نام پژوهشگر: فاطمه زینتی فخرآباد

شناسایی و تعیین نژادهای ویروس وای سیب زمینی (pvy)به روش مولکولی در مزارع سیب زمینی استان خراسان شمالی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1392
  طاهره رحمانی   سعید نصراله نژاد

سیب زمینی یک محصول مهم جهانی است و در ایران نیز در دهه گذشته وسعت کشت آن افزایش یافته است. ویروس وای سیب زمینی یکیازویروس هایمخربدرخانوادهسولاناسه وبخصوص سیب زمینی محسوب می-شود. در برنامه های تولید ارقام مقاوم یا متحمل در برابر بیماری های ویروسی سیب زمینی، داشتن اطلاعات کافی از نوع نژادها و پراکنش آن ها در مناطق کشت کشور از مهم ترین پیش نیازها محسوب می شود. بدین منظور برای ردیابی و تعیین نژاد های این ویروس در استان خراسان شمالی در تابستان سال 1391 تعداد 130 نمونه از برگ های تازه سیب زمینی دارای علائمی نظیر موزاییک، نکروز و کلروز از مزارع سیب زمینی واقع در شهرستان های بجنورد، شیروان و فاروج به طور تصادفی جمع آوری شد. سپس بااستفاده ازآنتی سرم چند همسانه ایpvyو باآزمون سرولوژیکی الایزای غیر مستقیم مورد بررسی قرار گرفتند که در نهایت تعداد58نمونه، دارای علائم نقوش سبز تیره و روشن (موزاییک)، نکروز و کلروز روی برگ های سیب زمینی درآزمون الایزاواکنش مثبت نشان دادند. درطول دوره تحقیق به منظوربررسی دامنه میزبانی،نوع علائم،خالص-سازی بیولوژیکی وتکثیرویروس، عصاره تعدادی از نمونه هایی که در آزمون الایزا مثبت ارزیابی شدند، بر روی گیاهانchenopodiumamaranticolor (ایجاد نقاط نکروتیک)، nicotiana.tabacumcv.samsun،nicotiana. turkishوnicotiana.virginia(موزائیک، نکروز و کلروز سطح برگ) مایه زنی شدند.rna ویروس با استفاده از کیت کیاژن استخراج و برای ساخت cdna بوسیله آغازگرهای اختصاصی رونویسی معکوس گردید و با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی هر نژاد که در ناحیه cp طراحی شده بود، در واکنش rt-pcr تکثیر شد. بعد از تایید بر روی ژل آگارز 1% در الکتروفورز نمونه های آلوده به pvy در محدوده 609 نوکلئوتیدی ایجاد باند نمودند. آغازگرهایاختصاصی طراحی شده برای pvyقادر به شناسایی نژادهای c، o و ntn ویروس وای درعصاره گیاه آلوده بودندوکاملاًاختصاصی عمل کردند. این اولین گزارش از شناسایی نژادهای o، c و ntn از مزارع سیب زمینی استان خراسان شمالی به روش مولکولی rt-pcr می باشد. محصول pcr ترادف یابی شد و ترادف های بدست آمده با تعدادی از ترادف های موجود در بانک ژن مقایسه شدند. همردیف سازی چندگانه و آنالیز فیلوژنتیک با نرم افزار dnaman انجام و درخت فیلوژنتیک مربوطه ترسیم گردید. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که جدایه های خراسان شمالی در مقایسه با جدایه های ایران و سایر نقاط دنیا در دو گروه کلی قرار می گیرند که جدایه o خراسان شمالی در یک گروه جداگانه قرار می گیرد. جدایه ntn خراسان شمالی در کنار جدایه هایی از برزیل و کرمان قرار می گیرد و جدایه c در کنار جدایه هایی از اصفهان، فارس، آذربایجان، کرمان و همدان از ایران قرار می گیرد.

شناسایی و تعیین استرین های ویروس موزائیک زرد کدو(zucchini yellow mosaic virus)در استان گلستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده تولیدات گیاهی و دامی 1392
  آیلر گنبدی   سعید نصرالله نژاد

