروزه بخش حمل ونقل به عنوان یکی از آلوده کننده ترین بخش های اقتصادی می باشد که آثار و تبعات زیان آور آن در بخش های مختلف به اقتصاد ملی زیان وارد می کند. لذا توجه به مسائل زیست محیطی این بخش بایستی در اولویت برنامه های زیست محیطی کشور قرار داشته باشد. با توجه به این مسئله، پژوهش حاضر با بهره گیری از اطلاعات مربوط به سنجش پارامترهای آلایندگی در بخش حمل ونقل و همچنین جمع آوری اطلاعات مربوط به مصارف و تولیدات این بخش، اقدام به بررسی تأثیر قیمت سایه ای آلاینده های زیست محیطی ناشی از سوخت مصرفی در بخش حمل ونقل بر رشد ارزش افزوده این بخش با استفاده از مدل سری زمانی ساختاری (stsm) نموده است. از آنجایی که ابتدا بایستی قیمت سایه ای آلاینده ها در بخش حمل-ونقل استخراج شود، لذا برای این منظور از الگوی مرزی تصادفی استفاده شده است. بر این اساس پس از برآورد قیمت های سایه ای، مجموع این قیمت ها برای آلاینده های co2، nox و so2 با توجه به سهم انتشار آنها از کل انتشار آلودگی در بخش حمل ونقل محاسبه گردید و در نهایت تأثیر این مجموع قیمت ها به همراه برخی متغیرهای توضیحی دیگر بر روی رشد ارزش افزوده بخش حمل ونقل بررسی شد. ضریب به دست آمده برای رشد قیمت سایه ای آلاینده ها برابر 0.25- می باشد که نشان می دهد در کوتاه مدت بین رشد قیمت سایه ای آلاینده های زیست محیطی در بخش حمل ونقل و رشد ارزش افزوده این بخش رابطه معکوسی وجود دارد.