در چند سال گذشته، بیماری های ویروسی از جمله عوامل محدودکننده ی تولید کدوئیان در دنیا بوده اند طوریکه، خسارت و پراکنش ویروس های شته زادی همچون ویروس موزائیک زرد کدوzucchini yellow mosaic virus(zymv) در این میان، قابل ملاحظه بوده است. با عنایت به اینکه شمال ایران بلحاظ شرایط آب و هوایی معتدل، از مراکز عمده تولید کدوئیان بشمار می آید در این بررسی، تعیین و شناسایی استرینهای ویروس فوق الذکر، با نمونه برداری از بوته های کدو و خیار طی بهار و تابستان سال زراعی 1391 در مزارع استان گلستان، دنبال شد و100 نمونه مشکوک دارای علائمی از قبیل زردی، موزائیک، بد شکلی وشکستگی رنگ برگ و تاولی شدن برگ و میوه جمع آوری شدند. تعداد 43 نمونه ی آلوده به zymv با آنتی بادی پلی کلونال این ویروس در آزمون الایزای مستقیم مشخص شدند. برای شناسایی علایم هر جدایه، عصاره ی تعدادی از نمونه های مثبت، بر روی گیاهان محک نظیر سلمه ترهchenopodium quinoa(ایجاد نقاط کلروتیک روی برگ و موزائیک) مایه زنی شدند، سپس آلودگی نمونه ها با روش rt-pcr توسط یک جفت آغازگر بطول 458 جفت باز از ژن پروتئین پوششی، تائید شد و بر روی ژل آگارز 1% در الکتروفورز، نمونه های آلوده به zymv در محدوده یbp458 مورد انتظار، ایجاد باند نمودند. محصول pcr بطور مستقیم ترادف یابی شد. همردیف سازی چندگانه با clastalx و blast در نرم افزار mega 4 انجام و درخت فیلوژنتیک بروشmaximumparsimony ترسیم گشت.آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که، جدایه های zymv مورد مقایسه، در 3 گروه قرار می گیرند و جدایه ی گلستان با جدایه ی تهران (استرین ایران) در یک گروه و جدایه های آمریکایی (استرین آمریکا) درگروهی دیگر و جدایه های اروپایی و آسیایی در کنار جدایه های شمال آفریقا (استرین اروپا) قرار می گیرند.وجود بیشترین تشابه جدایه ی گلستان با جدایه ی تهران می تواند گویای جهش کمتر ویروس در سطح کشور باشد. فواصل ژنتیکی بین و داخل گروهی نیز نتایج آنالیزها را تأئید نمودند.

ردیابی سرولوژیکی و مولکولی ویروس موزاییک کاهو (lmv) در منطقه گرگان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده تولیدات گیاهی و دامی 1393
  سپیده علی جانی   سعید نصرالله نژاد

ویروس موزاییک کاهو (lettuce mosaic virus, lmv) از بیماری¬های مخرب و مهم اقتصادی است که متعلق به جنسpotyvirus و از خانواده potyviridaeمی¬باشد. در ¬¬سال های اخیر علائم بیماری ویروسی (موزائیک) در سطح وسیعی از مزارع کاهو استان گلستان شایع شده است. به منظور ردیابی ویروس lmv ، 93 نمونه¬ مشکوک به بیماری که دارای علایم موزاییک، پیسک، کوتولگی، کاهش رشد، بدشکلی برگها و عدم تولید تاج طبیعی بودند طی سال زراعی 93-1392 از استان گلستان جمع¬آوری گردید و درون کیسه¬های پلاستیکی منفرد، در مجاورت یخ به آزمایشگاه منتقل گردیدند. سپس از طریق آزمون das-elisa و با استفاده از آنتی سرم منوکلونال ویروس lmv مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج آزمون سرولوژیکی نشان داد که تعداد80 نمونه از نظر آلودگی به ویروس مثبت بودند، در حالی¬که علائم زردی در تست الایزا منفی بوده است. از بین نمونه های آلوده، تعدادی از نمونه ها به منظور ردیابی ویروس همسانه¬سازی و تعیین ترادف گردیدند.rna کل با استفاده از کیت mrna از نمونه¬های مذکور استخراج شد و در آزمون rt-pcr با استفاده از آغازگر عمومی پوتی¬ویروس (oligo1n/oligo2n)، قطعه¬ای به طول 327 جفت باز که مربوط به ژن پروتین پوششی این ویروس می باشد تکثیر گردید. توالی¬های بدست آمده، با توالی¬های منتخب از کشورهای مختلف دنیا در genbank، مقایسه گردید. همردیف¬سازی¬های چندگانه و آنالیزهای فیلوژنتیک و تعیین نسبت جانشینی نامترادف (dn) به جانشینی مترادف (ds) با نرم افزارهای dnastar، dnaman، clustal x وmega5 انجام و درخت فیلوژنتیک به روش neighbor-joining ترسیم گردید. نتیجه تعیین توالی مشخص نمود که نمونه¬های استان گلستان به ویروس موزاییک کاهو (lmv ) lettuce mosaic virus آلوده می¬باشند. نتیجه حاصل ازآنالیزهای فیلوژنتیکی تعیین نمود که جدایه گلستان دارای شباهت 7/99 درصدی در سطح نوکلئوتیدی با جدایه فرانسه (z78229) می¬باشد و در سطح آمینواسیدی بیشترین درصد تشابه (100 درصد) را با یک جدایه¬ی دیگر از فرانسه (z78230) داشت. نسبت dn/ds در گروه¬های فیلوژنتیک کمتر از 1 است و این نشان دهنده¬ی نقش موثر انتخاب منفی در تنوع و تکامل این ویروس می¬باشد. بر اساس اطلاعات موجود، این اولین گزارش از آلودگی ویروس موزاییک کاهو (lmv) و تعیین توالی ناحیه cp ژنوم این ویروس در استان گلستان می¬باشد. کلمات کلیدی: ویروس موزاییک کاهو(lmv)، آزمون سرولوژیکی das-elisa ، rt-pcr، آنالیزهای فیلوژنتیکی